유가증권 평가손을 일부 비용 계상시 세법상 저가법 인정 여부

심사청구를 기각한다.

처분청은 청구인이 1995사업연도 결산시 1995. 12. 27.자 ㅇㅇ은행 ㅇㅇ감독원장의 공문에 의거 국내상장 상품주식 평가손실의 30%인 30,908,471,054원만을 비용으로 계상하고 1996. 3. 23. 법인세 신고시에는 이를 손금불산입하여 법인세를 신고납부하였으나 그 후 위 유가증권평가손실이 손금에 해당한다고 보아 같은 해 9. 20. 처분청에게 위 평가손실금액을 손금으로 인정하여 당초 신고납부한 1995사업연도 법인세 및 농어촌특별세액에서 법인세 5,818,566,743원, 농어촌특별세 735,753,025원 합계 6,554,319,758원을 감액 경정하여 달라는 취지의 경정청구를 한 데 대하여 청구인의 위 유가증권 평가방법이 세법에 따라 신고한 저가법에 의한 평가가 아니라고 보아 1996. 11. 15.자로 청구인에 대하여 위 경정청구를 거부하는 처분(이하 ‘이 사건 경정거부처분’이라 한다)을 하였다.

청구인은 처분청이 한 이 사건 경정거부처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구를 하면서 그 이유로서 법인세법 제17조 제3항 규정에 의하면 내국법인이 계속적으로 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산ㆍ부채의 취득 및 평가에 관여 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 기업회계기준 또는 관행을 적용하여 온 경우에는 당해 기업회계기준 또는 관행에 의하되 유가증권의 평가 등 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다고 되어 있으므로 유가증권평가에 있어서는 기업회계기준 등 우선적용이 배제되고 법인세법이 정하는 바에 의하여 평가하여야 할 것이나 같은 법 시행령 제37조의4 제2호 및 같은 법 시행규칙 제15조의5 제2항에서 유가증권을 저가법에 의하여 평가할 경우 저가법이라 함은 원가법 또는 같은 법 시행규칙 제15조의3 제1호의 기업회계기준이 정하는 바에 의하여 시가로 평가한 가액 중 낮은편의 가액을 평가액으로 하는 방법을 말한다고 되어 있으므로 유가증권을 기업회계기준이 정하는 바에 의하여 시가로 평가하는 경우에는 법인세법이 정한 바에 의하여 정당하게 평가한 것으로 보아야 할 것인바, 청구인이 기업회계기준 부칙(1990. 3. 29.) 제4조의 금융보험업을 영위하는 회사는 업종별 회계처리기준이 정하여질 때까지 관련 법령의 규정에 따라 회계처리할 수 있다는 규정에 따라 은행법에 의하여 제정된 금융기관경영지도에관한규정 제6조의 제1항 및 동 시행세칙 제5조 제1항에 의거한 ㅇㅇ은행 ㅇㅇ감독원장의 1995회계연도 일반은행의 결산기준 통보에 따라 국내상장상품주식 평가손실의 30%만을 비용으로 계산한 것은 기업회계기준이 정하는 바에 의하여 정당하게 평가한 것임에도 처분청에서 법인세법시행규칙 제15조의3 제4호 의 은행법 또는 ㅇㅇ은행법의 규정에 의하여 제정된 금융기관에 대한 회계처리기준은 같은 법 시행규칙 제15조의3 제1호의 기업회계기준에 의하여 평가한 것이 아니라고 보고서 이 사건 경정거부처분을 하는 것은 부당하고 국내상품주식 평가손실의 100%를 비용으로 계상하는 것은 손금으로 인정하면서 30%만을 비용으로 계산하였다 하여 이를 손금으로 인정하지 아니하는 것은 부당하다고 주장한다.

