법인의 양도소득에 대한 귀속시기 등

심사청구를 기각한다.

처분청은 청구인이 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 임야 1,949㎡, 같은곳 ○○번지 임야 1,097㎡ 및 같은 곳 ○○번지 잡종지 6,146㎡, 계 9,192㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 청구외 (주) ㅇㅇ연탄과 공동소유하다가 이를 1994. 2월 주택건설사업자인 청구외 ㅇㅇㅇ개발(주)에 5,894,810,000원에 공동양도하는 부동산매매계약을 체결하고 같은 해 6.29.부터 1996. 8.27.까지 사이에 그 매수자로부터 8차례에 걸쳐 양도대금의 2분의 1인 계 2,947,405,000원을 받고도 1994사업연도 및 1995사업연도 귀속 법인세과세표준 및 세액신고시 각 귀속연도 소득을 신고하지 아니한 데 대하여 청구인이 이 사건 토지를 장기할부조건으로 양도하였다고 보아 그 첫회 부불금 수령일인 1994. 9.30.(이날 계약금이외의 첫회부불금 500,000,000원을 수령한 것으로 보았다)을 양도일로하여 특별부가세과세표준 및 세액을 계산하고 1994년도 중 양도대금수령액 1,400,000,000원 및 1995년도 중 양도대금수령액 900,000,000원을 그 각 귀속연도의 법인소득으로 가산하여 법인세과세표준 및 세액 등을 계산한 후 1996.10.16.자로 청구인에게 1994사업연도 귀속분 법인세 1,392,127,120원(특별부가세 859,188,310원 포함) 및 농어촌특별세 27,297,000원, 1995사업연도 귀속분 법인세 290,829,280원 및 농어촌특별세 17,791,360원을 각 부과고지하는 처분(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다)을 하였다.

청구인은 이 사건 부과처분을 취소할 것과 이 사건 토지의 양도에 따른 잔금수령일이 속하는 1996년을 그 양도소득에 대한 귀속시기로 적용할 것을 청구하면서 그 이유로서 첫째, 청구인은 이 사건 토지의 양도에 따른 계약금 589,481,000원을 그 계약서에 관계기관의 검인을 받은때 받기로 하는 외에 잔금 5,305,329,000원은 1996. 2.28. 일시에 받기로 약정하였을 뿐 아니라 잔금을 받기 전에 이 사건 토지를 그 매수자에게 명도하지도 아니하였으며 실제 양도대금을 받음에 있어서도 매수자의 자금사정으로 1994. 4. 6. 계약금으로 2,595,000,000원을 어음(1994. 6.30. 지급일의 4억원, 같은 해 9.30. 지급일의 5억원, 같은 해 12.30. 지급일의 5억원, 1995. 3.30. 지급일의 5억원, 같은 해 6.30. 지급일의 4억원, 1996. 2.28. 지급일의 2억 9,500만원 표시어음 각 1매)으로 일시에 받았고 1996. 2.26. 잔금 352,405,000원도 어음(1996. 5.30. 지급일의 같은 금액 표시어음 1매)으로 일시에 받았을 뿐이어서 이 사건 토지를 장기할부조건으로 양도한 것이 아니므로 그 양도시기를 어음의 실제 최종결제일인 1996. 8.27.로 보아 이 사건 토지의 양도로 인하여 발생된 소득을 1996사업연도 귀속 소득으로 보아야 하며 둘째, 이 사건 토지의 양도로 인하여 발생된 소득을 1994사업연도 귀속 소득으로 보아 법인세 등을 과세한다 하더라도 이 사건 토지는 주택건설촉진법 제6조의 규정에 의거 등록된 주택건설사업자인 청구외 ㅇㅇㅇ개발(주)에 국민주택건설용지로 양도하였으므로 조세감면규제법시행령 제63조 제9항의 규정의 취지에 따라 특별부가세의 50%가 감면되어야 하며 셋째, 이 사건 토지의 양도로 인하여 발생된 양도소득을 1994사업연도 귀속 양도소득으로 보아 법인세를 과세한다면 이 법인세는 농어촌특별세법 제3조 제2호 의 적용기간 이전의 법인세에 해당하므로 여기에 농어촌특별세를 부가하여 과세할 수 없다고 주장 한다.

