토지의 지분교환 및 분할로 인한 소유권 이전이 양도소득세 과세대상인지 여부 및 장기보유특별공제대상이 되는지 여부

1. 주위적 청구를 기각한다.

2. 처분청은 1997. 3. 4.자로 청구인에 대하여 한 양도소득세 69,936,690원의 부과처분에 관하여 별지1, ‘지분이전된 토지목록’ 기재의 각 토지 중 ○○시 ㅇㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 대지 367㎡의 양도에 대한 양도소득금액을 계산함에 있어 장기보유특별공제의 필요성 여부를 재조사, 확인하고 그 결과에 따라 그 과세표준과 세액을 각 경정하여야 한다.

청구인이 1979. 6. 21. 취득하여 소유하고 있던 ○○시 ㅇㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 대지 367㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)에 관한 지분 1227분의 860을 1991. 4. 2.자 지분교환계약을 원인으로 같은 해 5. 6. 청구 외 ㅇㅇㅇ 등 별지2, ‘합병토지 및 합병 당사자들의 지분목록(이하 ‘별지목록’이라 한다)’기재 1번 내지 7번의 ‘소유자’란 기재 7인(이하 ‘위 합병당사자들’이라 한다)에게 이전한 후 이 사건 토지에 같은 동 ○○번지 대지 109㎡ 등 위 합병당사자들이 소유하고 있던 별지목록기재 1번 내지 7번의 토지 7필지 계 860㎡를 흡수 합병하여 같은 동 ○○번지 대지 1,227㎡(이하 ‘위 합병 토지’라 한다)를 만들었다가 같은 해 6. 4. 위 합병토지에서 같은 동 ○○번지 대지 363㎡(이하 ‘○○번지’라 한다), 같은 동 ○○번지 대지 165㎡(이하 ‘○○번지토지’라 한다) 및 같은 동 ○○번지 대지 99㎡(이하 ‘○○번지토지’라 한다)로 분할해 내고 같은 날 위 ○○번지토지 및 ○○번지토지에 관한 청구인의 지분 1227분의 367을 위 합병 당사자들 중 청구 외 ㅇㅇㅇ 및 ㅇㅇㅇ에게 같은 날짜 공유물분할을 원인으로 하여 각 이전하자, 처분청은 청구인이 이 사건 토지의 지분교환당시 위 합병당사자들에게 청구인의 지분 1227분의 860을 양도함과 아울러 위 공유물분할로 인한 지분이전 당시 위 ㅇㅇㅇ 및 ㅇㅇㅇ에게 ○○번지토지 및 ○○번지토지에 관한 청구인의 지분 1227분의 367을 각 양도하였다고 보아 청구인에 대하여 1997. 3. 4.자로 기준시가에 의하여 산출한 양도소득세 69,936,690원(가산세 11,656,114원 포함)을 부과, 고지하는 처분(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다)을 하였다.

청구인은 주위적으로 처분청이 한 이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구를 하면서 그 이유로서 청구인은 청구 외 ㅇㅇ건설(주)(대표이사 ㅇㅇㅇ, 이하 ‘위 ㅇㅇ건설’이라 한다)와 공동으로 다세대주택을 건축하여 분양하기로 하고 위 ㅇㅇ건설에게 청구인 소유이던 이 사건 토지의 사용을 제공한 사실은 있으나 위 합병 당사자들과 사이에 토지의 지분교환계약을 체결하거나 이를 체결하도록 허락한 사실이 없고 토지교환계약 및 토지지분의 교환을 원인으로 한 소유권일부이전등기는 위 ㅇㅇ건설이 독단적으로 한 행위에 불과할 뿐 아니라 청구인으로서는 이 사건 토지 위에 건축되는 다세대주택이 분양되어야만 비로소 이 사건 토지의 양도차익이 사업소득의 형태로 현실화되는 것이므로 지분교환등기가 있었다는 사실만으로 곧바로 토지의 양도가 있었다고 볼 수는 없고, 나아가 이 사건 토지 위에 건축된 다세대주택의 사업소득에 관하여 그 대지가 된 토지를 5년 이상 보유하는 경우에 적용되는 소득표준율에 따라 소득세를 신고․납부하여 왔던 것은 이 사건 토지를 양도한 것이 아니라는 것을 반증하는 것임에도, 이를 자산의 유상양도로 보아 한 이 사건 부과처분은 부당한 것이라고 주장하고, 예비적으로 가사 위 지분교환 또한 공유물분할에 의한 지분권이전이 자산의 유상양도로서 양도소득세 과세대상이 된다고 하더라도 이 사건 부과처분을 감액경정하게 하여 달라는 취지의 청구를 하면서 그 이유로서 첫째, 양도가액을 계산하면서 1990년도 개별공시지가인 ㎡당 750,000원을 적용하여 양도가액을 192,921,760원으로 계산하여야 함에도 양도가액을 252,141,600원으로 계산한 것은 잘못이고, 둘째, 교환으로 인하여 이 사건 토지에 관한 지분을 이전하기 이전에 이 사건 토지 위에는 주택이 건축되어 있었으므로 그 양도소득금액을 계산함에는 장기보유특별공제를 하여야 함에도 이 공제를 하지 않고서 한 이 사건 부과처분은 부당한 것이니 감액경정되어야 한다고 주장한다.

