1세대 1주택에 해당하는 주택 및 부수토지를 공공사업용으로 협의양도 후 발생한 잔여토지를 1년 이내 양도하지 아니한 경우 비과세대상인지 여부

처분청이 1998. 1. 19.자로 청구인에 대하여 한 양도소득세 6,039,970원의 경정청구에 대한 거부처분은 취소하여야 한다.

처분청은 청구인이 1세대 1주택으로 3년 이상 보유하여 양도소득세 비과세대상인 ㅇㅇ시 ㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 주택 40.26㎡(이하 ‘협의양도 전 주택’이라 한다) 및 대지 110㎡ 중 주택 36.4㎡ 및 대지 29㎡를 1996. 5. 20. 공공사업용으로 ㅇㅇ시 ㅇ구청에 협의양도하고 그 잔여건물 3.86㎡를 멸실한 후 1997. 10. 24. 잔여토지 81㎡(이하 ‘잔여토지’라 한다)를 양도하고 같은 해 10. 27. 처분청에 부동산양도신고서를 제출하면서 같은 해 12. 31. 양도소득세 6,039,970원을 납부하였다가 1998. 1. 12.자로 잔여토지는 1세대 1주택의 부수토지임을 사유로 내세워 자진납부세액을 되돌려 달라는 취지의 경정청구를 한 데 대하여 소득세법시행령 제154조 제1항 제2호 에 의하여 잔여토지의 양도일이 공공사업용으로 양도한 날로부터 1년이 초과되었다는 사유를 들어 1998. 1. 19.자로 청구인의 경정청구에 대하여 거부처분(이하 ‘이 사건 경정거부 처분’이라 한다)을 하였다

청구인은 처분청이 한 이 사건 경정거부 처분을 취소하여 달라는 취지의 청구를 하면서 그 이유로서 협의양도 전 주택은 1953년에, 대지는 1973년에 취득하여 오던 중, ㅇㅇ시가 시행한 ㅇㅇㅇ확장공사에 편입되어 협의양도 전 주택(40.26㎡)의 대부분인 36.4㎡를 공공사업용으로 양도하여 철거됨에 따라 잔존주택의 면적이 불과 3.86㎡밖에 남지 아니하므로 붕괴위험을 고려하여 위 시행청에 직접 철거하도록 동의함으로써 잔여토지 81㎡는 나대지가 되었는데 애매한 면적이라 잘 팔리지 않던 중 1997. 10. 27. 청구 외 ㅇㅇㅇ에게 양도하게 되었으나 협의양도 전 주택 및 토지는 1996. 5. 20. 협의양도 당시 이미 3년 이상 보유하여 1세대 1주택 및 그 부수토지로서 양도소득세 비과세 요건을 구비한 상태였으므로 위 수용일(손실보상금 수령일)로부터 1년 이상 경과된 1997. 10. 24. 양도되었음을 사유로 한 처분청의 이 사건 경정거부 처분은 위법하다고 주장한다.

