사무실의 면적을 인원비례로 안분계산한 타당성 여부와 조기환급의 경우 면세사업에 주로 사용하는 건물부분의 매입세액도 환급할 수 있는지의 여부

심사청구를 기각한다.

처분청은, 교육기관 등의 교육공무원ㆍ교원 등에 대한 효율적인 공제제도를 확립함으로써 이들의 생활안정과 복리를 증진함을 목적으로 ㅇㅇㅇㅇ공제회법에 의하여 설립된 청구인이 위 목적사업의 수행을 위하여 1992. 12. 3.부터 1995. 12. 26.까지 사이에 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 외 2필지 대지 2,666㎡ 지상에 연면적 23,780.84㎡의 건물(지하 4층, 지상 14층, 이하 ‘이 사건 회관’이라 한다)을 신축한 후 이를 신축하기 위하여 공급받은 각종 재화 또는 용역에 대한 1993년 제1기분부터 1995년 제2기분까지 6개 과세기간의 부가가치세를 신고하면서 이 사건 회관 전체가 과세사업에 제공되어 매입세액 전액을 공제하는 것으로 계산하여 부가가치세 매입세액 계 1,750,489,968원의 환급신청을 하고 이를 환급받은 데 대하여 ㅇㅇ지방국세청의 실지조사에서 이 사건 회관 중 1,389.03㎡부분이 청구인의 사무실 및 회의실 등으로 고유목적에 직접 사용되고 나머지는 다른 사람에게 임대함으로써 부가가치세법상 면세사업과 과세사업을 겸업하는 것으로 밝혀졌다 하여 부가가치세법시행령 제61조 제1항, 제4항의 규정에 따라 위 회관 중 면세사업과 과세사업에 각 관련된 사용면적의 비율에 따라 안분계산하여 면세사업에 관련된 사용면적에 해당하는 부가가치세 174,422,620원(가산세 포함된 금액)을 1996. 7. 1.자로 청구인에 대하여 추가 부과, 고지하는 처분을 하고 또 1996년 제1기분 부가가치세 매입세액 290,375,233원을 환급하였다가 위와 같은 사유로 부가가치세 28,933,610원을 1996. 7. 16.자로 추가 부과, 고지하는 처분(위 1996. 7. 1.자 부과처분과 같은 달 16.자 부과처분을 합하여 이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다)을 하였다.

청구인은 처분청이 한 이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구를 하면서 그 이유로서 첫째, 청구인은 고유목적사업인 공제사업을 수행하는 것 외에 회원들이 납부한 기금으로 면세사업인 금융업과 과세사업인 부동산 임대업을 같이 영위하고 있는바 이 사건 회관 중 청구인의 사무실로 사용되는 353.72㎡부분은 과세사업인 부동산임대사업을 영위함에 있어서 필수불가결한 업무를 수행하는 직원들의 근무장소로 이용되는 공간임에도 그 직원 중 일부가 회원의 공제업무를 수행한다고 하여 그 면적의 2분의 1 상당인 176.86㎡를 면세사업에 관련된 사용면적으로 본 것은 부당하고, 둘째, 이 사건 회관 중 회의실로 사용하는 1,212.17㎡는 이 사건 회관에 입주한 사업자들의 회의장소나 교육장소로 이용되기도 하고 청구인의 회원 또는 그 가족이나 일반인들의 예식장 등 행사장으로 이용되기도 하는 등 임차인들의 편의를 제공하거나 지역사회의 각종행사 및 회의장소로 제공하는 등의 홍보활동을 통하여 부동산임대사업의 원활화를 기하기 위한 것이므로 이 부분 역시 과세사업인 부동산임대사업에 공하는 건물부분으로 보아야 함에도 이를 면세사업에 관련된 사용면적으로 본 것 역시 부당한 것이라고 주장한다.