이 사건 심사청구의 다툼은 주위적 청구와 관련하여, 청구인이 이 사건 토지에 관하여 교환을 원인으로 지분이전하고 그 후 위 합병토지에서 분할된 토지에 관하여 공유물분할을 원인으로 지분이전한 것을 각 양도소득세 과세대상이 되는 자산의 양도로 볼 것인지의 여부 및 예비적 청구와 관련하여 첫째, 처분청이 양도가액을 산정함에 있어 양도 당시의 개별공시지가 적용에 잘못이 있었는지의 여부, 둘째, 이 사건 토지의 양도소득금액을 계산함에 있어 장기보유특별공제를 하여야 하는지 여부에 있다. 주위적 청구이유에 관하여 본다. 우선, 청구인이 교환 및 공유물분할에 의하여 이 사건 토지 등에 관한 지분을 이전하고 이에 대하여 처분청이 이 사건 부과처분을 하기에 이른 경위 등 사실 관계를 보면, 청구인은 이 사건 토지를 1979. 6. 21. 취득하여 소유하고 있던 중 1991. 2. 20. 위 ㅇㅇ건설과 사이에 이 사건 토지(367㎡) 위에 현존하는 건조물 입주자를 퇴거시키고 그 건조물을 철거한 뒤 그 자리에 공동으로 다세대주택을 건축하기로 하여 이 사업을 위하여 위 ㅇㅇ건설에게 이 사건 토지의 사용을 승낙하고 위 ㅇㅇ건설은 건축허가에서부터 시공, 준공 및 분양에 이르는 모든 과정과 비용을 전담하기로 약정하였던 사실, 그 후인 1991. 5. 6. 자로 이 사건 토지에 관하여 1991. 4. 2. 교환을 원인으로 1227분의 109지분이 위 ㅇㅇㅇ에게 이전등기되는 등 별지목록의 ‘합병당사자들의 지분비율’란 1번 내지 7번 기재와 같은 각 비율의 지분 계1227분의 860이 위 합병당사자들에게 각 이전등기된 사실, 이 사건 토지는 그 후인 1991. 5. 16.자로 위 합병당사자들이 소유하고 있던 별지목록의 ‘소재지 및 면적란’ 1번 내지 7번 기재의 각 토지 계 860㎡를 흡수 합병하여 위 합병토지(1,227㎡)로 된바, 이렇게 공유물이 된 위 합병토지에 관한 청구인 및 위 합병당사자들의 각 지분은 별지목록의 ‘청구인 및 위 합병당사자들의 지분비율’란 기재와 같은 데 그 분모는 1227이고 분자는 그들 각자가 각 지분교환 이전에 소유하고 있던 토지 면적과 같게 된 사실, 그 뒤인 1991. 5. 29.자로 위 합병토지에서 ○○번지토지 363㎡, ○○번지토지 165㎡ 및 ○○번지토지 99㎡가 분할되어 나왔고 같은 해 6. 4.자로 그 중 ○○번지토지에 대하여는 위 합병토지에 관하여 1227분의 165지분을 가지고 있던 위 ㅇㅇㅇ의 단독명의로, ○○번지 토지에 대하여는 위 합병토지에 관하여 1227분의 66지분을 가지고 있던 위 ㅇㅇㅇ단독명의로 각 같은 날짜 공유물분할을 원인으로 하는 소유권이전등기가 경료되었는 데, 이로써 위 합병토지의 나머지 토지 600㎡와 위 ○○번지토지에 대한 위 합병당사자들 중 나머지 사람들과 청구인 공유지분의 분모는 963이 되었고 분자는 청구 외 ㅇㅇㅇ의 것이 106에서 73으로 감축 변동된 외에는 위 소유권이전등기 이전과 변함이 없게 정리된 사실, 그 후 처분청에서는 청구인이 이 사건 토지를 소유하고 있다가 위 합병당사자들에게 이 사건 토지에 대한 청구인의 지분 1227분의 860을 교환에 의하여 양도한 것으로 보고 나아가 위 합병토지가 분할된 후 ○○토지에 관하여는 위 ㅇㅇㅇ에게, ○○번지토지에 관하여는 위 ㅇㅇㅇ에게 각 청구인의 지분 1227분의 367을 양도한 것으로 보아 위 3필지의 토지 지분 양도에 대하여 이 사건 부과처분을 하기에 이른 사실 