청구인이 하도급계약의 실질당사자인지 여부 및 손익이 없는 하도급계약의 수입금액을 작업진행률로 계산하는 것이 정당한지 여부

처분청은 1996. 3. 16.자로 청구인에 대하여 한 1992사업연도 법인세 423,979,250원, 1993사업연도 법인세 729,263,860원, 1994사업연도 법인세 145,929,630원의 각 부과처분에 관하여 1990사업연도부터 1994사업연도까지의 과세소득금액에서 별지목록 1. ‘연도별 과세표준 재검토 요인표’의 불복대상금액란 기재와 같은 각 금액을 공제하여 각 그 과세표준과 세액을 경정하여야 한다.

처분청은, 청구인이 1990사업연도부터 1994사업연도까지의 법인세과세표준과 세액을 별지목록 1. ‘연도별 과세표준 재검토 요인표’의 ‘당초 신고’란 기재와 같이 각 신고하였다가 도급공사수입금액계산시 표준소득률 적용이 잘못되었다는 등의 사유를 들어 1995. 6. 29. 1992사업연도부터 1994사업연도까지의 과세표준과 세액을 위 목록 1. ‘수정신고’란 기재와 같이 각 수정신고한 데 대하여 국외하도급공사에 대한 작업진행률의 계산이 잘못되었다고 하여 1996. 3. 16.자로 위 목록 1. ‘경정’란 기재와 같이 1990사업연도부터 1994사업연도까지의 각 가산항목과 차감항목 금액을 조정한 후 1992사업연도부터 1994사업연도까지의 각 그 과세표준과 세액을 경정하고서 이렇게 하여 증액산출한 위 각 세액에서 이미 납부한 각 세액을 차감하여 그 차액이 되는 위 목록1. ‘경정’의 ‘추가고지세액’란 기재와 같이 1992사업연도분 법인세 423,979,250원, 1993사업연도분 법인세 729,263,860원, 1994사업연도분 법인세 145,929,630원 등 합계 1,299,172,740원을 추가 납부하도록 부과, 고지하는 처분(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다)을 하였다.

청구인은 처분청이 한 이 사건 부과처분에 대하여 위 목록 1.의 ‘불복대상금액’란 기재와 같은 1990사업연도분부터 1994사업연도분까지의 각 금액 합계 7,804,684,048원을 각 그 사업연도 과세소득금액에서 공제하여 1992사업연도부터 1994사업연도까지의 각 그 법인세과세표준과 세액을 경정하게 하여 달라는 취지의 청구를 하면서 그 주위적 청구 이유로서, 첫째로 청구인이 청구 외 한국ㅇㅇㅇ(주)로부터 수주한 원자로계통설계계약에 따라 미국 ㅇㅇㅇㅇ주 소재 ㅇㅇㅇㅇ 엔지니어링(주)(ㅇㅇㅇENGINEERING, INC. 이하 ‘위 ㅇㅇ’라 한다)와 체결한 뒤에서 보는 바와 같은 3건의 하도급계약(이하 ‘이 사건 하도급계약’이라 한다)은 형식상 청구인과 위 ㅇㅇ사간에 체결되었으나 실질적으로는 청구 외 한국ㅇㅇ(주)(이하 ‘한국ㅇㅇ’이라 한다)와 한국ㅇㅇㅇ(주)가 직접 위 ㅇㅇ사에 입찰초청장을 발송하여 낙찰자로 결정하였으며 한국ㅇㅇ이 그 용역대가를 자기명의로 신용장을 개설하여 위 ㅇㅇ사에 직접 지급하였고 위 ㅇㅇ사는 그가 수행한 용역의 하자에 대하여 직접 한국ㅇㅇ에 책임을 지도록 되어 있으므로 수입의 귀속과 과세소득의 계산은 그 명칭 여하에 불구하고 거래의 실질내용에 따라 이를 적용하여야 한다는 법인세법 제3조 의 규정에 의하여 위 하도급계약은 한국ㅇㅇ과 위 ㅇㅇ사간에 직접 체결된 것으로 보아야 함에도 청구인과 위 ㅇㅇ사간에 형식적인 용역계약이 체결되었다는 이유만으로 그 용역대가를 청구인의 과세소득으로 계산하는 것은 부당하고, 둘째로 가사 청구인을 위 계약의 실질당사자로 본다 하더라도 하도급을 준 경우의 수입금액계산은 하도급 받은 자의 작업진행률에 의하여야 하며 그 작업진행률이 분명하지 아니한 경우에는 실지도급자가 확인한 기성부분에 따라 수입금액을 계산하여야 함에도 처분청에서 위 ㅇㅇ사의 용역공급분을 청구인의 국내용역공급분에 포함하는 것으로 작업진행률을 계산하여 그 과세표준과 세액을 결정하고서 한 이 사건 부과처분은 위법 내지 부당한 것이어서 경정되어야 한다고 주장하고 예비적 청구 이유로서 처분청이 계상한 청구인에 대한 이 사건 과세소득금액에는 청구인이 위 ㅇㅇ사에 지급한 기술도입비가 포함되어 있는 데 이 기술도입비는 원자로설계용역수입에 대응하는 원가가 아니라 이연자산으로 계상될 성질의 것이므로 이를 제외하고 작업진행률을 계산하여야 하는데도 이에 이르지 아니한 결과로 한 이 사건 부과처분은 이점에서도 위법한 것이라고 주장한다.

