특별부가세 부과대상인지 여부

심사청구를 기각한다.

ㅇㅇㅇㅇㅇ협동조합(이하 ‘청구인’이라 한다)은 1993. 6. 28.부터 1996. 12. 30.까지 사이에 ○○시 ㅇㅇ구 ㅇㅇㅇ동 ○○번지(면적: 76,934㎡) 상에 ㅇㅇㅇㅇ유통단지(지하 3층 지상 10층의 업무동 2동 및 지하 3층 지상 4층의 상가동 6동, 연건평: 308,702.89㎡, 이하 ‘상가’라 한다)를 신축하여 1996. 10. 31. 일반인 및 조합원에게 총 상가수 4,050개 중 2,944개(일반인: 1,338개, 조합원: 1,606개)를 분양하고 1997. 3. 15. 1996사업연도 법인세 신고시 조합원 분양분과 일반 분양분을 구분함이 없이 상가분양가액에서 당해상가의 건설원가를 뺀 금액을 상가 양도차익으로 보고 법인세 특별부가세(이하 ‘특별부가세’라 한다) 7,162,273,802원을 납부하는 것으로 신고하였다가 같은 해 3. 29. ㅇㅇㅇ으로부터 질의회신을 받고 같은 해 5. 13. 상가분양분 중 조합원에게 분양한 것은 특별부가세 과세대상이 되지 않는다는 이유로 이에 대한 특별부가세 2,627,627,691원을 감액해 주도록 법인세 경정청구를 하였으나 처분청에서는 같은 해 6. 27.자로 조합원에 대한 상가분양분도 양도에 해당되어 특별부가세 과세대상이 된다는 이유로 감액경정청구를 거부(이하 ‘이 사건 거부처분’이라 한다) 한 사실이 있다.

청구인은 처분청이 한 이 사건 거부처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구를 하면서 그 이유로서 청구인은 ㅇㅇㅇㅇ협동조합법 및 동 법시행령 제8조 제4항의 규정에 의거 1985. 1. 17. 설립된 비영리 공공법인으로서 조합원(1996. 12. 31. 현재 조합원수: 734명)과 조합과의 관계를 볼 때 조합재산은 조합원의 합유재산이며 재산수탁자인 조합이 조합원의 재산으로 상가를 건설하여 위탁자인 조합원에게 출자비율에 따라 상가를 나누어 준 것에 불과하며 비록 건설원가를 초과하여 조합원에게 상가를 나누어 주었지만 건설원가 초과부분은 상가건설허가조건인 학교용지 구입재원을 마련하기 위한 것이지 양도차익을 얻을 목적이 아니었으므로 조합원에게 상가를 나누어 준 것은 특별부가세 과세대상이 되지 않으므로 이 사건 거부처분은 부당하다고 주장한다.

