버스노선 인수권리금을 지급한 경우 지급조서 제출의무가 있는지 등의 여부

처분청은 1996.12.16.자로 청구인에 대하여 한 법인세 16,911,270원의 부과처분에 관하여 청구인이 1994.11.13. 양도한 여객버스 2대에 대한 감가상각비상당액 12,299,481원을 손금으로 인정하여 그 과세표준과 세액을 경정하여야 한다. 나머지 청구를 기각한다.

처분청은 청구인이 1994. 4. 1. 청구외 (주) ㅇㅇ교통(이하 ‘청구외 ①법인’이라 한다)으로부터 ○○ㆍ○○ㆍ○○간을 운행하던 여객버스 10대를 173,775,728원에 취득하고 위 노선운행권을 476,224,272원에 인수(이하 ‘이 사건 노선인수권리금’이라 한다)하여 여객운수사업을 영위하다가 그 중 여객버스 2대(이하 ‘이 사건 여객버스’라 한다)를 같은 해 11.13. 청구인과 특수관계에 있는 법인인 청구외 (주) ㅇㅇ교통(이하 ‘청구외 ②법인’이라 한다)에 14,000,000원에 양도하고 위 2대의 여객버스 취득가액 30,825,768원과의 차액 16,825,768원 중 청구인 스스로 익금가산하여 수정신고한 금액 4,526,287원을 차감한 감가상각비상당액인 12,299,481원을 감가상각비로 계상하지 아니하고 고정자산처분손실로 처리하여 1994사업연도의 법인세과세표준 및 세액신고서를 제출한 데 대하여 이 사건 노선인수권리금으로 지급한 476,224,272원은 법인세법 제63조 의 규정에 의한 지급조서 제출의무가 있는 기타소득금액임에도 이를 이행하지 아니하였다 하여 지급조서 미제출가산세 14,286,728원을 법인세에 가산하고 위 특수관계에 있는 법인인 청구외 ②법인에게 여객버스 취득가액인 장부가격보다 저가로 양도하고 고정자산처분손실로 그대로 둔 12,299,481원을 부당행위계산 부인하여 익금가산한 후 1996.12.16.자로 청구인에 대하여 법인세 16,911,270원을 추가납부고지하는 처분(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다)을 하였다.

청구인은 처분청이 한 이 사건 부과처분의 취소를 청구하면서, 그 이유로서 첫째, 구 법인세법(1994.12.22. 법률 제4804호로 개정되기 전의 것) 제41조 제4항의 규정에 의하면 납세지 관할세무서장은 내국법인이 제63조 제1항의 규정에 의하여 제출하여야 할 지급조서를 동조 제5항의 기한내에 제출하지 아니한 때에는 그 제출하지 아니한 지급금액의 100분의 3에 상당하는 금액을 가산하여 법인세로서 징수하여야 한다고 규정하고 제6항에서 제4항의 규정에 의하여 제출하여야 할 지급조서의 지급금액은 대통령령이 정하는 바에 의한다고 규정하고 있으나 대통령령으로 지급조서의 지급금액을 별도로 규정하지 아니하고 있으므로 지급조서를 제출할 의무가 없고 둘째, 같은사업연도중 감가상각대상자산인 이 사건 여객버스를 취득(1994. 4. 1.)하여 양도(1994.11.13.)한 경우, 그 자산의 양도당시의 시가는 취득가액에서 취득일로부터 양도일까지의 감가상각비를 공제한 가액으로 하여야 함에도 이 사건 여객버스가 취득당시 이미 법정내용연수(4년)가 모두 경과한 것이고 수정 후 내용연수(추가 2년)에 따라 감가상각비를 스스로 계상하지 아니한 채 취득가액이 그대로 장부에 계상되어 있다는 이유로 이 장부가액을 양도당시의 시가로 인정하여 양도가액과의 차액을 부당행위계산 부인하여 익금에 가산하여 과세한 것은 부당하다고 주장한다.

