부가가치세 매입세액의 공제가능 여부 및 감가상각비의 손금산입 여부

처분청은 1997. 10. 2.자로 청구인에 대하여 한 별지기재 1의 부가가치세 계 38,340,750원 및 별지기재 2의 법인세 계 29,990,230원의 각 부과, 고지처분과 1993사업연도 귀속 315,323,740원 및 1996사업연도 귀속 122,760,630원의 각 소득금액 변동 통지처분은 각 취소하여야 한다.

처분청은 청구인이 유류도․소매업을 영위하는 법인으로서 그 대표이사인 청구 외 ㅇㅇㅇ 소유인 ㅇㅇ도 ㅇㅇㅇ시 ㅇㅇ동 ○○번지 및 같은 시 ㅇㅇㅇ동 ○○번지, 같은 동 ○○번지 지상에 청구인의 자금으로 주유소용 건물을 각각 신축(같은 시 ㅇㅇ동 ○○번지 지상에 484.5㎡를 신축하였는바, 이를 이하 ‘제5주유소’라 하며, 같은 시 ㅇㅇㅇ동 ○○번지 및 같은 동 ○○번지 지상에 197.26㎡를 신축하였는바, 이를 이하 ‘제2주유소’라 한다)한 후 주유소 신축시의 거래과정에서 발생된 1992년도 제1기부터 1996년도 제1기까지의 부가가치세매입세액 부담액 33,467,370원을 각 기별 부가가치세 과세표준신고시 매입세액공제신고(각 기별 부가가치세매입세액 공제신고내역은 별지기재 1의 ‘부가가치세 부과처분내역’ 참조)하고 1993사업연도부터 1995사업연도까지의 각 사업연도 소득금액계산상 제5주유소에 대한 감가 상각비 33,481,324원을 손금으로 산입하여 법인세 과세표준 및 세액을 신고(각 사업 연도별 감가상각비 손금산입내역은 별지기재 2의 ‘법인세 부과처분내역’ 참조)하였으나 신축완료된 제5주유소는 1993. 9. 3. 제2주유소는 1996. 10. 24. 청구 외 ㅇㅇㅇ 명의로 각각 소유권보존 등기되었으므로 청구인의 위 부가가치세 매입세액 공제 신고내용을 부인하고 위 감가상각비 손금산입액에 추가로 30,062,077원을 가산한 63,543,401원을 손금부인하여 1997. 10. 2.자로 1992년도 제1기부터 1996년도 제1기까지의 각 해당기별 부가가치세 계 38,340,750원을 부과, 고지(각 기별 부가가치세 부과, 고지내역은 별지기재 1의 ‘부가가치세 부과처분내역’과 같으며 이하 ‘이 사건 부가가치세 부과처분’이라 한다)하고 1993사업연도부터 1995사업연도까지의 각 사업연도별 법인세 계 29,990,230원을 부과, 고지(각 사업연도별 법인세 부과, 고지내역은 별지기재 2의 ‘법인세 부과처분내역’과 같으며 이하 ‘이 사건 법인세 부과처분’이라 한다)하였으며 제5주유소 신축비 315,323,740원 및 제2주유소 신축비 122,760,630원을 각 1993사업연도 귀속 및 1996사업연도 귀속의 ㅇㅇㅇ 소득금액으로 처분하는 소득금액 변동통지(이하 ‘이 사건 소득처분’이라 한다)를 하였다.

청구인은 이 사건 부가가치세 부과처분, 이 사건 법인세 부과처분 및 이 사건 소득처분을 모두 취소하게 하여 달라는 취지의 청구를 하면서 그 이유로서 제5주유소 및 제2주유소뿐만 아니라 기타 구축물 등도 청구인의 자금으로 신축하여 이를 장부에 계상한 후 직접 사용․수익하고 있으므로 실질적으로 청구인의 자산이며, 제5주유소 및 제2주유소가 착오에 의하여 청구인의 대표이사인 청구 외 ㅇㅇㅇ 명의로 각 소유권보존등기가 되었으나 이로 인하여 그 실질 귀속주체가 달라진 것도 아니므로 위 주유소의 신축 및 사용관리와 관련된 부가가치세매입세액 공제신고 내용 및 감가상각비의 손금산입 신고내용은 인정되어야 하고 제5주유소에 대한 감가상각비 손금산입신고액을 초과하여 감가상각비 손금부인한 30,062,077원도 손금인정되어야 하며, 청구인이 신축한 위 주유소가 청구 외 ㅇㅇㅇ에게 귀속한 것도 아니라고 주장한다.

