경정공고된 개별공시지가를 적용하여 양도소득세를 증액경정함이 적정한지 여부

심사청구를 기각한다.

처분청은 청구인이 청구 외 (주) ㅇㅇㅇ(대표이사 ㅇㅇㅇ, 1995. 3. 27.자로 그 상호가 ‘(주) ㅇㅇㅇㅇ’으로 변경되었다. 이하 ‘위 청구 외 법인’ 이라 한다)의 주식을 1988. 8. 21.에 36,000주, 1989. 12. 8.에 60,000주, 계 96,000주(이하 ‘이 사건 주식’이라 한다)를 취득하여 그 중 1993. 8. 1.에 22,130주를, 1994. 4. 17.에 나머지 73,870주를 각 양도한 데 대하여, 1995. 11. 2.자로 그 각 양도가액은 실지거래가액을 적용하고, 취득가액은 환산가액으로 계산하여 그 양도소득세를 1993년 귀속분은 715,058,410원으로 결정하여 이를 부과, 고지하고, 1994년 귀속분은 1,076,756,079원으로 결정하여 기납부세액 1,298,022,180원을 차감한 221,266,100원을 환급하여 주는 처분(이하 ‘이 사건 당초 부과처분’이라 한다)을 하였다가, ㅇㅇㅇ시 ㅇㅇㅇ구청장이 1996. 3. 18.자로 위 청구 외 법인 소유의 ㅇㅇㅇ시 ㅇㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 대 669.6㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)의 개별공시지가를 1993년도의 것은 ㎡당 3,000,000원에서 ㎡당 8,000,000원으로, 1994년도의 것은 ㎡당 3,000,000원에서 ㎡당 8,900,000원으로 각 경정, 공고하자 그 경정된 개별공시지가를 적용하여 이 사건 토지를 재평가한 다음 그에 따라 이 사건 주식의 환산취득가액을 재계산하여 그 양도소득세를 1993년 귀속분은 777,114,108원으로, 1994년 귀속분은 1,352,791,049원으로 각 경정결정하고, 1997. 8. 1.자로 청구인에 대하여 이 사건 당초 부과처분시의 결정세액과 위 경정 결정한 세액과의 차액 338,090,660원(1993년 귀속분 62,055,690원, 1994년 귀속분 276,034,970원)을 추가로 부과, 고지하는 처분(이하 ‘이 사건 경정부과처분’이라 한다)을 하였다.

청구인은 처분청이 한 이 사건 경정부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구를 하면서 그 이유로서 첫째, 경정된 개별공시지가는 그 공고일 이후에 효력이 발생하는 것이고 그 이전의 사항에 대하여까지 적용되는 것은 아님에도 1993년 및 1994년에 양도된 이 사건 주식에 대한 양도소득세를 계산하면서 1996. 3. 18.에 경정공고된 개별공시지가를 적용하는 것은 부당할 뿐 아니라 이 사건 당초 부과처분에 의하여 부과된 양도소득세를 이미 납부하여 그 납세의무가 종결되었음에도 이 사건 토지의 개별 공시지가가 경정공고되었다는 사유로 경정된 개별공시지가를 적용하여 추가로 세액을 부과, 고지하는 것은 소급과세금지의 원칙을 규정한 국세기본법 제18조 제2항, 제3항에 반하는 것이므로 이 사건 경정부과처분은 위법하고, 둘째, 구청장 등은 지가공시및토지등의평가에관한법률 제12조 제1항의 규정에 따라 매년 공시지가의 공시기준일 현재 그 관할구역 안의 개별토지에 대한 개별공시지가를 결정, 공고할 권한만 있을 뿐이고 결정, 공고한 개별공시지가의 경정은 이의신청과 이에 대한 재결에 의해서만 가능한데도 ㅇㅇㅇ시 ㅇㅇㅇ구청장은 권한 없이 이 사건 토지의 개별공시지가를 경정한 것일 뿐 아니라 이 사건 토지는 구거 위에 복개한 토지로서 현재에 이르기까지 도로로 사용되고 있고 그 토지특성이 유사한 인접지의 1993년과 1994년의 개별공시지가와 비교해 보더라도 이 사건 토지의 경정된 개별공시지가는 지나치게 높다고 할 것인데 이는 그 토지특성을 잘못 조사하였거나 그 표준지를 잘못 선정한데에 기인하는 것이어서 ㅇㅇㅇ시 ㅇㅇㅇ구청장이 이 사건 토지의 개별공시지가를 위와 같이 경정한 것은 위법한 것이므로 그 경정된 개별공시지가를 적용하여서 한 이 사건 경정부과처분 또한 위법 또는 부당한 것이라고 주장한다.

