매입세액을 수정신고기한 경과 후 공제 신고한 경우 공제하여야 하는지의 여부

심사청구를 기각한다.

처분청은 청구인이 1992년도와 1993년도 중에 공장부지 확장공사를 하면서 동 공사와 관련하여 부담한 1992년 제1기분 해당 부가가치세매입세액 195,268,959원, 동년 제2기분 해당 부가가치세매입세액 60,333,320원 및 1993년 제2기분 해당 부가가치세매입세액 70,045,990원(이하 ‘이 사건 매입세액’이라 한다)을 각 기분 부가가치세 신고시 매출세액에서 공제하지 아니하고 부가가치세를 신고납부하였다가 1997. 3. 28.자로 이 사건 매입세액을 각 기분별 매출세액에서 공제하여 부가가치세 과세표준 및 세액경정(환급)청구를 한 데 대하여 이 사건 매입세액은 공장부지 조성사업과 관련한 토지조성관련 매입세액으로서 공제대상이 아니라고 봄과 동시에 위 부가가치세 수정신고가 그 법정신고기한으로부터 6월이 경과하여 구 국세기본법 제45조 제1항 제1호 의 규정에 위배된다는 이유로 1997. 5. 19.자로 청구인에게 환급거부통지(이하 ‘이 사건 환급거부처분’이라 한다)를 하였다.

청구인은 처분청이 한 이 사건 환급거부처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구를 하면서, 그 이유로서 첫째, 처분청이 청구인의 공장부지 확장과 관련한 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니하는 것으로 판단한 것은 면세사업에 관련된 매입세액을 불공제한다는 구 부가가치세법의 규정을 면세재화와 관련된 매입세액(토지조성비용 포함)을 불공제하는 것으로 혼동 및 오해한 것으로서 청구인이 과세사업을 위하여 지출한 이 사건 매입세액은 당연히 공제대상이며, 둘째, 구 국세기본법 제45조 에서 법정신고기한 내에 수정신고를 하도록 한 것은 국세를 제때에 확정ㆍ확보하려는 행정편의적인 것으로 이 규정으로 인하여 법정신고기한 후의 환급신청을 완전히 배제하는 것은 아니므로 청구인이 규정상의 수정신고기한을 경과하여 수정신고 및 환급청구하였다 하여 이 사건 환급거부처분을 한 것은 부당하다고 주장한다.

이 사건 심사청구의 다툼은 첫째, 과세사업을 위한 공장부지 확장과 관련하여 부담한 매입세액이 매출세액에서의 공제대상인지 여부와 둘째, 과세사업을 위한 공장부지 확장과 관련하여 부담한 매입세액이 매출세액에서의 공제대상이라고 할 경우 구 국세기본법 제45조 에 규정된 신고기한 경과 후 부가가치세 수정신고를 한 이 사건의 경우에 매출세액을 초과하는 매입세액이 있다 하여 이를 환급하여야 하는지의 여부에 있다고 하겠다. 먼저 관계 법령의 규정을 보면 구 국세기본법(1994. 12. 22. 법률 제4810호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 국세기본법’이라 한다) 제45조 제1항에 “과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자는 그 기재사항에 누락ㆍ오류가 있는 때에는 다음 각호에 게기하는 기한 내에 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다”라고 규정하고 그 제1호에 “법인세 및 부가가치세의 경우에는 법정신고기한 경과 후 6월(예정신고의 경우에는 예정신고기한 경과 후 3월) 내”라고 규정하고 있고 1994. 12. 22. 법률 제4810호로 신설된 국세기본법 제45조의2 제1항 에 “과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자는 다음 각 호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과 후 1년 이내에 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다”라고 규정한 다음 그 제2호에 “과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달한 때”라고 규정하고 있고, 그 부칙 제1조에 0의하면 이 규정은 1995. 1. 1.부터 시행하도록 되어 있고 같은 부칙 제5조에 의하면 법 제45조의2의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 개시되는 과세기간분부터 적용하도록 되어 있으며, 구 부가가치세법(1995. 12. 29. 법률 제5032호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 부가가치세법’이라 한다) 제17조 제1항 본문에 “사업자가 정부에 납부하여야 할 부가가치세액(이하 ‘납부세액’이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 ‘매출세액’이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 ‘매입세액’이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받은 세액(이하 ‘환급세액’이라 한다)으로 한다”라고 규정한 다음 그 각 호 중 제1호에 “자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액”이라고 규정하고 있고 구 부가가치세법(1993. 12. 31. 법률 제4663호로 개정되기 전의 것) 제17조 제2항 제4호에는 제12조의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)을 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있으며(같은 법 제12조 제1항 제12호는 토지의 공급을 부가가치세 면제대상으로 규정하고 있다) 구 부가가치세법시행령(1993. 12. 31. 대통령령 제14081호로 개정되기 전의 것) 제60조 제6항에 “법 제17조 제2항 제4호에 규정하는 매입세액에는 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액을 포함한다”라고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 부가가치세 신고내용을 보면, 별지 ‘부가가치세 신고 및 경정청구 명세’와 같이 각 법정신고기한 내에 1992년 제1기분, 제2기분 및 1993년 제2기분 부가가치세(이하 ‘각 기분 부가가치세’라 한다) 합계 190,777,495,883원을 신고ㆍ납부하였다가 1992년도와 1993년도 중에 공장부지 확장공사를 하면서 동 공사와 관련하여 부담한 위 각 기별 해당 부가가치세매입세액 합계 325,648,269원을 매출세액에서 공제할 세액으로 신고하지 아니하였다 하여 국세기본법 제45조의2 의 규정에 따라 1997. 3. 28.자로 이 사건 매입세액을 환급하여 줄 것을 내용으로 하는 부가가치세 과세표준 및 세액의 경정청구(이하 ‘이 사건 경정청구’라 한다)를 하였음이 기록에 의하여 인정된다. 살피건대, 청구인은 각 기분 부가가치세 신고내용에 대하여 누락 또는 오류가 있었다면 구 국세기본법 제45조 제1항 제1호 의 규정에 따라 그 각 기분별 법정신고기한 경과 후 6월 내에 처분청에 수정신고를 하였어야 함에도 그러하지 아니하였을 뿐 아니라 국세기본법 제45조의2 는 먼저 본 바와 같이 이 규정이 시행되는 1995. 1. 1. 이후 최초로 개시되는 과세기간분부터 그 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정청구시 적용되는 규정임에도 이 규정을 근거로 1995. 1. 1. 이전에 개시되는 이 사건 과세기간분에 대하여 이 사건 경정청구를 하였으므로 청구인이 이 사건 매입세액의 환급을 요구하는 취지의 이 사건 경정청구는 어느모로 보나 이유 없다 할 것이어서, 공장부지 확장공사와 관련하여 부담한 부가가치세 매입세액이 매출세액에서의 공제대상인지 여부에 대하여는 더 나아가 살펴볼 필요도 없이 청구인이 이 사건 매입세액을 환급하게 하여 달라는 취지의 청구 주장은 받아들일 수 없다고 하겠다.

그렇다면 처분청이 이 사건 매입세액을 매출세액에서의 공제대상이 아니라고 보아 한 이 사건 환급거부처분은 정당하고 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.