사업자 등록일 이전 매입세액의 공제 여부

처분청은 1996. 10. 16.자로 청구인에 대하여 한 부가가치세 10,832,820원의 부과처분에 관하여 1996. 6. 25. 이후 매입세액(과세사업분)을 재조사하여 공제하고 그 세액을 경정하여야 한다.

청구인이 건축설계를 전문으로 하는 부가가치세 면세사업 법인으로서 1996. 4. 16.부터 부가가치세 과세사업인 부동산임대업을 시작하였으나 부동산임대업종 추가로 인한 사업자등록정정신청서를 1996. 7. 3. 제출하고 같은 달 25. 같은 연도 제1기(1996. 1. 1.~1996. 6. 30.) 부가가치세 과세표준 및 세액신고를 하면서는 위 과세기간동안의 과세사업관련 매출세액 9,027,354원에서 매입세액 142,511,122원을 공제하고 133,483,768원의 환급세액을 신청한 데 대하여 처분청은 1996. 7. 2. 이전에 교부받은 세금계산서의 매입세액은 등록 전 매입세액으로 공제대상매입세액이 아니라는 이유로 매입세액 142,511,122원을 전액 공제부인하고 매출세액 9,027,354원에 대하여는 미등록가산세를 가산하여 1996. 10. 16.자로 청구인에 대하여 부가가치세 10,832,820원을 부과, 고지하는 처분(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다)을 하였다.

청구인은 처분청이 한 이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구를 하면서 그 이유로서

• 가. 청구인은 1996. 6. 25. 당시 청구인의 관할세무서인 ㅇㅇ세무서 민원실에 사업자등록정정신고서를 제출하였으나 1996. 7. 1.자로 관할세무서가 신설되는 ㅇㅇ세무서로 변경되게 되었으므로 그 후에 등록신청을 하라는 민원실 담당직원의 안내에 따라 위 서류를 반환받았으며 1996. 7. 3. 새로운 관할세무서인 ㅇㅇ세무서에 사업자등록정정신고를 하였으므로 청구인의 사업자등록신청은 최초 접수일인 1996. 6. 25. 이루어진 것으로 보아야 하며
• 나. 사업자등록일이 1996. 6. 25.인 경우 청구인의 사업자등록일은 동 신청일이 속한 과세기간의 초일인 1996. 1. 1.로 보는 것이 현행 부가가치세의 대전제인 전단계 매입세액 공제제도의 입법취지에 부합되는 것이라고 보이는데다가 미등록가산세는 과세기간 초일부터 계산하면서 매입세액 공제는 등록일을 기준하여 계산함은 조세의 형평에 비추어 보아도 납세자에게 부당한 처사이며 가사 과세기간의 초일을 사업자등록일로 의제할 수 없다고 하더라도 청구인의 사업자등록 신청일인 1996. 6. 25. 이후인 1996. 6. 29. 거래분 매입세액 1,680,454원은 매입세액 불공제의 대상이 되지 아니하므로 처분청이 한 이 사건 부과처분은 위법 내지 부당한 것이라고 주장한다.