이 사건 심사청구의 다툼은 기업회계기준에 의한 유가증권평가손실의 30%만을 비용으로 계상한 경우 이를 법인세법상 저가법으로 평가한 것으로 볼 수 있는지의 여부에 있다. 먼저 청구인이 이 사건 법인세를 신고 및 경정 청구하게 된 경위와 처분청이 이 사건 경정거부 처분을 하게 된 경위를 보면, 청구인은 1994사업연도까지 매매 또는 단기투자 목적의 상장 및 장외등록 유가증권 평가방법을 원가법 중 이동평균법으로 신고하여 적용해 오다가 1995. 6. 30. 저가법으로 변경신고하였고 그 후 1995사업연도 결산시 1995. 12. 27.자 ㅇㅇ은행 ㅇㅇ감독원장의 ‘국내상장 상품주식의 경우 평가손 발생액의 30%에 달할 때까지 유가증권평가충당금을 적립할 수 있다’는 일반은행의 결산기준 통보에 따라 저가법으로 평가한 국내상장 상품주식 평가손실 103,028,236,847원의 30%인 30,908,471,054원만을 손익계산서상의 비용으로 계상하였으나 동 사업연도 법인세 과세표준 및 세액신고시에는 위 평가손실이 법인세법상 손금에 해당하지 아니한다고 판단하여 이를 손금불산입하여 법인세 8,698,750,567원 및 농어촌특별세 748,077,163원 합계 9,446,827,730원을 자진 신고ㆍ납부하였다. 그 후 청구인은 1996. 9. 20. 위 평가손실이 손금에 해당한다고 다시 판단하여 처분청에 위 평가손실금액을 손금으로 인정하여 위 자진 신고ㆍ납부한 1995사업연도 법인세액 등에서 법인세 5,818,566,743원 및 농어촌특별세 735,753,025원 합계 6,554,319,758원을 감액경정하고 동 액을 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 하였는바 처분청은 이에 대하여 청구인이 유가증권 평가방법을 저가법으로 신고하였으나 유가증권평가손의 30%만을 비용으로 계상한 것은 저가법에 의한 평가가 아니라고 보아 위 평가손을 부인하고 이 사건 경정거부 처분을 하게 된 사실이 관계자료에 의하여 인정된다. 다음 관계 법령 규정을 보면, 법인세법 제17조 제3항 의 규정에 의하면 “내국법인이 계속적으로 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산ㆍ부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정 타당하다고 인정되는 기업회계기준 또는 관행을 적용하여 온 경우에는 당해 기업회계기준 또는 관행에 의하되 다만 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다”고 되어 있고 이에 따라 제정된 법인세법시행령 제37조의2 제1항 의 규정에 의하면 “법 제17조 제3항 단서에서 대통령령이 정하는 경우라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 경우를 말한다”고 규정하고 제4호에 “제37조의3(유가증권의 평가에 관한 규정이 이에 속한다) 제37조의4ㆍ제38조 및 제38조의2의 규정에 의하지 아니하고 자산 등을 평가하는 경우”라고 규정되어 있어 같은 법 시행령 제37조의3 제6항의 규정에 의한 유가증권의 평가에 관하여는 기업회계기준 또는 관행의 적용이 배제되고 유가증권평가는 반드시 법인세법이 정하는 바에 의하여 평가하여야 한다 할 것이다. 유가증권평가에 관한 법인세법의 제규정을 보면 법인세법시행령 제37조의3 제6항 제1호 에서 매매 또는 단기투자를 목적으로 매입한 유가증권 중 상장 또는 장외 등록된 유가증권의 평가방법을 그 가.목에 원가법 중 총평균법, 나.목에 원가법 중 이동평균법 다.