타인명의로 취득・등기한 후 양도한 토지가 미등기 양도자산에 해당하는지 여부 등

심사청구를 기각한다.

처분청은 청구인이 ㅇㅇ도 ㅇㅇ군 ㅇㅇ면 ㅇㅇ리 ○○번지 전 16,212㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 1988. 5. 7. 청구 외 ㅇㅇㅇ 명의로 취득하였다가 1996. 7. 1. 청구 외 ㅇㅇ건설 (주)에 8,214,200,000원에 양도한 데 대하여 특별부가세율을 100분의 20으로 적용하여 1996. 9. 20. 법인세특별부가세 1,450,736,220원을 수시부과하였다가 양도비용 중 토지지상물 이주보상비 130,000,000원과 사업추진금으로 받은 차입금에 대한 이자상당액 261,758,900원을 부인하고 이 사건 토지를 법인의 명의로 등기하지 않고 법인장부상에도 등재하지 아니한 상태에서 양도한 미등기자산의 양도로 보아 중과세율 100분의 40을 적용하여 1998. 1. 20.자로 법인세특별부가세 1,786,403,230원을 추가로 부과, 고지하는 처분(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다)을 하였다.

청구인은 처분청이 한 이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구를 하면서 그 이유로서 이 사건 토지는 1988. 5월 해외 일본 통일교신도가 제공한 자금으로 원래 청구인이 냉동, 냉장창고 건설용부지로 사용할 목적으로 취득하였으나 국토이용관리법상의 제한과 매도인들이 법인명의로 등기이전을 거부하는 등 부득이한 사유가 있어 당시 청구인의 직원인 청구 외 ㅇㅇㅇ의 명의로 소유권이전등기를 경료하였다가 1996. 6월 법인장부에 계상한 후 1996. 7. 1. 청구 외 ㅇㅇ건설 (주)에 양도한 토지이고 이와 같이 명의신탁에 의한 소유권이전 등기도 부동산 등기임에는 이론이 없다 하여 미등기 양도자산에 해당하지 아니한다는 일관된 판례가 있는데도 이를 미등기 양도자산이라고 보는 것은 부당하며 토지지상물 이주보상비 130,000,000원은 관리인 자격으로 이 사건 토지를 무상 사용하던 제3자 명의인인 ㅇㅇㅇ에게 지급한 철거이주 및 정착비용 330,000,000원의 일부이고, 이자지급액 261,758,902원은 청구 외 ㅇㅇ종합건설 (주)(대표이사 ㅇㅇㅇ)와 아파트사업에 따른 공사수주약정 미이행에 따른 위약금조로 지급한 것으로서 양도비용에 해당하는 데 이를 부인함은 부당하다고 주장한다.

이 사건 부과처분의 다툼은 첫째, 청구인이 타인명의로 취득 등기한 후 양도한 토지가 미등기양도자산에 해당되는지, 둘째, 토지지상물 이주보상비와 위약금으로 지급한 이자상당액을 양도비용으로 인정할 수 있는지 여부를 가리는 데 있다.

