조합아파트의 취득가액을 국세청 예규를 적용하여 산정한 것이 정당한지의 여부

심사청구를 기각한다.

청구인이 조합아파트인 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 ㅇㅇㅇ아파트 ○동 ○호(전용면적 84.95㎡, 공용면적 24.82㎡, 대지면적 38.06㎡, 이하 ‘이 사건 아파트’라 한다)의 토지부분을 1989. 4. 10. 취득한 다음 그 지상에 건축된 이 사건 아파트를 1991. 11. 9. 취득한 후 1994. 12. 23. 양도하면서 양도소득세 신고를 하지 아니한 데 대하여, 처분청은 기준시가에 의하여 그 양도소득금액을 산출하면서 그 양도가액은 국세청이 고시한 기준시가를 적용하여 112,000,000원으로 계산하고 그 취득가액은 구 소득세법시행령(1994. 12. 31. 대통령령 제14467호로 전면 개정되기 전의 것) 제115조 제5항의 규정 및 조합아파트의 취득가액 산정방법에 관한 국세청 예규인 1997. 1. 21. 개정, 재일 46014-1039호(이하 '위 국세청 예규'라 한다)의 산식을 참작하여 62,492,725원으로 계산한 다음 그 결과에 따라 1998. 1. 6.자로 청구인에 대하여 양도소득세 12,040,850원(가산세 2,006,808원 포함)을 부과, 고지하는 처분(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다)을 하였다.

청구인은 처분청이 청구인에 대하여 한 이 사건 부과처분을 감액경정 하게 하여 달라는 취지의 청구를 하면서 그 이유로서, 이 사건 부동산의 취득가액은 위 구 소득세법시행령 제115조 제5항 의 규정에 의하여 국세청장이 최초 고시한 기준시가 × 건물 취득 당시 토지의 과세시가표준액 + 건물 취득 당시 건물의 과세시가표준액 최초 기준시가 고시 당시 토지의 과세시가표준액 + 최초 기준시가 고시 당시 건물의 과세시가표준액 의 산식에 의하여 계산한 가액에 의하여야 하고 이와 같이 계산할 경우에 그 취득가액은 85,715,866원으로 계산됨에도 처분청이 상위법령의 근거나 위임도 없이 ㅇㅇㅇ의 내규에 불과한 위 ㅇㅇㅇ 예규의 규정을 적용함으로써 이 사건 아파트의 취득가액을 62,492,725원으로 계산하여 이 사건 부과처분을 한 것은 위법한 것일 뿐 아니라, 1994. 12. 23.에 양도한 이 사건 아파트의 취득가액을 산정하면서 1997. 1. 21.에 개정된 위 ㅇㅇㅇ 예규를 적용한 것은 소급과세금지의 원칙에 반하는 것이므로 취소하여야 한다고 주장한다.