목에 저가법으로 규정하고 있으며 같은 법 시행령 제37조의4 제2호에서 위 시행령 중 저가법의 정의를 규정하여 “저가법이라 함은 자산을 원가법 또는 총리령이 정하는 시가법에 의하여 평가한 가액 중 낮은 편의 가액을 평가액으로 하는 방법을 말한다”라고 하고 있고 이에 따라 제정된 같은 법 시행규칙 제15조의5 제2항에서 “영 제37조의4 제2호에서 총리령이 정하는 시가법이라 함은 재고자산 등을 제15조의3 제1호의 규정에 의한 기업회계 기준이 정하는 바에 의하여 시가로 평가하는 방법을 말한다”라고 규정하고 있고 같은 법 시행규칙 제15조의3에서 “영 제37조의2 제2항의 규정에 의한 기업회계기준 또는 관행은 다음 각 호의 1에 해당하는 회계처리 기준으로 한다”고 규정하고 있으며 그 각 호를 보면 “제1호 주식회사의외부감사에관한법률 제13조의 규정에 의한 기업회계기준 제2호 ○○위원회가 재정경제원장관의 승인을 얻어 정한 업종별 회계기준 제3호 정부투자기관관리기본법에 의한 정부투자기관 회계규정 제4호 은행법 또는 한국은행법의 규정에 의하여 제정된 금융기관에 대한 회계 처리기준 제5호 기타 법령의 규정에 의하여 제정된 회계처리기준으로서 재정경제원장관의 승인을 얻은 것”이라고 규정하고 있는바, 이상과 같은 매매 또는 단기투자를 목적으로 매입한 유가증권 중 상장 또는 장외 등록된 유가증권의 평가방법에 관한 제 규정을 모두어 보면 유가증권평가방법은 기업회계의 기준이나 관행보다 세법의 규정을 우선 적용하여야 하고 평가방법 중 저가법은 원가법과 시가법으로 평가한 가액 중 낮은 편의 가액으로 평가하는 것이며 세법상의 시가법은 기업회계기준과 업종별, 기관성격별 회계처리규정 중에서 법인세법시행규칙 제15조의3 제1호 에서 규정한 기업회계기준에 의한 시가법만을 의미하고 있음을 알 수 있다. 다음으로 유가증권평가와 관련된 기업회계기준내용을 보면 구 기업회계기준(1996. 3. 30. 개정되기 전의 것) 제92조 제6항 규정에 의하면 유가증권의 평가시 시가는 결산기 전 1월의 종가평균에 의한다고 되어 있으며 위 구 기업회계기준 제131조 규정에 의하면 이 기준의 시행과 관련하여 필요한 경우에는 업종별회계처리기준을 ㅇㅇ위원회가 ㅇㅇㅇ장관의 승인을 얻어 따로 정할 수 있다고 되어 있고 기업회계기준 부칙(1990. 3. 29.) 제4조의 규정에 의하면 금융보험업을 영위하는 회사는 위 당해업종의 회계처리기준이 정해질 때까지 당해 업종의 관련법령규정에 따라 회계처리할 수 있으며 이 경우 이 기준에서 정한 회계처리방법과 다르게 처리되는 사항에 대하여는 그 관련법령과 처리방법 등을 주석으로 기재하도록 되어 있다. 살피건대, ㅇㅇ은행 은행감독원장이 은행법에 의하여 제정된 금융기관 경영지도에 관한 규정 제6조 제1항 및 동 시행세칙 제5조 제1항에 의하여 통보한 일반은행에 대한 유가증권평가충당금 적립지도기준은 1991년도부터 1996사업연도 결산시까지 별지기재목록 “일반은행에 대한 유가증권평가충당금 적립지도 기준추이”와 같이 증시현황에 따라 유가증권평가손 발생액의 30% 상당액 이상부터 100%에 달할 때까지 적립하도록 한 것으로서 그 적립기준도 매년 다를 뿐 아니라 그 성격도 최소한의 적립지도기준만을 제시하여 해당은행이 자의적으로 최대한 100%까지 적립할 수 있도록 하였으므로 이러한 회계처리방법은 기업회계기준에서 말하는 저가법과 다름이 명백할 뿐 아니라, 법인세법시행규칙 제15조의5 제2항 에서 시가를 규정하면서 법인세법시행규칙 제15조의3 제4호 에 은행법 또는 한국은행법의 규정에 의하여 제정된 금융기관 회계처리기준이 별도로 열거되어 있음에도 불구하고 굳이 “위 시행규칙 제15조의 제1호 규정에 의한 기업회계기준이 정하는 바에 의하여 시가로 평가한 금액”이라 하여 제1호만을 열거한 취지를 보더라도 법인세법상 저가법에 의한 유가증권의 평가는 반드시 기업회계기준이 정하는 바에 의한 시가로 평가하여야 세법상 손금으로 인정되며 이와 다르게 규정한 금융보험업종의 관련 법령기준에 따라 국내상장주식 평가손실의 일부만 비용으로 처리하면서 그 내용도 주석으로 기재하지 아니한 것은 법인세법이 정한 저가법에 의하여 평가한 것이라 볼 수 없다 할 것이므로 한국은행 은행감독원장의 통보에 따라 평가한 것이 기업회계기준에 의하여 평가한 경우에 해당한다는 청구 주장은 이유 없다 할 것이다.

그렇다면 처분청에서 국내상장주식 평가손실의 30%만을 비용으로 계상한 것을 저가법에 의한 평가가 아니라고 보아 청구인에 대하여 한 이 사건 경정거부처분은 정당하고 이 사건 심사청구는 이유 없으므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.