이 사건 심사청구의 다툼은 첫째, 이 사건 부과처분에 있어 이 사건 토지의 양도일을 1994. 9.30.로 적용한 것이 정당한지의 여부와 둘째, 청구인이 이 사건 토지를 양도함으로써 얻은 양도소득이 특별부가세 50% 감면대상소득인지의 여부와 셋째, 이 사건 부과처분 중 1994사업연도 귀속 법인세에 대하여 농어촌특별세를 부가하여 과세한 것이 정당한지의 여부에 있다.

• 가. 첫째다툼에 대하여 살펴본다. 먼저 관계 법령의 규정을 보면 구 법인세법(1994.12.22. 법률 제4804호로 개정되기 전의 것) 제59조의2 제4항 및 구 같은법시행령(1994.12.31. 대통령령 제14468호로 개정되기 전의 것) 제124조의2 제13항에서 토지 등의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 소득세법시행령 제53조 의 규정을 준용하도록 규정하고 있고 이 규정에 의하여 준용되는 구 소득세법시행령(1994.12.31. 대통령령 제14467호로 개정되기 전의 것) 제53조 제1항 본문에는 그 각호의 경우를 제외하고는 당해자산의 대금을 청산한 날을 토지 등의 취득시기 및 양도시기로 한다고 규정한 다음 그 제3호에서는 소득세법 제51조 제6항 에 규정된 장기할부조건의 경우에는 첫회부불금의 지급일로 한다고 규정하고 있으며, 장기할부조건의 거래에 관하여 규정하고 있는 구 소득세법(1994.12.22. 법률 제4803호로 개정되기 전의 것) 제51조 제6항 및 구 같은법시행령(1994.12.31. 대통령령 제14467호로 개정되기 전의 것) 제108조에서는 자산의 양도로서 그 판매대금 또는 수입금액을 월부ㆍ연부ㆍ기타의 부불방법에 따라 수입하는 것 중 이를 3회 이상 분할하여 수입하고 그 첫회부불금 지급일의 다음날부터 최종의 부불금 지급기일까지의 기간이 1년 이상인 것을 장기할부조건이라고 규정하고 있고 구 법인세법시행령(1994.12.31. 대통령령 제14468호로 개정되기 전의 것) 제36조에서도 같은 취지로 규정하고 있다. 이와 같은 규정취지를 모두어 보면 청구인이 이 사건 토지를 장기할부조건으로 양도한 것으로 볼 경우 그 첫회부불금수령일을 양도시기라고 할 것이고, 그렇지 아니하면 잔금수령일을 양도시기라고 할 것인바, 이 사건 토지에 대한 부동산매매계약서를 보면 매매대금 5,894,810,000원 중 계약금 589,481,000원은 그 계약서에 관계기관의 검인을 받은때 수수하는 것으로 되어 있고 잔금 5,305,329,000원은 1996. 2.28. 일괄수수하는 것으로 되어 있는 외에 1994. 6.30.부터 1996. 2.28.까지 6차례에 걸쳐 분할수수하는 것으로도 되어 있으며, 청구인이 실제 매매대금을 받은 것을 보면 이 사건 토지의 양도와 관련하여 그 매수자로부터 1994. 4. 6. 및 1996. 2.26. 두차례에 걸쳐 모두 7매의 어음(표시금액 합계 2,947,405,000원)을 받았고 1994. 6.30.부터 1996. 8.27.까지 사이에 8차례에 걸쳐 이 어음을 그 지급기일에 되돌려 주면서 그 표시금액을 수표 또는 현금으로 받았으며 그중 첫 번째 받은 날은 1994. 6.30.로서 4억원이고 두 번째 받은 날은 같은 해 9.30.로서 5억원이며 제일 마지막에 받은 것은 1996. 8.27.로서 202,405,000원임이 청구인의 장부 등 기록에 의하여 인정된다. 또한 1993.10월경 청구인은 이 사건 토지를 청구외 ㅇㅇㅇ개발(주)에 사용승락을 하였으며 청구외 ㅇㅇㅇ개발(주)는 같은 해 12.27. ㅇㅇ시 남구청장으로부터 이 사건 토지에 주택건설사업계획승인을 얻었고 1994. 