실지거래가액으로 양도소득세를 부과할 수 있는지 여부

처분청은 1997. 4. 1.자로 청구인에 대하여 한 양도소득세 11,702,560원의 부과, 고지처분에 관하여 그 양도소득세 과세표준 및 세액을 실지거래가액에 의하여 경정함과 동시에 경정결과 부과, 고지할 세액이 없으면 같은 해 4. 2.자로 청구인 소유인 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 ㅇㅇ아파트 ○동 ○호에 대하여 한 압류등기를 말소하여야 한다.

처분청은 청구인이 1992. 1. 23. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 대지 122.3㎡ 및 그 지상건물 433.76㎡(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)를 양도하고 기준시가로 계산된 양도소득세를 자진납부(양도가액 209,243,770원, 취득가액 191,137,070원, 양도차익 12,483,380원, 납부세액 7,490,020원)한 데 대하여 납부된 세액의 산출내용 중 취득가액이 잘못 적용되었다는 이유로 양도가액은 당초 적용내용대로 적용하되 취득가액은 당초의 적용내용(191,137,070원)과는 달리 132,714,086원으로 적용하여 양도차익을 71,969,007원으로 산정한 후 이에 근거하여 산출한 양도소득세 21,353,040원을 부과, 고지하였다가 동 부과, 고지세액이 실지양도차익(실지양도가액 230,000,000원, 실지취득가액 208,370,000원, 필요경비 4,570,677원이므로 실지양도차익이 17,059,323원이 된다)을 초과하여 부당하다는 이유로 그 처분을 취소하는 대신 1997. 4. 1.자로 실지양도차익 17,059,323원에 신고불성실가산세 등 2,133,263원을 가산하고 기납부세액 7,490,020원을 공제한 11,702,560원을 양도소득세로 추가로 부과, 고지하는 처분(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다)을 하고 같은 해 4. 2. 청구인 소유인 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 ㅇㅇ아파트 ○동 ○호(건물면적 69㎡, 이하 ‘ㅇㅇ아파트’라 한다)에 대하여 압류등기를 하였다.

청구인은 처분청이 한 이 사건 부과처분을 취소하고 ㅇㅇ아파트에 대한 압류등기를 말소하게 하여 달라는 취지의 청구를 하면서 그 이유로서 세법의 근거 없이 이 사건 부동산에 대한 양도차익 전액을 바로 양도소득세 산출세액으로 하여 부과한 것은 부당하며, 따라서 이 사건 부과처분에 관련한 청구인 소유 ㅇㅇ아파트에 대하여 압류등기한 것도 또한 부당하다고 주장한다.