이 사건 심사청구의 다툼은 이 사건 회관 중 사무실의 일부분 176.86㎡ 및 회의실부분 1,212.17㎡ 등 계 1,389.03㎡를 과세사업인 부동산 임대사업에 관련된 사용면적으로 볼 수 있는지의 여부에 있다. 먼저 청구인이 한 이 사건 회관의 신축 경위, 이용현황 및 처분청의 이 사건 부과처분 경위 등 사실 관계를 살펴보면, 청구인은 1989. 11. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 외 2필지 대지 2,666㎡ 지상에 청구인의 ㅇㅇ회관 건물을 건립하기 위한 부지매입계획을 수립하여 이를 매입하고 1990. 6. 7. 회원의 복지수혜 증대, 고정자산의 지역별 분산투자로 자산운영의 안정화 도모 및 각종 시설의 설치운용으로 장기 안정적인 수익원 확보 등을 목적으로 하는 지방회관 건립계획(안)을 마련하여 ㅇㅇㅇ장관(당시 ㅇㅇㅇ장관)의 승인을 받은 후 소정의 건축허가 절차를 밟아 1992. 12. 3. 착공하고 1995. 12. 26. 청구 외 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구청장으로부터 건축물 사용검사를 받아 이 사건 회관을 완공한 사실, 위 건축물 사용검사신청서를 제출할 때 함께 제출한 신축건축물의 동별개요에 지하 1~4층 기계전기실 및 주차장, 지상 1층 근린생활시설, 지상 2~3층 은행, 지상 4층 회의실, 지상 5~13층 볼링장ㆍ사무실, 지상 14층 일반음식점으로 기재하여 그 사용용도를 명확히 한 사실, 이 사건 회관 연면적 23,780.84㎡ 중 주차장 및 기계실 부분 8,446.64㎡를 제외한 나머지 15,334.2㎡ 중 4층 전체면적 1,212.17㎡는 회의실, 8층 1,052.28㎡ 중 353.72㎡는 부동산 임대사업에 종사하는 종업원 5인과 공제사업에 종사하는 종업원 5인이 근무하는 사무실로 청구인이 직접 사용하고 나머지 13,768.31㎡는 청구 외 ㅇㅇㅇㅇ해상보험(주) 외 29개 사업자(이하 ‘입주사업자들’이라 한다)에 임대하면서 입주사업자들로부터 임대보증금 및 월 임대료 외에 정액관리비 명목으로 1㎡당 월 4,500원 상당을 별도로 징수하는 반면 회의실의 경우 불특정한 타인에게 예식장, 회의장소 등으로 대실하면서 1회 사용할 때마다 각 사용자로부터 88,000원 내지 140,000원(청구인의 회원에 대하여는 30% 할인)을 사용료로 징수하고 있는 사실 그리고 처분청은 1993. 1월부터 1995. 12월까지 사이에 청구인이 이 사건 회관건립을 하면서 공급받은 재화나 용역에 관련된 매입세액 계 1,750,489,968원을 각 부가가치세 예정신고기간별로 조기환급신청한 데 대하여 신청내용을 그대로 인정하여 부가가치세법 제24조 제2항 제2호 및 같은 법 시행령 제73조 제1항의 규정에 따라 모두 환급하였다가 1996. 6. 26. ○○지방국세청장으로부터 청구인에 대한 고액환급자 경정조사결과를 통보받고 그 조사내용을 근거로 하여 이 사건 회관 연면적에서 주차장 및 기계실을 제외한 나머지 15,334.2㎡ 중 청구인이 직접 사용하는 위 회의실 1,212.17㎡와 위 사무실 면적 353.72㎡ 중 공제업무종사자의 사용면적에 해당하는 176.86㎡ 등 계 1,389.03㎡를 면세사업인 청구인의 고유목적사업(공제사업)에 관련된 사용면적이라고 하고 위 총사용면적에 대한 면세사업에 관련된 사용면적의 비율로 안분계산하여 그 매입세액을 공제하지 아니하는 것으로 하고 산출한 174,422,620원(가산세 15,856,602원 포함)을 1995년 제2기분 부가가치세로 부과, 고지하는 처분을 하였고, 1996년 제1기분 부가가치세 예정신고시 환급신고한 290,375,233원에 대하여도 조기 환급처리하였다가 위 1995년 제2기분의 추징과 같은 취지와 사유를 들어 그 부가가치세 28,933,610원(가산세 2,630,329원 포함)을 추가로 부과, 고지하는 이 사건 처분을 하기에 이른 사실을 일건 기록에 의하여 인정할 수 있다. 