4.13. 착공신고하여 수리되었음이 관계자료에 의하여 인정된다. 사실이 이러하다면 청구인은 이 사건 토지를 양도하면서 당초에는 그 양도대금을 1994. 2월부터 1996. 2.28.까지 2년동안에 7차례에 걸쳐 받기로 약정하였다가 실제는 1994. 6.30.부터 1996. 8.27.까지 2년 2월동안에 8차례에 걸쳐 받았으므로 그 양도계약의 내용이나 이행내용 중 어느모로 보나 장기할부조건의 양도에 해당하고 그 첫째 부불금수령일인 1994. 9.30.이 이 사건 토지의 양도시기라고 하겠다.
• 나. 둘째다툼에 대하여 살펴본다. 조세감면규제법 제66조 제1항 본문 및 그 제1호에서 내국인이 주택건설촉진법 제6조의 규정에 의하여 등록한 주택건설사업자(이하 ‘주택건설등록업자’라 한다)가 건설하는 대통령령이 정하는 규모이하의 주택(이하 ‘국민주택’이라 한다)의 건설용지를 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 특별부가세의 100분의 30(양도일부터 소급하여 5년 이전에 취득한 토지를 양도하는 경우에는 100분의 50)에 상당하는 세액을 감면한다고 규정한 다음 같은조 제4항에서는 위 제1항의 규정은 대통령령이 정하는 바에 따라 주택건설등록업자가 감면신청을 하는 경우에 한하여 이를 적용한다고 규정하고 있고, 구 같은법시행령(1994.12.31. 대통령령 제14475호로 개정되기 전의 것) 제63조 제9항에서는 법 제66조 제4항의 규정에 의하여 감면신청을 하고자 하는 국민주택건설등록업자는 당해 토지를 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고기한내에 양도자의 주소지 소관 세무서장에게 제출하도록 규정하고 있는바, 청구인이 이 사건 토지를 양도한 시기는 첫째다툼에서 살펴본 바와 같이 1994. 9.30.이므로 이 사건 토지를 매수한 청구외 ㅇㅇㅇ개발(주)가 이 사건 토지의 양도한 날이 속하는 1994과세연도의 과세표준신고기한내에 특별부가세 감면신청을 하였어야 그 양도소득은 특별부가세 감면대상이 됨에도 이 사건 심사청구일 현재까지도 감면신청을 한 사실이 인정되지 아니하므로 청구인이 이 사건 토지를 양도함으로써 얻은 양도소득은 특별부가세 감면대상이 아니라고 하겠다.
• 다. 셋째다툼에 대하여 살펴본다. 농어촌특별세법 제3조 제3호 에서 법인세법 제22조 제1항 또는 제57조의 규정에 의한 세율을 적용받은 법인세의 납세의무자 중 과세표준금액이 5억원을 초과하는 법인을 농어촌특별세 납세의무자로 규정한 다음 같은법 부칙(1994. 3.24. 법률 제4743호) 제1조에 그 시행일을 1994. 7. 1.부터라고 규정하고 같은부칙 제3조 제3항에서는 농어촌특별세는 동 규정의 적용을 받는 법인의 사업연도 중 이법시행일 이후 최초로 종료하는 사업연도의 개시일부터 적용하되 1994. 7. 1.부터 1994.12.30.까지 사업연도가 종료하는 경우에는 당해 사업연도 종료 후 최초로 개시하는 사업연도의 개시일로부터 적용한다고 규정하고 있는바, 청구인은 이법시행일인 1994. 7. 1. 이후 최초로 같은 해 12.31. 사업연도가 종료한 법인이므로 이 사건 부과처분 중 1994사업연도 귀속 법인세에 농어촌특별세를 부가하여 과세한 것은 정당하다고 하겠다.

그렇다면 청구인이 이 사건 토지를 1994사업연도 중 양도하였다고 보아 이 사건 부과처분을 한 것은 정당하고, 이 사건 심사청구는 이유없으므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.