이 사건 심사청구의 다툼은 첫째, 경정공고된 개별공시지가를 적용하여 이미 부과, 고지된 양도소득세를 증액경정한 것이 소급과세금지의 원칙에 반하는 처분인지의 여부, 둘째, ㅇㅇㅇ시 ㅇㅇㅇ구청장이 이 사건 토지의 개별공시지가를 경정한 것이 위법한 것인지의 여부에 있다고 할 것이다. 첫째 다툼에 관하여 본다. 우선, 이 사건 관계 법령의 규정을 보면, 각 구 소득세법(1993. 12. 31. 법률 제4661호로 개정되기 전의 것과 1994. 12. 22. 법률 제4803호로 전면 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 소득세법’이라 한다) 제23조 제2항 본문 및 제45조 제1항의 규정에 의하면 양도소득금액은 당해 자산의 양도가액에서 취득가액 등의 필요경비를 공제한 금액에서 다시 일정한 금액을 순차로 공제한 금액으로 하게 되어 있고, 한국ㅇㅇ거래소에 상장되지 아니한 주식의 양도로 인한 양도 및 취득가액의 결정에 관하여 구 소득세법 제23조 제4항 제2호 의 규정에 의하면 당해 자산의 양도 당시의 실지거래가액에 의하되, 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 기준시가에 의하게 되어 있고, 제45조 제1항 제1호 나목의 규정에 의하면 양도가액에서 공제할 필요경비 중 취득가액은 당해 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의하되, 다만 대통령령이 정하는 경우에는 그 자산의 취득 당시의 기준시가에 의하게 되어 있으며, 이를 받아 각 구 소득세법시행령(각 1993. 12. 31. 대통령령 제14083호로 개정되기 전의 것과 1994. 12. 31. 대통령령 제14467호로 전면 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 소득세법시행령’이라 한다) 제170조 제5항은 “법 제23조 제4항 제2호 단서 및 법 제45조 제1항 제1호 나목 단서에서 “대통령령이 정하는 경우”라 함은 양도 또는 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우를 말한다”고 되어 있고, 그 제1항 단서의 규정에 의하면 양도가액 또는 취득가액 중 어느 하나만의 실지거래가액을 확인할 수 있는 때에는 실지거래가액을 확인할 수 있는 것은 실지거래가액에 의하고 실지거래가액을 확인할 수 없는 다른 하나는 다음 각 호의 방법에 의하여 환산한 가액에 의하여 결정하게 하고 있으며, 그 가목의 규정에 의하면 양도 당시의 실지거래가액만 확인되고 취득 당시의 실지거래가액이 확인되지 아니 하는 때에는 양도가액은 실지거래가액에 의하고 취득가액은 양도 당시의 실지거래가액 × 취득 당시의 기준시가 양도 당시의 기준시가 의 산식에 의하여 계산한 가액에 의하게 되어 있다. 또한, ㅇㅇㅇ에 상장되지 아니한 주식의 기준시가의 결정에 관하여 구 소득세법 제60조 의 규정에 의하면 제23조 제4항과 제45조 제1항 제1호에 규정하는 기준시가의 결정은 대통령령이 정하는 바에 의하게 되어 있고 그 위임을 받은 구 소득세법시행령 제115조 제1항 제3호 의 규정에 의하면 그 기준시가는 구 상속세법시행령 제5조의 규정을 준용하여 평가한 가액으로 하되 이 경우 ㅇㅇㅇ령이 정하는 바에 의한 평가기준시기나 평가액을 적용할 수 있게 되어 있고, 그 위임을 받은 구 소득세법시행규칙(1995. 5. 3. 총리령 제505호로 전면 개정되기 전의 것) 제56조의5 제8항의 규정에 의하면 위 소득세법시행령 제115조 제1항 제3호 의 규정에 의한 자산에 대하여 구 상속세법시행령 제5조의 규정을 준용하여 평가함에 있어서 1주당 가액은 당해 법인의 직전 사업연도의 순자산가액 및 1주당 직전 사업연도의 순손익액에 의하여 평가하게 되어 있으므로, 위 규정들을 종합하여 보면 ㅇㅇㅇ에 상장되지 아니한 주식을 양도한 경우에 양도 당시의 실지거래가액은 확인되나 취득 당시의 실지거래가액이 확인되지 않는 때에 그 양도차익을 계산함에 있어, 양도가액은 양도 당시의 실지거래가액에 의하고 취득가액은 양도 당시의 실지거래가액 × 취득 당시의 기준시가 양도 당시의 기준시가 의 산식에 의하여 환산한 가액에 의하게 됨을 알 수 있다. 