부과제척기한 기산일을 언제로 볼 것인지 여부

처분청은 1997. 5. 1.자로 청구인에 대하여 한 양도소득세 256,823,240원의 부과, 고지 처분에 관하여 ○○시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 전 119㎡ 및 같은 동 ○○번지 전 278㎡ 지상의 도정공장 부속토지에 해당하는 부분의 양도차익을 제외하여 그 과세표준 및 세액을 경정하여야 한다. 나머지 청구는 기각한다.

처분청은 청구인이 1982. 5. 6. ○○시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 임야 661.16㎡를, 같은 해 9. 8. 같은 동 ○○번지 전 119㎡, 같은 동 ○○번지 전 278㎡(이하 ‘쟁점토지’라 한다)를 각 취득하여 1991. 6. 12.자의 ㅇㅇㅇㅇ지방법원의 판결에 따라 명의신탁해지를 원인으로 하여 1991. 10. 15. 청구 외 ㅇㅇㅇ에게 소유권이전등기를 한 데 대하여 이를 양도로 보아 1997. 5. 1.자로 기준시가에 의한 양도소득세 256,823,240원을 부과, 고지하는 처분(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다)을 하였다.

청구인은 처분청이 한 이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구를 하면서 그 이유로서 청구인은 쟁점토지 취득시 그 지상의 도정공장 97.58㎡ 및 축사 2동 197.16㎡(이하 ‘쟁점건물’이라 한다)를 함께 취득한 후 공해유발 등의 원인으로 그 용도대로 사용하지 못할 형편이 되어 1984년경 이를 모두 주택으로 개조하여 여기에서 거주하다가 1990. 3. 31. 청구 외 ㅇㅇㅇ에게 3억 5,000만 원에 양도하기로 하는 부동산매매계약을 체결하고 매매대금 중 잔금 1억 4,500만 원을 같은 해 5. 17. 받았으나 쟁점건물의 용도가 공부상 도정공장 및 축사이고 쟁점토지의 지목도 전 및 임야인 관계로 일시에 명의이전이 되지 아니함에 따라 쟁점건물에 대하여는 우선 1990. 11. 17. 명의이전하고 쟁점토지에 대하여는 편법으로 명의신탁환원판결을 받아 1991. 10. 15. 따로 명의이전하게 되었는바, 결국 쟁점토지는 그 매매대금 중 잔금수령일이 1990. 5. 17.로서 1996. 5. 31.자로 양도소득세 부과 제척기간이 만료되었으며, 만약 위와 같은 부과제척기간 만료사실을 인정하지 아니한다 하더라도 청구인은 쟁점건물을 1984년경 주택으로 개조하여 1세대 1주택으로서 3년 이상 거주한 후 양도하였고 양도 당시 다른 주택을 보유한 사실이 없으므로 쟁점토지는 1세대 1주택인 쟁점건물의 부속토지로서 양도소득세 비과세대상이라고 주장한다.

이 사건 심사청구의 다툼은 첫째, 쟁점토지의 양도일을 1990. 5. 17.로 볼 것인지 그렇지 아니하면 1991. 10. 15.로 볼 것인지의 여부와 둘째, 청구인이 쟁점토지를 양도한 것이 1세대 1주택의 부속토지의 양도로서 양도소득세 비과세대상인지의 여부에 있다고 하겠다. 먼저 관계 법령의 규정을 보면, 국세의 부과제척기간에 관하여 구 국세기본법(1993. 12. 31. 법률 제4672호로 개정되기 전의 것) 제26조의2 제1항 제1호에 소득세는 이를 부과할 수 있는 날부터 5년이 만료된 날 이후에는 부과할 수 없도록 되어 있고 국세기본법시행령 제12조의3 제1항 제1호 에는 과세표준과 세액을 신고하는 국세에 있어서는 당해 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한(이하 ‘과세표준신고기한’이라 한다)의 다음날이 국세를 부과할 수 있는 날이라고 되어 있으며 구 소득세법(1994. 12. 22. 