이 사건 심사청구의 다툼은 주위적 청구 이유와 관련하여 첫째, 청구인을 단순히 이 사건 하도급계약의 이름뿐인 계약당사자라고 볼 수 있는지의 여부와 둘째, 이 사건 하도급계약의 수입금액을 하도급부분의 작업진행률로 계산하여 익금산입한 것이 정당한 것인지의 여부에 있고 예비적 청구 이유와 관련하여 처분청이 계상한 이 사건 과세소득금액에 청구인이 위 ㅇㅇ사에 지급한 기술도입비가 포함되어 있었고 이는 이연자산으로 계상될 성질의 것인 데 그렇지 아니하여 이 사건 부과처분에 영향을 미쳤는지의 여부에 있다고 하겠다. 먼저 청구인의 위 주위적 청구 이유와 관련하여 청구인과 한국ㅇㅇㅇ(주) 등 간에 체결한 원자로계통설계용역계약 중 해외용역 수행분에 대하여 청구인이 위 ㅇㅇ사와 체결한 하도급 계약내용과 이에 대한 법인세를 신고하게 된 경위 및 처분청이 이 사건 부과처분을 하게 된 경위 등 사실 관계를 보면, 청구인은 국내원자력 이용에 관한 기술개발을 위해 한국ㅇㅇㅇ연구소법에 의하여 설립된 정부출연 비영리재단법인으로서 별지목록 2. ‘용역계약서 요약’의 각 기재와 같이 1987. 4. 9. 및 1991. 7. 22. 2차에 걸쳐 ㅇㅇ원자력발전소 3, 4호기와 ㅇㅇ원자력발전소 3, 4호기에 대한 각 원자로 계통설계계약 외에 1건의 핵연료 설계계약을 청구 외 한국ㅇㅇㅇ(주) 및 한국ㅇㅇㅇ(주)(원발주자인 한국ㅇㅇ과 사이에 각 원자로설비공급계약과 핵연료설계계약을 이미 체결한 회사들이다)와 체결(계약금액 국내수행분 합계 176,223,854,343원, 국외수행분 합계 미화 76,169,654달러)하는 한편 ㅇㅇ전력과 위 한국ㅇㅇㅇ(주) 등과의 합의하에 위 각 용역에 관하여 그 무렵 위 목록 2. 기재와 같이 위 ㅇㅇ사를 하수급자로 하여 그와 사이에 별도로 원자력 11,12호기(뒤에 그 명칭이 ㅇㅇ원자력발전소 3, 4호기로 되었다) 원자로계통공동설계계약, ○○ 3, 4호기 원자로계통설계지원업무 공급계약과 원자력 11, 12호기 핵연료공동설계계약 등 이 사건 하도급계약을 각 체결하고 위 원도급계약상의 국외수행분 설계용역을 공동으로 수행하기로 한 사실, 그런데 이 사건 하도급 계약은 원발주자인 ㅇㅇ전력과 위 한국ㅇㅇㅇ(주) 등이 세계적인 원자로설계회사인 위 ㅇㅇ사에 직접 입찰초청장을 발송하여 그를 국외수행설계용역의 낙찰자로 결정하였기 때문에 체결하게 되었던 것이고 그 계약내용에는 청구인이 지급하여야 할 그 국외수행분 용역대가는 ㅇㅇ전력이 그 명의로 신용장을 개설하여 이를 직접 하수급자인 위 ㅇㅇ사에 지급하며 수행한 용역의 하자에 대하여도 위 ㅇㅇ사가 직접 ㅇㅇ전력에 책임을 지도록 하는 내용이 포함되었는 데 청구인이 이 계약의 당사자가 된 것은 정부의 ○○발전소 건설기술자립화시책에 의하여 청구인에게 ○○발전소의 건설기술을 전수받아 이를 축적하게 하려는 정책적 배려에 기인하였던 사실, 이리하여 ㅇㅇ전력은 위 ㅇㅇ사에게 자기가 확인한 위 ㅇㅇ사의 수행분 용역기성고에 따라 별지목록 3. ‘국외하도급 수입금액 조정내용’의 ‘손익계산서 계상금액’란 기재와 같은 각 금액을 1990사업연도분부터 1994년도분까지 각 지급하여 합계 30,390,062,994원의 용역대가를 직접 지급하였는 데 이는 청구인의 용역수입 및 비용과는 전혀 무관한 것이었던 사실 그리고 청구인은 이 사건 하도급계약에 의한 국외수행분 용역대가 수입금액(계약상 한국ㅇㅇㅇ(주) 등으로부터 받기로 한 금액)과 용역비용(계약상 청구법인이 위 ㅇㅇ사에 부담하는 금액) 사이에는 원발주자인 ㅇㅇ전력이 위 ㅇㅇ사에 직접 지급하여 그 액수에 있어서 아무런 차이가 없으므로 위 별지목록 3.