공공보조금 해당 여부 판단

처분청이 1997. 9. 13.자로 청구인에 대하여 한 부가가치세 376,000,700원의 부과처분에 관하여 그 과세표준에서 적자보전보조금 957,878,000원을 공제하고 그 결과에 따라 과세표 준 및 세액을 경정하여야 한다. 나머지 청구를 기각한다.

처분청은 청구인이 ㅇㅇ시 각 구청과 불법 주ㆍ정차차량 견인업무 대행계약을 체결하고 1994. 7. 1.부터 1996. 12. 31.까지 사이에 ㅇㅇ시 각 구청으로부터 불법주ㆍ정차차량 견인업무 수행에 소요된 비용명목으로 2,659,538,741원(이하 ‘견인대행보조금’이라 한다), 사업운영 과정에서 발생한 적자 보전 명목으로 957,878,000원(이하 ‘적자보전보조금’이라 한다)을 받는 등 합계 3,760,077,041원 상당의 수입(주차료 수입금액 142,660,300원 포함)이 있었음에도 부가가치세 신고시 위 금액을 과세표준에 포함하지 않고 신고하자 1997. 9. 13.자로 1994년 제2기 부가가치세 73,713,400원, 1995년 제1기 부가가치세 52,522,000원, 같은 해 제2기 부가가치세 107,514,390원, 1996년 제1기 부가가치세 52,541,000원 및 같은 해 제2기 부가가치세 89,709,910원, 합계 376,000,700원을 부과, 고지하는 처분(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다)을 하였다.

청구인은 처분청이 한 이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구를 하면서 그 이유로서 청구인은 ㅇㅇ시 각 구청의 업무인 불법 주ㆍ정차차량 견인업무를 대행하여 주고 위 업무수행에 직접 소요된 비용 성격의 견인대행보조금과 위 업무 수행과 관련하여 발생한 운영비 적자분을 보조하기 위하여 지급하는 적자보전보조금을 받은 것이므로 이는 공공보조금에 해당되어 부가가치세법 제13조 제2항 제4호 의 규정에 따라 부가가치세 과세표준에서 제외되는 것임에도 이 사건 부과처분을 한 것은 부당하고, 특히 운영비적자를 보조해주기 위하여 지급한 적자보전보조금을 용역제공에 대한 대가로 확대 해석하여 부가가치세를 부과한 것은 납득하기 어려운 처사라고 주장한다.

