기업합리화적립금을 적립하여야 할 법인이 감면세액이 발생한 당해 사업연도가 경과한 후에 적립한 데 대하여 이를 추징하는 처분을 한 것이 정당한지의 여부

처분청은 1997. 12. 15.자로 청구법인에 대하여 한 법인세 계 193,928,940원(1992사업연도 귀속분 112,810,400원, 1993사업연도 귀속분 44,908,690원, 1994사업연도 귀속분 36,209,850원)의 부과처분을 취소하여야 한다.

농공단지입주기업인 청구법인은 1995. 12. 2. 처분청으로부터 1992사업연도 내지 1994사업연도 귀속분 법인세 경정고지를 받아 구 조세감면규제법(1995. 12. 29. 법률 제5038호로 개정되기 전의 것) 제50조 제1항의 규정에 의하여 그 증액된 법인세에 대한 계 152,495,684원의 추가감면세액(이하 ‘위 감면세액’이라 한다)이 발생되어 이를 기업합리화적립금으로 적립하여야 하게 되었는데 위 감면세액이 발생한 당해 사업연도에 이를 적립하지 않았다가 1997. 7. 7. 처분청에 법인세과세표준 및 세액 수정신고서를 제출하면서 같은 해 4. 3. 개최된 임시주주총회의 결의에 의하여 이를 적립하였다고 신고한 데 대하여 처분청은 위 감면세액을 1995사업연도에 기업합리화적립금으로 적립하였어야 하고 그 적립에 관한 사항은 수정신고의 대상이 되지 아니한다고 보아 같은 해 12. 15.자로 청구법인에 대하여 위 감면세액에 관하여 법인세 계 193,928,940원(1992년도 귀속분 112,810,400원, 1993년도 귀속분 44,908,690원, 1994년도 귀속분 36,209,850원)을 부과, 고지하여 추징하는 처분(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다)을 하였다.

청구법인은 처분청이 청구법인에 대하여 한 이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구를 하면서 그 이유로서 청구법인은 단순한 실수로 1995사업연도에 기업합리화적립금을 적립하지 못하였을 뿐 적립하여야 할 이익금은 사내유보되고 있었고 이 사건 부과처분 이전인 1997. 4. 3. 임시주주총회를 거쳐 이를 적립한 후 처분청에 수정신고를 하였으므로 기업합리화적립금을 적법하게 적립하였다 할 것임에도 처분청에서 청구법인이 기업합리화적립금을 적립하지 아니하였다 하여 이 사건 부과처분을 하는 것은 부당하다고 주장한다.

