미지급특별부가세를 청산소득금액에서 공제할 수 있는지의 여부

심사청구를 기각한다.

처분청은 청구인이 1992. 3. 23. 주주총회의 결의로 법인을 해산하고 1993. 3. 21. 법인해산일 현재의 잔여재산가액 2,843,858,076원에서 자기자본의 총액 300,000,000원과 잔여부동산 매각에 따른 법인세특별부가세 1,046,466,073원을 미지급 법인세인 부채로 보아 이를 공제하여 청산소득을 산출한 후 같은 해 6. 19. 법인세 495,113,281원을 자진 신고납부한 데 대하여 위 미지급 법인세특별부가세는 공제대상 부채가 아니라는 이유로 공제를 부인하고 1996. 12. 31.자로 법인세 552,868,590원(가산세 190,070,127원 포함)을 부과고지하는 처분(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다)을 하였다.

청구인은 이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구를 하면서 그 이유로서 법인해산시 잔여 부동산을 처분함에 따른 법인세특별부가세는 미지급 법인세로서 부채에 해당됨으로 법인 청산소득금액을 산출할 때에 이를 공제하여 계산하여야 함에도 부채인 법인세특별부가세 공제를 부인하여 청산소득 과세표준을 산출한 후 법인세를 추가로 부과한 것은 부당하다고 주장한다.

이 사건 심사청구의 다툼은 법인 해산에 따른 청산소득금액을 계산함에 있어 잔여 부동산을 처분함에 따라 발생하는 미지급 법인세특별부가세를 청산소득금액에서 공제할 수 있는지의 여부에 있다. 먼저 관계 법령의 규정을 보면 청산소득 금액의 계산은 법인세법 제43조 제1항 의 규정에 내국법인이 해산한 경우에 그 청산소득의 금액은 그 법인의 해산에 의한 잔여재산의 가액에서 해산일 현재의 납입자본금 또는 출자금과 잉여금의 합계금액(이하 ‘자기자본의 총액’이라 한다)을 공제한 금액으로 한다고 규정하고 있고 같은 법 시행령 제116조 제1항의 규정에 “법 제43조에 규정하는 잔여재산의 가액은 자산총액에서 부채총액(자기자본의 총액을 제외한다)을 공제한 금액으로 한다”고 규정하고 있다. 한편 법인세특별부가세의 소득금액 계산시 손금산입 여부에 대하여는 법인세법 제16조 의 규정에 “다음 각 호에 게기하는 손비는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액 계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다”고 규정하고 제3호에 “각 사업연도에 납부하였거나 납부할 법인세 또는 소득할 주민세와 각 세법에 규정하는 의무불이행으로 인하여 납부하였거나 납부할 세액 및 부가가치세의 매입세액”으로 규정하고 있으며 법인세법 제43조 제4항 에 “내국법인의 해산 또는 합병에 의한 청산소득의 금액을 계산함에 있어서 그 청산기간 중 또는 합병 후에 국세기본법의 규정에 의하여 환급되는 법인세액이 있을 때에는 이에 상당하는 금액은 그 법인의 해산 또는 합병한 날 현재의 자기자본의 총액에 가산하여야 한다”고 규정하고 있어 이를 모두어 보면 법인소득금액 계산시 납부할 법인세는 손금에 산입하지 아니하고 반대로 환급받은 법인세도 익금에 산입하지 아니함을 알 수 있다. 청구인의 경우를 보면 1955. 1. 12. 회사를 설립하여 제조업을 영위하다가 1992. 3. 23. 주주총회의 결의로 법인을 해산하고 같은 해 4. 30. ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ동 ○○번지 공장용지 8,738㎡과 건물 3,423.2㎡를 청구 외 ㅇㅇㅇㅇ(주)에 4,774,670,000원에 양도함에 따라 납부할 법인세특별부가세 1,046,466,073원을 손금에 계상함과 동시에 실지 납부시까지 부채로 계상한 후 청산소득금액을 산출할 때 1993. 3. 21. 법인해산일 현재의 잔여재산가액 2,843,858,076원에서 자기자본의 총액 300,000,000원과 위 부채로 계상한 법인세특별부가세 1,046,466,073원을 공제하여 과세표준을 산출하고 같은 해 6. 19. 청산소득에 대한 법인세 495,113,281원을 자진 신고납부하였으며 처분청에서는 위 부채로 계상한 법인세특별부가세를 세법상 부채가 아니라는 이유로 공제부인하여 과세표준을 다시 산출한 후 이 사건 부과처분을 하게 되었음이 관계 기록에 의하여 인정된다. 살피건대 청구인은 위 법인세특별부가세가 잔여재산가액 확정일에 국가에 대한 확정채무인 미지급 법인세로서 부채이므로 잔여재산가액에서 이를 공제하여 청산소득금액을 계산하여야 한다고 주장하나 관계 법령에서 살펴본 바와 같이 법인세를 부과하기 위한 소득 금액 계산시 납부하였거나 납부할 법인세는 손금에 산입하지 아니하고 반면 환급받은 법인세도 익금에 산입하지 아니하도록 규정되어 있으며 법인세특별부가세의 경우에도 이와 같다고 보아야 하므로 청구인이 공장용지 및 건물을 양도한 후 양도차액에 대한 법인세특별부가세 1,046,466,073원을 손금에 계상함과 아울러 미지급 법인세인 부채로 계상한 데 대하여 위 법인세특별부가세를 손금 불산입하고 그에 따른 부채를 부인하여 동액 상당을 청산소득에 가산한 후 과세표준을 다시 산출하고 법인세를 추가로 부과한 처분청의 처분은 정당하다 하겠다.

그렇다면 처분청이 잔여 부동산 양도에 따른 미지급 법인세특별부가세는 부채가 아니라고 보아 과세표준을 다시 산출하고 법인세를 추가로 부과한 처분청의 처분은 정당하고 이 사건 심사청구는 이유 없으므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.