이 사건 심사청구의 다툼은 첫째, 청구인이 제5주유소 및 제2주유소의 신축에 관련하여 부담하였다는 부가가치세매입세액을 ‘자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액’으로 볼 수 있는지의 여부, 둘째, 청구인이 법인소득계산상 제5주유소와 관련하여 손금산입한 감가상각비를 ‘그 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액’으로 볼 수 있는지의 여부, 셋째, 청구인이 법인소득계산상 제5주유소와 관련하여 손금산입한 감가상각비신고액은 33,481,324원임에도 처분청이 이보다 30,062,077원을 더 손금부인하여 익금산입한 것이 정당한지의 여부, 넷째, 제5주유소의 공사비 315,323,740원 및 제2주유소의 공사비 122,760,630원이 사외에 유출되어 청구 외 ㅇㅇㅇ에게 귀속되었다고 볼 수 있는지의 여부에 있다. 먼저 관계 법령 중 구 부가가치세법(1995. 12. 29. 법률 제5032호로 개정되기 전의 것) 및 부가가치세법의 각 제17조 제1항 및 제1호의 규정에 의하면 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액에서 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액을 매입세액으로 공제하여 납부하도록 되어 있고, 법인세법 제9조 제1항 에 “내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다”라고, 같은 조 제3항에 “제1항에서 ‘손금’이라 함은 자본 또는 지분의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 그 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액을 말한다”라고 규정하고 있고 같은 법 시행령 제12조 제2항에 “법 제9조 제3항에서 ‘손비’라 함은 법 및 이 영에 규정한 것을 제외하고 다음 각 호에 게기하는 것으로 한다”라고 규정한 다음 그 제5호에 “고정자산에 대한 감가상각비”라고 규정하고 있다. 구 법인세법(1994. 12. 22. 법률 제4804호로 개정되기 전의 것) 및 법인세법의 각 제32조 제5항의 규정에 의하면 법인세의 과세표준을 신고하거나 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액을 그 귀속자에 따라 상여․배당․기타 사외유출․사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 의하여 처분하도록 되어 있으며 구 법인세법시행령(1993. 12. 31. 대통령령 제14080호로 개정되기 전의 것) 및 법인세법시행령의 각 제94조의2 제1항 제1호 및 그 나목의 규정에 의하면 법 제32조 제5항의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우로서 그 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여로 한다고 되어 있다. 구 소득세법시행령(1994. 12. 31. 법률 제14467호로 개정되기 전의 것) 제198조 제1항 및 소득세법시행령 제192조 제1항 의 규정에 의하면 법인세법에 의하여 세무서장이 법인소득금액을 결정 또는 경정함에 있어서 처분되는 상여는 법인소득금액을 결정 또는 경정하는 세무서장이 그 결정일 또는 경정일로부터 15일 이내에 소득금액 변동통지서에 의하여 당해 법인에게 통지하도록 되어 있다. 국세기본법 제14조 제1항 에 “과세의 대상이 되는 소득․수익․재산․행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다”라고 규정하고 구 상속세법(1996. 12. 30. 법률 제5193호로 상속세 및 증여세법으로 전면 개정되기 전의 것) 제32조의2 제1항에 권리의 이전이나 그 행사에 등기․등록․명의개서 등(이하 ‘등기 등’이라 한다)을 요하는 재산에 있어서 실질소유자와 명의자가 다른 경우에는 국세기본법 제14조 의 규정에 불구하고 그 명의자로 등기 등을 한 날에 실질소유자가 그 명의자에게 증여한 것으로 본다. 다만, 타인의 명의를 빌려 소유권이전등기를 한 것 중 부동산등기특별조치법 제7조 제2항 (1995. 3. 30. 