신고 누락된 방제작업 인건비 등 원가의 손금계상여부

심사청구를 기각한다.

청구인은 해양방제작업 등을 하는 종합해운 용역업체로서 1997. 5월 ㅇㅇ지방검찰청 ㅇㅇ지청으로부터 압수수색을 받던 중 청구인의 1995사업연도 비밀 장부(이하 ‘비장’이라 한다)가 발견되어 처분청은 이를 인계받고 해양방제작업 등에 따른 매출액은 청구인이 당초 세무신고한 내용을 기준으로 하고 비용은 청구인이 보관하고 있던 비장인 용역원가 및 일반관리비 장부에서 지출로 기재된 내용과 청구인이 당초 세무신고시 미지급비용으로 신고한 금액을 합한 금액으로 보아 당기순이익을 다시 계산한바, 영업이익을 614,923,544원 상당 과소 계상하였다고 판단하고 1997. 7. 16. 법인세 237,249,070원, 농어촌특별세 13,431,730원을 부과·고지하고 위 과소 계상된 금액 614,923,544원은 대표이사에 대한 인정상여로 보아 1997. 11. 15. 근로소득세 294,448,720원을 부과·고지하는 처분(위 법인세, 농어촌특별세 및 근로소득세 부과처분을󰡐이 사건 부과처분󰡑이라 한다)을 하였다.

청구인은 처분청이 과소계상 되었다고 본 영업이익 614,923,544원에서 비용계상이 누락된 494,630,000원을 차감한 120,293,544원만을 누락된 소득으로 간주하여 기납부한 법인세 237,249,070원 중 190,837,558원, 농어촌특별세 13,431,730원 중 10,804,166원을 환급하여야 하고 대표이사에게 인정상여로 본 금액도 614,923,544원에서 120,293,544원으로 변경되어야 한다고 주장하면서 그 이유로서 첫째, 처분청은 청구인이 작성한 비장인 금전출납부, 용역원가, 일반관리비 장부가 복식 부기체계가 아님에도 기장상태가 양호하다는 판단 하에 금전출납부에 지출로 표기된 것 중 용역 원가 및 일반관리비 장부에 지출로 이기된 것만을 비용의 전부라고 판단함으로써 1995. 12. 23. 및 같은 해 12. 26. ㅇㅇㅇ호 2차 방제작업과 관련된 인건비 및 어선비(이하 “2차분 방제작업비”라 한다) 각각 133,890,000원 및 16,180,000원 합계150,070,000원이 지출되었음이 금전출납부에 나타나고 있고 실수로 용역원가 장부에 이기를 누락한 것 뿐인데도 처분청은 이 사건 부과처분을 위한 손익계산서 재작성시 동액 상당을 비용으로 인정하지 아니 하였으며, 둘째, ㅇㅇㅇ호 1,3,4차 방제작업과 관련된 인건비 및 어선비 (이하󰡒1,3,4,차분 방제작업비“라 한다) 344,560,000원은 1996. 1. 10.부터 같은 해 1. 26. 사이에 지급되었으므로 1995사업연도에는 미지급비용으로 처리하였어야 하는데도 당시 세무기장을 담당하였던 청구 외 ㅇㅇㅇ세무사의 오류로 1995사업연도에 현금 지급된 것으로 세무기장을 함으로써 1995사업연도 법인세 신고시 미지급비용에서 누락되었을 뿐만 아니라 처분청이 재작성한 손익계산서상의 용역원가에도 비용으로 반영되지 않는 등 ㅇㅇㅇ호 방제작업(1-4차)과 관련된 비용 총 494,630,000원 상당이 비용계상에서 누락되었으므로 이를 비용으로 인정해 주어야 한다고 주장한다.