이 사건 심사청구의 다툼은 1세대 1주택에 해당하는 주택 및 부수토지를 공공사업시행자에게 양도하여 발생한 잔여토지는 그 양도일로부터 1년 이내에 양도한 경우에만 비과세대상인 1세대 1주택의 부수토지의 양도로 볼 것인지 여부에 있다. 먼저 청구인의 협의양도주택 등의 취득 및 양도와 처분청의 이 사건 경정거부 처분의 경위를 보면, 청구인은 1953. 7월(일자미상) 이 사건 협의양도 전 주택을 신축하고 1973. 1. 26. 그 대지 81㎡를 취득하여 거주하던 중 1996. 3. 15. 도시계획법 제25조 에 의한 ㅇㅇㅇ확장공사가 실시인가ㆍ고시되었고 이에 편입된 주택 36.4㎡ 및 대지 29㎡를 같은 해 5. 20.자로 위 공공사업 시행청인 ㅇㅇ시 ㅇㅇㅇ에 협의양도하였으며 같은 날 손실보상금 33,313,350원을 수령한 사실, 위 도시계획사업시행청에 협의양도한 후 남은 잔존주택(3.86㎡)은 1997. 7. 2. 멸실됨으로써 그때까지 잔여토지매각이 어려웠던 사실, 1997. 10. 1. 청구인이 청구 외 ㅇㅇㅇ에게 잔여토지 81㎡를 양도한 사실, 같은 해 10. 27. 부동산양도신고서를 제출한 사실 및 같은 해 12. 31. 양도소득세 6,039,970원을 자진 신고납부한 사실 그 후 1998. 1. 12. 청구인이 양도한 잔여토지는 1세대 1주택의 부수토지라는 사유를 들어 신고납부한 양도소득세의 경정을 청구하자 처분청은 같은 해 1. 19. 청구인의 경우에는 잔여토지는 1세대 1주택의 부수토지로 볼 수 없다는 사유를 들어 이를 거부처분한 사실이 이 사건 일건 기록에 의하여 인정된다. 또한 청구인은 1985. 5. 3.부터 1996. 6. 23.까지 이 사건 협의양도 전 주택소재지에 주민등록이 되어 있었고 1996. 6. 24.부터 ㅇㅇ시 ㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지로 이전하였으며 이 사건 협의양도 전 주택은 1세대 1주택에 해당된다는데는 다툼이 없다. 다음으로 관계 법령을 살펴본다. 소득세법 제89조 제3호 의 규정에 의하면 대통령령이 정하는 1세대 1주택과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득은 비과세하도록 되어 있고, 소득세법시행령 제154조 제1항 에는󰡐1세대 1주택󰡑이라 함은 “1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것을 말한다. 다만 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 그 보유기간의 제한을 받지 아니한다”고 규정하면서 그 제2호 가목 및 나목에서 “주택 및 그 부수토지의 전부 또는 일부가 공공용지의취득및손실보상에관한특별법이 적용되는 공공사업용으로 당해 공공사업의 시행자에게 양도하는 경우󰡓및󰡒토지수용법 기타 법률에 의하여 수용되는 경우󰡓에는 위 보유기간 제한의 완화를 들고 같은 항 제2호 단서로󰡒이 경우 가목 및 나목에 있어서는 그 양도일 또는 수용일로부터 1년 이내에 양도하는 그 잔존주택 및 그 부수토지를 포함하는 것으로 한다󰡓고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제155조 제1항의 규정에 의하면 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 다른 주택을 취득함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 다른 주택을 취득한 날(공공사업시행자에게 양도 또는 수용되는 경우에는 그 양도일 또는 수용일)로부터 1년 이내에 종전의 주택(공공사업시행자 등에게 양도한 경우 그 잔존하는 주택 및 부수토지를 말함)을 양도하는 경우 및 ㅇㅇ령이 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함하여 이를 1세대 1주택으로 보도록 규정하고 있는바, 이를 모두어 보면 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 경우에는 그 주택과 부수토지는 1세대 1주택으로 보아 양도소득세를 비과세하도록 되어 있는 데 공공사업시행자에게 양도하거나 수용되는 경우에는 보유기간의 제한을 받지 아니하고, 또한 일시적으로 2주택이 된 경우에 종전주택은 양도일 또는 수용일로부터 1년 이내에 양도하는 경우에 1세대 1주택으로 보아 비과세하도록 되어 있음을 알 수 있다. 또한 국세기본법 제18조 제1항 의 규정에 의하면 세법의 해석ㆍ적용에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니 하도록 하여야 한다고 규정하고 있다. 살피건대, 1세대 1주택이라 함은 양도일 현재 국내에 1주택만을 3년 이상 기간보유한 경우를 말하고 그에 부수되는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득이 비과세되기 위하여는 양도 당시에 그 지상에 주택이 정착되어 있어야 하는 것이지만 종전의 주택이 공공사업의 시행으로 인하여 철거됨에 따라 부득이하게 나대지로 남게 된 그 부수 토지를 양도하는 경우 적어도 종전의 주택이 철거될 당시 법 소정의 1세대 1주택으로 비과세 요건을 갖추고 있었던 이상, 일시적으로 1세대 2주택이 된 경우의 종전 주택의 양도기간 1년 이내에 양도하지 않았다는 사유로 1세대 1주택에 부수되는 토지가 아닌 것으로 보아 그 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여 소득세를 부과할 수는 없는 것이라고 해석하는 것이 국세기본법 제18조 제1항 의 세법해석기준에 합치되는 것이라 봄이 상당하다 할뿐만 아니라 위 인정 사실에 의하면 청구인의 경우 이 사건 협의 양도 전 주택과 그 부수토지는 협의양도일인 1996. 5. 20. 현재 이미 3년 이상 청구인이 보유함으로써 ‘1세대 1주택󰡑으로서 비과세요건을 갖춘 상태에서 공공사업시행자에게 주택을 양도하였고 남은 잔존주택(3.86㎡)은 협의양도 계약체결시 공공사업 시행청인 ㅇㅇ시 ㅇ구가 멸실하기로 한 후 1997. 7. 2.에 멸실함으로써 위 잔존토지의 사실상 매각가능 시점은 위 잔존주택의 멸실시점 이후임이 인정됨에도 협의양도일(1997. 5. 20.)을 기준으로 하여 잔존토지를 1년 이내에 양도하지 않았다 하여 이 사건 경정거부 처분을 한 것은 잘못이라 할 것이다.

그렇다면 처분청이 이 사건 경정청구를 거부한 처분은 위법하고 이 사건 심사청구는 이유 있으므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다