법률 제4803호로 전면 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 소득세법’이라 한다) 제100조 제1항에 당해 연도의 양도소득금액이 있는 거주자는 양도소득세 과세표준을 당해 연도의 다음연도 5월 1일부터 5월 31일까지 정부에 신고하도록 되어 있다. 양도 또는 취득시기에 관하여 구 소득세법시행령(1994. 12. 31. 대통령령 제14467호로 전면 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 소득세법시행령’이라 한다) 제53조 제1항 및 그 제1호에 부동산의 취득시기 및 양도시기는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 하되 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일로하고 잔금지급약정일이 확인되지 아니하거나 매매계약서에 기재된 잔금지급 약정일로부터 등기접수일까지의 기간이 1월을 초과하는 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일로 한다고 되어 있다. 1세대 1주택의 양도에 관하여는 구 소득세법 제5조 제6호 (자) 및 구 소득세법시행령 제15조 제1항 에 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대가 국내에 1개의 주택을 소유하고 3년 이상 거주하는 1세대 1주택과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 비과세하도록 되어 있으며 구 소득세법시행규칙(1995. 5. 3. 총리령 제505호로 전문 개정전의 것) 제6조에 1주택을 가진 세대가 주거이전을 목적으로 그 주택을 양도하기 전에 다른 주택을 취득하여 이전한 경우에 다른 주택을 취득한 날로부터 1년 이내에 종전의 주택을 양도함으로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 1세대 1주택으로 비과세하도록 되어 있다. 다음으로 청구인이 쟁점건물 및 쟁점토지를 취득하여 관리하다가 양도한 일련의 과정을 관련 등기부등본에 의하여 보면, 1982. 5. 6. 청구 외 ㅇㅇㅇ 및 ㅇㅇㅇ으로부터 쟁점토지 중 ○○시 ㅇㅇㅇ ㅇㅇㅇ ○○번지 임야 661.16㎡(이하 ‘이 사건 임야’라 한다) 및 쟁점건물 중 같은 동 ○○번지, 같은 동 ○○번지, 같은 동 ○○번지 지상의 축사 2동 197.16㎡(이하 ‘이 사건 축사 2동’이라 한다)를, 같은 해 9. 8. 청구 외 ㅇㅇㅇ로부터 쟁점토지 중 같은 동 ○○번지 전 119㎡ 및 같은 동 ○○번지 전 278㎡(이하 ‘이 사건 전’이라 한다)를, 같은 해 10. 14. 청구 외 ㅇㅇㅇ으로부터 쟁점건물 중 같은 동 ○○번지 및 같은 동 ○○번지 지상의 도정공장 97.58㎡(이하 ‘이 사건 도정공장’이라 한다)를 각 취득하였다가 그중 쟁점건물인 이 사건 축사 2동 및 이 사건 도정공장을 1990. 11. 17. 청구 외 ㅇㅇㅇ에게, 쟁점토지인 이 사건 임야 및 이 사건 전을 1991. 10. 15. 역시 청구 외 ㅇㅇㅇ에게 그 소유권을 이전하였으며, 청구인이 제시한 주민등록 초본을 보면 청구인은 1987. 9. 29. 주민등록지를 쟁점토지 중 임야 소재지인 ○○시 ㅇㅇㅇ ㅇㅇㅇ ○○번지에 등록하였다가 1991. 4. 4. ○○시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지로 이전한 것으로 되어 있으며 청구인이 제시한 4건의 부동산매매계약서를 보면, 그중 하나의 계약서는 1990. 3. 31. 청구인이 청구 외 ㅇㅇㅇ에게 쟁점토지 및 쟁점건물을 350,000,000원에 매도(잔금지급약정일: 1990. 5. 30.)하는 것으로 약정되어 있고 다른 3개의 계약서는 1990. 11. 5. 청구인이 역시 청구 외 ㅇㅇㅇ에게 쟁점건물만을 모두 27,514,400원에 매도(잔금지급약정일: 1990. 11. 5.)