이 사건 심사청구의 다툼은 조합아파트인 이 사건 아파트의 취득가액을 1997. 1. 21.자로 개정된 위 국세청 예규를 적용하여 계산하고 그 결과에 따라 이 사건 부과처분을 한 것이 정당한지의 여부에 있다. 우선 관계 법령의 규정을 보면, 양도자산의 취득가액 결정에 관하여 구 소득세법(1994. 12. 22. 법률 제4803호로 전면 개정되기 전의 것) 제23조 제1항 제1호, 제4항 제1호 본문 및 제45조 제1항 제1호 (가)목 본문의 각 규정에 의하면 토지 또는 건물의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대한 양도차익을 계산함에 있어서 그 양도가액은 당해 자산의 양도 당시의 기준시가에 의하고 그 취득가액은 당해 자산의 취득 당시의 기준시가에 의하도록 되어 있고, 제60조의 규정에 의하면 위 기준시가의 결정은 대통령령이 정하는 바에 의하도록 되어 있으며, 그 위임을 받은 구 같은 법 시행령 제115조 제1항 제1호 본문의 규정에 의하면 토지의 기준시가는 ㅇㅇㅇ장이 지정하는 지역에 있어서 배율방법에 의하여 평가한 가액에 의하는 경우를 제외하고는 개별공시지가에 의하도록 되어 있고, 제1호의2 (나)목의 규정에 의하면 ㅇㅇㅇ장이 지정하는 지역 안에 있는 공동주택의 기준시가는 양도자산의 종류․규모․거래상황 등을 참작하여 ㅇㅇㅇ장이 평가하여 고시한 가액으로 하도록 되어 있으며, 제2항의 규정에 의하면 건물에 부수되는 토지를 공유로 하고 건물을 구분소유하는 공동주택 등으로서 ㅇㅇㅇ장이 지정하는 지역 안에 있는 공동주택 등의 기준시가는 ㅇㅇㅇ장이 당해 부속토지와 건물의 가액을 일괄하여 평가․고시한 때에는 위 제1항 제1호 및 제1호의 2의 규정에 불구하고 그 평가․고시한 가액을 당해 공동주택 등의 기준시가로 하도록 되어 있고 제5항의 규정에 의하면 제1항 제1호의2 (나)목 및 제2항의 규정에 의하여 ㅇㅇㅇ장이 지정한 지역에 있는 자산으로서 취득 당시에는 그 지역에 해당하지 아니하는 경우 취득 당시의 기준시가는 국세청장이 당해 자산에 대하여 최초로 고시한 기준시가 × 취득 당시의 과세시가표준액 당해 자산에 대한 국세청장의 최초의 기준시가 고시 당시의 과세시가표준액(최초의 기준시가 고시 당시의 과세시가표준액과 취득 당시의 과세시가표준액이 동일한 경우에는 제3항의 규정을 준용한다) 의 산식에 의하여 계산한 가액으로 하도록 되어 있다. 다음, 청구인이 이 사건 아파트를 취득하고 양도한 경위 및 처분청이 이 사건 부과 처분을 하게 된 경위 등 사실 관계를 보면, 청구인은 이 사건 아파트가 소재한 토지부분을 1989. 4. 10.에 취득한 후 그 지상에 건축된 주택조합아파트인 이 사건 아파트의 건물부분을 1991. 11. 9. 취득한 다음 1994. 12. 23.에 위 토지 및 건물부분을 일괄 양도한 사실, 이 사건 아파트는 국세청장에 의하여 1993. 2. 1. 최초로 지정지역으로 고시되었고 이후 1994. 7. 1. 2차 고시가 있었는 데 그 고시가격은 변동 없이 112,000,000원이었던 사실, 또한, 지방세 과세시가표준액에 의한 위 토지 및 건물부분의 가액을 보면 위 토지부분의 취득 당시 가액은 2,789,200원(73,400원/㎡), 위 건물부분의 취득 당시 위 토지부분의 가액은 6,384,000원(168,000원/㎡), 위 건물부분의 가액은 12,498,240원(전용부분 및 공용부분 중 주차장 13.24㎡를 제외한 부분은 122,000원/㎡, 주차장부분은 109,000원/㎡ x 50%)이었고 위 최초 지정지역 고시 당시 위 토지부분의 가액은 10,412,000원(274,000원/㎡), 위 건물부분의 가액은 13,321,140원(전용부분 및 공용부분 중 주차장 제외부분은 138,000원/㎡, 주차장부분은 124,000원/㎡ x 0%)이었던 사실, 또한, 위 토지부분의 기준시가는 그 취득 당시에는 15,184,800원이었고 위 건물부분의 취득 당시에는 41,800,000원이었던 사실, 처분청은 이 사건 아파트의 양도소득금액을 계산하면서 그 양도가액은 양도 당시의 위 지정지역 고시가격인 112,000,000원을 적용하고 그 취득가액은 위 구 소득세법시행령 제115조 제5항 의 규정을 기초로 위 국세청 예규에 규정되어 있는 1995. 12. 31. 이전 양도분 조합아파트의 취득가액 산정방법에 관한 산식을 참작하여 (국세청장이 최초 고시한 기준시가 × 건물 취득 당시 (토지+건물) 과세시가표준액 합계액)

• (건물 취득 당시 토지의 기준시가

• 토지 취득 당시 토지의 기준시가) 최초 고시 당시 (토지+건물) 과세시가표준액 합계액 의 산식에 의하여 환산한 가액인 62,492,728원을 적용하여 그 양도소득금액을 계산하고 그 결과에 따라 이 사건 부과처분을 하기에 이른 사실을 일건 기록에 의하여 인정할 수 있다. 살피건대, 기준시가가 고시된 공동주택에 관하여 구 소득세법시행령 제115조 제5항 의 규정에 의한 취득 당시의 기준시가 환산식을 적용함에 있어 토지를 먼저 취득하고 건물을 나중에 취득한 경우에는 ㅇㅇㅇ장이 최초 고시한 기준시가에서 나대지 상태의 지가상승분과 공동주택 취득 후의 가액상승분을 역산하여 취득 당시의 가액으로 환산함이 위 법령의 내용에 부합된다 할 것인바, 이와 달리 토지와 건물을 건물 취득 당시에 동시에 취득한 것처럼 의제함으로써 실제의 사실과 부합되지 아니하는 임의의 산식을 만들고 이를 적용하여 이 사건 아파트의 취득가액을 환산하여야 한다고 하는 청구인의 주장은 받아들일 수 없는 것이라 하겠다. 또한, 위 ㅇㅇㅇ 예규는 과세관청 내부에 있어서 세법의 해석기준 및 집행기준을 시달한 행정규칙으로서 대외적으로 국민을 기속하는 효력이 있는 법규가 아니므로 이 사건 부과처분이 청구인의 납세의무 성립 당시의 조세법규에 근거하고 있는 이상 그 해석과 관련하여 그 후에 개정된 예규의 내용을 참작하였다 하더라도 그 점만으로 소급과세라 할 수 없음은 물론 잘못이라 할 수도 없으므로 이 사건 부과처분이 소급과세라는 청구인의 주장도 이유 없는 것이라 하겠다.

그렇다면 처분청이 위 ㅇㅇ청 예규를 참작하여 이 사건 아파트의 취득가액을 산정함으로써 이 사건 부과처분을 한 것은 정당하고 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.