농어촌특별세의 비과세대상여부

심사청구를 기각한다.

처분청은 청구인이 1995. 7. 7. 그 소유이던 ○○시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 답 2,713㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)가 ○○시에 공공사업용 토지로 수용됨에 따라 그 양도소득세 산출세액 591,004,758원 중 300,000,000원을 구 조세감면규제법(1993. 12. 31. 법률 제4666호로 전문 개정되기 전의 것) 제57조 제1항 및 구 조세감면규제법 부칙(1993. 12. 31. 법률 제4666호로 신설된 것, 이하 ‘위 구 조세감면규제법 부칙’이라 한다)제16조 제8항의 규정에 의하여 감면받고서도 동 감면세액을 과세표준으로 한 농어촌특별세를 신고납부하지 아니한 데 대하여 1996. 12. 16.자로 청구인에게 농어촌특별세 66,000,000원을 부과, 고지하는 처분(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다)을 하였다.

청구인은 처분청이 한 이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구를 하면서 그 이유로서 청구인은 지목이 답으로 되어 있는 이 사건 토지가 ㅇㅇㅇㅇ시에 택지개발사업용지로 수용됨에 따라 그 양도소득세 300,000,000원을 구 조세감면규제법 부칙 제16조 제8항의 규정에 따라 감면받은바 있고 이 사건 토지를 1969. 3. 6.에 취득한 후 나대지 상태에서 이용한바 있어 비록 이 사건 토지가 농지가 아니더라도 농어촌특별세법시행령 제4조 제7항 이 위 구 조세감면규제법 부칙 제13조 내지 제19조의 규정에 의한 경과조치 또는 특례가 적용되는 경우에는 농어촌특별세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있으므로 이 사건 토지에 대한 양도소득세 감면은 농어촌특별세의 비과세 대상에 해당하는 것임에도 처분청이 위 양도소득세 감면세액을 과세표준으로 하여서 한 이 사건 부과처분은 위법한 것이라고 주장한다.