하는 것으로 약정되어 있으며, 청구인이 제시한 ㅇㅇㅇㅇ지방법원의 판결문을 보면 청구 외 ㅇㅇㅇ이 ㅇㅇㅇㅇ지방법원에 청구인을 상대로 쟁점토지에 관하여 1982. 12. 30.자 명의신탁해지를 원인으로 한 소유권이전등기절차를 이행하라는 취지의 소송을 제기하자 청구인이 변론기일에 출석하지 아니함에 따라 ㅇㅇㅇㅇ지방법원은 원고승소판결을 하였고 청구인은 이 판결내용을 근거로 위와 같이 1991. 10. 15. 쟁점토지의 소유권을 청구 외 ㅇㅇㅇ에게 이전하였으며, 청구인은 위에서 본 쟁점건물 및 쟁점토지 이외에 ○○시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 소재의 부동산을 취득하여 관리하고 있는바 그 내용을 보면, 1989. 5. 20.자로 위 소재지 대지 141㎡ 및 그 지상건물인 주택 79.14㎡를 취득하고 1990. 7. 28. 같은 곳에 연면적 342.62㎡의 주택 및 근린생활시설 등의 건축허가를 받은 후 1991. 6. 11. 건축허가면적의 건물을 준공(기존건물은 1990. 10. 31. 멸실하였다)하였으며 동 준공일 이전인 1991. 4. 4. 이곳으로 주민등록지를 이전하였음이 관련 부동산 등기부등본, 건축물관리대장 및 주민등록표 등본에 의하여 인정된다. 이상에서 일건 기록에 의하여 본 사실에 관하여 청구인은 1984년경 이 사건 도정공장 및 이 사건 축사 2동을 모두 주택으로 개조하여 거주하다가 쟁점토지와 함께 청구 외 ㅇㅇㅇ에게 일괄양도하고 그 대금을 1990. 5. 17. 수령하였으나 쟁점건물의 용도가 공부상 도정공장 및 축사로 되어 있고 쟁점토지의 지목도 전 및 임야인 관계로 일괄 명의이전을 하지 못하고 쟁점건물에 대하여는 1990. 11. 17. 매매를 원인으로, 쟁점토지는 1991. 10. 15. 편법으로 명의신탁환원판결을 받아 명의이전하였다고 주장한다. 다음으로 ○○시 ㅇㅇㅇ에서 관리하고 있는 쟁점건물에 대한 불법건축물 단속문서철 중 청구인이 1987. 10. 15.자로 작성하여 당시 ㅇㅇ구청장에게 제출한 자인서를 보면 청구인은 같은 해 10. 10.경 방앗간(이 사건 도정공장을 말하는 것으로 이해됨)을 주거용도로 변경함과 동시에 30㎡ 정도를 증축하였으나 같은 해 10. 20.까지는 원상복구하겠다는 것이고, 같은 해 10. 28.자로 작성한 자인서를 보면 방앗간 및 축사(이 사건 축사 2동을 말하는 것으로 이해됨)가 노후하여 삶의 터전으로 사용하려고 공사 중이라는 것이며, 1988. 2. 4.자로 ㅇㅇㅇ청장이 관할 ㅇㅇ경찰서장에게 고발한 내용을 보면 청구인이 1987. 10월중순부터 같은 해 11월말까지 방앗간(정미소)을 전면 개조하여 방을 만들고 30㎡ 정도로 무단증축하였다는 것이고 같은 해 8. 31.자의 고발내용을 보면 청구인이 기존정미소(이 사건 도정공장을 말하는 것으로 이해됨) 및 축사(이 사건 축사 2동을 말하는 것으로 이해됨) 약 270㎡를 허가 없이 주거용으로 용도변경(정미소 1동 117㎡, 축사 2동 153㎡)하여 사용하고 있다는 것이며, 이 이후인 같은 해 9. 2.부터 1991. 3. 29.까지 사이에 청구인은 위와 같은 사유로 4차례에 걸쳐 고발된 사실이 있다. 위와 같이 청구인이 쟁점건물을 불법개조한 후 1990. 11. 17. 청구 외 ㅇㅇㅇ에게 소유권이전할 때까지 주거용으로 사용한 상황을 관할 ○○시 ㅇㅇㅇ ㅇㅇㅇ의 주민등록 기록내용에 의하여 보면, 이 사건 축사 2동 소재지인 ○○시 ㅇㅇㅇ ㅇㅇㅇ ○○번지에는 청구인이 1987. 9. 29. 전입하여 1991. 4. 3. 퇴거한 것으로 되어 있는 외에 청구 외 ㅇㅇㅇ 세대 외 4세대가 1988. 10. 6.부터 1990. 8. 17.까지 사이에 전입하여 1990. 3. 16.부터 1991. 3. 11.까지 사이에 퇴거(각 전입일로부터 1990. 11. 17.까지 최단 2월, 최장 1년 7월 거주)한 것으로 되어 있고 이 사건 도정공장 소재지인 ○○시 ㅇㅇㅇ ㅇㅇㅇ ○○번지에는 청구 외 ㅇㅇㅇ 세대 외 1세대가 1996. 