이 사건 심사청구의 다툼은 청구인이 ㅇㅇ시 각 구청으로부터 불법주ㆍ정차차량 견인대행업무와 관련하여 받은 견인대행보조금과 적자보전보조금 등이 부가가치세 과세표준에 포함되는지 여부에 있다. 먼저 관계 법령의 규정을 살펴보면, 부가가치세법 제1조 제1항 제1호 의 규정에 의하면 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 부과한다고 규정하고 있고 같은 조 제3항에서 “제1항에서 용역이라 함은 재화 이외의 재산적 가치가 있는 모든 역무 및 기타 행위를 말한다”라고 규정하고 있으며 같은 법 시행령 제2조 제1항에서 “법 제1조 제3항에 규정하는 용역은 다음 각 호의 사업에 해당하는 모든 역무 및 기타 행위로 한다”라고 규정하고 그 9호에서 “기타 공공서비스업ㆍ사회서비스업 및 개인서비스업”을 용역의 범위에 포함시키고 있다. 또한 같은 법 제2조 제1항의 규정에 의하면 영리목적의 유무에 불구하고 사업상 독립적으로 용역을 공급하는 자는 이 법에 의하여 부가가치세를 납부할 의무가 있다고 규정하고 있고 같은 조 제2항에서 “제1항의 규정에 의한 납세의무자에는 개인ㆍ법인(국가ㆍ지방자치단체와 지방자치단체조합을 포함한다)과 법인격 없는 사단ㆍ재단ㆍ기타 단체를 포함한다”라고 규정하고 있으며 같은 법 제13조 제1항에서 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 금전으로 받은 대가 등 제1항 각 호에 열거한 가액의 합계액으로 한다고 규정하고 있고 제2항 제4호에서는 국고보조금과 공공보조금은 과세표준에 포함하지 아니한다고 규정하고 있으며 같은 법 제12조 제1항 17호 및 같은 법 시행령 제38조에서 국가ㆍ지방자치단체ㆍ지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역과 대통령령이 정하는 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것은 부가가치세를 면제한다고 규정하고 이러한 단체와 용역의 범위를 별도로 정하고 있으나 청구인은 위 규정에서 정한 단체에 포함되지 않고 있다. 한편 불법주ㆍ정차차량에 대한 견인료의 징수와 견인대행비용의 지급은 ㅇㅇ시견인자동차운영에관한조례(1997. 4. 15. 조례 제2701호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘견인자동차운영조례’라 한다)에서 정하고 있는바, 제3조의 규정에 의하면 경찰서장 또는 구청장이 대상차량 종류 및 견인거리에 따라 견인료(기본요금 및 추가요금)를 정하여 납부고지서에 의하여 차량 소유자 또는 운전자에게 고지하도록 되어 있고, 제5조에서는 견인업무를 대행하는 법인 등에게는 위 견인료 중 견인통보ㆍ징수 등에 소요된 비용을 뺀 금액을 대행비용으로 지급할 수 있도록 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 법적성격과 처분청이 이 사건 부과처분을 하게 된 경위 등을 살펴보면, 청구인은 1993. 2. 17. 지방공기업법 제49조 에 근거하여 설립된 지방공사로 사업내용을 보면 주차장 설치 및 관리사업, 공영유료주차장의 수탁관리사업, 불법주ㆍ정차차량의 이동 및 보관업무 등의 대행사업을 하고 있고 1993. 2. 17. 발족된 후 같은 해 5월부터 이 사건 불법주ㆍ정차차량 견인업무를 대행하고 각 구청으로부터 견인대행료를 받아 왔으나 청구인이 부가가치세를 신고하면서 각 구청으로부터 받는 견인대행료를 부가가치세 과세표준에서 제외하여 신고한 데 대하여 1994. 4. 처분청에서 세무조사를 하면서 견인대행료를 부가가치세과세표준에 포함하여 부가가치세를 부과하자 청구인은 처분청에서 부과한 위 부가가치세는 납부하고 그 이후부터 ㅇㅇ시 각 구청과 불법주ㆍ정차차량견인업무대행협약을 체결하면서 견인대행료를 보조금 명목으로 받는 것으로 계약하였는바, 그 내용을 보면 청구인이 불법주ㆍ정차차량을 견인하고 견인대행 비용을 본 사업의 세입예산범위 내에서 월 1회 각 구청에 청구하면 각 구청은 해당금액을 청구인에게 보조금으로 지급(견인대행보조금)하며 청구인이 견인대행비로 운영비를 충당할 수 없을 경우 각 구청은 청구인의 지출사항을 확인하여 예산을 확보한 후 청구인에게 운영비를 지급(적자보전보조금)할 수 있도록 계약하였음을 알 수 있다. 한편, 각 구청은 당초 견인대행료를 세입세출외현금에서 지급하다가 1994. 4. 