또한, 국세기본법 제18조 제2항 의 규정에 의하면 국세를 납부할 의무가 성립한 소득 등에 대하여는 그 성립 후의 새로운 세법에 의하여 소급하여 과세하지 아니하게 되어 있고, 제3항의 규정에 의하면 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세하지 아니하게 되어 있다. 다음, 이 사건 토지의 개별공시지가가 경정된 경위와 청구인이 이 사건 주식을 취득하고 양도한 경위 및 처분청이 이 사건 경정부과처분을 하게 된 경위 등 사실 관계를 보면, ㅇㅇㅇㅇ시 ㅇㅇㅇ구청장은 당초 이 사건 토지에 관한 개별공시지가를 1993년도 및 1994년도에 각 ㎡당 3,000,000원으로 결정하였다가 1996. 3. 18.자로 이 사건 토지의 당초 개별공시지가는 이 사건 토지가 위 청구 외 법인 소유로서 그 지상에 지하 1층, 지상 7층의 시장, 업무시설, 전시시설 및 호텔용 건물(연면적 37,521.58㎡)이 축조되어 있는 ㅇㅇㅇ시 ㅇㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 소재 토지(이하 ‘위 ○○번지토지’라 한다)와 용도상 불가분의 관계로 사용되고 있는데도 이를 일단지의 토지로 보지 않고 개별 토지로 보아 산정하였던 것으로 그 토지특성조사의 착오로 인하여 잘못 결정되었던 것이라 하여 이 사건 토지와 위 ○○번지 토지를 일단지의 토지로 보고서 그 개별공시지가를 재산정함으로써 그 개별공시지가를 1993년도는 ㎡당 8,000,000원으로, 1994년도는 ㎡당 8,900,000원으로 각 경정, 공고한 사실, 한편 청구인은 위 청구 외 법인이 발행(1993. 12. 3.현재 위 청구 외 법인의 총발행주식수는 200,000주이다)한 이 사건 주식 96,000주 중 1988. 8. 21.자로 36,000주를, 1989. 12. 8.자로 나머지 60,000주를 각 취득하여 소유하고 있다가 1993. 8. 1.자로 그 중 22,130주(이하 ‘1993년 양도주식’이라 한다)를 대금 13,031,083,560원(1주당 588,842원)에, 1994. 4. 17.자로 나머지 73,870주(이하 ‘1994년 양도주식’이라 한다)를 대금 43,500,000,000원(1주당 588,872원)에 각 양도한 사실, 이에 처분청은 1995. 11. 2.자로 위 각 양도에 대하여 그 각 양도가액에 관하여는 위 실지거래가액을 적용하고 그 각 취득가액에 관하여는 양도 당시의 실지거래가액 × 취득 당시의 기준시가 양도 당시의 기준시가 의 산식에 의하여 별지, ‘청구인에 대한 과세내역’(이하 ‘별지내역’이라고 한다)의 ‘이 사건 주식의 취득가액’란 기재와 같이 1993년 양도주식은 6,936,245,545원으로, 1994년 양도주식은 32,191,523,865원으로 각 계산하여 이 사건 당초 부과처분을 한 사실, 그 후 처분청은 1996. 3. 18.자로 이 사건 토지의 개별공시지가가 위와 같이 경정되자 그 경정된 개별공시지가에 의하여 별지내역 기재와 같이 위 청구 외 법인 소유인 이 사건 토지의 가액을 재평가하고 그에 따라 위 청구 외 법인의 순자산가액 및 이 사건 주식의 양도 당시 기준시가를 재산정함으로써 1993년 양도주식의 취득가액은 6,424,234,899원으로, 1994년 양도주식 취득가액은 29,507,801,370원으로 각 계산하고 그 결과에 따라 이 사건 당초 부과처분의 과세표준과 세액을 경정함으로써 이 사건 경정부과처분을 하기에 이른 사실을 일건 기록에 의하여 인정할 수 있다. 