취득시기가 다른 토지와 건물의 일괄양도시 양도차손이 발생하는 경우 양도소득특별공제 배제 여부

심사청구를 기각한다.

처분청은 청구인이 주택조합아파트인 ㅇㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 ㅇㅇ아파트 ㅇ동 ㅇ호(이하 ‘이 사건 아파트’라 한다)를 1989. 12. 30. 취득(아파트토지는 1988. 7. 20. 취득)한 후 1995. 5. 10. 양도한 데 대하여 양도가액은 지정지역 공동주택에 대한 기준시가를 적용하고, 취득가액은 조합원이 최초로 취득하여 토지와 건물의 취득시기가 다른 주택조합아파트의 취득가액환산방법에 의하여 토지ㆍ건물별로 각각 환산한 가액을 적용하여 양도차익을 계산한 결과 토지부분에서는 43,757,550원의 양도차익이 발생하고, 건물부분에서는 6,923,187원의 양도차손이 발생하여 토지부분의 양도차익 43,757,550원에서 양도소득특별공제 1,189,203원, 장기보유특별공제 4,375,755원, 양도소득공제 1,500,000원을 순차적으로 공제한 36,692,592원에서 건물 부분의 양도차손 6,923,187원을 공제한 29,769,405원을 양도소득금액으로 하여 청구인에게 1998. 1. 5. 자로 1995년 귀속 양도소득세 10,716,980원을 부과, 고지하는 처분 (이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다)을 하였다.

청구인은 처분청이 한 이 사건 부과처분 중 건물부분의 양도소득특별공제 8,629,467원을 토지부분의 양도차익과 건물부분의 양도차손을 가감하여 계산한 양도차익에서 공제하여 양도소득금액을 계산하도록 경정하게 하여 달라는 취지의 청구를 하면서 그 이유로서 ㅇㅇㅇ이 지정하는 지역 안에 있는 공동주택의 경우 당해 부속토지와 건물의 가액을 일괄하여 평가ㆍ고시한 가액을 당해 공동주택의 기준시가로 하도록 되어 있어 지정지역 내의 일반아파트는 그 기준시가에 의한 양도가액과 취득가액을 기준으로 양도차익을 계산하고 그 한도 내에서 양도소득특별공제를 하고 있으므로, 조합원이 최초로 취득한 주택조합아파트의 경우 토지와 건물의 취득시기가 다르기 때문에 토지부분과 건물부분별 양도차익을 각각 계산한다 하더라도 양도소득특별공제액은 토지와 건물부분의 양도차손ㆍ익을 가감한 아파트전체의 양도차익 범위 내에서 공제하여야 하며 건물부분에서 양도차손이 발생하였다는 이유로 건물부분에 대한 양도소득특별공제를 하지 아니함은 부당하다고 주장한다.