의 ‘청구인 세무신고금액’란과 같이 한국ㅇㅇ이 기성고에 따라 위 ㅇㅇ사에 지급한 금액을 수입금액으로 계상하는 동시에 용역원가로 계상하고서 법인세 과세표준과 세액을 신고하였던 것인 데 처분청에서는 청구인수행 국내공급분과 이 사건 하도급계약분을 합하여 하나의 도급계약으로 보고서 ㅇㅇ전력이 위 ㅇㅇ사에 지급한 용역대가를 청구인의 공사비에 가산하여 작업진행률을 재계산하고서 위 별지목록 3. ‘세무서경정금액’란 기재내용과 같이 국외하도급 수입금액을 1990사업연도부터 1994사업연도까지 합계 38,194,747,042원으로 재계산한 후 청구인에 대하여 이 사건 부과처분을 하기에 이른 사실을 일건 기록에 의하여 인정할 수 있다. 첫째다툼에 대하여 살펴본다. 청구인은 이 사건 하도급계약의 실질내용이 위 ㅇㅇ사가 자기책임 하에 용역을 ㅇㅇ전력에게 직접 공급하는 것이고 자기는 그 계약의 명목상의 당사자일 뿐이므로 위 ㅇㅇ사에 ㅇㅇ전력이 직접 지급한 용역대가는 청구인의 수입금액에서 제외되어야 할 것이라고 주장하나 위 인정의 사실에 의하면 청구인은 청구 외 한국ㅇㅇㅇ(주) 및 한국ㅇㅇㅇ(주)와 국외하수급자 수행분을 포함한 금액으로 위 각 원도급계약을 체결하였고 그 중 국외하수급자 수행분에 대하여는 위 ㅇㅇ사와 자기명의로 하도급계약을 체결하였던 사실을 알 수 있는데다가 청구인 스스로도 이 사건 하도급계약분을 청구인의 수입금액에 포함하여 계산하고 부가가치세 및 법인세를 신고하여 왔던 사실에 비추어 보아 이에 어긋나는 청구인의 위 주장은 받아들일 수 없다. 둘째다툼에 대하여 살펴본다. 법인세법 제3조 제1항 및 제2항 규정에 의하면 자산 또는 사업에서 생기는 수입의 전부 또는 일부가 법률상 귀속되는 법인과 실질상 귀속되는 법인이 다른 경우에는 그것이 실질상 귀속되는 법인에게 법인세를 부과하고 법인세의 과세소득이 되는 금액의 계산에 관한 규정은 그 명칭여하에 불구하고 거래의 실질내용에 따라 이를 적용하도록 하는 실질과세의 원칙이 천명되어 있는 한편 구 법인세법(1994. 12. 22. 법률 제4804호로 개정되기 전의 것) 제17조 제8항은 “내국법인이 건설 또는 제조에 관한 장기도급 계약(2사업연도이상 계속되는 것을 말한다)을 체결한 경우에는 그 목적물의 건설 또는 제조에 착수한 날이 속하는 사업연도로부터 그 목적물의 건설 또는 제조를 완료하여 그것을 도급자에게 인도한 날이 속하는 사업연도까지의 각 사업연도의 손익은 대통령령이 정하는 바에 의하여 그 목적물의 건설 또는 제조를 완료한 정도를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 당해 사업연도의 익금과 손금에 각각 산입한다”고 규정하고 이에 따라 제정된 구 법인세법시행령(1994. 12. 31. 대통령령 제14468호로 개정되기 전의 것) 제37조 제1항의 규정에 의하면 건설 또는 제조를 완료한 정도의 기준은 도급금액에 작업진행률을 곱하여 계산하되 작업진행률이 분명하지 아니한 때에는 도급자가 확인한 기성부분에 따라 손익을 계산하도록 되어 있으며 구 법인세법시행규칙 (1995. 3. 30.