세무조사 이후부터는 세입세출추경예산에 보조금으로 편성(1994년분)하여 지급하거나 1995. 1. 15. 각 구청 주차장특별회계설치조례를 개정하여 불법주ㆍ정차단속에 필요한 운영비 및 주차위반과태료 부과징수에 필요한 경비를 세출예산에서 지출하도록 한 후 견인대행료를 공공보조금인 민간자본이전비목으로 지급하는 등 청구인은 1994. 7. 1.부터 1996. 12. 31.까지 사이에 각 구청으로부터 견인대행보조금 2,659,538,741원 및 적자보전보조금 957,878,000원 등을 보조금 명목으로 받고 부가가치세 신고시 위 견인대행보조금 등은 부가가치세법 제13조 제2항 제4호 의 규정에서 정한 공공보조금에 해당되는 것으로 보아 과세표준에서 제외하여 신고하였으나 처분청에서는 위 견인대행보조금 등은 명칭만 보조금으로 되어 있지 용역의 공급에 따른 대가성 수수료이기 때문에 부가가치세 과세표준에 포함되어야 한다며 1997. 9. 13.자로 이 사건 부과처분을 하였음을 알 수 있다. 살피건대, 먼저 국가 또는 지방자치단체 등(이하 ‘국가 등’ 이라 한다)이 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 경우의 부가가치세 과세체계를 보면 위 관계 법령에서 본 바와 같이 국가 등이 공공재화 또는 용역을 공급하는 경우와 위 업무를 대행하는 단체와 용역으로서 별도로 부가가치세를 면제한다고 정한 경우에만 부가가치세를 면제하도록 되어 있고 국가 등이 이러한 공공재화 또는 용역을 사업자로부터 공급받은 경우에는 국가 등도 부가가치세를 부담하여야 하고 이를 공급한 사업자도 부가가치세의 납부의무가 있는 데 그 중 국가 등으로부터 국고보조금이나 공공보조금을 받은 경우에는 위 공공보조금 등을 부가가치세 과세표준에서 제외하도록 되어 있음을 알 수 있다. 이 사건의 경우에는 청구인은 지방자치단체의 업무를 대행하여 공공재화 또는 용역을 공급하고 있으나 부가가치세 면제대상으로 지정되어 있지 않으므로 불법 주ㆍ정차 차량 견인업무를 대행하여 주고 위 업무수행에 직접 소요된 비용 성격으로 받는 견인대행보조금과 위 업무수행과 관련하여 발생한 운영비 적자분을 충당하기 위하여 지급받는 적자보전보조금이 지방자치단체의 세출예산에서 공공보조금으로 편성되어 지급되고 있는 이 사건 견인대행 보조금 등이 부가가치세 과세표준에 포함되는지 여부는 국세기본법 제14조 제2항 의 규정과 같이 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 판단되어야 할 것이다. 국고보조금 또는 공공보조금이라 함은 국가 등 이외의 자가 행하는 사무 또는 사업에 대하여 국가 등이 이를 조성하거나 재정상의 원조를 하기 위하여 시설자금이나 운영자금을 교부하는 보조금, 부담금, 기타 상당한 반대급부를 받지 아니 하고 교부하는 급부금으로 새겨야 하며 이와 유사한 대행사업비는 국가 등이 법령의 규정에 의하여 하여야 할 사업 등을 지방자치단체 또는 민간인과 업무대행계약을 체결하고 그 비용을 지출하여 대행 또는 위탁시키는 경비라 할 것인바, 청구인의 경우를 보면 불법 주․정차 차량을 견인한 데 대하여 그 직접비용으로 견인자동차운영조례에 의하여 차량소유자 등으로부터 징수한 금액 범위에서 견인통보ㆍ징수 등에 소요된 비용을 뺀 금액(견인대행보조금)과 지방공기업법 제49조 의 규정에 의하여 설립된 법인의 공공사업 운영에 따른 적자를 보조하기 위하여 지급한 금액 (적자보전 보조금)을 받은 것으로서 그 실질내용을 보면 견인대행보조금은 대행사업비로서 지방자치단체가 수행하여야 할 견인용역을 대행하여 준 데 대하여 유상으로 그 대가를 지급받은 것으로서 무상으로 교부하는 공공보조금에 해당하지 않으나 적자보전보조금은 공익상 필요로 재정원조를 하기 위하여 운영자금을 지급한 것으로서 이는 공공보조금에 해당한다 할 것이어서 처분청에서 적자보전보조금까지도 부가가치세법 제13조 제2항 제4호 에서 정한 공공보조금이 아니라고 보아 이 사건 부과처분을 한 것은 잘못이라 할 것이다.

그렇다면 처분청이 한 이 사건 부과처분 중 청구인이 받은 견인대행보조금을 부가가치세 과세표준에 포함시킨 것은 정당하나 실질적인 공공보조금에 해당하는 적자보전보조금을 부가가치세 과세표준에 포함시키고 부가가치세를 부과한 것은 잘못이라 할 것이고, 이 사건 심사청구는 일부 이유 있다고 인정되므로 처분청으로 하여금 위 잘못된 부분을 시정하게 하기 위하여 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.