• 가. 먼저 청구인이 이 사건 토지를 취득하였다가 양도한 경위와 처분청이 이 사건 부과처분을 하게 된 경위 등 사실 관계를 본다. 청구인은 1988. 5월 해외 일본 ㅇㅇ교신도가 제공한 자금으로 농수산물의 냉동․냉장 및 활어유통센터 등의 건설부지로 사용하려고 이 사건 토지를 취득하였으나 매도인들이 세무상 불이익 등을 이유로 청구인회사 앞으로 등기이전을 거부할 뿐 아니라 이 사건 토지의 대부분이 농지여서 법인이 농지를 취득할 수 없는 농지관련 법령, 국토이용관리법상의 제한 등으로 법인명의로 직접 소유권이전등기 하기가 불가능하자 1988. 5. 7. 당시 청구인의 ○○판매사업소 소장인 청구 외 ㅇㅇㅇ 명의로 등기하여 두었다가 1995. 4. 12. 청구 외 ㅇㅇ건설 (주)와 8,214,200,000원에 매매하기로 부동산매매약정을 체결하였는데 약정금은 약정시 1,250,000,000원(매매대금의 15%), 1차 중도금은 약정 후 1.5개월 내에 2,442,000,000원(매매대금의 30%), 2차 중도금은 약정 후 3개월 내에 2,870,000,000원(매매대금의 35%), 잔금은 토지 거래허가 후 20일 내에 1,652,200,000원(매매대금의 20%)을 받기로 하되 토지거래허가와 동시에 매매계약을 체결하기로 되어 있었고 그 후 1996. 5월 잔금 1,652,200,000원 중 1,250,000,000원은 3차 중도금으로 하여 같은 해 5. 3.까지, 나머지 402,200,000원은 토지거래허가 후 20일 내에 받기로 약정을 변경하고 그 잔금 402,200,000원은 1996. 12. 31. 수령(이 중 토지거래허가시 ㅇㅇ건설(주)에서 지급한 설계용역수수료 20,000,000원을 공제한 382,200,000원 수령)한 사실, 그런데 청구인은 부동산실권리자명의등기에관한법률에 의한 실명등기 유예기간인 1996. 6. 30. 이전에 청구법인명의로 등기하지 않고 있다가, 1996. 7. 1. 위 ㅇㅇ건설(주)에 소유권이전하여 주었고 그 직전인 같은 해 6. 21. 이 사건 토지를 법인장부에 계상(차변: 토지, 대변: 전기손익수정이익)한 사실, 청구인은 1995. 7. 19. 청구 외 ㅇㅇㅇ 에게 330,000,000원을 지급하였는 데 그 내용은 이주 및 정착비용 등 배상금으로 200,000,000원, 이 사건 토지의 관리에 대한 보상금으로 130,000,000원이었고 또한 청구인은 1994. 10. 27. 청구 외 ㅇㅇ종합건설 (주)와 공동주택사업에 따른 공사 수주약정을 체결하였으나 청구인이 이 약정을 일방적으로 파기하자 1996. 4. 19. 위 ㅇㅇ종합건설 (주)가 위 약정서 제10조의 약정에 따라 손해배상을 청구하게 되었고 청구인은 위 ㅇㅇ종합건설 (주)가 사업추진대여금으로 청구인에게 지급한 3,500,000,000원에 대한 이자 261,758,900원을 위약금으로 지급하기로 서로 합의한 후 1996. 12. 31. 이를 지급하였던 사실, 그런데 처분청에서는 1996. 9월 청구인에 대한 세무조사 중 이 사건 토지의 양도에 대하여 법인세법 제36조 의 규정에 의하여 법인세특별부가세를 수시 부과하였는 데 그 과세표준 및 세액계산 내용을 보면 양도가액 8,214,200,000원에서 취득가액 318,760,000원, 양도비용 641,758,900원을 차감한 양도차익 7,253,681,100원을 과세표준금액으로 하여 등기자산에 대한 세율 100분의 20을 적용, 세액을 1,450,736,220원으로 산출하여 부과한 사실, 청구인은 1997. 3월 1996사업연도 법인세과세표준 및 세액신고시에는 양도가액, 취득가액은 위와 같고 양도비용은 700,758,100원, 양도차익은 7,194,681,000원, 산출세액은 1,438,936,220원으로 신고한 사실, 그 후 처분청은 이 사건 토지의 양도비용 중 토지지장물 이주보상비 130,000,000원과 사업추진금으로 받은 차입금에 대한 이자상당액 261,758,900원 계 391,758,900원을 양도비용이 아니라는 이유로 부인하고 이 사건 토지를 법인명의로 등기를 하지 아니하고 법인의 장부에도 등재하지 아니하였으며, 보유토지명세서도 제출하지 아니하였으므로 미등기자산에 해당된다는 이유로 세율 100분의 40을 적용하여 1998. 1. 20. 1,786,403,230원을 추가로 부과, 고지 처분한 사실 등이 이 사건 토지의 등기부등본, 매매약정서, 1988년도에 ㅇㅇ세무서장이 이 사건 토지를 청구인이 청구 외 ㅇㅇㅇ에게 증여한 것이라고 증여세를 부과한 데 대한 ㅇㅇㅇ의 판결문(00누0000, 1991. 10. 8. 선고), 청구인의 장부, 처분청의 법인세 결정결의서 등 일건 기록에 의하여 인정된다.
• 나. 여기서 이 사건 다툼들에 대하여 차례로 판단한다.

