매입세액 공제가능 여부

심사청구를 기각한다.

청구 외 ㅇㅇㅇ가 1996. 5. 29. 공급자인 청구 외 ㅇㅇ 제ㅇ구역 주택개량재개발조합(조합장 ㅇㅇㅇ, 이하 ‘위 재개발조합’이라 한다)과 사이에 ○○시 ㅇㅇ구 ㅇㅇㅇㅇ동 ○○번지 ㅇㅇ아파트상가 ○동 ○호 건물 586.29㎡ 및 대지 192.18㎡(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)를 대금 550,000,000원에 분양받기로 하는 계약을 체결하고 위 계약당일 계약금 165,000,000원을 지급한 상태에서 청구인이 위 분양계약을 인수하여 같은 해 12. 26. 위 재개발조합에게 잔금으로 399,575,000원을 지급한 다음 위 재개발조합으로부터 건물분 공급가액을 145,750,000원, 매입세액을 14,575,000원으로 기재한 세금계산서(이하 ‘이 사건 세금계산서’라 한다)를 교부받아 1997. 1. 25. 부가가치세 영세율 등 조기환급 신고서를 제출하여 위 매입세액 14,575,000원을 환급받은 데 대하여 처분청은 위 건물분 공급가액 중 계약금에 상당하는 42,596,200원은 청구인이 지급한 것이 아니어서 이 사건 세금계산서 및 매입처별세금계산서합계표의 기재가 사실과 다르다고 보아 위 매입세액 중 4,259,620원을 공제부인하고 1997. 4. 1.자로 청구인에 대하여 부가가치세 4,685,580원(가산세 425,962원 포함)을 경정 부과, 고지하는 처분(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다)을 하였다.

청구인은 처분청이 한 이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구를 하면서 그 이유로서 처분청은 부가가치세법시행령 제21조 제1항 제4호 에 따라 이 사건 부동산의 분양거래를 중간지급조건부거래로 보아 대가의 각 부분을 받기로 한 날을 재화의 공급시기로 하여 이 사건 부과처분을 하였으나 중간지급조건부 거래라 함은 부가가치세법시행규칙 제9조 제1호 에 따라 계약금 이외의 대가를 분할하여 지급하는 경우로서 계약금을 지급하기로 한 날부터 잔금을 지급하기로 한 날까지의 기간이 6월 이상인 경우를 말하는 것인데, 위 분양거래에서는 계약금 이외의 대금을 분할하지 않았을 뿐 아니라 잔금지급일이 등기이전시로 규정되어 있어 계약금지급일로부터 잔금지급예정일까지의 기간을 예측할 수 없으므로 중간지급조건부거래에 해당되지 않는데도 위 분양계약에 관한 거래를 중간지급조건부거래로 보아서 한 이 사건 부과처분은 부당하므로 취소하여야 한다고 주장한다.