살피건대, 공시지가는 표준지에 대한 공시기준일 현재의 적정가격을 조사 평가한 것이고 개별공시지가는 표준지의 공시지가를 기준으로 산정되는 것으로서 공시지가나 개별공시지가는 그 공시기준일을 기준으로 하여 효력이 있다고 할 것이고, 개별공시지가가 토지특성조사의 착오 등 지가산정에 명백한 잘못이 있어 경정결정되어 공고된 이상 당초에 결정, 공고된 개별공시지가는 그 효력을 상실하고 경정결정된 새로운 개별공시지가가 그 공시기준일에 소급하여 그 효력을 발생하는 것이므로 비상장주식의 양도차익 계산의 기초가 되는 법인의 순자산가액을 산정함에 있어 그 법인이 보유한 토지의 개별공시지가가 경정된 경우에는 그 경정된 개별공시지가에 의할 것이고 나아가 소급과세금지의 원칙이란 조세법령의 효력발생 전에 종결된 과세 요건사실에 대하여 당해 법령을 적용할 수 없다는 취지일 뿐이지 과세표준의 계산에 착오가 있음을 이유로 나중에 이를 정정하는 것을 제한하려는 것은 아니므로 위와 같이 당해 법인이 보유한 토지의 개별공시지가가 경정결정되었음을 이유로 그 비상장주식의 양도차익을 증액계산한 것이 소급과세의 결과를 초래하는 위법한 것이 된다고 볼 수는 없다 할 것인바, 1996. 3. 18.자로 경정, 공고된 이 사건 토지의 개별공시지가는 그 개별공시지가가 최초로 공고된 일자에 소급하여 그 효력을 발생하였고 당초에 결정, 공고된 개별공시지가는 그 효력을 상실하였다고 봄이 상당하므로 경정결정된 개별공시지가에 의하여 1993년도 및 1994년도의 이 사건 토지 및 위 청구 외 법인의 순자산가액을 재산정하고 그 결과에 따라 이 사건 주식의 취득가액을 계산하여서 한 이 사건 경정부과처분은 정당하다 할 것이고 이와 다른 견해를 전제로 한 청구인의 위 주장은 받아들일 수 없는 것이라 할 것이다. 둘째 다툼에 관하여 본다. 우선, 관계 법령의 규정을 보면, 개별토지가격합동조사지침(1993. 7. 19. 개정, 국무총리 훈령 제281호) 제12조의 3은 “토지특성조사의 착오 기타 위산ㆍ오기 등 지가산정에 명백한 잘못이 있을 경우에는 시장ㆍ군수 또는 구청장이 ○○위원회의 심의를 거쳐 경정결정할 수 있다. 다만, 경미한 사항일 경우에는 ○○위원회의 심의를 거치지 아니할 수 있다”고 규정하고 있고, 제14조는 “이 지침의 운영과 관련되는 세부 사항은 건설부장관이 정한다”고 규정하고 있으며, 그 위임을 받은 개별공시지가의경정결정에관한세부지침(1993. 4. 15. 지이 58323-104) 제2항에 의하면 토지특성조사의 착오 등으로 인하여 지가산정과정에서 명백하게 잘못된 지가를 지가경정대상으로 하도록 하고 있고, 제3항에 의하면 구청장이 결정ㆍ공고한 개별공시지가를 경정할 수 있는 구체적 사유로서 토지특성조사에 착오가 있는 경우를 들고 있다. 또한, 지가공시및토지등의평가에관한법률(1995. 12. 29. 법률 제5108호로 개정되기 전의 것) 제10조의3 제1항은 “개별공시지가에 대하여 이의가 있는 자는 개별공시지가의 결정ㆍ공시일부터 30일 이내에 서면으로 시장․군수 또는 구청장에게 이의를 신청할 수 있다”고 규정하고 있다. 살피건대, 위 규정들을 종합하여 보면 구청장은 결정, 공고된 개별공시지가에 관하여 토지특성조사의 착오 등 지가산정에 명백한 잘못이 있을 경우에는 이를 경정결정할 수 있다 할 것이고, 이와 같이 경정결정하여 공고한 개별공시지가는 그 경정결정이 당연 무효 또는 취소되었다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 당해 연도의 기준일에 소급하여 유효하게 그 효력이 발생된다 할 것이며, 그 개별공시지가에 대하여 이의가 있는 자는 그 개별공시지가의 결정․공시일부터 30일 이내에 당해 구청장 등에게 이의를 신청하여야 할 것인바, 청구인이 이 사건 개별공시지가에 관하여 행정 소송 등의 절차에 의하여 그 위법 여부를 다투는 것은 별론으로 하고, 이 사건 토지의 경정된 개별공시지가가 당연 무효 또는 청구인의 적법한 이의신청 등에 의하여 취소되었다는 등의 사정이 엿보이지 아니하는 이상 청구인의 위 주장은 받아들일 수 없는 것이라 하겠다.

그렇다면 처분청이 이 사건 토지의 경정결정된 개별공시지가를 적용하여 계산한 취득가액에 의하여 이 사건 주식의 양도차익을 산정하여서 한 이 사건경정부과처분은 정당하다 할 것이고 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.