다음 법령의 규정을 살펴보면 부가가치세법 제24조 제1항 의 규정에 의하면 정부는 각 과세기간별로 당해 과세기간에 대한 환급세액을 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업자에게 환급하도록 되어 있고 제2항 제2호의 규정에 의하면 정부는 사업자가 사업설비를 신설ㆍ취득ㆍ확장 또는 증축한 경우에는 제1항의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 바에 의하여 환급세액을 사업자에게 환급할 수 있도록 되어 있으며 같은 법 시행령 제73조 제1항은 법 제24조 제2항에서 규정하는 환급세액은 각 예정신고기간별로 그 예정신고 경과 후 15일 이내에 사업자에게 환급하여야 한다고 규정하여 조기환급대상을 명확히 규정하고 있으며, 같은 법 제17조 제2항 제4호의 규정에 의하면 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하도록 되어 있고 같은 법 시행령 제61조 제1항 및 제4항 제3호의 규정에 의하면 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 ‘공통 매입세액’이라 한다) 중 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서 안분계산은 총 예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율로 안분계산하도록 되어 있으며, 같은 법 시행령 제61조의2 제1항의 규정에 의하면 사업자가 제61조 제4항의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 각 사업에 사용하는 면적이 확정된 바에 의하여 정산하도록 규정하고 있다. 여기서 이 사건의 경우를 살펴본다. 첫째다툼에 대하여 보건대, 위의 인정사실에 의하면 청구인은 과세사업과 면세사업을 겸영하는 사업자로서 이 사건 회관의 8층 면적 1,052.82㎡ 중 353.72㎡를 사무실 용도로 하여 과세사업인 부동산임대사업에 종사하는 종업원 5인과 면세사업인 공제사업에 종사하는 종업원 5인이 함께 사용하게 하고 있다는 것이니 당해 사무실의 사용과 관련된 공통매입세액은 위 부가가치세법 제61조의2 제1항 의 규정에 의하여 과세사업 또는 면세사업에 제공된 면적의 비율에 따라 안분계산하여야 할 것이나 별개의 사무실로 구획되어 있지 아니한 이 사건의 경우에는 부득이 같은 비율의 각 그 종사인원수에 따라 각 그 사용면적을 2분의 1씩으로 확정하는 것도 일종의 합리적인 방법이라 할 것이므로 이와 다른 견해를 전제로 하여 위 사무실 전체면적을 과세사업용으로 보아야 한다는 청구인의 위 첫째주장은 이유 없다 할 것이다. 둘째다툼에 대하여 보건대, 위의 인정사실에 의하면 청구인은 1990. 6. 7. 이 사건 회관신축과 관련하여 ㅇㅇㅇ장관에게 제출한 지방회관 건립계획(안)에 이 사건 회관의 건립목적을 자산운영의 안정성 도모 및 장기적인 안정수입원 확보 이외에 회원의 복지수혜 증대도 함께 기재하고 있고 1995. 12. 26. ㅇㅇ시 ㅇㅇㅇ청장이 사용 승인한 이 사건 회관의 동별 개요에 4층 1,212.17㎡의 용도가 회의실로 기재되어 있으며 이 사건 회의실과 사무실을 제외한 나머지 건물부분은 30개 입주사업자들에게 임대하면서 소정의 임대보증금과 월 임대료 외에 정액관리비 명목으로 1㎡당 매월 4,500원 상당을 추가로 징수하고 있는 반면 위 회의실 사용자에게는 1회 사용할 때마다 88,000원 내지 140,000원 상당의 사용료만 징수하고 있다는 것이니 이는 입주사업자의 정액관리비에도 못 미치는 수준이라고 보이는데다가 이 사건 회의실 사용과 관련하여 청구인의 회원들에게는 30%상당의 할인율이 적용될 뿐 입주사업자들에게는 할인율 적용 또는 특별한 편의제공 등에 관한 특약이 이 사건 회관의 임대차계약 어디에도 명시되지 아니하고 불특정 다수인과 같은 대우를 하고 있는 점 등을 종합하여 보면 이 사건 회의실은 임대사업용이 아니라 회원의 복지증진을 위하여 청구인이 직접 사용하는 면세사업에 사용하는 건물부분으로 보아야 할 것이므로 이 점에 관한 청구인의 위 둘째 주장 또한 이유 없다 할 것이다. 따라서 이 사건 회관신축과 관련한 재화 등의 매입세액 중 청구인이 직접 사용하는 사무실 면적의 2분의 1에 해당하는 176.86㎡와 이 사건 회의실 면적 1,212.17㎡ 등 계 1,389.03㎡를 과세사업에 관련된 사용면적에서 제외하여 청구인에 대하여 한 이 사건 부과처분에는 아무런 잘못이 없다 할 것이다.

그렇다면 처분청이 청구인에 대하여 한 이 사건 부과처분은 정당하고 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.