그리고 처분청은 그 양도가액 및 양도차익을 계산함에 있어 이 사건 토지의 양도 당시의 기준시가 및 ○○번지토지와 ○○번지토지의 양도 및 취득 당시의 기준시가를 각 ㎡당 750,000원으로 보아 이 사건 토지의 양도가액은 192,921,750원, 취득가액은 39,753,708원으로 계산하였고, ○○번지토지의 양도 및 취득가액은 각 37,012,350원으로, ○○번지토지의 양도 및 취득가액은 각 22,207,500원으로 계산하였으며, 나아가 취득가액 이외의 필요경비를 ○○번지토지에 대하여 1,374,450원으로, ○○번지토지에 대하여 824,670원으로 하고 이를 각 합산하여 그 양도차익을 계산하였던 사실을 일건 기록에 의하여 인정할 수 있다. 다음 관계법령의 규정에 관하여 보면, 구 소득세법(1992. 12. 8. 법률 제4520호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 소득세법’이라 한다) 제3조, 제4조 제1항 제3호 및 제3항 본문의 각 규정에 의하면 소득세의 과세대상이 되는 소득 중 양도소득은 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득으로 하되 여기서 “양도”라 함은 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계 없이 매도․교환․법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다고 되어 있다. 살피건대, 청구인은 위 ㅇㅇ건설이 청구인의 허락을 받지 않고 권한 없이 교환을 원인으로 지분소유권이전등기를 경료하였으므로 이는 자산의 양도에 해당되지 아니한다고 주장하나, 부동산에 관하여 교환을 원인으로 하는 소유권이전등기가 이루어졌다면 이는 적법한 등기원인과 절차에 의하여 이루어진 등기라고 추정되고 유효한 법률행위를 통하여 소유권이 이전된 것이 아니어서 양도소득세 과세대상에 해당되지 않는다고 주장하기 위하여는 그 주장자가 적어도 그 법률행위가 취소되었다거나 무효인 것이었던 것 또는 당초부터 그러한 법률행위가 없었다는 등 그 등기원인이 무효라는 사실을 입증하여야 할 것인 데, 위 교환에 의한 지분이전등기에 관하여 청구인으로부터 그 등기원인이 무효라는 점에 대한 아무런 입증이 없으므로 청구인의 이 점에 관한 위 주장은 이유 없다. 또한, 청구인은 이 사건 토지 위에 건축되는 주택의 분양사실도 없이 지분교환등기가 되었다는 사실만으로 자산의 양도로 본 것은 부당하다고 주장하나, 위 인정사실에 의하면 청구인은 위 합병당사자들의 토지와의 합병을 위하여 위 합병당사자들에게 이 사건 토지에 관한 청구인의 지분을 교환을 원인으로 이전하였음을 알 수 있는 데, 일반적으로 교환에 의한 자산의 이전은 유상이전으로서 양도소득세 과세대상이 되는 양도에 해당하고 비록 교환의 목적이 토지의 합병을 위한 것이었다 하더라도 이를 실질적인 교환에 해당하지 않는다고 할 수 없으므로 위 주장도 이유 없다. 