이 사건 심사청구의 다툼은 ㅇㅇㅇ호 방제작업(1-4차분)과 관련된 인건비 및 어선비 등의 원가가 손금계상되지 않았는지 여부에 있다. 먼저, 관계 법령의 내용을 살펴보면, 법인세법 제9조 제1항 및 같은 법 제32조 제2항 제1호의 규정에 의하면 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액에서 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다고 규정하고 있고 정부는 같은 법 제26조의 규정에 의한 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때에는 당해 법인의 법인세 과세표준과 세액을 경정하도록 규정하고 있다. 다음으로, 처분청의 이 사건 부과처분의 경위 및 청구인이 주장하는 부분의 수입금액 계상내용 등을 보면, 청구인은 1997. 5.일자미상 ㅇㅇ지방검찰청 ㅇㅇ지청으로부터 조세범처벌법위반 및 배임증재 등의 혐의로 압수수색을 받던 중 1995사업연도 법인세 과세표준 및 세액신고서의 계산근거가 된 세무장부 이외에 별도로 현금주의에 의하여 작성된 금전출납부, 일반관리비, 용역원가 3가지 장부로 된 비장이 발견되어 처분청에서 동 비장에 의거 1995사업연도의 과세소득을 재계산하게 되었다. 처분청이 재계산한 과정을 보면, 청구인이 당초 신고한 손익계산서상의 용역원가 6,658,405,667원, 판매비와 일반관리비 451,989,029원, 당기순이익 477,334,980원은 비장과 현저한 차이를 보이고 있고 그 과목도 일치하지 않아 부득이하게 신고내용을 부인하고 현금주의에 의하여 작성된 비장에 의한 경비와 미지급 비용 등을 계상하여 용역원가는 5,852,630,471원, 판매비와 일반관리비는 638,638,299원으로 하는 등으로 당기순이익을 1,092,258,524원으로 산출하고 그 차액 614,923,544원을 익금가산하여 이를 대표자 상여로 처분하였다. 한편 청구인이 당초 세무신고할 때의 ㅇㅇㅇ호 방제작업과 관련된 수입금액은 1995. 11. 30. 1차분 105,398,559원, 같은 해 12. 22. 2차분 181,776,714원, 같은 해 12. 23. 3차분 222,033,357원, 같은 해 12. 30. 4차분 149,818,557원 등 합계 659,027,187원이며 이에 대응되는 비용은 현금출납장에 의하면 별지 “ 청구인 ㅇㅇㅇ호 경비 지급 명세서”와 같이 재료비를 제외하고 합계 539,162,000원을 현금지급 하였다고 기장하였는데 비장인 현금출납부에는 1995.12. 23. 방제노임 지급 133,890,000원, 12. 26. 노임지급 16,180,000원으로 나타나고 있고 비장인 용역원가의 잡급노임에 12. 22. 방제작업인건비 및 용역비 50,070,000원 및 31,706,714원 등 합계 81,776,714원(2차분 수입금액 181,776,714원 대비 100,000,000원이 모자람)이 발생한 것으로 기재하고 그 중 16,180,000원을 12. 26. 지급한 것으로 나타나고 있어 청구인이 신고한 과세표준의 산출기초가 되는 현금출납부상의 경비지급내용과 비장의 현금출납부상 경비지급 내용과는 현저한 차이를 보이고 있다. 이와 같이 장부상의 중요부분이 사실과 다를 때에는 추계결정의 사유에 해당하나 처분청에서는 비장들에 의하여 사업소득을 계산할 수 있다고 보아 청구인이 신고한 경비를 부인하고 현금지급기준에 작성된 비장에 의하여 용역원가를 다시 계상하고 이 중 청구인이 미지급금으로 계상한 2,728,953,773원을 포함하여 합계 5,852,630,471원을 용역원가로 계상하여 1995사업연도 과세표준 및 세액을 계상하였으나 1996사업연도 법인세 과세표준에 대하여는 별도의 경정조사를 하지 않았다. 한편, 청구인은 조세범처벌법 위반혐의로 기소되어 1997. 11. 5. ㅇㅇ지방법원 ㅇㅇ지원에서 판결을 받았는바, 그 내용을 살펴보면 작업인부들의 노임 및 자재비 등 용역원가를 과다 계상하여 영업이익을 줄이고 법인세를 포탈하기로 마음먹고 1995사업연도의 용역원가가 5,852,630,471원임에도 1995. 