양도소득세 감면 가능 여부

처분청은 1997. 10. 1.자로 청구인에 대하여 한 양도소득세 673,390원의 부과처분을 취소하여야 한다.

처분청은 청구인이 1993. 7. 23.부터 청구 외 ㅇㅇㅇ 및 ㅇㅇㅇ 등 2인(이하 ‘청구인 등’이라 한다)과 공유하던 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ동 ○○번지 임야 5,554㎡(청구인 지분 1,950.5㎡, ㅇㅇㅇ 지분 1,950.5㎡ 및 ㅇㅇㅇ 지분 1,653㎡로서 이하 ‘위 모지번 토지’라 한다) 중 3,436㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 청구 외 ㅇㅇ지방국토관리청이 시행하는 ㅇㅇㆍㅇㅇ 간 도로확장공사용 부지로 국가에 협의양도(양도가액 360,780,000원)하기로 하고 1996. 5. 25. 위 모지번 토지에서 이 사건 토지를 분할하여 같은 동 ○○번지로 지번을 부여받아 보유하다가 같은 달 31. ㅇㅇ시장으로부터 각자의 소유지분에 비례하여 토지보상금을 각 수령(청구인 126,701,730원, 위 ㅇㅇㅇ 126,701,730원, 위 ㅇㅇㅇ107,376,540원)하고 양도한 후 같은 해 6. 18. 청구인 소유지분 양도에 따른 양도소득세 288,570원 및 농어촌특별세 149,630원을 각 신고납부한 데 대하여 위 모지번에서 이 사건 토지를 공유물 분할하기 전 청구인의 소유지분이 1,950.5㎡(이하 ‘청구인의 당초 소유지분’이라 한다)이었으나 위 분할등기 후의 지분이 1,059㎡가 되어 그 차이면적 891.5㎡가 줄어들었다고 하여 줄어든 면적 891.5㎡는 청구인이 직접 공공사업용 토지로 양도한 것으로 볼 수 없고 다만 위 공유물 분할등기시 위 ㅇㅇㅇ에게 우선 양도하고 이를 취득한 ㅇㅇㅇ가 국가에 일괄양도한 것으로 보아야 한다면서 청구인에 대하여 공공사업용 토지에 대한 양도소득세 감면규정의 적용을 배제하고 1997. 10. 1.자로 양도소득세 673,390원을 추가로 부과, 고지하는 처분(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다)을 하였다.

청구인은 이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구를 하면서 그 이유로서 청구인은 이 사건 토지가 1996. 5. 25. 모지번인 같은 시 ㅇㅇ동 ○○번지에서 분할되어 같은 동 ○○번지로 새로운 지번을 부여하는 과정에서 공유물 분할등기신청업무를 대행한 법무사 사무소 직원인 청구 외 ㅇㅇㅇ의 업무착오로 인하여 이 사건 토지 3,436㎡ 중 ㅇㅇㅇ 지분 1,653㎡을 제외한 나머지 청구인 소유지분 891.5㎡와 위 ㅇㅇㅇ 지분 891.5㎡가 모두 ㅇㅇㅇ 지분으로 등기됨으로써 결국 등기부등본상 청구인의 소유지분은 없어지고 말았으나 같은 해 5. 31. 이 사건 토지가 공공용지로 편입된 데 따른 보상금을 수령할 때에는 청구인 등 3인의 공유가 인정되고 각자의 소유지분에 비례하여 보상금이 지급됨으로써 등기신청업무대행자의 잘못으로 등기부등본상의 공유지분착오기재에 따른 청구인의 불이익이 자연치유되었을 뿐 아니라 이로써 이 사건 토지 중 청구인의 소유지분 891.5㎡가 있었다는 사실이 입증되었다 할 것임에도 처분청은 위와 같은 전후사정과 청구인의 입장은 전혀 고려함이 없이 등기부등본상 기재만 믿고 1996. 5. 25. 청구인의 지분이 위 ㅇㅇㅇ에게 양도되었고 이를 양수한 위 ㅇㅇㅇ가 같은 달 31. 자기의 지분과 청구인 지분을 합하여 공공사업용 토지로 국가에 양도한 것이라면서 청구인에 대하여는 공공사업용 토지에 대한 양도소득세 등 감면규정의 적용대상이 아니라고 하여 이 사건 부과처분을 하기에 이르렀는바 이는 사실을 오인한데서 비롯된 부당한 처분이므로 마땅히 취소되어야 한다고 주장한다.

