임야와 사실상 잡종지화된 전을 공공사업용지로 양도한 경우 양도소득세와 함께 농어촌특별세도 감면하여야 하는지 여부

심사청구를 기각한다.

처분청은 청구인이 1995. 12. 30. ㅇㅇㅇㅇ시 ㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 임야 396.6㎡ 및 같은 동 1,488 답(畓) 76㎡ 계 472.6㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 ㅇㅇㅇㅇ시 ㅇㅇㅇㅇ공사에 ㅇㅇ 2지구 택지개발사업용지로 각 협의 양도하고 1996. 5. 29. 양도소득세 과세표준확정신고를 하면서 양도소득세 20,411,886원 중 14,288,320원을 구 조세감면규제법(1993. 12. 31. 법률 제4666호로 개정되기 전의 것) 제57조 제1항 단서 및 부칙 제16조 제3항 제2호의 규정에 의하여 감면세액으로 공제하고 나머지 양도소득세 6,123,560원과 위 감면세액을 과세표준으로 한 농어촌특별세 2,857,660원 계 8,981,220원을 자진 납부한 후 같은 해 6. 25. 위 조세감면규제법 부칙 제16조의 규정에 의하여 양도소득세가 감면되는 경우에는 농어촌특별세 2,857,660원도 면제되어야 한다는 취지의 과세표준 및 세액의 경정을 청구한 데 대하여 같은 해 8. 24. 이 사건 토지는 양도일 현재 농지세과세대상이 되는 농지가 아니라고 하여 그 경정을 거부하는 처분(이하 ‘이 사건 경정거부처분’이라 한다)을 하였다.

청구인은 처분청이 한 이 사건 경정거부 처분의 취소를 청구하면서 그 이유로서 청구인은 이 사건 토지를 ㅇㅇㅇㅇ시 ㅇㅇㅇㅇ공사에 ㅇㅇ2지구 택지개발사업용지로 협의 양도하고 양도소득세 20,411,886원 중 14,288,320원을 위 조세감면규제법 제57조 제1항 단서 및 동 부칙 제16조 제3항 제2호의 규정에 의하여 감면받았고 농어촌특별세법시행령 제4조 제7항 에 위 조세감면규제법 부칙 제13조 내지 제19조의 규정에 의한 경과조치 또는 특례가 적용되는 경우에 동 경과조치 또는 특례에 대하여도 농어촌특별세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있으므로 위 양도소득세 감면세액 14,288,320원을 과세표준으로 하여 자진 납부한 농어촌특별세 2,857,660원도 면제되어야 함에도 청구인의 감액경정청구를 거부한 것은 부당하다고 주장한다.

이 사건 심사청구의 다툼은 조세감면규제법 부칙 제16조의 규정에 의하여 양도소득세를 감면한 때에는 농어촌특별세도 함께 면제하여야 하는지의 여부에 있다. 먼저 청구인의 이 사건 토지 양도에 따른 양도소득세 과세표준확정신고 경위 및 처분청의 이 사건 경정거부 처분 등 사실관계를 살펴보면, 청구인은 1993. 6. 16. 사업인정고시된 이 사건 토지를 1995. 12. 30. ㅇㅇㅇㅇ시 ㅇㅇㅇㅇ공사에 택지개발사업용지로 협의양도하고 위 조세감면규제법 제57조 제1항 및 같은 법 부칙 (1993. 12. 31. 법률 제4666호) 제16조 제3항 제2호의 규정에 의하여 양도소득세 산출세액 20,411,886원의 70%에 상당하는 14,288,320원을 감면세액으로 공제하고 나머지 양도소득세 6,123,560원과 위 감면세액을 과세표준으로 한 농어촌특별세 2,857,660원 계 8,981,220원을 1996. 5. 29. 자진 납부한 사실, 그 후 같은 해 6. 25. 처분청에 위 조세감면규제법 부칙 제16조의 규정에 의하여 양도소득세가 감면되는 경우에는 농어촌특별세도 면제되어야 한다는 취지의 과세표준과 세액의 경정을 청구한 사실, 처분청은 같은 해 8. 24. 이 사건 토지가 양도일 현재 농지세 과세대상이 되는 농지가 아니라고 하여 청구인의 위 경정청구를 거부한 사실 등이 일건 기록에 의하여 인정된다. 다음 관계 법령의 규정을 보면 농어촌특별세법 제5조 제1항 제1호 및 제7조에 조세감면규제법에 의하여 소득세를 감면받은 자는 당해 감면세액을 과세표준으로 한 농어촌특별세를 신고 납부하여야 한다고 규정하는 한편 같은 법 제4조 제2호에 농어민 또는 농어민을 조합원으로 하는 단체 중 대통령령이 정하는 경우에는 농어촌특별세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있고 같은 법 시행령 제4조 제1항 제1호에는 조세감면규제법 제55조 제1항 제1호에 해당하는 자가 직접 경작한 토지로서 농지세 과세대상이 되는 토지를 공공사업용지로 양도한 경우에 한하여 농어촌특별세를 비과세한다고 규정하고 있으므로 같은 법 시행령 제4조 제7항의 규정에 의한 농어촌특별세의 비과세규정을 적용함에 있어서도 농어촌특별세법 제4조 및 같은 법 시행령 제4조 제1항 제1호의 비과세규정의 취지와 맞도록 납세의무자가 농지소재지에 거주하면서 직접 경작한 농지세 과세대상이 되는 토지를 당해 공공사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득에 한하여 양도소득세뿐 아니라 농어촌특별세도 함께 감면되는 것으로 보아야 할 것이다. 그러므로 살피건대, 이 사건 토지 중 ㅇㅇ동 ○○번지 소재 토지 396.6㎡는 양도일 현재 공부상 지목뿐 아니라 현황도 임야이었으므로 농어촌특별세 비과세대상이 될 수 없고, 나머지 같은 동 ○○번지 소재 토지 76㎡도 공부상의 지목은 농지(田)로 되어 있으나 1985년경부터 농사를 짓지 아니하여 잡종지화된 토지인바, 위와 같은 사실은 ㅇㅇㅇㅇ시 ㅇ구 ㅇㅇ동 사무장 ㅇㅇㅇ의 사실확인 등 관계 증빙에 의하여 모두 확인된다. 따라서 이 사건 토지는 양도일 현재 자기가 직접 경작하던 농지세과세대상이 되는 농지가 아니므로 이 사건 토지의 양도에 따른 양도소득세와 함께 양도소득세 감면세액을 과세표준으로 한 농어촌특별세도 면제되어야 한다는 청구인의 주장은 받아들일 수 없다 할 것이다.

그렇다면 처분청이 청구인에 대하여 이 사건 토지의 양도에 따른 양도소득세 감면세액을 과세표준으로 하여 자진 납부한 농어촌특별세의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다 할 것이고, 이 사건 심사청구는 이유 없으므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.