이 사건 부과처분의 다툼은 취득시기가 서로 다른 토지 및 건물을 건물부분의 양도차익이 없는 경우 건물부분의 양도소득특별공제액을 포함하여 양도차손으로 한 후 다른 양도차익에서 차감하여 과세하여야 하는지 여부에 있다. 먼저 관계 법령의 규정을 보면, 구 소득세법(1994. 12. 22. 법률 제4803호로 전면 개정되기 전의 것) 제23조 제1항의 규정에 의하면 양도소득은 당해 연도에 발생한 다음 각 호의 금액으로 하도록 되어 있고 그 1호에 토지 또는 건물의 양도로 인하여 발생한 소득을 열거하고 있으며 제2항 본문의 규정에 의하면 양도소득금액은 당해 자산의 양도로 인하여 발생한 총수입금액(양도가액)에서 같은 법 제45조의 규정에 의한 필요경비를 공제한 금액(양도차익)에서 다시 다음 각 호의 1의 금액을 순차로 공제한 금액으로 하도록 규정하고 있고 그 1호에 제1항 제1호에 규정하는 자산에 있어서는 그 취득가액에 대통령령이 정하는 율과 그 취득일로부터 양도일까지의 기간을 곱한 금액(이하 ‘양도소득특별공제액’라 한다). 다만, 양도소득특별공제액은 당해 자산의 양도차익을 한도로 한다고 규정하고 있고 구 소득세법시행령(1994. 12. 31. 대통령령 제14467호로 전면 개정되기 전의 것) 제46조 제1항의 규정에 의하면 법 제23조 제2항 제1호에서 “ 대통령령이 정하는 율”이라 함은 재무부령이 정하는 생산자 물가상승률을 말한다고 규정하고 있는바, 이를 모아 보면 양도소득은 당해 연도의 토지 또는 건물 등의 양도로 인하여 발생한 소득금액 전부에 대하여 과세하기 때문에 특정 부동산의 양도에서 양도 차손이 발생한 경우에는 다른 부동산의 양도소득금액에서 차감하여야 하는 데 양도소득특별공제는 양도소득금액 계산시 실제 경비는 발생하지 않았지만 취득하여 양도할 때까지 취득가액에서 생산자 물가상승률을 곱한 금액 즉 물가상승분을 인정하여 주는 것으로서 그 인정한도는 토지 또는 건물별로 계산한 양도차익을 한도로 하고 있음을 알 수 있다. 다음 이 사건 부과처분에 있어 청구인이 이 사건 아파트를 취득, 양도한 경위와 처분청이 양도소득금액과 세액을 계산한 과정 등 사실 관계를 보면, 이 사건 아파트는 주택건설촉진법의 규정에 의한 주택조합아파트로서 청구인은 아파트건립용 토지를 1988. 7. 20. 취득한 후 이 사건 아파트의 건물이 1989. 12. 30. 준공됨에 따라 같은 날자에 취득하였다가 1995. 5. 10. 이 사건 아파트를 양도한 사실, 처분청은 이 사건 아파트가 1990. 9. 1. ㅇㅇㅇ이 최초로 고시한 지정지역 내의 공동주택이므로 양도가액은 1994. 7. 1. 변경고시한 기준시가인 93,500,000원으로 하고, 취득가액은 조합원이 최초로 취득하여 양도하는 주택조합아파트의 취득가액 산정방법을 정하고 있는 ㅇㅇㅇ 예규(재일 46014-2600. 1994.9.30. 및 재일 46014-103, 1997. 1. 21.)에 따라 토지는 5,975,898원, 건물은 49,594,641원으로 환산하고 토지․건물별로 양도 차익을 계산하기 위하여 양도가액 93,500,000원을 토지․건물의 과세시가표준액 비율로 안분하여 토지의 양도가액은 49,900,457원, 건물의 양도가액은 43,599,543원으로 환산한 사실, 그리고 위 양도가액에서 취득가액, 필요경비를 공제하여 양도차익을 계산한 결과 토지부분에서는 43,757,550원의 양도차익이 건물부분에서는 6,923,187원의 양도차손이 발생한 사실, 여기서 건물부분에서는 양도차손이 발생하였으므로 양도소득특별공제 (이를 계산하면 8,629,467원이 된다)를 하지 아니하고 토지부분의 양도차익 43,757,550원에서 양도소득특별공제 1,189,203원, 장기보유특별공제 4,375,755원, 양도소득공제 1,500,000원을 공제하여 토지부분의 양도소득금액을 36,692,592원으로 계산한 후 건물부분의 양도차손 6,923,187원을 공제한 29,769,405원을 이 사건 아파트의 양도에 따른 양도소득금액으로 보아 이를 과세표준으로 하여 이 사건 부과처분을 한 사실 등이 관계기록에 의하여 인정된다. 살피건대, 청구인은 양도소득특별공제액은 토지와 건물부분의 양도차손ㆍ익을 가감한 아파트전체의 양도차익 범위 내에서 공제하여야 하며 건물부분에서 양도차손이 발생하였다는 이유로 건물부분에 대한 양도소득특별공제액을 차감하지 아니함은 부당하다고 주장하나 위 법령 관계에서 살펴본 바와 같이 양도소득특별공제는 양도소득금액 계산시 그 과세소득에서 납세의무자가 취득한 가액에 물가상승률만큼의 경비를 인정하여 주는 것임으로 그 성질상 실제 발생된 경비는 아니며, 특정 토지 또는 건물별로 계산한 양도차익의 범위내에서만 인정하고 있음을 알 수 있으므로 위 인정사실에서 본 바와 같이 건물부분은 취득가액이 양도가액보다 많아 양도차익이 없는 것이 명백한 이상 처분청이 구 소득세법 제23조 제2항 의 규정에 따라 건물 부분의 양도소득특별공제를 배제하여 양도소득금액을 계산한 것은 정당하다.

그렇다면 처분청이 건물부분에 대한 양도소득특별공제를 배제하고 한 이 사건 부과처분은 정당하고 이 사건 심사청구는 이유 없으므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.