12. 12. 청구인의 사무실에서 실제 지불되지 않은 145,470,000원의 노임 출금 전표를 작성하여 청구인의 세무기장 대리인인 청구 외 ㅇㅇㅇ세무사에게 제출하여 동 인으로 하여금 위 출금전표에 의하여 용역원가를 기재하게 하는 방법으로 용역원가가 실제보다 614,923,544원이 많은 6,658,405,667원이 소요된 것으로 허위의 과세표준 및 세액신고서를 작성, 처분청에 제출하게 하여 법인세 등을 포탈한 것을 확인하고 벌금 20,000,000원에 처하도록 판결하였고 법정에서 청구인은 1997. 9. 18. 제출한 이 사건 심사청구 내용과는 달리 위 판시내용과 부합되는 진술을 하였고 당시 세무기장을 담당하였던 청구 외 ㅇㅇㅇ세무사 등도 위 판시내용과 부합되는 진술을 한 것으로 되어있다. 또한 청구인은 위 판결을 받은 후 항소를 하면서 항소이유로 매출액의 약 10%정도에 해당하는 접대비 등의 부대비용을 줄이기 위하여 위 판시된 내용과 같이 조세포탈을 하게 되었으나 벌금 20,000,000원의 형은 너무 무겁다고 주장하였고 ㅇㅇ지방법원에서는 1998. 2. 9. 청구 주장 이유 없다고 보아 기각을 함으로써 벌금 20,000,000원의 형이 확정되었음이 관계 서류에 의하여 인정된다 살피건대, 청구인은 2차분 방제작업비 150,070,000원을 1995. 12. 23.자 133,890,000원, 1995. 12. 26.자 16,180,000원을 지급하였음에도 비장인 용역 원가장부에 이기되지 않아 처분청에서 손익계산서 재작성시 비용 인정을 받지 못했다고 주장하나 위 인정사실에서 본 바와 같이 비장의 기재내용에 의하면 2차분 수입금액 181,776,714원인 데 비장에 같은 해 12. 22. 방제작업인건비 및 용역비 원가를 50,070,000원 및 31,706,714원 등 합계 81,776,714원을 기재하여 수입금액과 100,000,000원의 차이가 나고 그 중 같은 해 12. 26.자로 16,180,000원(처분청에서 용역원가 경비로 인정한 것임)을 지급하였다는 것이니 청구인이 용역원가로 지불하였다는 133,890,000원은 현금지급 되었으나 비장상의 경비에도 계상되지 않아 사외 유출된 것으로 인정되며 이와 같은 상황에서 처분청의 조사과정을 보면 청구인이 기장한 비장에 의하여 과세표준을 계상한 것이므로 비장기재 자체를 부인하는 경우에는 추계결정 할 수밖에 없어 비장인 용역원가에 기재한 금액을 비용으로 계상한 처분청의 처분은 정당하다 할 것이다. 또한 ㅇㅇㅇ호 1,3,4차 방제작업과 관련된 인건비 및 어선비 344,560,000원은 1996사업연도에 지급하여 1995사업연도에는 미지급비용으로 처리하였어야 하는데도 당시 세무기장을 담당하였던 청구 외 ㅇㅇㅇ세무사의 오류로 1995사업연도 법인세 신고시 미지급비용에서 누락되었기 때문에 비용으로 인정하여야 한다고 주장하나 위 사실 관계에서 본 바와 같이 청구인은 1995사업연도 법인세 과세표준 산정의 근거가 되는 장부 및 기재내용이 실제와 현저하게 다르고 이 사건 청구를 하면서도 1995사업연도의 실제 발생된 경비를 장부와 증빙에 의하여 소득금액의 계산근거를 제시하지 못하고 그 중 일부만을 제시한 것으로 이에 의하여 1995사업연도의 소득을 재계산할 수 없을 뿐 아니라 처분청에서 신고한 과세표준의 기초가 되는 장부와 실제 비장이 현저한 차이를 보이고 있어 부득이하게 1995사업연도의 과세표준계산시 현금지급기준에 의하여 작성된 비장에 의하여 모든 원가를 계상하였는데 그 근거가 되는 비장에서 기재누락 되었다거나 계정정리를 잘못하였다는 등의 사유를 들어 1995사업연도의 과세표준을 경정하여 달라는 청구 주장은 받아들일 수 없다.

그렇다면 처분청이 비장에 의하여 과세표준 및 세액을 재계산하여 한 이 사건 부과처분은 정당하고 이 사건 심사청구는 이유 없다 할 것이므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.