장기보유특별공제의 적용여부

심사청구를 기각한다.

청구인이 1968. 12. 30. 취득한 ㅇㅇㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 소재 전 1,121㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 1992. 2. 1. 양도한 데 대하여 1996. 2. 27. 이 사건 토지를 장기보유특별공제 대상으로 보아 양도소득세 245,747,590원을 결정하였다가 이 사건 토지 중 644㎡의 지상에 가건물 및 건축자재로 사용되었던 사실을 확인하고 이 면적에 해당하는 장기보유특별공제액 194,726,040원을 배제하고 1997. 4. 1.자로 양도소득세 64,273,060원을 추가로 부과, 고지하는 처분(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다)을 하였다.

청구인은 이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구를 하면서 그 이유로서 이 사건 토지는 1991. 7. 9. 청구 외 ㅇㅇㅇ 외 3인과 매매계약을 체결하고 같은 해 8. 5. 잔금을 영수하였으나 청구인의 사정에 의하여 1992. 2. 1. 소유권이전등기가 된 토지로서 1991. 12월초까지 약초 등이 재배되던 농지였고, 이 사건 토지의 소재지는 풍치지구로서 무허가 건물의 건축이 엄격히 규제되는 지역인바 일시적인 적치물이 적치되어 있었을 가능성은 있으나 무허가 건물이 발생할 여지가 없는 이 사건 토지 지상에 무허가 건물이 있다고 보아 한 이 사건 부과처분은 취소되어야 한다고 주장한다.

이 사건 심사청구의 다툼은 이 사건 토지는 사실상 나대지로서 양도소득세 장기보유특별공제를 배제한 처분이 타당한지 여부를 가리는 데 있다. 먼저 관계 법령의 규정을 살펴본다. 구 소득세법(1994. 12. 22. 법률 제4803호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제23조 제2항의 규정에 의하면 양도소득금액은 당해 자산의 양도로 인하여 발생한 총수입금액(이하 ‘양도가액’이라 한다)에서 제45조의 규정에 의한 필요경비를 공제하여 양도차익을 계산하고 여기에서 제2항 각 호의 양도소득특별공제액과 장기보유특별공제액 및 양도소득공제액을 차감한 금액으로 하도록 되어 있는 데 그 제2호에 토지 또는 건물(대통령령이 정하는 토지를 제외)로서 그 자산의 보유기간이 5년 이상인 것에 대하여는 양도소득특별공제액을 차감하도록 되어 있으며 (나)목에서 10년 이상인 것은 당해 양도차익의 100분의 30을 공제하도록 규정하고 있다. 또한 구 소득세법시행령(1994. 12. 31. 대통령령 제14467호로 개정되기 전의 것) 제46조의3에 의하면 장기보유특별공제가 배제되는 대통령령이 정하는 토지라 함은 나대지(재무부령이 정하는 무허가건축물이 정착되어 있는 것을 포함한다)와 건축물에 부수되는 토지로서 기준면적 초과면적에 해당하는 토지 등에 대하여는 제외하도록 규정하고 있어 이를 살펴보면 토지로서 나대지인 경우에는 장기보유특별공제를 배제하도록 규정하고 있음을 알 수 있다. 다음 이 사건 부과에 이르게 된 경위 등 사실 관계를 살펴본다. 이 사건 토지의 부동산등기부에 의하면 청구인은 1968. 12. 30. 이 사건 토지를 취득하였다가 1992. 2. 1. 청구 외 ㅇㅇㅇ 외 3인에게 양도하였고, 한편, 청구인이 제시하고 있는 토지매매계약서에 의하면 청구인은 이 사건 토지가 포함된 일단의 토지를 1991. 7. 9. 위 청구 외 ㅇㅇㅇ 외 3인과 9억 원에 매매계약체결하여 같은 해 8. 5. 잔금을 지급받음으로써 매매계약이 완결되었던 사실, 위 청구 외 ㅇㅇㅇ 등은 위 매매계약 당시 ㅇㅇㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지의 임야 1,643㎡ 중 128㎡에 대하여는 청구인이 이를 분할하여 ㅇㅇㅇㅇ시에 기부하기로 하였으나 청구인은 55㎡만을 ㅇㅇㅇㅇㅇ장에게 기부한 사실에 대하여 부당이득금 반환소송을 제기하였으나 1993. 1. 12. ㅇㅇ지방법원 제ㅇㅇ 부판결(00가 합 0000) 선고에 의하여 청구내용이 기각되었던 사실, 청구인은 1993. 5. 31. 양도소득세과세표준확정신고시 양도소득금액을 425,221,868원으로 세액을 224,372,027원으로 신고하였으나 1994. 12. 16. 처분청은 기준시가에 의하여 양도소득금액을 618,193,133원으로 하여 양도소득세 380,558,810원을 부과, 고지하였다가 1996. 2. 21. 장기보유특별공제를 하여 달라는 취지의 청구인의 진정을 접수하고 같은 해 2. 27. 이를 처리하면서 구 소득세법 제23조 제2항 제2호 의 규정에 의한 장기보유특별공제 194,726,040원을 인정하여 양도소득세 134,811,220원을 감액결정하였던 사실, 1997. 2월 위 감액결정에 대한 재조사를 하면서 1991. 2. 1. 및 같은 해 12. 9. ㅇㅇㅇㅇ시에서 촬영한 항공사진에 의하여 이 사건 토지 중 644㎡ 지상에 가건물이 확인되고 1991. 10. 21.부터 토지양도일인 1992. 2. 1.까지 이 사건 토지 전체에 대하여 ‘전’에서 ‘대지’로 형질변경행위가 있었던 사실을 들어 위 644㎡에 대하여는 장기보유특별공제를 배제하고 양도소득세 64,273,060원을 추가로 납부, 고지하였던 사실 등이 이 사건 일건 기록에 의하여 인정된다. 살피건대, 청구인은 1991. 12월초까지 약초 등이 재배되던 농지였고, 이 사건 토지의 소재지는 풍치지구로서 무허가 건물의 건축이 엄격히 규제되는 지역으로 무허가건물 등이 없어 나대지로 보아 장기보유특별공제를 배제한 것은 부당하므로 이 사건 부과처분은 취소되어야 한다고 주장하나 1989. 12. 5.자로 ㅇㅇㅇㅇ시에서 촬영한 항공사진에 의하면 이 사건 토지 상에 가건물이 존재하고 있었고 이러한 내용은 1991. 2. 1.자의 항측사진에 의하여도 가건물 형태의 건물이 계속 존치하고 있었으며, 1991. 12. 9.자의 항공사진에서는 건축자재가 적치되어 있는 상태에 있었음이 확인되므로 청구인이 이 사건 토지의 매매계약일로 주장하고 있는 1991. 7. 9. 현재나 양도일인 1992. 2. 1. 현재에는 이 사건 토지는 농지로서 사용하지 않고 가건물이 존재한 나대지상태로 있었음을 알 수 있는 데 이러한 이 사건 토지의 이용실태와 달리 농지로 사용한 것으로 주장하는 내용은 받아들일 수 없어 이 사건 토지 중 644㎡를 나대지로 보아 장기보유특별공제를 배제한 이 사건 부과처분은 잘못이 없다고 판단된다.

그렇다면 이 사건 장기보유특별공제를 배제하고 한 이 사건 부과처분은 정당하다 할 것이고 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되어 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.