장기보유특별공제의 적용여부

심사청구를 기각한다.

처분청은 청구인이 1961. 8. 19. ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ동 ○○번지 대지 1,316㎡(1981. 5. 18. 토지구획정리사업 후 대지 1,316㎡로 변경, 이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 취득하여 1992. 5. 1. 양도하고도 양도소득세를 신고하지 아니한 데 대하여 1996. 8. 15. 양도소득세 295,695,738원을 결정고지하였다가 같은 해 9. 18. 청구인이 이의신청을 제기하자 처분청에서 청구인의 이의신청 내용 중 기초공제를 누락한 것을 인정하고 같은 해 11. 16. 양도소득세 316,801원을 감액하여 총 결정세액을 295,378,937원으로 하였다가 같은 해 12. 16. 같은 시 ㅇㅇ동 ○○번지 공장용지 10㎡(이하 ‘청구 외 토지’라 한다)가 1992. 12. 26. ㅇㅇ시에 수용되었으나 양도소득세 계산시 이를 합산과세하지 않았다는 이유로 청구 외 토지의 양도소득금액을 합산하여 양도소득세 13,900원을 추가 고지함으로써 총 결정세액을 295,392,841원(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다)으로 결정하였다.

청구인은 이 사건 부과처분 중 95,217,145원을 감액할 것을 청구하면서그 이유로서 이 사건 토지의 지적공부상 지목은 ‘대지’로 되어 있으나 구획정리사업 전후를 막론하고 생계유지를 위하여 농사를 지어온 땅으로 사실상의 지목은 ‘전’ 이었으며 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ동 ○○번지 거주 ㅇㅇㅇ 외 9명도 청구인이 이 사건 토지에서 농사를 지은 사실을 확인하고 있으므로 이 사건 토지는 토지초과이득세법상의 유휴토지에 해당되지 아니하여 이 사건 토지의 양도소득금액에서 장기보유특별공제액을 차감하여 과세하여야 한다고 주장한다.

이 사건 심사청구의 다툼은 이 사건 토지를 사실상의 자경농지로 보아 장기보유특별공제를 적용할 수 있는지의 여부에 있다. 먼저 관계 법령의 규정을 보면 구 소득세법(1994. 12. 22. 법률 제4803호로 개정되기 전의 것) 제23조 제2항에서 양도소득금액은 당해 자산의 양도로 인하여 발생한 총 수입금액(이하 ‘양도가액’이라 한다)에서 제45조의 규정에 의한 필요경비를 공제한 금액(이하 ‘양도차익’이라 한다)에서 다시 다음 각 호의 금액을 순차로 공제한 금액으로 하도록 규정하고 있으며 같은 항 제2호에서 “제1항 제1호에 규정하는 자산(대통령령이 정하는 토지를 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 5년 이상인 것에 대하여는 다음 각목의 구분에 따라 계산한 금액(이하 ‘장기보유특별공제금액’이라 한다) (가) 당해 자산의 보유기간이 5년 이상 10년 미만인 것 양도차익의 100분의 10(나) 당해 자산의 보유기간이 10년 이상인 것 양도차익의 100분의 30”으로 규정하고 있고 장기보유특별공제대상에서 제외되는 토지에 대한 규정을 보면 같은 법 시행령 제46조의3에서 “법 제23조 제2항 제2호에서 대통령령이 정하는 토지라 함은 나대지(재무부령이 정하는 무허가 건축물이 정착되어 있는 것을 포함한다)와 건축물에 부수되는 토지로서 당해 건축물의 바닥면적에 제15조 제9항의 규정에 의한 배율을 곱하여 산정한 면적(당해 건축물의 연면적을 건축법에 의한 해당지역의 용적율로 나눈 면적의 100분의 120에 해당하는 면적이 제15조 제9항의 규정에 의한 배율을 곱하여 산정한 면적보다 클 때에는 이를 기준으로 한 면적)을 초과하는 경우의 그 초과하는 부분의 토지를 말한다. 다만 양도일 현재 토지초과이득세법 제8조 의 규정에 의한 유휴토지 등에 해당되지 아니하는 토지는 그러하지 아니한다”라고 규정하고 있다. 청구인의 경우를 보면 청구인은 1961. 8. 19. 이 사건 토지를 취득하였고 1981. 5. 18. 토지구획정리사업에 따라 공부상 지목이 ‘답’에서 ‘대지’로 전환된 상태에서 1992. 5. 1. 청구 외 ㅇㅇ석유(주)에 양도하였는바, 처분청에서는 이 사건 토지를 나대지로 보아 같은 법 시행령 제46조의3의 규정에 따라 장기보유특별공제를 배제하고 1996. 8. 15. 양도소득세 295,695,738원을 고지하였다가 같은 해 11. 16. 양도소득금액계산시 480,000원 상당의 기초공제를 하지 않은 것을 인정하고 양도소득세 316,801원을 감액결정하였다가 1992. 12. 26. 청구 외 토지가 ㅇㅇ시에 수용되었으나 이를 합산과세하지 않았다는 이유로 1996. 12. 16. 청구 외 토지의 양도소득금액을 합산하여 추가로 양도소득세 13,900원을 고지함으로써 총 295,392,841원 상당의 양도소득세를 부과처분하였음이 관련 기록에 의하여 인정된다. 살피건대, 청구인은 이 사건 토지의 공부상 지목은 ‘대지’이나 구획정리사업 전후에 계속하여 생계유지수단으로 농사를 지어온 땅으로 사실상의 지목은 ‘전’ 이었다고 주장하며 이를 증명하기 위하여 이 사건 토지 취득자인 ㅇㅇ석유(주)의 사원으로 이 사건 토지 상에 주유소 건물 신축공사업무를 담당했던 ㅇㅇㅇ 및 인근주민 ㅇㅇㅇ 등 10명의 사실확인서를 첨부했으나 이 사건 토지가 양도되기 10월 전인 1991. 8. 21. ㅇㅇ시청에서 이 지역을 촬영한 항측사진을 판독한 결과에 의하면 이 사건 토지에는 바닥면적이 4m×11m 규모의 가건물이 위치하고 있고 차량진입로가 개설되어 있는 상태이며 또한 청구인이 첨부한 ㅇㅇㅇ 및 ㅇㅇㅇ의 사실확인서의 내용에도 이 사건 토지는 수시로 벽돌공장 야적장으로 사용한 사실을 확인하고 있어 청구인이 이 사건 토지를 취득 이후 양도시까지 계속적으로 농지로 사용했다는 주장은 신빙성이 없다 할 것이고 나아가 구 소득세법시행령 제44조 제2항 의 규정에 토지는 지적공부상의 지목에 관계 없이 사실상의 지목에 의한다. 다만 사실상의 지목이 불분명한 경우에는 지적공부상의 지목에 의한다고 규정하고 있으므로 이 사건 토지를 공부상의 지목인 대지로 판단하여 장기보유특별공제를 배제하고 양도소득세를 부과한 처분청의 처분은 정당하다 하겠다.

그렇다면 처분청이 이 사건 토지에 대하여 장기보유특별공제를 배제하고 양도소득세를 부과고지한 이 사건 부과처분은 정당하고, 이 사건 심사청구는 이유 없으므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.