이 사건 심사청구의 다툼은 첫째, 청구인의 사업자등록일을 1996. 6. 25.로 볼 수 있는 것인지, 둘째, 사업자등록일을 그 과세기간의 초일로 의제하여 매입세액 공제가 가능한지 여부에 있다. 먼저 관계 법령의 규정을 살펴본다. 사업자등록과 관련하여서 보면 부가가치세법 제5조 제1항 은 ‘신규로 사업을 개시하는 자는 사업장마다 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업개시일부터 20일 내에 사업장 관할세무서장에게 등록하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 개시하고자 하는 자는 사업개시일 전이라도 등록할 수 있다’고 규정하고 있고 납부세액 관계규정인 같은 법 제17조 제1항의 규정에 의하면 납부세액은 매출세액에서 매입세액을 공제한 금액으로 하게 되어 있고 같은 조 제2항 제5호는 매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액의 하나로 같은 법 제5조 제1항의 규정에 의한 ‘등록을 하기 전의 매입세액’을 규정하고 있다. 다음 청구인의 사업자등록신청 및 처분청의 과세경위 등 사실 관계를 살펴본다. 청구인은 설계 및 엔지니어링기술용역을 제공하는 법인으로서 부가가치세 면세사업자였으나 1996. 3. 19. 사옥을 신축, 준공하고 같은 해 4. 19. 과세사업인 부동산임대사업을 개시하고서도 사업자등록증상 사업의 종류를 추가하는 사업자등록 정정신청(이하 ‘이 사건 등록신청’이라 한다)을 하지 아니하고 있던 중 같은 해 6. 25. 당시 관할 ㅇㅇ세무서장에게 이 사건 등록신청서를 접수시켰는 데 담당직원은 위 신청서의 기재사항이나 첨부서류 등에 아무런 하자가 없음에도 불구하고 전산처리의 어려움이 있으니 며칠 후인 같은 해 7. 1.부터 신설되어 관할세무서가 되는 ㅇㅇ세무서장에게 신고서를 제출하는 것이 좋을 것이라고 권유하므로 같은 달 27. 그 신청을 취하하고 신청서를 반환받았다가 같은 해 7. 3. 같은 달 1.부터 신설된 관할 ㅇㅇ세무서장(이 사건 처분청)에게 이 사건 등록신청서를 다시 제출한 사실, 청구인은 그 뒤인 1996. 7. 25. 같은 연도 제1기 확정분 부가가치세를 신고하면서 매출세액 9,027,354원에서 매입세액 142,511,122원을 공제한 133,483,768원을 환급세액으로 신고한 사실, 그리고 처분청은 청구인이 신고한 위 매입세액을 사업자등록 전의 매입세액이라 하여 그 공제를 부인하고 위 매출세액에 대하여 미등록 가산세를 가산하여 세액을 계산하고 청구인에 대하여 이 사건 부과처분을 한 사실을 일건 기록에 의하여 인정할 수 있다. 이제 첫째다툼인 청구인의 사업자등록신청일을 과연 청구인의 위 주장과 같이 1996. 6. 25.로 볼 수 있는지의 여부에 대하여 본다. 청구인은 자기의 사업자등록신청일이 당초 사업자등록정정신청일인 1996. 6. 25.이라는 주장이고 처분청은 청구인이 위 등록정정 신청서를 자진 취하하였다가 1996. 7. 3. 재신청하였으므로 이날이 사업자등록신청일이라는 주장인바, 이를 가려보건대 위 인정의 사실에 의하면 청구인은 1996. 6. 25. 위 사업자등록정정신청서를 적법하게 접수시킨 사실이 있고 같은 달 27. 이를 회수한바 있으나 이는 세무당국의 실무처리상의 어려움을 피하자는 세무서담당자의 권유에 따라 청구인의 새로운 관할청이 되는 신설 ㅇㅇ세무서장에게 직접 신청하기 위한 것이었음을 알 수 있으므로 이와 같이 당초 적법하게 접수시킨 신청서가 비록 청구인에 의하여 회수되었다 할지라도 그것이 관할세무서 신설로 인한 업무의 번잡을 피하고자 하는 담당공무원의 안내와 권유에 의한 것이었다면 청구인의 의사에 반하여 신청서가 회수되었다고 볼 수밖에 없어 이 사건 사업자등록신청일은 당초 신청일인 1996. 6. 25.이라고 인정함이 상당하다 할 것이고, 따라서 이 날짜 이후의 매입세액 중 과세사업분이 있다면 이는 등록을 한 후의 것으로서 매출세액에서 공제하여 주는 것이 정당하다 할 것이다. 다시 둘째다툼인 사업자등록이 그 과세기간 중에 있었다 하더라도 그 과세기간의 초일에 이루어진 것으로 보아 그 등록 전 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 있는지 여부에 대하여 살펴본다. 부가가치세법 제17조 제2항 제5호 에서 매출세액에서 공제하지 아니하도록 규정하고 있는 ‘등록을 하기 전의 매입세액’이라 함은 적법한 등록신청의 수리가 되기 전의 매입세액을 의미한다고 보아야 할 것이므로 등록일이 속하는 과세기간의 초일부터의 매입세액 전부를 공제하여야 한다는 취지의 청구인 주장은 법령에 근거를 두지 아니한 무리한 주장일 뿐 아니라 매출세액에서 ‘등록을 하기 전의 매입세액’ 공제를 배제하고자 하는 위 부가가치세법 제17조 제2항 제5호 의 입법취지에도 어긋나는 주장이라고 할 것이므로 청구인의 위 주장은 받아들일 수 없다.

그렇다면 이 사건 부과처분 중 처분청이 청구인의 등록 전 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니하고 부가가치세를 부과한 부분은 정당하나 그 등록일이라고 보아야 할 1996. 6. 25. 이후의 과세사업분 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니한 부분은 잘못이라 할 것이고, 이 사건 심사청구는 일부 이유 있다고 인정되므로 처분청으로 하여금 위 잘못된 부분을 시정하게 하기 위하여 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.