이 사건 심사청구의 다툼은 청구법인이 위 감면세액이 발생한 당해 사업연도에 이를 기업합리화적립금으로 적립하지 아니하고 그 후의 사업연도에 이를 적립한 데 대하여 위 감면세액을 추징하는 이 사건 부과처분을 한 것이 정당한 것인지의 여부에 있다. 우선 관계 법령의 규정을 보면, 농공단지입주업체의 세액감면에 관하여 구 조세감면규제법 제50조 제1항 및 제6조 제1항의 각 규정에 의하면 농공단지 안에서 농어촌소득원개발사업을 영위하는 내국인에 대하여는 당해 공장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면하도록 되어 있고, 그 감면세액에 대한 기업합리화적립금의 적립에 관하여 제123조 제1항의 규정에 의하면 위 제50조 등의 규정에 의하여 세액감면 등을 적용받는 내국법인은 당해 사업연도의 이익금처분에 있어서 그 공제받은 세액에서 당해 공제받은 세액에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하도록 되어 있으며, 제2항의 규정에 의하면 위 제1항의 규정에 의하여 기업합리화적립금을 적립하여야 할 자가 이를 적립하지 아니한 경우에는 위 세액감면 등을 적용하지 아니하고, 다만 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다고 되어 있고, 구 같은 법 시행령(1995. 12. 30. 대통령령 제14869호로 개정되기 전의 것)제108조 제1항의 규정에 의하면 법 제123조 제2항 단서에서 “대통령령이 정하는 경우”라 함은 기업회계상 처분가능이익이 당해 연도에 적립하여야 할 기업합리화적립금에 미달함으로써 그 미달하는 부분에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하지 못한 경우 또는 내국법인이 당해 과세연도의 결산확정일(법인세법 제26조 제1항 의 결산확정일을 말한다) 이후 세무조정으로 인하여 당해 과세연도에 적립하여야 할 기업합리화적립금이 증액된 경우를 말한다고 되어 있으며 구 조세감면규제법 제123조 제3항의 규정에 의하면 위 기업합리화적립금은 이월결손금의 보전 또는 자본에의 전입에 해당하는 경우를 제외하고는 이를 계속하여 적립하여야 한다고 되어 있다. 또한, 수정신고제도에 관하여 국세기본법 제45조 제1항 은 “과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자는 다음 각 호의 1에 해당하는 때에는 그 관할세무서장이 각 세법의 규정에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지를 하기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준과 세액에 미달하는 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액을 초과하는 때“라고 규정하고 있다. 다음, 청구법인이 감면받은 세액에 관하여 미적립하고 있던 기업합리화적립금을 적립한 경위와 처분청이 그 감면세액을 추징하는 이 사건 부과처분을 하게 된 경위 등 사실 관계를 보면, 청구법인은 농어촌소득원개발사업촉진법상의 농공단지에 입주하고 있으면서 조세감면규제법 제50조에서 정한 농공단지입주기업에 대한 세액감면을 받고 있는 기업인 사실, 청구법인은 1994. 5. 31.에 1992사업연도에 관한 법인세 수정신고를 하면서 법인세 27,293,365원의 증액신고를 하였고 그 후 1995. 10월 내지 11월경에 실시된 ㅇㅇㅇㅇ국세청의 법인세조사를 통해 같은 해 12. 2.자로 1992사업연도부터 1994사업연도까지에 관한 법인세 경정고지를 받음에 따라 1992사업연도에 계 87,621,608원(1994. 5. 31.자 수정신고하였던 세액에 관한 것 포함), 1993사업연도에 35,915,462원, 1994사업연도에 28,958,614원, 계 152,495,684원의 추가감면세액이 발생하여 위 감면세액을 기업합리화적립금으로 적립하여야 할 사유가 발생하였으나 차기이월이익잉여금이 1,537,554,056원이던 1995사업연도의 이익금 처분시인 1996. 3. 30. 및 차기이월이익잉여금이 1,911,894,072원이던 1996사업연도의 이익금 처분시인 1997. 3. 29.에 이르기까지 이를 적립하지 않고 있었던 사실, 한편, 위 청구법인은 이익금의 처분에 관하여 1995사업연도에 기업합리화적립금으로 143,896,000원을 적립하고 1996사업연도에 기업합리화적립금으로 189,200,000원을 적립한 외에는 달리 이익금 처분을 하지 않았고 사외 유출한 금액도 없었던 사실, 그 후 청구법인은 1997. 4. 3.자로 개최된 임시주주총회의 결의에 의하여 위 감면세액에 관하여 1995 사업연도 및 1996사업연도에 계 200,000,000원의 기업합리화적립금을 적립하는 결의를 하고 그 결의내용에 따라 1992사업연도에 87,900,000원, 1993사업연도에 36,000,000원, 1995사업연도에 76,100,000원 계 200,000,000원의 기업합리화적립금을 적립한 후 1997. 7. 7. 처분청에 법인세 과세표준 및 세액 수정신고서를 1995사업연도와 1996 사업연도의 수정된 이익잉여금처분계산서 및 기업합리화적립금명세서 등 부속서류와 함께 제출하면서 위 감면세액을 기업합리화적립금으로 적립하였다고 신고한 사실, 이에 처분청은 청구법인이 위 감면세액이 발생된 1995사업연도에 적립하였어야 할 기업합리화적립금을 당해 사업연도에 적립하지 아니하였음을 이유로 이 사건 부과처분을 하기에 이른 사실을 일건 기록에 의하여 인정할 수 있다. 살피건대, 조세감면규제법이 감면세액을 기업합리화적립금으로 적립하도록 규제하고 있는 취지는 정부가 중요산업 등의 육성을 위한 조세특례로서 내국법인에게 각종 소득공제나 세액공제 또는 세액감면의 혜택을 주는 경우에 그 금액을 이익금 처분에 있어서 기업합리화적립금으로 사내에 유보시키고 세법상 그 사용에 일정한 제한을 가함으로써 당해 기업의 재무구조를 개선하고 중요산업 등의 재정적 기반을 공고히 하려는데에 있다고 할 것이다. 이러한 취지에 비추어 볼 때 감면세액 등이 발생한 당해 사업연도에 이를 기업합리화적립금으로 적립하지 아니하였더라도 당해 사업연도가 경과한 후에 이를 적립하지 아니한 사실을 발견하여 그 감면세액 등을 추징하는 과세처분이 있기 전에 이를 기업합리화적립금으로 적립하였다면 그 법인은 이를 수정신고하였는지 여부에 관계없이 적법하게 기업합리화적립금을 적립하였다고 볼 수 있다 할 것이고 청구 법인의 경우에 위 감면세액을 기업합리화적립금으로 적립하여야 하는 당해 사업 연도의 처분가능이익을 사외 유출시켰던 것도 아니므로 청구법인이 위 감면세액을 그 감면세액이 발생한 당해 사업연도에 기업합리화적립금으로 적립하지 아니하였다는 사유만으로 처분청이 위 감면세액을 추징하는 이 사건 부과처분을 한 것은 잘못이라 할 것이다.

그렇다면 처분청이 위 감면세액을 추징하는 이 사건 부과처분을 한 것은 부당하다 할 것이고 이 사건 심사청구는 이유 있다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.