4. 3. 및 같은 해 5. 13. 각 전입한 것으로만 되어 있고 청구인 소유기간 중에는 주민등록 기록이 없다. 살피건대, 청구인은 주위적 청구로서 쟁점토지 및 쟁점건물에 대한 매매대금 중 잔금은 1990. 5. 17. 수령하였으므로 이날이 쟁점토지의 양도일로서 이에 대한 양도소득세는 1996. 5. 31.자로 그 부과제척기간이 만료되었다고 주장하나 청구인은 쟁점토지 및 쟁점건물의 양도일을 1990. 5. 17.로 하여 기한 내에 관련 증빙자료와 함께 자산양도차익예정신고나 양도소득세 과세표준확정신고를 한 사실이 없는 점과, 청구인이 제시한 1990. 3. 31.자의 부동산매매계약서에는 쟁점토지 및 쟁점건물을 청구 외 ㅇㅇㅇ에게 일괄양도하는 것으로 되어 있고 그 대금을 계약체결일에 계약금 3,500만 원, 같은 해 4. 30.에 중도금 1억 7,000만 원, 같은 해 5. 31.에 잔금 1억 4,500만 원을 수수하기로 되어 있으나 청구인은 청구인의 계좌에 1990. 4. 30.자로 1억 5,000만 원, 같은 해 5. 17.자로 1억 원이 입금되었다는 금융거래조회서만을 제시하고 있을 뿐 당초 계약내용이 변경되었다거나 입금된 금액이 쟁점토지 및 쟁점건물의 양도대가로 청구 외 ㅇㅇㅇ으로부터 받은 것이라는 입증자료를 제시하지 못하고 있는 점 등을 모두 미루어 보면 청구인이 쟁점토지 및 쟁점건물을 청구 외 ㅇㅇㅇ에게 얼마에 양도하였는지와 그 대금을 언제 받았는지가 확인되지 않는다 하겠으므로 쟁점토지 및 쟁점건물의 양도에 따른 잔금수령일이 1990. 5. 17.로서 이날이 양도일이라는 청구 주장은 인정할 수 없고 쟁점건물 및 쟁점토지의 각 양도일은 그 소유권이전등기접수일인 1990. 11. 17. 및 1991. 10. 15.이라고 하겠으므로 이 경우 쟁점토지의 양도에 대한 국세의 부과제척기간은 과세표준 및 세액의 신고기한인 1992. 5. 31. 다음날부터 5년이 경과함으로써 만료된다 할 것인데 그 전인 1997. 5. 1.에 이 사건 부과처분이 있었으므로 그 부과제척기간이 경과되었다는 청구주장은 이유 없다. 다른 한편 청구인은 예비적 청구로서 쟁점토지를 양도한 것이 양도소득세가 비과세되는 1세대 1주택의 부속토지를 양도한 것으로서 양도소득세가 비과세되어야 한다고 주장하는바, 이에 대하여 살펴보면, 이 사건 도정공장은 청구인이 1987. 10. 10.경 주택으로 개조하여 그 양도일로 인정할 수 있는 1990. 11. 17.까지 3년 이상 거주한 사실이 관할 ㅇㅇㅇ의 불법건축물 단속서류, 청구인의 주민등록 초본, 관련 등기부등본 등에 의하여 인정되므로 위 도정공장의 부속토지인 ○○시 ㅇㅇㅇ ㅇㅇㅇ ○○번지 전 119㎡ 중 일부 및 같은 동 ○○번지 전 278㎡는 양도소득세가 비과세되는 1세대 1주택의 부속토지라고 하겠으나, 이 사건 축사 2동은 1987.11월 말경 주택으로 개조되었고 청구인 소유로 되어 있던 기간 중에 청구 외 ㅇㅇㅇ 외 4세대가 최단 2월, 최장 1년 7월 동안 거주한 사실이 관할 ㅇㅇㅇ의 불법건축물 단속서류 및 관할 ㅇㅇㅇ ㅇㅇㅇ의 주민등록 기록에 의하여 인정되고 독립된 주택구조로 되어 있으므로 위 축사 2동의 부속토지인 이 사건 임야(661.16㎡) 및 ○○시 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ ○○번지 전 119㎡ 중 일부는 어느 모로 보나 양도소득세가 비과세되는 1세대 1주택의 부속토지라고 볼 수 없다.

그렇다면 이 사건 부과처분 중 ○○시 ㅇㅇㅇ ㅇㅇㅇ ○○번지 전 119㎡ 및 같은 동 ○○번지 전 278㎡에 소재한 도정공장의 부속토지에 해당하는 부분의 양도에 대한 처분부분은 부당하고 이 사건 심사청구는 일부 이유 있으므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.