이 사건 심사청구의 다툼은 조합원에게 분양한 상가분양분이 특별부가세 과세대상에 해당되는지의 여부에 있다. 우선 관계 법령의 규정을 보면, 법인세법 제1조 제1항 및 제5항의 규정에 의하면 국내에 본점 또는 주사무소를 둔 내국법인은 수익사업 또는 수입에서 생긴 소득에 대하여 법인세를 납부할 의무가 있고 국가ㆍ지방자치단체(지방자치단체조합을 포함한다)를 제외한 모든 내국법인은 토지 등의 양도차익이 있을 때에는 특별부가세를 법인세로 납부할 의무가 있다고 규정하고 있고 법인세법 제59조의2 제1항 에 의하면 특별부가세의 과세표준은 대통령령이 정하는 토지ㆍ건물ㆍ부동산에 관한 권리, 주식 또는 출자지분(이하 ‘토지 등’이라 한다)의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다고 규정하고 있으며 같은 조 제2항의 규정에 의하면 제1항에서 ‘양도’라 함은 토지 등에 대한 등기에 관계 없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 토지 등이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다라고 규정하고 있는바, 비영리 내국법인은 법에서 규정한 수익사업에 의한 소득이 있는 경우에 한하여 법인세를 납부해야 할 것이나 토지 등의 양도에 대하여는 대상토지 등이 수익사업에 공하였는지의 여부에 관계 없이 양도차익에 대한 특별부가세를 납부할 의무가 있다고 봄이 상당하다 할 것이다. 다음으로 청구인이 상가를 신축하여 분양한 내용, 특별부가세 경정청구 경위 및 처분청이 한 이 사건 거부처분 사유 등을 보면, 청구인은 1985. 1. 17. 조합을 결성하고 ○○시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지(면적: 76,934㎡) 상에 ㅇㅇ부품유통단지(지하 3층, 지상 10층의 업무동 2동 및 지하 3층 지상 4층의 상가동 6동, 연건평 308,702.89㎡, 총 상가수 4,050개)를 조성하기 위하여 1993. 6. 28. 건축허가를 받고 같은 해 7. 7. 공사를 착공했으며 1996. 12. 30. 위 상가에 대한 준공검사를 받은 사실, 기계부품유통단지(상가)를 건설하던 중인 1996. 10. 31. 일반인 1,272명에게 상가 1,338개를 115,754,659,348원에 분양하고 조합원 726명에게는 상가 1,606개를 83,834,253,010원에 분양한 사실, 1997. 3. 15. 법인세 신고시 조합원에 대한 상가분양분과 일반인에 대한 상가분양분을 구분함이 없이 총 분양금액 199,588,912,358원에서 당해 상가의 건설원가 및 양도비용 163,777,543,346원을 뺀 35,811,369,012원을 양도차익으로 보고 특별부가세 7,162,273,802원을 포함한 법인세 8,364,294,136원을 납부하는 것으로 신고한 사실, 같은 해 3. 29. 청구인의 자문 세무사였던 ○○시 ㅇㅇㅇ구 ㅇㅇㅇ동 ○○번지 ㅇㅇㅇ빌딩 ○호 청구 외 ㅇㅇㅇ(이하 ‘ㅇㅇㅇ’이라 한다)이 ㅇㅇㅇ으로부터 조합이 조합원 소유 공동건물을 건설하기 위하여 조합원으로부터 부지매입비 및 건물 신축공사비를 받아 당해 조합의 명의로 건설하여 준공즉시 각 조합원에 인도하는 경우는 특별부가세 과세대상에 해당하지 않는다는 내용의 질의회신을 접수하고 같은 해 5. 13. 조합원 분양분에 대한 특별부가세 2,627,627,619원을 감액해 주도록 특별부가세 경정청구를 한 사실, 처분청에서는 같은 해 6. 27. 조합원에 대한 분양분도 상가입지조건에 따라 분양가격을 달리하여 분양했으므로 이는 양도에 해당되어 당초 청구인이 신고․납부한 내용이 정당하다며 이 사건 거부처분을 한 사실이 관계 자료에 의해 인정된다. 살피건대, 청구인은 조합원에게 상가를 분양해 준 것은 조합이 수탁받은 조합원의 재산으로 상가를 건설하여 실권리자인 조합원에게 지분비율대로 나누어 준 것에 불과하고 건설원가를 초과하여 분양하였다고 하더라도 당초 건축허가조건인 학교용지 구입재원을 마련하기 위한 것이지 양도차익을 얻기 위한 것이 아니므로 조합원에 대한 상가분양분은 특별부가세 과세대상에서 제외되어야 한다고 주장하나 조합원에게 상가분양한 내용을 구체적으로 살펴보면 조합원들에게 똑같이 받은 기본 분담금 54,840,000원(분담금 44,100,000원, 면적가정산금 10,000,000원, 사업추진분담금 740,000원) 이외에 상가입지조건(층수 및 위치 등)에 따라 차등분담금 명목의 분양대금을 최고 52,000,000원까지 추가로 받아 상가를 분양하였고 입찰금액이 같은 사람이 2명 이상인 경우에만 추첨에 의해 분양하는 등 일반경쟁방식으로 분양을 함으로써 조합원들에게 분양한 1,606개 상가의 건설원가 70,696,114,556원보다 13,138,138,454원이 더 많은 83,834,253,010원을 분양대금으로 받아 상가 양도차익이 발생하였고 비록 양도차익은 당초 상가 건축허가조건인 학교용지를 구입하기 위한 재원이라 하더라도 1986. 7. 7. 청구인과 ○○시 ㅇㅇ위원회 ㅇㅇㅇ과 합의한 각서 내용에 의하면 추후 교육위원회에서 위 학교용지에 학교설립을 위하여 용지를 매입할 때에는 토지평가대금과 청구인이 매입한 가격 중 낮은 가격으로 위 학교용지를 유상매입하는 것으로 되어 있으므로 상가 양도차익이 발생하지 않았다고 주장하는 것은 타당하지 않으며 또한 1997. 3. 29. ㅇㅇㅇ이 국세청에 질의한 내용은 비영리법인인 조합이 단순히 조합명의로 상가를 건설하여 조합원에게 인도하는 것이 특별부가세 과세대상에 해당되는지의 여부인 데 반하여 이 사건의 경우를 보면 조합이 조합원 소유 건축물의 신축을 단순히 대행하여 추첨에 의한 방법으로 인도한 것으로 볼 수 없고 상가를 조합원에게 유상양도한 것으로 보아야 할 것이므로 국세청으로부터 질의회신받은 내용과 이 사건과는 동질성이 없다고 보아야 할 것이다. 따라서 처분청에서 이 사건 조합원에 대한 상가분양분을 유상양도로 보고 양도차익에 대해서는 특별부가세를 부과해야 하는 것으로 보고 한 이 사건 거부처분은 정당하다고 하겠다.

그렇다면 청구인이 특별부가세를 경정청구한 것에 대하여 처분청이 한 거부처분은 정당하다 할 것이고 이 사건 심사청구는 이유 없으므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.