이 사건 심사청구의 다툼은 분양계약을 인수한 사업자가 당초의 계약자가 지급하였던 계약금분 매입세액을 자기의 매출세액에서 공제받을 수 있는지의 여부에 있다. 우선, 이 사건 관계 법령의 규정을 보면, 부가가치세법 제17조 제2항 은 “다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다”고 규정하고 그 제1호 본문은 “제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액”이라고 규정하고 그 제1호의2 본문은 “제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 ‘필요적 기재사항’이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액”이라고 규정하고 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의하면 납세의무자로 등록한 사업자 또는 세관장은 재화 또는 용역을 공급받는 자 또는 수입자에게 세금계산서를 교부하여야 한다고 규정되어 있고 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하면 사업자는 세금계산서를 교부받은 때에는 매입처별세금계산서합계표를 당해 예정신고 또는 확정신고와 함께 제출하여야 한다고 규정되어 있고 제9조 제1항 및 같은 법 시행령 제21조 제1항 제4호의 규정에 의하면 중간지급조건부로 재화를 공급하는 경우에는 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 재화의 공급시기로 본다고 규정되어 있다. 다음, 청구인이 이 사건 세금계산서를 교부받아 매입세액을 공제, 환급받게 된 경위 및 처분청에서 이 사건 부과처분을 하기에 이른 경위 등 사실 관계를 보면, 청구 외 ㅇㅇㅇ는 1996. 5. 29. 위 재개발조합의 분양업무 대행자이던 청구 외 ㅇㅇ건설 (주)(대표이사 ㅇㅇㅇ)와 사이에 이 사건 부동산을 대금 550,000,000원에 분양받기로 하는 계약을 체결하고 계약과 동시에 입점할 수 있도록 하되 계약당일 계약금 165,000,000원을 지급하고 중도금 및 잔금 385,000,000원은 일시불로 같은 해 10. 31.까지 지급하기로 약정한 사실, 위 ㅇㅇㅇ는 위 계약당일 약정에 따라 계약금 165,000,000원을 지급하였으나 중도금 및 잔금은 같은 해 10. 31.이 지나도록 지급하지 아니하였던 사실, 한편 위 재개발조합은 1996년 1기 확정 부가가치세 신고시 위 ㅇㅇㅇ로부터 받은 이 사건 부동산의 계약금에 관하여 건물분 공급가액을 43,670,103원, 부가가치세액을 4,367,010원, 면세인 토지분 공급가액을 116,962,887원, 시설용도를 실내골프연습장으로 각 기재한 매출처별세금계산서합계표 및 계산서합계표를 작성, 제출하였던 사실, 그 후 청구인은 위 ㅇㅇㅇ로부터 위 분양계약을 인수하기로 하고 1996. 12. 15. 부동산임대업으로 사업자등록을 한 다음 같은 해 12. 26. 위 재개발조합과 사이에 이 사건 부동산의 매수인을 청구인으로 하고 총분양대금을 564,575,000원(건물분 공급가액 145,750,000원, 부가가치세액 14,575,000원, 대지분 공급가액 404,250,000원)으로 하되 소유권이전등기시까지 위 총분양대금에서 기지급된 계약금 165,000,000원을 공제한 잔금 399,575,000원을 지급하기로 하는 권리의무승계계약을 체결(위 재개발조합과 ㅇㅇㅇ 사이에 1996. 5. 29. 체결되었던 분양계약을 인수한다는 의미로 권리의무승계계약서의 일자란에는 “1996. 5. 29.” 이라고 기재하였다)하면서 위 재개발조합으로부터 공급일자를 1996. 12. 26., 공급가액을 145,750,000원, 부가가치세액을 14,575,000원으로 각 기재한 이 사건 세금계산서를 교부받은 사실, 그 후 1996년 2기 부가가치세 신고시 청구인은 위 재개발조합으로부터의 공급가액을 145,750,000원, 매입세액을 14,575,000원으로 각 기재한 매입처별세금계산서합계표 및 이 사건 세금계산서를 제출하여 매입세액 공제, 환급신청함으로써 위 매입세액 14,575,000원의 전액을 매출세액에서 공제, 환급받은 사실, 한편 위 재개발조합은 1996년 2기 확정 부가가치세 신고시 청구인에 대한 건물분 공급가액을 108,914,459원, 부가가치세액을 10,891,446원, 면세인 토지분 공급가액을 265,194,096원으로 각 기재한 매출처별세금계산서합계표 및 계산서합계표를 작성, 제출한 사실, 이에 처분청은 청구인이 공제, 환급받은 매입세액 가운데 위 ㅇㅇㅇ가 위 재개발조합에게 지급한 계약금 중 건물분 공급가액에 해당하는 42,596,200원을 기초로 산정된 4,259,620원을 공제 부인하고 1997. 4. 1.자로 이 사건 부과처분을 하기에 이른 사실을 일건 기록에 의하여 각 인정할 수 있다. 살피건대, 위 인정사실에 의하면 이 사건 부동산의 계약 당시 위 재개발조합에게 계약금을 지급한 자는 위 ㅇㅇㅇ였고 청구인은 위 재개발조합에게 총분양대금에서 계약금을 공제한 잔금만 지급하기로 약정하였던 사실을 인정할 수 있으므로 청구인이 위 재개발조합으로부터 공급받은 부분은 위 ㅇㅇㅇ가 지급하였던 계약금 상당액을 제외한 나머지라 할 것임에도 청구인이 1996년 2기 부가가치세 신고시 제출한 이 사건 세금계산서 및 매입처별세금계산서합계표에는 계약금에 상당하는 공급가액을 포함하여 건물분의 총공급대금이 공급가액으로 기재되어 있어 그 기재가 사실과 다르다 할 것이므로 청구인이 신고한 공급가액 중 계약금에 상당하는 부분을 공급가액으로 하여 산출된 매입세액은 공제되지 않는다 할 것이어서 이 사건 부동산의 분양계약에 관한 거래가 중간지급조건부 거래인지의 여부에 관하여 더 나아가 살필 필요도 없이 청구인의 위 주장은 이유 없다 할 것이다.

그렇다면 청구인이 공제, 환급받은 매입세액 중 계약금에 상당하는 공급가액을 기초로 산정된 매입세액 부분을 공제부인하고서 한 이 사건 부과처분은 정당하고 이 사건 심사청구는 이유 없다 할 것이므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.