이 사건 심사청구의 다툼은 첫째, 청구인이 지급한 이 사건 노선인수권리금이 지급조서를 제출할 의무가 있는 지급금액에 해당하는지의 여부와 둘째, 같은사업연도 중에 내용년수가 모두 경과한 감가상각대상자산을 취득하여 7개월여후에 양도한 경우 취득가액에서 감가상각비상당액을 손금으로 공제한 나머지 가액을 양도당시의 시가로 인정할 수 있는지의 여부에 있다. 먼저 청구인의 이 사건 노선인수권리금의 지급경위, 이 사건 여객버스의 취득 및 양도경위와 처분청의 이 사건 부과처분경위 등 사실관계를 살펴보면 청구인은 1994. 4. 1. 청구외 ①법인에게 이 사건 노선인수권리금으로 476,224,272원을 지급하고 이를 영업권으로 기장한 후 처분청에 지급조서를 제출하지 아니한 사실, 같은 날 위 노선을 운행하던 여객버스 10대를 173,775,728원에 취득하여 여기에 등록세 등 1,400,480원을 가산한 175,176,208원을 차량운반구 계정에 기장한 후 여객운수사업을 영위하던 중 같은해 11.13. 이 사건 여객버스 중 2대를 청구인과 특수관계에 있는 청구외 ②법인에게 14,000,000원에 양도하였는 바, 양도당시 이 사건 여객버스(2대)의 장부가액이 30,825,768원으로 기재되어 있는 사실, 청구인은 1995. 3.30. 1994사업연도의 법인세과세표준신고시 제출한 결산서 및 부속서류상에 이 사건 여객버스의 취득가액 30,825,768원과 양도가액 14,000,000원과의 차액 16,825,768원을 고정자산처분손실로 계상한 사실, 이에 처분청은 1996.10. 5. 청구인이 제출한 결산서 등을 검토한 결과 복리후생비 중 접대비해당금액 및 신용카드 사용미달분 접대비 2,598,360원과 청구인이 이 사건 여객버스를 특수관계에 있는 청구외 ②법인에게 장부가액보다 저가양도하고 그 차액을 고정자산처분손실로 계상한 16,825,768원 등 계 19,424,128원을 손금으로 인정할 수 없다고 하여 법인소득금액계산상 익금에 가산할 것과 이 사건 노선인수권리금 지급액 476,224,472원에 대하여 기타 소득금액으로 법인세를 원천징수하고, 지급조서를 제출하지 아니한 데 대한 미제출가산세를 가산하여 법인세로 추가납부할 것 등을 촉구하는 수정신고를 권장한 사실, 이에 따라 청구인이 같은 해 10.31. 접대비상당액 2,598,360원 및 위 고정자산처분손실로 계상한 16,825,768원에서 이 사건 여객버스의 취득일로부터 양도일까지의 감가상각비상당액 12,299,481원을 공제한 4,526,287원 등 계 7,124,647원을 법인소득금액계산상 익금에 가산한 후 당초 법인세신고시 이월결손금 미공제액 1,641,843원을 추가로 공제하여 계산한 5,482,804원을 과세표준액으로 한 법인세 산출세액 986,904원과 이 사건 노선인수권리금을 기타소득으로 지급하면서 원천징수의무를 이행하지 아니한 것과 관련하여 청구외 ①법인이 위 권리금을 받아 당해법인의 소득금액으로 합산하여 법인세를 신고납부하였다고 하여 원천징수불이행가산세 2,732,942원만 추가로 가산하여 법인세로 납부하는 등 법인세 3,719,840원을 자진수정신고납부한 사실, 이에 처분청은 1996.10. 5. 수정신고 권장한 위 고정자산처분손실 16,825,768원중 청구인 스스로 익금가산하여 수정신고한 4,526,287원을 뺀 나머지 12,299,481원에 대하여 이 사건 여객버스는 1994. 4. 1. 청구인이 특수관계있는 자가 아닌 청구외 ①법인으로부터 취득할 때 이미 내용연수가 모두 경과한 자산이므로 비록 취득후 7월여를 경과하여 양도하였다 하더라도 특수관계있는 자가 아닌 자와의 거래에서 형성된 위 당초 취득가액 30,825,768원을 양도당시의 시가로 보아야 한다는 사유를 들어 위 감가상각비상당액 12,299,481원을 다시 익금에 가산하여 법인세를 계산하고, 이 사건 노선인수권리금을 지급한 후 지급조서를 제출하지 아니한 데 대한 지급조서 미제출가산세 14,286,728원을 가산하여 법인세로 징수하는 등 1996.12.16.자로 청구인에 대하여 이 사건 부과처분을 한 사실이 일건기록에 의하여 인정된다. 첫째다툼에 대하여 살펴본다. 먼저 관계 법령의 규정을 보건대, 구 법인세법(1994.12.22. 