감면종합한도 적용 방법

심사청구를 기각한다.

처분청은 청구인이 ㅇㅇ시 ㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 임야 19,255.26㎡ 외 16필지 43,415.73㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 1995. 12. 30. ㅇㅇ시○○공사 사장에게 공공사업용 토지로 양도하고 1996. 2. 29. 법인세법 제59조의6 제2항 의 규정을 적용하여 개인의 양도소득세 계산방법에 따라 법인세 특별부가세(이하 ‘특별부가세’라 한다)를 계산하여 이를 신고 납부하면서 산출세액은 과세표준에 양도소득세 세율(60%)을 적용하여 개인의 양도소득세 계산방법에 따라 산출하고 감면세액은 법인의 특별부가세 감면종합한도인 산출세액의 70%(2,252,268,102원)을 적용한 후 납부할 세액을 특별부가세 868,731,980원 및 농어촌특별세 450,453,620원으로 신고하였으나 산출세액을 개인의 양도소득세 계산방법에 따라 계산하였으므로 감면세액도 개인의 감면종합한도인 3억 원을 적용해야 한다며 1997. 9. 1. 감면세액을 재계산하여 특별부가세 2,116,059,250원을 추가로 부과, 고지하고 농어촌특별세 390,453,620원을 환급하는 처분(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다)을 하였다.

청구인은 처분청이 한 이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구를 하면서 그 이유로서 청구인은 비영리내국법인이 부동산 양도에 따른 특별부가세를 납부할 때에는 법인세법에 따라 법인세 및 특별부가세를 납부하는 방법과 소득세법 제92조 의 규정을 준용하여 계산한 과세표준에 같은 법 제104조 제1항의 세율을 적용하여 계산(개인의 양도소득세 계산방법)한 금액을 특별부가세로 납부하는 방법 중 임의로 그 방법을 선택하여 납부할 수 있도록 되어 있으나 이는 특별부가세 산출세액을 개인의 양도소득세 산출방법과 같이 산출할 수 있다는 것이지 감면세액까지 개인의 경우를 적용해야 한다는 것이 아니므로 청구인은 법인이므로 감면세액은 법인에 대한 감면종합한도인 산출세액의 70% 상당(2,252,268,102원)을 적용하여 계산해야 함에도 개인의 양도소득세 감면종합한도를 적용하여 3억 원만 감면세액으로 계산한 것은 부당하다고 주장한다.