다만, 위 합병토지가 다시 분할된 후 청구인의 지분이 ○○번지토지에 관하여는 위 ㅇㅇㅇ에게, ○○번지토지에 관하여는 위 ㅇㅇㅇ에게 각 이전된 것을 자산의 양도로 본 데 대하여 보건대, 위 합병토지 1227㎡에 관하여 위 ㅇㅇㅇ은 1227분의 165지분을 가지고 있다가 ○○번지토지 165㎡를 분할하여 그 소유권자로 되었고, 위 ㅇㅇㅇ은 1227분의 66지분을 가지고 있다가 ○○번지토지 99㎡를 분할하면서 그의 지분과 위 ㅇㅇㅇ의 지분 1227분의 106 중 1227분의 33을 합쳐 그 소유권자가 되었던 점 및 위 각 토지의 분할 전후에 걸쳐 청구인의 지분은 단순히 1227분의 367에서 963분의 367로 변경된 점이 위에서 본 바와 같으니 이와 같이 ○○번지 토지와 ○○번지토지가 분할되고 그 소유권이 이전된 것은 실질적으로 볼 때에 공유물에 대하여 관념적으로 그 지분에 상당하는 비율에 따라 제한적으로 행사되는 권리, 즉 지분권을 분할로 인하여 취득하는 특정부분에 집중시켜 존속시키는 것으로 그 소유형태가 변경되는 것 뿐이라고 할 것이어서 공유물분할에 의하여 서로 위와 같은 지분이전등기를 하면서 그 시가차액에 대한 정산을 하였다는 등의 특별한 사정이 발견되지 않는 이 사건에서 이를 가리켜 양도소득세의 과세대상이 되는 자산의 유상양도라 할 수 없다 할 것이므로 여기에 대하여 양도소득세를 과세한 것은 잘못이라 할 것이다. 그러나 위 인정의 사실에 의하면 ○○번지토지와 ○○번지토지에 관하여는 그 양도가액과 취득가액이 같은 것으로 계산되었는 데 오히려 취득가액 이외의 필요경비를 감안하면 그 양도차익은 오히려 부(-)인 것으로 계산되었고 여기에 이 사건 토지의 양도로 인한 양도가액과 취득가액을 각 합산하여 이 사건 양도차익을 계산하였다는 점을 알 수 있으므로 이 사건 부과처분 중 위 부분에 관한 과세부분을 경정하게 하는 것은 오히려 청구인에게 불이익한 처분을 하게 하는 결과를 초래하게 되어 위 주장은 받아들일 수 없다. 예비적 청구이유 중 첫째 다툼에 관하여 본다. 청구인은 처분청에서 양도가액을 192,921,760원으로 계산하여야 함에도 252,141,600원으로 계산한 것은 잘못이라고 주장하나, 앞에서 인정한 사실에 의하면 이 사건 토지의 양도가액은 192,921,750원이지만, ○○번지토지의 양도가액은 37,012,350원이고, ○○번지토지의 양도가액은 22,207,500원이어서 처분청이 위 각 양도가액을 합산하여 252,141,600원으로 계산하였던 것임을 알 수 있어 이러한 원심의 조치를 오해한 데 기인한 청구인의 위 주장은 이유 없다. 예비적 청구이유 중 둘째 다툼에 관하여 본다. 우선 이 사건 토지 위에 장기보유특별공제대상이 되는 건물이 축조되어 있었는지 등에 관하여 보건대, 이 사건 토지의 양도 당시 그 지상에는 건축법상의 허가를 받거나 신고를 거친 건축물은 없었으나, 이 사건 토지 인근 지역에 관하여 1990. 12. 24.에 촬영된 항공사진을 이용하여 작성한 항공사진현황도에 의하면 위 항공사진 촬영 당시 이 사건 토지 위에 건물이 존재하였던 것으로 되어 있는 사실, 청구인과 위 ㅇㅇ건설 사이에 1991. 2. 20.자로 체결한 다세대주택건설사업 계약서상에 입주자가 있는 기존건조물의 철거에 관한 약정을 두고 있는 사실 그리고 처분청에서는 이 사건 토지 위에 건물이 축조되어 있었다는 점에 대한 청구인의 입증이 없다는 이유로 장기보유특별공제를 적용하지 않고서 이 사건 부과처분을 한 사실을 일건 기록에 의하여 인정할 수 있다. 다음 관계 법령의 규정에 관하여 보건대, 구 소득세법 제23조 제1항 제1호 및 제2항 제2호 (나)목의 각 규정에 의하면 대통령령이 정하는 토지를 제외한 토지 및 건물로서 당해 자산의 보유기간이 10년 이상인 것에 대하여는 장기보유특별공제로서 양도차익의 100분의 30을 양도차익에서 공제하도록 되어 있고, 구 소득세법시행령(1994. 