법률제4944호로 제정된 부동산실권리자명의등기에관한법률 부칙 제4조의 규정에 의하여 삭제)의 규정에 의한 명의신탁에 해당하는 경우 및 조세회피목적 없이 타인의 명의를 빌려 등기 등을 한 경우로서 대통령령이 정하는 때에는 그러하지 아니하다라고 되어 있고 구 상속세법시행령(1995. 12. 30. 대통령령 제14862호로 개정되기 전의 것) 제40조의6 본문에 “법 제32조의2 단서의 규정에 의하여 다음 각 호의 1에 해당하는 재산은 이를 등기 등의 명의자에게 증여한 것으로 보지 아니 한다”라고 규정한 다음 그 제1호에 “소관 세무서장이 부동산등기특별조치법 제7조 제3항 의 규정에 의하여 등기공무원으로부터 송부받은 등기신청서와 서면을 통하여 조사한 결과 동 법 제7조 제1항의 규정에 의한 조세회피 등의 목적에 해당하지 아니한다고 인정되는 부동산”이라고 규정하고 있다. 다음으로 일건 기록에 의하여 제5주유소 및 제2주유소가 신축되어 등기 등이 된 경위를 보면, 제5주유소는 1992. 9. 8. 청구 외 ‘ㅇㅇㅇ’ 명의의 주유취급소 설치허가가 되었던 것이 1993. 7. 27. ‘합동 제5주유소 ㅇㅇㅇ’ 명의로 지위승계되었고 1992. 4. 8. ‘ㅇㅇㅇ’ 명의로 건축허가가 되었고(허가청은 각 ㅇㅇㅇ소방서장 및 ㅇㅇㅇ시장임) 제5주유소 건축과정에서 청구인이 공급받는 자로 된 세금계산서가 수수되었으며 1993. 2. 27. 준공에 이어 같은 해 9. 3. ‘ㅇㅇㅇ’ 명의의 소유권보존등기가 되었다가 이 사건 부과처분일(1997. 10. 2.) 이후인 1997. 10. 22.자의 진정한 등기명의의 회복을 원인(ㅇㅇ지방법원 ㅇㅇㅇ지원의 인낙조서에 의함)으로 하여 1998. 2. 16. 청구인에게 소유권이전등기되었다. 제2주유소는 1985. 3. 20. 타인명의의 주유취급소 설치허가가 되었던 것이 1990. 12. 11. ‘합동 제2주유소 ㅇㅇㅇ’ 명의로 지위승계되었으며 1995. 10. 6. ‘ㅇㅇㅇ’ 명의로 건축허가(기존 주유소건물이 1985. 6. 3. 설치되었으므로 사실상 개축허가라 할 것임)가 되었고(허가청은 각 ㅇㅇㅇ소방서장 및 ㅇㅇㅇ시장임) 그 건축과정에서 청구인이 공급받는 자로 된 세금계산서가 수수되었으며 1996. 2. 26. 준공되어 같은 해 10. 24. ‘ㅇㅇㅇ’ 명의로 소유권보존등기가 되었다가 같은 해 12. 31. 창고용건물 15.45㎡가 중축된 후 당초 준공된 부분과 증축부분 모두가 1998. 2. 16. 제5주유소와 같은 경위로 청구인에게 소유권이전등기가 되었으며, 위 제5주유소 및 제2주유소는 청구인이 운영하고 그 유류판매수입금은 청구인의 수입금으로 귀속되고 있다. 청구인은 제5주유소 및 제2주유소 외에 ㅇㅇ도 ㅇㅇㅇ시 ㅇㅇ동 ○○번지에 ㅇㅇ주유소(본점)를 설치운영하고 있고 청구 외 ㅇㅇㅇ는 청구인과 달리 ㅇㅇ도 ㅇㅇ군 ㅇㅇ면 ㅇㅇ리 ○○번지에 ㅇㅇㅇ주유소를 독립적으로 설치운영하고 있으며 청구인은 청구 외 ㅇㅇㅇ에게 제2주유소의 임차료 명목으로 1993사업연도부터(청구인의 주장으로는 1992. 9월부터) 1996사업연도까지 사이에 매월 300,000원씩, 합동주유소(본점)의 임차료 명목으로 역시 1993사업연도부터(청구인의 주장으로는 1986. 3월부터) 1996사업연도까지 사이에 매월 500,000원씩 지급하였음이 관련 사업자등록증 사본 및 장부에 의하여 인정된다. 위와 같은 사실에 대하여 청구인은 제5주유소 및 제2주유소를 신축하여 청구인의 장부 및 재무제표에 등재한 후 사용수익하고 있으므로 이 재산이 청구 외 ㅇㅇㅇ에게 귀속된 것이 아니며 다만, 착오에 의하여 청구 외 ㅇㅇㅇ 명의로 각 소유권보존등기된 것을 발견하고 청구인 명의로 소유권이전등기를 함으로써 바로 잡았다는 것이며, 처분청은 제5주유소 및 제2주유소의 부속토지의 소유자가 청구인이 아니라 청구 외 ㅇㅇㅇ란 점과 관련 건축물관리대장 및 부동산등기부에도 제5주유소 및 제2주유소가 ㅇㅇㅇ 명의로 등재되거나 등기되어 있는 점과 이 주유소건물 사용에 대한 임차료 명목으로 청구인이 청구 외 ㅇㅇㅇ에게 매월 500,000원씩 지급하고 있는 점 등으로 보아 청구인이 제5주유소 및 제2주유소를 신축하는 과정에서 시공자에게 소요건축비를 지급할 때마다 실제는 그 지급액을 청구 외 ㅇㅇㅇ에게 상여처분한 경우이고 건축물 신축관련 부가가치세 매입세액 및 감가상각비도 청구인이 부담할 것이 아니라는 주장이다.