총리령 제492호로 개정되기 전의 것) 제15조 제1항의 규정에 의하면 영 제37조에 규정하는 작업진행률의 계산은 다음과 같은 산식에 의하도록 되어 당해 사업연도 중 소요된 총공사비 작업진행률 = ------------------------- 총공사 예정비 있고 그 제2항은 “전항의 산식에서 총공사 예정비라 함은 도급금액에 정부가 정하는 표준소득률을 곱한 금액을 도급금액에서 공제한 금액을 말하고 총 공사비라 함은 당해 공사의 공사원가를 말한다”고 규정하고 있으며 그 제3항은 영 제37조에서 작업진행률이 분명하지 아니한 때라함은 다음 각 호의 1에 해당하는 경우를 말한다고 규정하고 그 제2호에서 “공사계약 이후에 천재ㆍ지변ㆍ물가 기타 객관적인 여건의 변동으로 인하여 작업진행률에 의한 계산이 불합리하다고 인정되는 경우”를 들고 있는바,위 각 규정의 취지를 종합하여 보면 장기공사 등을 도급받은 내국법인이 도급계약기간 중 각 사업연도별 수입금액을 공사완성기준으로 계산하는 경우에는 공사가 완성된 때 수익이 한꺼번에 있는 것으로 인식되어 각 사업연도의 소득금액계산이 제대로 되지 않기 때문에 각 사업연도 중 소요된 총공사비에 표준소득률 상당의 금액을 더한 금액의 수입금액이 있다고 보아 작업진행률에 따라 수입금액을 계산하도록 하되 다만, 천재ㆍ지변ㆍ물가변동 또는 기타 객관적인 여건의 변동 등으로 이와 같이 소요된 총공사비에서 일반적인 표준소득률 상당의 금액을 더한 금액으로 수입금액을 산정하여 적용하기가 불합리한 경우에는 도급자가 확인한 기성부분에 따라 수입금액을 계산하고 이에 당해 사업연도 중 소요된 총공사비를 대비하여 손익을 계산하게 함으로써 수입금액이 실제와 달리 과다 또는 과소하게 계상되는 것을 방지하도록 규정하고 있음을 알 수 있다. 살피건대, 위의 인정사실에 의하면 청구인에게 계약당사자 지위를 부여함으로써 ○○발전소 건설기술을 습득하도록 하려는 정부의 정책적 배려로 청구인은 청구 외 한국ㅇㅇㅇ(주) 및 한국ㅇㅇㅇ(주)와 장기도급계약에 속하는 원자로 계통설계계약 등을 체결하여 이를 수주하면서 청구인의 직접 수행분과 국외하수급자 수행분을 각 구분된 금액으로 계약을 체결한 후 청구인 수행분을 제외한 국외하수급자 수행분의 경우 청구인이 수급받은 금액과 동일한 금액으로 위 ㅇㅇ사와 다시 하도급계약을 체결하여 이를 이행하게 함으로써 이 사건 하도급 금액은 청구인의 설계용역의 수입금액인 동시에 같은 금액이 그대로 그 원가가 되어 청구인에게는 아무런 소득도 발생할 수 없도록 되어 있는 특수한 계약형태를 취하고 있는 것을 알 수 있는 데 이러한 경우에 일반적인 도급공사에서 정부가 정한 표준소득률만큼의 이익이 발생할 수 있다는 전제 하에서만 적용할 수 있는 작업진행률에 의한 수입금액을 계산함은 그 특수한 계약형태를 고려하지 아니한 불합리한 경우에 해당된다 할 것이고 청구인이 이 사건 하도급계약과 관련하여 위 별지목록 3.의 ‘청구인 세무신고금액’란 기재내용과 같이 원발주자인 ㅇㅇ전력이 그가 확인한 기성고에 따라 위 ㅇㅇ사에게 지급한 금액을 수입금액으로 계상하는 동시에 용역원가인 비용으로 계상한 것은 정당하였다고 할 것이다. 따라서 이 사건 하도급계약에 의하여 국외하수급자가 수행한 용역에서 생기는 수입은 청구인에게 아무런 이익도 귀속되지 아니 하는 것임에도 불구하고 이를 간과하고서 한 이 사건 부과처분은 앞에서 본 실질과세의 원칙에 위반된 위법 내지 부당한 것이라는 결론에 도달한다 하겠고 이점에 관한 청구인의 위 주장은 이유 있는 것이라고 할 것이다.

그렇다면 처분청이 청구인수행 국내용역공급분과 위 ㅇㅇ사가 수행한 국외용역 공급분을 합하여 하나의 도급계약으로 보고서 ㅇㅇ전력이 위 ㅇㅇ사에게 지급한 용역대가를 청구인의 공사비에 가산하여 작업진행률을 재계산하고서 청구인에 대하여 한 이 사건 부과처분은 위법 내지 부당한 것이라 할 것이고 이 사건 심사청구는 그 주위적 청구 이유가 이유 있다고 인정되므로 그 예비적 청구이유에 대한 판단은 이를 생략하고 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.