양도차익계산시 취득가액의 적용이 정당한지 여부

처분청은 1997. 1. 1.자로 청구인에 대하여 한 양도소득세 59,488,870원의 부과고지처분에 관하여 청구인이 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ동 ○○번지 ㅇㅇ상가 ○ㆍ○호 취득시 부담한 취득세ㆍ등록세 중 6,299,825원을 필요경비로 추가 공제하여 그 과세표준 및 세액을 경정하여야 한다. 나머지 청구는 기각한다.

처분청은 청구인이 1992. 11. 29. ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ동 ○○번지 ㅇㅇ상가 ○호(대지 12.5931㎡, 건물 37.4㎡, 이하 ‘○호’라 한다), ○호(대지 39.8401㎡, 건물 118.32㎡, 이하 ‘○호’라 한다), ○호(대지 39.8401㎡, 건물 118.32㎡, 이하 ‘○호’라 한다) 및 ○호(대지 35.1025㎡, 건물 104.25㎡, 이하 ‘○호’라 한다)를 450,000,000원에 취득하여 그 중 ○호 및 ○호를 1993. 2. 26. 및 같은 해 11. 22. 각 양도(○호는 ‘93. 2. 26.120,000,000원에, ○호는 ’93. 11. 22. 150,000,000원에 양도)한 데 대하여, 양도자산별 취득가액은 그 실지취득가액인 450,000,000원을 취득자산별 기준시가에 의하여 안분한 가액을, 양도가액은 각 그 실지양도가액을 적용하여 계산한 1993년 귀속 양도소득세 59,488,870원을 1997. 1. 1.자로 부과고지하는 처분(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다)을 하였다.

청구인은 이 사건 부과처분에 관하여 양도소득세 59,488,870원 중 15,319,370원을 취소하고 나머지 세액 44,169,500원은 이를 1993년 귀속 양도소득세 26,684,980원과 1994년 귀속 양도소득세 17,484,520원으로 경정하게 하여 달라는 취지의 청구를 하면서 그 이유로서 ○호는 104,600,000원에, ○호는 119,900,000원에 취득하였으므로 이 가액을 취득가액으로 인정하여야 하고 취득시 등록세ㆍ취득세 등 계 8,437,520원을 부담하였으므로 이를 필요경비로 인정하여 양도소득세액을 계산하면 1993년 귀속 양도소득세 26,684,980원, 1994년 귀속 양도소득세 17,484,520원이 정당하다고 주장한다.

이 사건 심사청구의 다툼은 이 사건 부과처분 중 ○호 및 ○호에 대한 양도차익계산시 첫째, 그 취득가액의 적용이 정당한지 여부와 둘째, 청구인이 ○호 및 ○호 취득시 부담한 취득세ㆍ등록세 등을 필요경비로 인정하였는지의 여부에 있다고 하겠다. 먼저 관계 법령의 규정을 보면 구 소득세법(1994. 12. 22. 법률 제4803호로 전면 개정하기 전의 것) 제23조 제2항에 양도차익은 양도가액에서 필요경비를 공제한 금액으로 한다고 규정하고 같은 법 제45조 제1항에서는 양도가액에서 공제할 필요경비로 ‘취득가액ㆍ설비비와 개량비ㆍ대통령령이 정하는 자본적 지출 및 대통령령이 정하는 양도비’를 열거하고 있으며, 같은 법 시행령(1994. 12. 31. 대통령령 제14467호로 전면 개정하기 전의 것) 제94조 제4항에서 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용과 증권거래세법에 의하여 납부한 증권거래세를 양도비라고 규정하고 제170조 제2항에서는 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가에 의하여 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다고 규정하고 이 경우에 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인이 ○호ㆍ○호를 취득한 경위를 보면 1992. 11. 18. 청구 외 ㅇㅇ주택건설(주)와 ○호ㆍ○호를 포함하여 각 호별 가액 구분 없이 450,000,000원에 매매계약을 체결하여 취득하였고, 처분청이 이 사건 부과처분시 ○호ㆍ○호에 대한 취득가액을 적용한 내용을 보면 450,000,000원을 ○호ㆍ○호ㆍ○호ㆍ○호의 기준시가로 안분계산하여 ○호에 대하여는 44,489,689원으로, ○호에 대하여는 140,749,202원으로 적용하였고, 기타 필요경비의 공제내용을 보면 ○호에 대하여 513,414원을, ○호에 대하여 1,624,261원을 공제하였을 뿐 청구인이 제시한 증빙에 의하여 인정되는 ○호ㆍ○호의 취득과 관련한 등록세ㆍ취득세 등 8,437,500원은 공제하지 아니하였음이 기록에 의하여 인정된다.

• 가. 첫째다툼에 대하여 살펴본다. 청구인은 ○호ㆍ○호를 ○호ㆍ○호와 함께 각호별 가액 구분 없이 450,000,000원에 일괄 취득하였으므로 ○호ㆍ○호에 대한 취득가액은 먼저 본 관계 법령의 규정에 따라 전체 취득가액 450,000,000원을 취득자산별 기준시가에 의하여 안분계산하는 것이 정당하다고 할 것이고 이와 같이 안분계산하면 ○호는 44,489,689원, ○호는 140,749,202원으로서 처분청의 적용내용은 이와 같으므로 정당하다고 하겠다.
• 나. 둘째다툼에 대하여 살펴본다. 청구인은 ○ㆍ○호의 취득과 관련하여 취득세ㆍ등록세 등으로 8,437,500원을 부담하였다고 주장하고 있고 이러한 사실은 청구인이 제시한 관계영수증에 의하여 인정되므로 그 금액은 먼저 본 관계법령의 규정에 따라 양도차익계산시 필요경비로 공제되어야 함에도 처분청은 2,137,675원만을 필요경비로 공제하였으므로 이 부분 처분청의 양도차익 계산내용은 필요경비 중 6,299,825원을 부족 공제한 것으로서 잘못이라 하겠다.

그렇다면 청구인이 ○ㆍ○호를 양도한 데 대하여 이 사건 부과처분과 관련하여 양도차익계산시 취득가액을 44,489,689원 및 140,749,.202원으로 적용한 것은 정당하나 ○호ㆍ○호에 대한 취득세ㆍ등록세 중 6,299,825원을 필요경비로 공제하지 아니한 것은 부당하고, 이 사건 심사청구는 일부 이유 있으므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.