이 사건 심사청구의 다툼은 비영리내국법인이 특별부가세 산출세액을 개인의 양도소득세 계산방법에 따라 산출했다 하더라도 감면세액은 법인의 감면 종합한도를 적용할 수 있는지 여부에 있다. 먼저 관련 법령의 규정을 보면, 법인세법 제59조의6 제1항 에서 “비영리내국법인(대통령령이 정하는 수익사업을 영위하는 비영리내국법인을 제외한다)이 제1조 제1항 제5호 및 제6호의 수입으로서 대통령령이 정하는 수입에서 생긴소득(이하 ‘부동산 등 양도소득’이라 한다)이 있는 경우에는 제26조 제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 소득은 제9조의 규정에 의한 각 사업연도의 소득금액 계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다.”고 규정하고 있고, 구 법인세법(1995. 12. 29. 법률 제5033호로 개정되기 전의 것) 제59조의6 제2항에서 “제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 하지 아니한 부동산 등 양도소득에 대하여는 제59조의2 및 제59조의4의 규정에 불구하고 소득세법 제15조 의 규정을 준용하여 계산한 과세표준에 동 법 제70조 제3항 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 특별부가세로 납부하여야 한다.”라고 규정하고 있으며, 구 법인세법시행령(1995. 12. 30. 대통령령 제14861호로 개정되기 전의 것) 제124조의14 제4항의 규정에서는 “부동산 등 양도소득에 대한 세액계산은 소득세법 제16조 의 규정을 준용한다”고 규정하고 있고, 구 소득세법(1995. 12. 29. 법률 제5031호로 개정되기 전의 것) 제16조에 의하면 소득세를 계산할 때에는 과세표준에 해당세율을 적용하여 양도소득세 산출세액을 계산하고 위 산출세액에서 세액공제를 하여 계산하도록 되어 있는데, 이때 구 소득세법 제6조 의 규정에 의하여 감면되는 세액이 있을 때에는 이를 공제하여 결정세액을 계산하도록 되어 있는바 비영리내국법인이 부동산 등 양도소득을 법인세법에 따라 각 사업소득으로 납부하는 경우에는 법인세 이외에 특별부가세를 납부하여야 하고 소득세법의 규정을 준용하여 납부할 경우에는 양도소득세 상당액을 특별부가세로 납부해야 함을 알 수 있다. 한편, 공공사업용 토지 등에 대한 양도소득세 등의 감면에 관한 규정을 보면, 구 조세감면규제법(1993. 12. 31. 법률 제4766호) 부칙 제16조 제8항에 의하면 이 법 시행 당시 내국인이 15년 이전에 취득한 토지 등으로서 종전의 구 조세감면규제법 제57조 제1항 각 호의 1에 해당하는 토지 등을 1995. 12. 31. 이내에 양도하는 경우 양도소득세 등의 감면 및 추징 등에 관하여는 종전의 제57조ㆍ제88조의2 및 제88조의3의 규정에 의하도록 규정되어 있고 구 조세감면규제법(1993. 12. 31. 법률 제4766호로 개정되기 전의 것) 제57조 제1항의 규정에 의하면 공공사업용 토지 등을 사업시행자에게 사업인정 고시일부터 소급하여 5년 이전에 취득한 것의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 70(채권으로 지급받는 경우 100분의 100)에 상당하는 세액을 감면하도록 되어 있으며, 같은 법 제88조의2의 규정에 의하면 개인이 제57조 등의 규정에 의하여 감면받는 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 3억 원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액은 이를 감면하지 아니하도록 규정하고 있고, 같은 법 제88조의3의 규정에 의하면 법인이 제57조 등의 규정에 의하여 각 사업연도에 감면받을 특별부가세액의 합계액이 대통령령이 정하는 특별부가세산출세액의 100분의 70에 상당하는 금액을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액은 이를 감면하지 아니한다고 규정되어 있다. 다음으로 이 사건 부과 처분을 하게 된 경위를 살펴보면, 청구인은 1970년대 초에 이 사건 토지를 취득하여 자경하여 오다가 1995. 12. 30. ㅇㅇ시 ㅇㅇㅇㅇ공사 사장이 시행하는 ㅇㅇ2지구 택지개발사업지구로 수용되어 8,682,880,030원의 보상(양도소득세신고시 양도가액 8,337,585,980원)을 받고 1996. 2. 29. 법인세 신고시 특별부가세 산출세액은 개인의 양도소득세 계산방법에 따라 3,217,525,861원으로 계산을 한 후 감면세액은 법인의 감면종합한도(산출세액의 70%상당)인 2,252,268,102원을 적용하고 예정신고납부세액 96,525,775원을 공제하여 특별부가세 868,731,980원, 농어촌특별세 450,453,620원(위 감면세액의 20%)을 납부하는 것으로 신고하였으나 처분청은 청구인이 특별부가세 산출세액을 개인의 양도소득세 계산방법에 의하여 계산하였으므로 감면종합한도도 개인의 감면종합한도를 적용하여 3억 원만 감면하여야 한다며 1997. 9. 1. 감면세액을 재계산하고 이 사건 부과처분을 하였음이 관계서류에 의해 확인된다. 살피건대, 법인으로 승인받은 단체(종친회, 동창회 등)가 부동산 등 양도에 따른 특별부가세를 개인의 양도소득세 계산방법에 따라 산출하여 납부할 수 있도록 법인세법 제59조의6 제2항 에서 특례규정을 둔 이유가 수익이 없는 비영리내국법인은 법인세 신고의무가 없으나 부동산 등을 처분하여 양도차익이 발생한 경우 장부기장, 법인세신고 등의 제반 납세의무를 이행하여야 하는 등 납세절차가 증가하는 문제가 있으므로 수익사업을 영위하지 아니하는 비영리내국법인에 한하여는 법인세 및 특별부가세를 부과하는 대신에 개인이 양도소득세를 계산하는 방법으로 양도소득 과세표준, 세율, 세액공제, 감면 등을 적용하여 산출한 세액을 특별부가세로 과세함으로써 과세형평을 기하면서도 납세편의를 증진하자는 데 그 취지가 있다고 새기는 것이 상당하다 할 것이고 이 때 특별부가세 산출세액을 개인의 양도소득세 계산방식에 의하여 산출하였으면 감면종합한도도 개인의 감면종합한도를 적용함이 타당하다 할 것이다. 또한 구 조세감면규제법 제88조의3의 규정은 특별부가세 과세표준에 특별부가세의 세율(과세표준의 100분의 20)를 적용하여 산출한 세액, 즉 특별부가세 산출세액의 100분의 70을 한도로 감면한다는 것이지 개인의 양도소득세 과세표준에 소득세법의 세율(5억 원 초과시 100분의 60)을 적용하여 산출한 세액, 즉 양도소득세 산출세액의 100분의 70을 한도로 감면한다는 것이 아님이 분명할 뿐만 아니라 구 법인세법시행령 제124조의14 제4항 의 규정에서는 “부동산 등 양도소득에 대한 세액계산은 구 소득세법 제16조 의 규정을 준용”하도록 규정하고 있고 구 소득세법 제16조 의 규정에 의하면 양도소득세 총 결정세액은 양도소득 산출세액계산, 소득세감면세액 및 예정신고납부세액공제, 가산세 가산의 순서로 계산하도록 되어 있으므로 소득세법에 의한 결정세액 계산과정에서 특별부가세 감면세액을 적용할 여지가 없기 때문에 수익사업이 없는 비영리내국법인이 개인의 양도소득세 계산방법에 의하여 산출세액을 계산하였으면 감면종합한도도 개인의 감면종합한도를 적용하여야 할 것이므로 이 사건 부과처분은 달리 잘못이 없다 하겠다.

그렇다면 처분청이 청구인에게 개인의 감면종합한도만을 감면세액으로 인정하고 한 이 사건 부과처분은 정당하고 이 사건 심사청구는 이유 없다 할 것이므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.