이 사건 심사청구의 다툼은 법원의 판결에 따라 기준시가에 의한 양도소득세 부과처분을 취소하고 다시 부과하기 전에 실지거래가액의 증빙서류가 제출된 경우 실지거래가액으로 양도소득세를 부과하여야 하는지 여부에 있다. 먼저 관계 법령의 규정을 보면, 구 소득세법(1993. 12. 31. 법률 제4661호로 개정되기 전의 것) 제23조 제4항 제1호 및 제45조 제1항 제1호 가목, 1995. 12. 30. 대통령령 제14860호로 개정된 소득세법시행령 제166조 제4항 제3호 에 의하면 부동산 양도자가 양도소득세 과세표준 및 세액의 결정일 이내에 증빙서류를 갖추어 양도 당시 및 취득 당시의 실지거래가액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하는 경우에는 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하도록 되어 있고 위와 같은 신고가 없거나 신고가 있더라도 신뢰할 수 있는 증빙서류의 제출이 없을 때에는 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하도록 되어 있으며, 위 소득세법시행령 제166조 는 그 부칙(1995. 12. 30. 대통령령 제14860호) 제1조 및 제8조의 규정에 따라 1996. 1. 1. 이후 양도소득금액을 결정하는 것부터 적용하도록 되어 있다. 다음으로 일건 기록에 의하여 처분청이 청구인에게 이 사건 부과처분을 한 경위를 보면, 청구인은 1989. 4. 27. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 대지 122.3㎡(이하 ‘이 사건 대지’라 한다) 중 114.691㎡와 그 지상건물 433.76㎡(이하 ‘1차 취득 부동산’이라 한다)를 취득하고 1990. 12. 25. 이 사건 대지 중 나머지 7.609㎡를 취득한 후 1992. 1. 23. 이 사건 대지와 그 지상건물인 이 사건 부동산을 일괄양도하였으며, 이에 대하여 처분청은 1992. 8월경 이 사건 부동산의 취득일을 1990. 12. 15.로 양도일을 1992. 1. 23.로 본 기준시가에 의하여 산정한 양도차익을 근거로 산출한 양도소득세 7,490,020원을 신고, 납부하도록 하는 양도소득세 안내문을 청구인에게 보냈으며 이 안내문에 따라 청구인은 같은 해 8. 31. 양도소득세 7,490,020원을 자진납부하였다. 그 후 처분청은 이 사건 부동산 중 대지 114.691㎡ 및 그 지상건물 433.76㎡의 취득시기는 1990. 12. 15.이 아니라 1989. 4. 27.이라는 사실을 확인하고 이에 따라 다시 계산한 취득 당시의 기준시가를 적용하여 양도차익을 76,529,684원으로 산정한 후 이에 근거하여 산출한 양도소득세 21,353,040원(산출세액 25,101,385원 + 신고납부 불성실가산세 3,741,675원 - 자진납부세액 7,490,020 = 21,353,040원)을 1996. 2. 16.자로 청구인에게 부과, 고지하자 같은 해 2. 23. 청구인은 처분청의 안내문에 따라 납부한 것으로 실지거래가액으로 신고하지 못한 것도 처분청의 책임이라는 주장을 하면서 양도가액 및 취득가액에 관한 증빙자료(양도가액 230,000,000원, 취득가액 208,370,000원)를 처분청에 제시하였으나 받아들여지지 않자 심사청구를 거쳐(1996. 4. 19. 당원이 감심 제75호로 심사청구를 기각결정하였다) ㅇㅇ고등법원에 행정소송을 제기하였으며, 1997. 2. 14. ㅇㅇ고등법원은 ‘처분청이 1996. 2. 16. 청구인에 대하여 한 양도소득세 21,353,040원의 부과처분은 이를 취소한다’라는 주문의 판결을 하였는바 그 판결이유의 요지를 보면 기준시가에 의한 세액이 실지양도차익을 넘을 수 없는 점과 청구인이 처분청의 안내에 따라 양도소득세액을 자진납부함으로써 사실상 양도차익예정신고 등을 이행할 수 없었음을 보거나 이 사건 부동산의 실지양도가액은 230,000,000원으로 인정되고 취득가액은 208,370,000원으로 인정되어 실지양도차익이 21,630,000원에 불과함에도 기준시가에 의한 양도차익 76,529,684원을 근거로 양도소득세를 부과한 것은 위법하므로 양도소득세를 다시 산정할 수 있도록 하기 위하여 1996. 2. 16.자의 양도소득세 부과처분은 전부 취소되어야 한다는 것이며 (처분청은 이 판결내용에 대하여 상고를 포기하였다), 1997. 4. 1. 처분청은 위 판결내용에 따라 1996. 2. 16.자의 처분내용을 취소하고 실지거래가액에 의한 양도차익 11,702,560원을 청구인에게 다시 양도소득세로 부과, 고지하고 같은 해 4. 2. 청구인 소유인 ㅇㅇ아파트에 대하여 압류등기를 하였다. 이에 대하여 청구인은 이 사건 부동산에 대한 실지양도차익 전액을 바로 양도소득세로 납부하도록 한 처분은 부당하며 이 부당한 처분에 근거하여 청구인 소유의 ㅇㅇ아파트에 대하여 압류등기한 것도 부당하다고 주장한다. 살피건대, 먼저 본 관계 법령의 규정에서 알 수 있다시피 부동산 양도자가 양도소득세 과세표준 및 세액의 결정일 이내에 증빙서류를 갖추어 양도 당시 및 취득 당시의 실지거래가액을 납세지 관할세무서장에게 신고한 경우에는 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하도록 되어 있고 이에 근거하여 양도소득세를 산출 및 부과하여야 함을 알 수 있으며 위 부과경위에서 본 바와 같이 이 사건 심사청구의 대상은 1996. 2. 16.자의 부과처분내용을 취소하고 1997. 4. 1.자로 새로운 부과처분을 한 것으로서 원래의 부과처분을 취소하면 그 부과처분으로 인한 법률효과는 일단 소멸하는 것이며 새로운 부과처분의 내용이 실질에 있어서는 당초의 부과처분의 감액 경정처분인 것이었다 하여 달리 해석되는 것이 아닐 뿐만 아니라 청구인은 이 사건 부과처분일 이전인 1996. 2. 23. 이미 이 사건 부동산에 관한 양도 당시 및 취득 당시의 실지거래가액을 입증하는 증빙서류를 갖추어 처분청에 심사청구서를 제출하면서 그 실지거래가액에 의하여 양도소득세를 부과하여야 한다고 주장한바 있으므로 그 행위는 양도소득세 과세표준 및 세액의 결정일 이내에 증빙서류를 갖추어 양도 당시 및 취득 당시의 실지거래가액을 납세지 관할세무서장에게 신고한 경우에 해당한다고 할 것이어서 이에 대하여는 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하고 이에 근거하여 양도소득세를 산출 및 부과, 고지하는 것이 정당하다고 할 것임에도 실지 양도차익을 바로 양도소득세 산출세액으로 보아 이 사건 부과처분을 하고 청구인 소유의 ㅇㅇ아파트에 대하여 압류등기를 한 것은 잘못된 것이라 하겠다.

그렇다면 청구인이 이 사건 부동산을 양도한 데 대하여 실지거래가액에 의한 양도차익을 양도소득세 산출세액으로 하여 이 사건 부과처분을 한 후 그 조세채권을 보전할 목적으로 청구인 소유의 ㅇㅇ아파트에 대하여 압류등기한 것은 부당하고 이 사건 심사청구는 이유 있으므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.