(1) 위 첫째 다툼에 대하여 본다. 법인세법 제59조의4 제1항 의 규정에 의하면 법인의 토지 등 양도에 대한 특별부가세의 세율은 미등기 양도토지 등의 경우는 과세표준금액의 100분의 40, 그 외의 경우는 100분의 20으로 하도록 되어 있고 제4항 본문에서 미등기 양도토지이라 함은 토지 등을 취득한 내국법인이 그 토지 등의 취득에 관한 등기를 하지 아니하고 양도하는 것을 말한다고 되어 있다. 한편 부동산에 관한 소유권 기타 물권을 실체적인 권리관계에 부합하도록 실권리자 명의로 등기하게 함으로써 부동산등기제도를 악용한 투기․탈세․탈법행위 등 반사회적 행위를 방지하고 부동산거래의 정상화와 부동산 가격의 안정 등을 도모하기 위하여 1995. 3. 30. 법률 제4944호로 부동산실권리자명의등기에관한법률 (이하 ‘부동산 실명등기법’ 이라 한다)이 제정공포되었고, 부동산 실명등기법 제4조 제1항에서 명의신탁약정은 무효로 하도록 되어 `있으며, 제11조의 규정에서 1995. 7. 1. 부동산실명등기법 시행이전 기존 명의신탁자는 1년의 유예기간 이내에 실명등기를 하여야 하고 제12조 제1항의 규정에 의하면 유예기간 이내에 실명등기 또는 매각처분 등을 하지 아니한 경우 그 기간이 경과한 후에 명의신탁약정 등의 효력에 관하여는 제4조의 규정을 적용하도록 되어 있는바, 이러한 부동산 실명등기법이 공포시행 전까지의 미등기 양도자산에 관하여 중과세율을 적용하도록 규정한 취지에 대한 해석은 조세의 포탈과 양도차익만을 노려 잔대금 등의 지급 없이 전전매매하는 따위의 부동산투기를 억제하려는 데 있다 하겠고, 명의신탁에 의한 소유권 이전등기도 부동산 등기임에는 틀림이 없어 명의신탁에 의하여 소유권이전등기가 경료된 양도 토지 등은 미등기 양도토지 등으로 볼 수 없다고 해석할 것이나 앞서 본 바와 같이 부동산 실명등기법에서 명의신탁 등 부동산등기제도를 악용한 투기ㆍ탈세ㆍ탈법행위 등 반사회적 행위를 방지하기 위하여 유예기간 내에 실명등기를 하도록 하였고 부동산 실명등기법 시행 이전에 명의신탁에 의한 소유권 등기를 하였다 하더라도 유예기간 내 실명등기를 하지 아니한 경우 그 명의신탁 약정 등의 효력은 무효라고 규정한 이상 이제는 명의신탁에 의한 소유권이전등기를 하였다는 이유만으로 법인세법상의 등기한 부동산으로 볼 수는 없다고 새기는 것이 상당할 것이다. 살피건대, 위 인정의 사실에 의하면 청구인은 이 사건 토지의 취득 당시 법인으로서 취득이 금지되어 있는 농지를 법을 어기며 명의신탁의 방법으로 318,760,000원에 취득하여 8년 후에 이를 8,214,200,000원에 양도하여 막대한 차액을 남겼고, 또한 청구인은 이 사건 토지를 취득하고서도 그 사이에 법인장부에 기록도 하지 않고, 법인세 신고시에 비업무용 부동산으로 신고한 적이 없으며 취득, 등기 및 소유에 따른 취득세, 등록세 또는 종합토지세 등을 납부하였다는 영수증을 제시하지 못하고 있을 뿐 아니라 부동산 실명등기법이 공포시행되었는데도 청구인은 부동산 실명등기법의 유예기간(1996. 6. 30) 내에 실명등기나 매각처분을 하지 않았다는 것이니 청구인이 한 명의신탁약정 등의 효력은 무효이어서 이를 두고 이 사건 양도자산을 등기한 자산으로 볼 수 없으므로 처분청이 이 사건 토지를 미등기 양도토지로 보아 과세한 것은 정당하고 이와 달리 등기한 토지의 양도로 보아야 한다는 청구주장은 이유 없다.

(2) 위 두번째 다툼에 대하여 본다 법인세법 제59조의2 제1항 및 제3항의 규정에 의하면 토지 등 양도에 대한 특별부가세의 과세표준은 토지 등의 양도로 인하여 발생하는 양도차익으로 하고, 그 양도차익은 양도가액에서 취득가액, 토지 등을 양도하기 위하여 직접 지출하는 비용을 공제한 금액으로 한다고 되어 있는 데 여기서 양도비용을 ‘직접 지출하는 비용’이라고 제한적으로 규정한 것으로 보아 부동산양도에 관련된 모든 비용을 인정하는 것으로 해석되지 아니하며 적어도 부동산매매에 있어 양 당사자가 확정된 이후에 부동산매매계약으로부터 그 계약의 이행과정에서 지출되는 비용을 말하는 것으로 풀이함이 상당하다고 할 것이다. 살피건대, 이 사건 토지의 관리인이었던 청구 외 ㅇㅇㅇ에게 지급한 130,000,000원은 이 사건 토지의 관리에 대한 보상금으로 지급한 것이고, 청구 외 ㅇㅇ종합건설 (주)에 지급한 261,758,902원은 이 사건 토지의 매매당사자도 아닌 자와 체결하였던 약정을 이행하지 않아서 손해배상금조로 지급한 것으로서 모두가 이 사건 토지 매매계약의 이행과는 직접적으로 아무런 관련이 없는 비용인 것이 명백하므로 청구인의 주장은 이유 없다 할 것이다.

그렇다면 이 사건 부과처분 중 처분청이 그 과세표준금액에 적용할 세율을 미등기 양도토지 등에 적용하는 세율인 100분의 40을 적용하고 토지관리보상비 등을 양도비용으로 인정하지 아니한 것은 정당하여, 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.