신고기간내에 신청서를 제출한 경우에만 납부세액의 면제가 가능하도록 한 규정은 위헌판결이 결정되기전에는 유효하므로 기한내 제출하지 않은 경우 면제규정은 적용될수 없고 본세가 면제되지 않으므로 가산세를 부과한 처분은 정당함
신고기간내에 신청서를 제출한 경우에만 납부세액의 면제가 가능하도록 한 규정은 위헌판결이 결정되기전에는 유효하므로 기한내 제출하지 않은 경우 면제규정은 적용될수 없고 본세가 면제되지 않으므로 가산세를 부과한 처분은 정당함
심사청구를 기각한다.
처분청은 청구인들 중 ㅇㅇㅇㅇㅇ장로회 ㅇㅇ교회(이하 ‘ㅇㅇ교회’라 한다)가 소유하던 ㅇㅇㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 대 204㎡ 및 같은 동 ○○번지 대 18㎡와 학교법인 ㅇㅇ학원(이하 ‘ㅇㅇ학원’이라 한다)이 소유하던 같은 동 ○○번지 대 365㎡(이하 위 토지들을 ‘이 사건 토지’라 한다)를 1992. 11. 24. 서로 교환한 후 청구인들이 양도일이 속하는 사업연도의 과세표준신고기간 내에 세액면제신청서를 제출하지 아니한 데 대하여, 법정기간 내에 세액면제신청서를 제출하지 아니한 경우 세액면제대상이 아니라고 보아 1996. 3. 16.자로 ㅇㅇ교회에 대하여 법인세 특별부가세 132,448,830원(가산세 49,761,337원 포함)을, ㅇㅇ학원에 대하여 135,490,190원(가산세 49,715,190원 포함)을 부과․고지하는 처분(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다)을 하였다.
청구인들은 처분청이 한 이 사건 부과처분의 취소를 청구하면서 그 이유로서 첫째로 이 사건 부과처분의 근거조항인 구 조세감면규제법(1993. 12. 31. 법률 제4666호로 전면 개정되기 전의 것) 제67조의3, 제67조의14 및 구 같은 법 시행령(1993. 12. 31. 대통령령 제14084호로 전면 개정되기 전의 것) 제55조의12 제4항, 제55조의2 제3항의 규정은 헌법 제11조의 평등권 조항에 위배되므로 무효이고, 둘째로 ㅇㅇ교회와 ㅇㅇ학원은 법률상으로 별개의 단체이나 실질적으로 ㅇㅇ학원은 ㅇㅇ교회의 부속기관에 불과한 것이어서 이 사건 토지의 교환을 양도로 볼 수 없음에도 이를 양도한 것으로 보아 위 법령을 적용하여 이 사건 부과처분을 한 것은 위법하고, 셋째로 법인세법시행규칙 제58조 제3항 의 규정에 의하면 법인세법 또는 다른 법률에 의하여 법인세(특별부가세를 포함한다)가 비과세되거나 면제되는 소득만이 있는 법인에 대하여는 신고․납부불성실 가산세 등을 부과할 수 없도록 되어 있으므로 이 사건 토지교환으로 인한 소득 이외에 아무런 소득이 없는 ㅇㅇ교회에 대하여 위 가산세를 부과한 것은 위법하다고 주장한다.
이 사건 심사청구의 다툼은 첫째, 세액면제신청서를 법정기간 내에 제출하는 경우에 한하여 세액을 면제해 주도록 한 구 조세감면규제법의 각 규정들이 위헌 법령인지의 여부와 둘째, ㅇㅇ교회와 ㅇㅇ학원이 실질적으로 동일한 하나의 단체인지의 여부와 셋째, ㅇㅇ교회의 이 사건 토지 교환으로 발생한 소득을 특별부가세가 면제되는 소득으로 보아 신고ㆍ납부불성실가산세를 부과하지 아니하여야 하는지의 여부에 있다. 첫째다툼에 대하여 살펴본다. 구 조세감면규제법(1993. 12. 31. 법률 제4666호로 전면 개정되기 전의 것) 제67조의3 제1항 본문 및 제1호, 제67조의14 제1항 본문 및 제1호의 규정에 의하면 사립학교법에 의하여 설립된 학교법인이 소유하는 기본재산인 토지 등을 교육사업에 사용할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득과 종교의 보급기타 교화를 목적으로 설립된 법인(법인격 없는 단체를 포함한다)이 그 고유목적에 직접 사용하는 토지 등을 당해 법인의 고유목적에 사용하기 위하여 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 특별부가세를 각각 면제하도록 되어 있고, 제67조의3 제4항 및 제67조의14 제4항에서 제1항의 규정은 대통령령이 정하는 바에 의하여 신청하는 경우에 한하여 적용한다고 규정되어 있으며, 그 위임에 따라 규정된 구 조세감면규제법시행령(1993. 12. 31. 대통령령 제14084호로 전면 개정되기 전의 것) 제55조의3 제4항, 제55조의12 제4항에 의하면 특별부가세를 면제받고자 하는 법인은 양도일이 속하는 사업연도의 과세표준신고와 함께 재무부령이 정하는 세액면제신청서를 제출하여야 한다고 규정되어 있는바, 위 규정들을 종합하여 보면 학교법인이나 종교단체가 소정의 토지를 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여 특별부가세를 면제받으려면 양도일이 속하는 사업연도의 과세표준 신고기간 내에 세액면제신청서를 제출하여야 하며, 위 신고기간 내에 위 신청서를 제출하지 아니한 경우에는 특별부가세를 면제받을 수 없다고 보아야 할 것이다. 청구인은 위 각 법령의 규정들이 헌법 제11조의 평등권 조항에 위배되므로 무효라고 주장하나 위 규정에 대하여 현재까지 헌법재판소의 위헌결정이 없는 이상 유효한 규정이라 할 것이고 따라서 이에 대한 청구인의 주장은 받아들일 수 없다. 둘째 다툼에 대하여 살펴본다. 청구인은 ㅇㅇ교회와ㅇㅇ학원이 사실상 동일한 하나의 단체이므로 이 사건 토지를 양도한 것으로 볼 수 없다고 주장하나 ㅇㅇ교회는 대한ㅇㅇ교장로회에 소속된 법인격 없는 단체에 해당되고 ㅇㅇ학원은 사립학교법에 의하여 설립된 학교법인으로서 이 사건 토지의 등기부등본을 보더라도 ㅇㅇ교회와 ㅇㅇ학원은 별개의 단체로서 이 사건 토지의 각 소유자로 되어 있고 사업자등록증 또한 각각 따로 교부되어 있으므로 별개의 단체로 보아야 할 것인바, 이에 대한 청구인의 주장도 받아들일 수 없다. 셋째다툼에 대하여 살펴본다. 법인세법시행규칙 제58조 제3항 의 규정에 의하면 이 법 또는 다른 법률에 의하여 법인세(특별부가세를 포함한다)가 전액 면제되는 소득만이 있는 법인에 대하여는 신고․납부불성실가산세 등을 부과하지 아니한다고 되어 있으나 ㅇㅇ교회와 ㅇㅇ학원도 법정기간 내에 세액면제신청서를 제출하지 아니한 이상 이 사건 토지양도로 인한 소득은 특별부가세가 전액 면제되는 소득이 아니라 할 것이고 따라서 이에 대한 청구인의 주장도 이유 없다 할 것이다.
그렇다면 처분청이 청구인들의 이 사건 토지의 양도에 관하여 특별부가세 면제를 배제하고 청구인에 대하여 한 이 사건 부과처분은 정당하다 할 것이고 이 사건 심사청구는 이유 없으므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.