법률 제4804호로 개정되기 전의 것) 제63조 제1항 제2호의 규정에 의하면 ‘ 소득세법 제142조 제1항 제1호 내지 제6호에 게기하는 소득금액’을 지급하는 자가 그 소득금액을 지급한 때에는 지급한 날이 속하는 달의 다음달 말일까지 지급조서를 정부에 제출하여야 한다고 규정하고 있고 구 소득세법(1994.12.22. 법률 제4804호로 전면개정되기 전의 것) 제142조 제1항의 규정에 의하면 국내에서 거주자나 비거주자에게 다음 각호의 소득금액을 지급하는 자는 소득세를 원천징수하여야 한다고 규정하면서 그 제5호에 ‘기타 소득금액’을 원천징수하여야 할 소득금액으로 게기하고 있어 기타 소득금액을 지급한 자는 위 구 법인세법 제63조 제1항 제2호 의 규정에 따라 지급조서를 제출할 의무가 있음을 알 수 있고 구 법인세법 제41조 제4항 의 규정에 의하면 제63조 제1항의 규정에 의하여 지급조서를 제출할 의무가 있는 내국법인이 소정의 기한까지 지급조서를 제출하지 아니한 때에는 그 제출하지 아니한 지급금액의 100분의 3에 해당하는 금액을 가산하여 법인세로서 징수한다고 규정하고 있으며 구 소득세법 제25조 제1항 에서 기타소득에 해당되는 소득을 각 열거하면서 제7호에 영업권 기타 유사한 자산이나 권리를 양도하고 그 대가로 받은 금품을 기타 소득으로 본다고 규정하는 등 지급조서의 제출대상이 되는 소득금액, 제출의무자, 제출시기, 제출의무 불이행에 대한 가산세율 및 가산세 징수방법 등을 명확히 하고 있다. 다음 청구인의 경우를 보건대, 청구인은 1994. 4. 1. 청구외 ①법인에게 이 사건 버스노선 인수와 관련하여 인수권리금조로 476,224,272원을 지급하였는바, 이는 영업권이나 기타 이와 유사한 권리를 양수하고 그 대가로 지급한 금품이므로 구 법인세법 제63조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 지급조서의 제출의무가 있는 기타 소득금액을 지급한 경우에 해당된다고 할 것이고, 위의 인정사실에 의하면 청구인은 1996.10. 5. 처분청으로부터 이 사건 노선인수권리금 지급분에 관하여 원천징수 미이행에 대한 수정신고를 권장받고 같은 해 10.31. 수정신고서를 제출하면서 청구외 ①법인이 이 사건 노선인수권리금을 당해법인의 소득금액에 합산하여 법인세를 신고납부하였다고 하여 구 법인세법 제38조 제6항 단서의 규정에 따라 원천징수불이행가산세 2,732,942원만 법인세에 가산하여 신고하였음을 알 수 있으며 청구인이 1994. 4. 1. 이 사건 노선인수권리금을 지급할 때 구 같은법 제39조 제1항 제3호의 규정에 의한 법인세를 원천징수하고 원천징수에 관한 명세 기타 관계서류 중 지급조서에 해당하는 것을 제출하였으면 구 같은법 제63조 제3항의 규정에 의하여 지급조서를 제출한 것으로 인정받을 수 있는 법인인데 이 사건 노선인수권리금 지급시 소정의 원천징수 의무를 이행하지 아니하였으므로 인하여 지급조서의 제출에 가름되는 원천징수명세 기타 관계서류도 제출할 수 없게 되었고 그 후 구 같은법 제63조 제5항 제1호에 규정한 같은 해 6.30.까지도 지급조서를 제출하지 아니하였으므로 처분청이 같은법 제41조 제4항의 규정에 의한 소정의 지급조서 미제출가산세 14,286,728원을 가산하여 법인세로 징수한 처분은 적법하다 할 것이고 동조 제6항에서 제4항의 규정에 의하여 제출하여야 할 지급조서의 지급금액은 대통령령이 정하는 바에 의한다고 규정하고서도 대통령령에 그 지급금액에 관하여 별도의 규정을 두고 있지 아니하므로 지급조서의 제출의무가 없다고 하는 청구인의 주장은 받아들일 수 없다고 할 것이다. 둘째다툼에 대하여 살펴본다. 먼저 관계 법령의 규정을 보건대, 법인세법 제20조 의 규정에 의하면 정부는 대통령령이 정하는 바에 의하여 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계있는 자와의 거래에 있어서 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액계산에 불구하고 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다고 규정하고 있고 같은법시행령 제46조 제2항의 규정에 의하면 법 제10조에서 “조세의부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다고 규정하면서 그 제4호에 특수관계있는 자로부터 자산의 시가를 초과하여 매입하거나 특수관계있는 자에게 자산을 시가에 미달하게 양도한 때를 규정하고 있으며 같은법시행규칙 제16조의 2의 규정에 의하면 영 제46조의 규정을 적용함에 있어 시가가 불분명한 경우 지가고시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액에 의하고 감정한 가액이 없는 경우에는 상속세법시행령 제5조 제2항 내지 제6항의 규정을 준용하여 평가한 가액에 의한다고 규정하고 있는바, 이 사건 심사청구의 경우 청구인이 양도한 이 사건 여객버스는 감가상각자산으로서 감정평가법인이 감정한 가액이 없으므로 위 시행규칙에 의하여 준용되는 구 상속세법시행령(1996.12.31. 