공공사업용 토지에 대한 농어촌특별세 과세 여부

심사청구를 기각한다.

처분청은 청구인이 1994. 8. 10. ㅇㅇㅇㅇ시 ㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 대지 992.5㎡ 및 건물 5동 계 925.79㎡(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)를 ㅇㅇㅇㅇ시 교육위원회에 학교부지로 협의 양도한 후 1994. 9. 29. 자산양도차익예정신고를 하면서 양도소득세 67,748,000원과 조세감면규제법(1993. 12. 31. 법률 제4666호로 개정된 것) 제63조 및 동 부칙 제16조 제3항 제1호와 농어촌특별세법 제3조 제1호 의 규정에 의한 농어촌특별세 20,000,000원(양도소득세 감면세액 1억 원의 20%)을 신고하고 1994. 9. 29. 및 11. 14. 각 신고납부한 데 대하여 1995. 7. 5. 농어촌특별세 20,000,000원을 비과세대상으로 보아 환급결정을 하였다가 1996. 4. 16. 농어촌특별세법 제3조 제1호 의 규정에 의한 과세대상으로 보아 같은 법 제8조 제2항 제1호의 규정에 의하여 농어촌특별세 20,000,000원을 부과 고지하는 처분(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다)을 하였다.

청구인은 처분청이 한 이 사건 부과처분을 취소할 것을 청구하면서 그 이유로서 첫째, 1991. 7. 19. 사업인정 고시된 후 3년 상당이 지난 1994. 8. 10. 이 사건 부동산에 대한 보상이 이루어 졌는데도 1994. 7. 1.부터 시행된 농어촌특별세법을 적용하여 농어촌특별세를 부과하는 것은 소급과세금지의 원칙에 어긋나고, 둘째, 처분청이 농어촌특별세 비과세대상이라는 국세청의 질의회신에 따라 농어촌특별세를 환급한 뒤 다시 이 사건 부과처분을 한 것은 국세기본법 제18조 제3항 의 규정에 의한 신의성실의 원칙에 위배되므로 부당하다고 주장한다.