이 사건 심사청구의 다툼은 이 사건 양도토지 중 청구인 소유지분을 공공사업용 토지로 양도한 것으로 보아서 양도소득세 감면규정을 적용할 수 있는지의 여부에 있다. 기록에 의하면 청구인과 위 ㅇㅇㅇ는 1979. 10. 19. ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ동 ○○번지 임야 5,554㎡를 공유지분으로 소유권보존등기를 경료하여 보유하던 중 1992. 7. 23. 공유자 지분 5,554분의 1,653을 위 ㅇㅇㅇ에게 매매를 원인으로 공유물이전등기를 경료하여 줌으로써 청구인과 위 ㅇㅇㅇ 지분은 각 공유자 지분 5,554분의 1,950.5가 되고 위 ㅇㅇㅇ 지분이 공유자 지분 5,554분의 1,653으로 된 사실, 청구인 등은 1996. 5. 25. 위 모지번 토지에서 3,436㎡를 분할하여 국가에 협의양도하기로 하고 같은 동 ○○번지 임야 2,118㎡와 같은 동 ○○번지 임야 3,436㎡로 각 분할등기한바 있는 데 토지등기부등본의 기재를 보면 같은 동 ○○번지 임야 2,118㎡는 청구인과 위 ㅇㅇㅇ가 각 2분의 1지분인 1,059㎡씩 같은 동 ○○번지 임야 3,436㎡는 위 ㅇㅇㅇ가 3,436분의 1,783, 위 ㅇㅇㅇ이 3,436분의 1,653으로 지분등기가 경료된 결과 청구인의 당초 소유지분 1,959.5㎡가 1,059㎡로 되어 등기부등본상 청구인 소유지분 891.5㎡가 줄어들게 된 사실, 그 후 청구인 등은 같은 달 30. ㅇㅇ시장에게 청구인 등 3인 연명으로 된 토지보상금 지급신청서를 제출하여 같은 달 31. ㅇㅇ시장으로부터 각자의 소유지분 비율에 의하여 안분계산한 보상금을 청구인 등의 거래은행 각 예금계좌로 입금받은 사실, 같은 해 6. 18. 청구인은 이 사건 양도토지의 등기부등본상 비록 청구인 소유지분이 없는 것으로 되어 있지만 이는 등기신청업무 대행자의 착오에 의하여 비롯된 것일 뿐 실지로는 청구인 지분 3,436분의 891.5라고 하여 기준시가에 의하여 양도소득세 과세표준액을 산정하고 양도소득세 1,068,790원을 산출하여, 이에 공공사업용 토지에 대한 감면세액 748,153원과 자진신고납부세액 공제 32,063원 등 계 780,216원을 공제한 나머지 양도소득세 288,570원과 위 감면세액을 과세표준액으로 한 농어촌특별세 149,630원을 각 신고납부한 사실, 이에 처분청은 1996. 5. 25. 위 모지번 토지에서 같은 동 ○○번지와 이 사건 토지로 공유물이 분할등기된 결과 청구인의 당초 소유지분이었던 1,950.5㎡가 1,059㎡로 줄어든 반면 위 ㅇㅇㅇ의 소유지분은 당초 1,950㎡에서 2,482㎡ 늘어났다고 하여 위 줄어든 지분은 청구인이 위 ㅇㅇㅇ에게 양도한 것으로 보아야 한다면서 공공사업용 편입토지에 대한 감면규정의 적용을 배제하고 이 사건 부과처분을 한 사실 등이 인정된다. 살피건대, 위의 인정사실에 의하면 1996. 5. 25. 모지번 토지를 같은 동 ○○번지와 이 사건 토지(같은 동 ○○번지)로 각 공유물 분할등기를 한 결과 이 사건 토지 중 청구인 지분은 없어지고 다만 위 ㅇㅇㅇ 지분이 당초 3,436분의 891.5에서 3,436분의 1,783으로 늘어났고 위 ㅇㅇㅇ 지분은 당초와 같이 3,436분의 1,653으로 등기되었다가 같은 달 31. 국가에 협의양도되었으나 공공용지 편입에 따른 보상금을 수령할 때에는 청구인 등 3인의 각 소유지분 비율에 따라 보상금을 수령한 사실을 알 수 있고 이 사건 토지에 대한 공유물 분할등기 신청을 대행한 ㅇㅇㅇ, ㅇㅇㅇ 합동법무사 사무소 사무장 위 ㅇㅇㅇ이 작성 제출한 이 사건 토지의 분할경위에 대한 확인서에 의하면 청구인 등 3인 공유로 되어 있던 위 모지번 토지 5,554㎡를 같은 동 ○○번지 및 같은 동 ○○번지로 공유물 분할하는 과정에서 공유물 분할등기신청의 편의상 같은 동 ○○번지에 남아 있는 2,118㎡를 신청인과 위 ㅇㅇㅇ 등 2인 공유로, 이 사건 토지인 같은 동 ○○번지 임야 3,436㎡를 위 ㅇㅇㅇ 지분으로 3,436분의 1,783, 위 ㅇㅇㅇ 지분으로 3,436분의 1,653 등 2인 공유로 분할등기를 신청하여 등기가 그대로 경료된 결과 이 사건 토지 중 청구인의 지분으로 등기되어야 할 891.5㎡가 ㅇㅇㅇ 지분으로 등기되는 착오가 초래되었음을 알 수 있으며 도로용지로 편입되는 이 사건 토지를 모지번 토지에서 분할하여 ㅇㅇ시청에 토지보상금 지급신청서만 제출하면 곧바로 보상금이 지급될 것이라는 점을 잘 알고 있었을 청구인이 자기의 소유지분을 위 ㅇㅇㅇ에게 우선 양도하고 위 ㅇㅇㅇ로 하여금 다시 국가에 양도하게 한 후 그 대금만 본인명의로 영수하여야 할 특별한 사정이 있었다고 볼 수 없었던 점에 비추어 이 사건 양도토지 중에는 실지 청구인 소유지분 3,436분의 891.5가 있었으나 등기신청대행자의 업무착오에 기인하여 청구인 소유지분이 위 ㅇㅇㅇ분으로 잘못 등기된 후 도로부지로 편입된 것에 불과하다 할 것이므로 이 사건 양도토지 중 청구인 소유지분 토지도 공공사업용 토지로서 양도소득세 감면대상에 해당된다는 청구인의 주장은 이유 있다 할 것이다.

그렇다면 처분청이 청구인 등의 이 사건 양도토지 중 청구인 지분이 공공사업용 토지로 편입된 것이 아니라고 보아서 감면규정의 적용을 배제한 이 사건 부과처분은 부당하고 이 사건 심사청구는 이유 있다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.