• 가. 첫째다툼에 대하여 살펴본다. 과세의 대상이 되는 재산 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용하도록 되어 있는바, 처분청은 제5주유소 및 제2주유소에 대한 건축허가내용과 신축 후 위 부동산들이 청구 외 ㅇㅇㅇ의 소유로 되어 있는 소유권보존등기내용 및 청구인이 청구 외 ㅇㅇㅇ에게 주유소건물 사용에 대한 임차료명목으로 매월 500,000원씩 지급하고 있는 사실만을 근거로 위 주유소는 청구 외 ㅇㅇㅇ가 건축주의 지위에서 건축한 것으로서 그 신축과정에서 소요되는 건축비는 청구인이 부담할 것이 아니라고 보아 이 사건 부가가치세 부과처분을 하였으나 실질소유자가 타인의 명의로 건축허가를 받아 건물을 신축한 후 이를 타인에게 명의신탁한 채 실질소유자의 지위에서 직접 사용 수익할 수도 있는 것이고 위 임차료 500,000원은 제5주유소 또는 제2주유소에 관련한 것도 아니므로(청구인은 1993 사업연도부터 1996사업연도까지 사이에 제2주유소 임차료 명목으로 청구 외 ㅇㅇㅇ에게 매월 300,000원씩 지급하였으나 제2주유소의 신축건물이 1996. 2. 26. 준공되었음에도 그 전후를 통하여 임차료 규모의 변동이 없는 것으로 보아 이는 제2주유소 부속토지에 대한 사용료로 인정된다) 위와 같은 사실만으로 위 주유소 신축과정에서 소요된 건축비를 청구인이 부담할 것이 아니라고 보는 것은 옳지 않으며, 다른 한편 위 주유소에 대한 주유취급소 설치허가내용이 ‘ㅇㅇㅇ주유소 ㅇㅇㅇ’ 명의가 아니라 청구인의 각 사업장 명칭인 ‘합동 제5주유소 ㅇㅇㅇ’ 및 ‘합동 제2주유소 ㅇㅇㅇ’ 명의인 점과, 위 주유소신축과정에서 시공자와 시공계약을 한 당사자가 청구인인 점과, 청구인이 시공자에게 건축비를 직접 지급하고 그 지급내용과 자산형성내용을 장부 등에 기장관리하고 있을 뿐 아니라 신축완료된 위 주유소를 직접 사용수익하면서 이에 관련한 감가상각비도 재무제표상 손금으로 관리하고 있는 점 등을 모두 미루어 보면 청구인은 제5주유소 및 제2주유소를 직접 신축하여 자기의 사업을 위하여 사용수익하고 있다고 할 것이므로 청구인이 그 신축에 관련하여 부담하였다는 부가가치세 매입세액은 ‘자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액’이라고 하겠다.
• 나. 둘째다툼에 대하여 살펴본다. 제5주유소는 첫째다툼에서 살펴본 바와 같이 청구인이 자기의 사업을 위하여 신축한 것이라 할 것이므로 법인소득계산상 동 제5주유소와 관련하여 청구인이 손금산입한 감가상각비 33,481,324원은 ‘그 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액’이라 하겠다.
• 다. 셋째다툼에 대하여 살펴본다. 먼저 본 바와 같이 청구인이 그 법인소득계산상 제5주유소와 관련하여 손금산입한 감가상각비는 33,481,324원임에도 처분청에서 이보다 30,062,077원이 많은 63,543,401원을 손금부인하여 익금산입하였는바, 결국 30,062,077원을 손금부인 및 익금산입한 부분에 대하여는 처분청에서 정당한 근거를 제시하지 못하고 있으므로 부당하다고 하겠다.
• 라. 넷째다툼에 대하여 살펴본다. 제5주유소 및 제2주유소는 첫째다툼에서 살펴본 바와 같이 청구인이 자기의 사업을 위하여 신축한 후 직접 사용수익하고 있다고 할 것이므로 그 부동산이 청구 외 ㅇㅇㅇ 명의로 소유권보존등기된 때에 실질소유자인 청구인이 청구 외 ㅇㅇㅇ에게 증여한 것으로 보아 동 ㅇㅇㅇ에게 증여세를 부과하여야 할지는 별론으로 하더라도 제5주유소 공사비 315,323,740원 및 제2주유소 공사비 122,760,630원이 청구 외 ㅇㅇㅇ에 대한 상여로 처분된 것이라고는 볼 수 없다고 하겠다.

그렇다면 처분청이 제5주유소 및 제2주유소가 실질적으로 청구 외 ㅇㅇㅇ에게 귀속된 것으로 보아 한 이 사건 부가가치세 부과처분, 이 사건 법인세 부과처분 및 이 사건 소득처분은 부당하고 이 사건 심사청구는 이유 있으므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.