12. 31. 대통령령 제14467호로 전면 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 소득세법시행령’이라 한다) 제46조의3, 제15조 제9항 및 구 소득세법시행규칙(1992. 12. 31. ㅇㅇㅇ령 제1900호로 개정되기 전의 것) 제18조의2의 규정에 의하면 무허가건축물이 정착되어 있는 것을 포함한 나대지 및 건축물에 부수되는 토지로서 일정면적을 초과하는 부분의 토지를 장기보유특별공제대상에서 제외하되, 다만, 양도일 현재 토지초과이득세법 제8조 의 규정에 의한 유휴토지에 해당하지 아니하는 토지는 공제대상으로 하도록 되어 있고, 구 토지초과이득세법(1993. 6. 11. 법률 제4561호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 토지초과이득세법’이라 한다) 제8조 제1항 제4호의 규정에 의하면 공장용 건축물의 부속토지로서 일정면적을 초과하는 토지 등 같은 항 1호 내지 3호 외에 주택의 부속토지로서 대통령령이 정하는 것은 유휴토지 등의 범위에서 제외하도록 되어 있고 이를 받아 구 토지초과이득세법시행령(1992. 5. 30. 대통령령 제13655호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 토지초과이득세법시행령’이라 한다)제10조에서 위 “주택의 부속토지”란 주거용으로 사용할 수 있도록 건축된 건물(아파트․연립주택 등 공동주택에 있어서는 1세대가 독립하여 구분․사용할 수 있도록 구획된 부분을 말한다)의 부속토지로서 일정한 범위에 해당하는 토지라고 하고 그 범위에 대하여도 규정하고 있는 데, 이때의 주택의 허가 유무에 대하여는 같은 법조의 같은 호의 다목 규정 및 이에 따른 같은 법 시행령 제11조 제3항의 규정과는 달리 아무런 규정도 두고 있지 않으므로 무허가 주택의 부속토지도 같은 법 시행령 제10조가 규정하고 있는 범위 내의 것이라면 유휴토지에서 제외된다고 보아야 할 것이다. 살피건대, 위 인정사실에 의하면 청구인이 1991. 4. 2. 이 사건 토지의 지분이전 당시 그 지상에는 건축법 소정의 신고를 하거나 허가를 받지는 아니 하였지만 주택이 존재하였던 것으로 추정되므로 처분청으로서는 이 사건 토지의 양도일 현재 그 지상에 비록 무허가인 것이라도 주택이 있었는지 여부를 조사하여 확인하고 이 사건 부과처분을 하였어야 함에도 처분청이 이에 이르지 아니한 채 이 사건 토지가 소득세법상 장기보유특별공제대상이 되는 주택의 부속토지가 아니라고 보아서 한 이 사건 부과처분의 일부는 잘못된 것이라고 하겠다.

그렇다면 이 사건 부과처분을 전면 취소하게 하여 달라는 취지의 이 사건 주위적 심사청구는 이유 없는 것이라고 인정되나 이 사건 부과처분을 경정하게 하여 달라는 취지의 이 사건 예비적 심사청구와 관련하여 처분청이 위에서 본 바와 같이 이 사건 토지가 무허가주택의 부속토지로서 소득세법상 장기보유특별공제의 대상이 되는 것인지 여부를 확인하지 아니하고 그 양도소득금액을 계산하면서 장기보유특별공제를 하지 아니한 것은 잘못이라고 할 것이고 이러한 잘못은 이 사건 부과처분의 과세표준과 세액에 영향을 끼친 것이 분명하여 이 사건 심사청구는 일부 이유 있다고 인정되므로 처분청으로 하여금 위 잘못된 부분을 시정하게 하기 위하여 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.