이 사건 심사청구의 다툼은 이 사건 부과처분이 첫째, 소급과세금지의 원칙에 위배되었는지의 여부, 둘째, 신의성실의 원칙에 위배되었는지의 여부에 있다. 첫째다툼에 대하여 살펴본다. 먼저 관계 법령의 규정을 보면, 국세기본법 제18조 제2항 에 국세를 납부할 의무가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대하여는 그 성립 후의 새로운 세법에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다고 규정되어 있고, 농어촌특별세법(1994. 3. 24. 법률 제4743호로 제정된 것) 부칙 제1조에서 “이 법은 1994년 7월 1일부터 시행한다”고 규정되어 있다. 다음으로 이 사건 부동산의 양도 등 사실 관계를 보면, 1991. 7. 19. ㅇㅇㅇㅇ시 시장이 이 사건 부동산을 포함한 ㅇㅇㅇㅇ시 ㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 및 ㅇㅇ번지 일원 25,641.1㎡에 대하여 도시계획법 제12조, 제13조의 규정 등에 의하여 ㅇㅇ국민학교와 ㅇㅇ여자중학교 설립부지조성을 위한 도시계획시설(학교)결정 및 지적승인(ㅇㅇ광역시고시 제109호)을 하였고, 1994. 8. 10. 청구인이 ㅇㅇ시 교육감과 이 사건 부동산에 대한 보상계약을 체결함과 동시에 1995. 2. 28.까지 청구인이 이를 사용한 후 명도하기로 이행각서를 제출하였으며, 1994. 11. 4. ㅇㅇㅇㅇ시장이 종전의 ㅇㅇ국민학교와 ㅇㅇ여자중학교를 ㅇㅇ공업고등학교로 도시계획시설 변경결정 및 지적승인(ㅇㅇ광역시고시 제1994-210호)을 하였고, 학교시설사업촉진법(1995. 1. 5. 법률 제4881호로 개정되기 전의 것) 제10조 제3항의 규정에 의하여 학교시설사업시행계획의 승인은 토지수용법 제14조의 규정에 의한 사업인정으로 보도록 되어 있어 학교시설사업시행계획고시(ㅇㅇ시 교육청고시 제1995-2호)를 한 날인 1995. 1. 26.을 사업인정고시일로 보아야 함을 일건 기록에 의하여 인정할 수 있다. 모두어 보건대, 조세 법령의 불소급원칙은 새로운 세법의 효력이 발생하기 전에 종결한 사실에 관하여 새로운 세법을 적용할 수 없다는 것이므로, 1995. 1. 26. 사업인정고시일 이전인 1994. 8. 10. 청구인이 ㅇㅇㅇㅇ시 교육감과 이 사건 부동산에 대한 보상계약을 체결하고 1995. 2. 28.까지 청구인이 이를 사용한 후 명도하는 조건으로 이행각서를 제출하여 이 사건 부동산의 매매가 이루어졌으며 부동산매매계약을 체결하기 전인 1994. 7. 1. 농어촌특별세법이 시행되었고 같은 법 시행령 제4조 제1항의 규정에 의하여 직접 경작한 토지로서 농지세 과세대상이 되는 토지가 아닌 이상 농어촌특별세 과세대상임이 명백하므로 1991. 7. 19. 사업인정고시 후 3년 상당이 지난 1994. 8. 10.에야 비로소 이 사건 부동산에 대한 보상이 이루어진 데 대하여 이 사건 부과처분을 한 것은 소급과세금지의 원칙에 위배된다는 청구인의 주장은 받아들일 수 없다고 할 것이다. 둘째 다툼에 대하여 살펴본다. 먼저 처분청이 이 사건 부과처분을 한 경위를 보면, 청구인은 1994. 8. 10. 이 사건 부동산을 ㅇㅇㅇㅇ시 교육위원회에 학교부지로 협의 양도한 후 같은 해 9. 29. 자산양도차익예정신고를 하고 같은 해 9. 29. 및 11. 14. 양도소득세 67,748,000원 및 농어촌특별세 20,000,000원을 각 납부한 것에 대하여 1995. 7. 5. 처분청은 이 사건 농어촌특별세 20,000,000원을 비과세대상으로 보아 환급 결정하였다가 1996. 4. 16. 농어촌특별세법 제3조 제1호 의 규정에 의한 과세대상으로 보아 농어촌특별세 20,000,000원을 다시 부과 고지하는 처분을 하였다. 다음으로 이 사건 부과처분에 있어 농어촌특별세 과세여부와 관련하여 농어촌특별세법시행령 제4조 제7항 의 규정에 관한 국세청의 질의회신 경위를 보면, 1994. 12. 30. 질의회신(재일 46014-3484)과 1995. 3. 24. 청구인에게 한 질의회신(재일 46014-726)의 내용은 조세감면규제법 부칙 제16조 제3항의 규정에 의하여 양도소득세가 감면되는 경우에는 농어촌특별세법시행령 제4조 제7항 의 규정에 따라서 농어촌 특별세가 부과되지 아니 한다는 것이었고, 1995. 7. 8. 질의회신(재일 46014-1720)과 1996. 4. 2. 청구인에게 한 질의회신(재일 46014-859)에 의하면 농어촌특별세법시행령 제4조 제7항 의 규정에 의한 농어촌특별세 비과세대상은 조세감면규제법 부칙 제16조의 규정에 따라 같은 법 제55조 제1항 제1호에 해당하는 자가 직접 경작한 농지세 과세대상이 되는 토지를 양도한 경우로 명백히 회신하였다. 위 질의회신과 관련하여 국세기본법 제15조 의 규정에 의한 신의성실의 원칙이 실제적으로 적용된 같은 법 제18조 제3항 소정의 소급과세금지의 원칙은 일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 국세행정의 관행을 변경하여 과세 관청에 의한 과세처분이 행하여 졌다는 사정만으로 적용될 수 없고 납세자가 세법의 해석 또는 국세행정의 관행을 신뢰한 나머지 이로 인하여 어떠한 행위나 계산을 하였어야 하는 것으로 납세자가 과세관청의 세법해석 등을 신뢰한 것과 납세자의 세무행위사이에 상당한 인과 관계가 있어야 할 것이다. 모두어 보건대, 첫째다툼에서 살펴본 바와 같이 이 사건 부동산을 포함한 ㅇㅇㅇㅇ시 ㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 및 ㅇㅇ번지 일원에 대한 학교시설사업시행계획고시일이 1995. 1. 26.인바, 조세감면규제법 부칙 제16조 제3항 제1호의 규정을 적용하여 양도소득세 1억 원을 감면한 것의 정당여부는 별론으로 하더라도, 청구인의 경우 이 사건 부과처분과 관련한 질의회신이 있기 전인 1994. 8. 10. 이미 이 사건 부동산을 양도하였는바, 이 사건 부과처분과 관련하여 국세청의 질의회신이 변경되었는지의 여부는 살펴볼 필요도 없이 국세청의 질의회신과 이 사건 부동산의 양도와 관련한 자산양도차익예정신고 사이에 상당한 인과관계가 있다고 할 수 없으므로 신의성실의 원칙이 적용될 여지가 없다 할 것이다. 따라서 처분청이 농어촌특별세 비과세대상이라는 국세청의 질의회신에 따라 농어촌특별세 20,000,000원을 환급한 뒤 농어촌특별세 과세대상으로 보아 이 사건 부과처분을 한 것은 국세기본법 제18조 제3항 의 규정에 의한 신의성실의 원칙에 위배된다는 청구인의 주장 또한 이유 없다 할 것이다.

그렇다면 처분청이 이 사건 부동산을 양도하고 양도소득세를 감면받은 청구인에 대하여 농어촌특별세를 부과한 당초 처분은 정당하다 할 것이고 이 사건 심사청구는 이유 없으므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.