이 사건 심사청구의 다툼은 나대지 상태로 이용하여 와서 양도일 현재 농지가 아닌 토지를 소유하다가 공공사업용지로 수용당한 자에 대하여 위 구 조세감면규제법 부칙 제16조 제8항의 규정에 의하여 양도소득세를 감면한 때에는 농어촌특별세를 비과세하여야 하는지의 여부에 있다. 먼저 청구인이 이 사건 토지를 취득하여 양도하고 양도소득세를 감면받은 경위와 처분청이 그 감면세액을 과세표준으로 하여 이 사건 부과처분을 한 경위 등 사실관계를 보면 청구인은 1969. 3. 6.자로 취득하여 1994. 1. 1. 현재 15년 이상 보유하던 이 사건 토지가 토지수용법 제14조, 택지개발촉진법 제12조 의 규정에 의하여 1992. 12. 31. 사업인정고시된 ○○ㅇㅇ지구 택지개발사업지역에 속하여 있다가 1995. 7. 7. ㅇㅇㅇㅇ시에 공공사업용인 택지개발용지로 수용됨에 따라 그 수용보상금 2,183,965,000원을 지급받은 사실, 이 사건 토지의 지적공부상 지목은 답이나 수용 당시의 이용현황이 나대지 상태로서 청구인이 그전부터 그 지상에 무허가 가건물을 설치하여 목재소 및 벽돌제조공장부지로 타인에게 임대하고 있던 토지인 사실 그리고 처분청은 청구인이 이 사건 토지 양도에 대한 양도소득세 산출세액 591,004,758원에서 위 구 조세감면규제법 부칙 제16조 제8항 및 구 조세감면규제법(1993. 12. 31. 법률 제4666호로 전면개정되기 전의 것) 제57조 제1항과 제88조의2의 규정에 의하여 300,000,000원을 감면받고서도 이 감면세액을 과세표준으로 한 농어촌특별세를 신고납부하지 아니하자 청구인에 대하여 이 사건 부과처분을 한 사실을 일건 기록에 의하여 인정할 수 있다. 다음 관계 법령의 규정을 보면, 위 구 조세감면규제법 부칙 제16조 제8항의 규정에 의하면 이 법 시행(1994. 1. 1.) 당시 내국인이 15년 이전에 취득한 토지 등으로서 1995. 12. 31. 이내에 공공사업용토지로 토지수용법 기타 법률에 의하여 수용되는 토지를 1995. 12. 31. 이내에 양도하는 경우 양도소득세의 감면 및 추징 등에 관하여는 종전의 제57조ㆍ제88조의2 및 제88조의 3의 규정에 의하도록 규정되어 있고 농어촌특별세법(1994. 3. 24. 법률 제4743호로 제정되어 같은 해 7. 1.부터 시행된 것) 제5조 제1항 제1호 및 제7조 제1항의 규정에 의하면 조세감면규제법에 의하여 소득세를 감면받은 자는 당해 감면세액을 과세표준으로 한 농어촌특별세를 신고ㆍ납부하게 되어 있는 데 같은 법 제4조 제2호의 규정에 의하면 농어민 또는 농어민을 조합원으로 하는 단체 중 대통령령이 정하는 경우에는 농어촌특별세를 부과하지 아니하도록 되어 있고 그 위임에 기한 같은 법 시행령 제4조 제1항 제1호와 제7항의 각 규정에 의하면 조세감면규제법 제63조 제1항(구 조세감면규제법 제57조 제1항)의 규정에 의한 공공사업용 토지 중 같은 법 제55조 제1항 제1호에 해당하는 자가 직접 경작한 토지(8년 이상 경작기간은 이를 적용하지 아니한다)로서 농지세 과세대상이 되는 토지를 공공사업용지로 양도한 경우에 한하여 농어촌특별세를 비과세하도록 되어 있으며 농어촌특별세법 또는 같은 법 시행령에서 농어촌특별세 비과세대상으로 규정된 조세감면규제법의 해당 규정과 같은 취지의 감면을 규정한 법률 제4666호 조세감면규제법 개정법률의 해당 규정에 대하여 같은 법 부칙 제13조 내지 제19조의 규정에 의한 경과조치 또는 특례가 적용되는 경우에 같은 경과조치 또는 특례에 대하여도 농어촌특별세를 부과하지 아니하는 것으로 되어 있는바, 위 구 조세감면규제법 부칙 제16조 제8항은 그 내용이나 규정방식, 체제 등으로 보아 조세감면규제법 제63조 제1항(구 조세감면규제법 제57조 제1항)의 규정에 의하여 감면되는 경우 중 일정한 요건에 해당하는 경우에 있어서의 감면비율에 관한 적용례를 규정한 것으로서 근본적으로는 공공사업용 토지 등에 대한 양도소득세 등의 감면을 규정한 조세감면규제법 제63조 제1항의 규정에 의한 감면의 한 모습에 불과하고, 그것이 조세감면규제법 제63조 제1항 등과는 별개의 양도소득세 등의 면제에 관한 근거규정이 되는 것은 아니라 할 것인데, 농어촌특별세법시행령 제4조 제1항 제1호 가 조세감면규제법 제63조의 규정에 의한 감면에 대하여는 농업에 관련된 일정한 자가 직접 경작한 농지세과세대상이 되는 토지 즉 농지에 한하여 농어촌특별세를 비과세하도록 규정하고 있으므로 결국 위 농어촌특별세법시행령 제4조 제7항 은 개정된 조세감면규제법을 적용하는 경우에 생기는 혼란을 염두에 둔 규정으로서 위 구 조세감면규제법 부칙 제16조 제8항에 의한 감면의 경우에도 농어촌특별세법시행령 제4조 제1항 제1호 와 같은 취지의 감면에 한하여 농어촌특별세를 비과세하는 취지의 것이라고 풀이함이 상당하다. 살피건대, 위 인정의 사실에 의하면 이 사건 토지에 대한 양도소득세가 위 구 조세감면규제법 부칙 제16조 제8항의 규정에 의하여 감면되기는 하였으나 이 사건 토지가 그 수용 당시의 이용현황이 나대지 상태의 것이어서 그 지적공부상의 지목에 불구하고 청구인이 직접 경작한 농지세과세대상이 되는 토지 즉 농지가 아니었다는 것이니 이 사건 토지에 대한 양도소득세 감면은 농어촌특별세의 비과세대상에 해당하지 아니한다고 보아야 할 것이고 따라서 이와 다른 견해를 전제로 하는 청구인의 위 주장은 받아들일 수 없는 것이라고 하겠다.

그렇다면 처분청이 청구인에 대하여 한 이 사건 부과처분은 정당하고 이 사건 심사청구는 그 이유 없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.