대통령령 제15193호로 전면개정되기 전의 것) 제5조의 보충적인 평가방법에 의하여 평가하여야 할 것인데 구 상속세법시행령 제5조 제1항의 규정에 의하면 상속개시당시의 현황에 의한 가액은 그 당시 시가에 의하되 시가의 산정이 어려울 때에는 제2항 내지 제6항의 규정에 의한다고 규정하고 그 제2항 제3호에는 시설물 기타 구축물의 평가는 그것을 다시 건축할 때 소요된다고 예상되는 가액에서 그것의 설치시기로부터 상속개시일까지의 감가상각비를 공제한 가액에 의한다고 규정하고 있으므로 청구인이 1994. 4. 1. 취득하여 같은해 11.13. 양도한 이 사건 여객버스는 비록 위에서 규정하고 있는 시설물 기타 구축물은 아니라 하더라도 감가상각대상자산임에는 다툼이 없다할 것이고 청구인은 이 사건 여객버스를 취득하여 양도할 때까지 여객운수사업용으로 사용한 것이 인정되므로 이 사건 여객버스가 취득당시 내용연수가 모두 경과한 것이라 하더라도 그때의 취득가액을 양도당시의 시가에 그대로 적용할 수는 없다 할 것이고, 당초취득가액에서 취득일로부터 양도일까지의 감가상각비상당액을 공제한 가액을 양도당시의 시가로 보는 것이 자산의 보충적인 평가방법을 규정한 위 상속세법의 입법취지나 사회통념에 비추어 상당한 판단이라 할 것이다. 다음 청구인의 경우를 보건대, 다시 위의 인정사실에 의하면 청구인은 이 사건 여객버스의 취득가액 30,825,768원에서 취득일로부터 양도일까지의 감가상각비상당액 12,299,481원을 공제한 18,526,287원을 양도당시의 시가로 산정하여 양도가액 14,000,000원과 차액 4,526,287원을 스스로 부당행위계산 부인하여 법인 소득금액계산상 손금불산입하였는바 이때 청구인이 이 사건 여객버스의 감가상각비를 12,299,481원으로 계산한 경위와 양도당시의 시가를 18,526,287원으로 산정한 경위 등을 보면 청구인은 내용연수가 모두 경과한 이 사건 여객버스를 30,825,768원에 취득한 후 구 법인세법시행령 제59조 의 규정에 따라 그 내용연수를 2년으로 다시 산정하고, 구 같은법시행령 제58조 제1항의 규정에 의한 경과월수를 계산한 후 이에 구 같은법시행규칙 제27조 제1항 “별표4”에 의한 소정의 상각률을 적용하여 감가상각비 12,299,481원(취득가액 30,825,768원 × 상각률, 6할 8분 4리 × 7월 / 12월)을 산출하여 이를 당초 취득가액 30,825,768원에서 공제한 18,526,287원을 양도당시의 시가로 산출하였는바 청구인이 감가상각비를 산출함에 있어 관계법령의 적용착오나 당해금액의 산정방법에 잘못이 없었고 이에 감가상각대상자산에 대한 보충적인 평가방법을 규정한 구 상속세법시행령 제5조 제2항 제3호의 입법취지를 종합하여 볼 때에 이점에 관한 청구인의 주장은 이유있다 할 것이고 따라서 처분청이 이 사건 여객버스는 청구인이 취득할 때 내용연수가 모두 경과한 자산이므로 이를 취득하여 7월여간 운행하다 양도하였다고 하더라도 당초취득가액에서 감가상각비상당액을 공제한 가액을 양도당시의 시가로 인정할 수 없다고하여 청구인에 대하여 한 이 사건 법인세 부과처분 부분은 잘못이라 할 것이다.

그렇다면 처분청이 청구인에 대하여 한 이 사건 부과처분 중 이 사건 노선인수권리금 지급분에 대하여 지급조서 미제출가산세를 가산하여 법인세로 징수한 처분부분은 정당하다 할 것이나 감가상각대상자산인 이 사건 여객버스를 취득하여 7개월여간을 사실상 여객운수사업용으로 사용하다가 양도하였음에도 그 기간의 감가상각비상당액을 손금으로 인정하지 아니하고 취득가액을 그대로 양도당시의 시가로 인정하여 한 법인세 부과처분 부분은 잘못이라 할 것이므로 이 사건 심사청구는 일부만 이유있다고 인정하여 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.