특수관계 법인의 임대료 시가와 건물면적에 대하여 계약내용과 다르게 처분청이 임의 조정할 수 있는지 여부

처분청은 1996. 3. 16.자로 청구인에 대하여 한 별지목록의 1993년 제1기분부터 1995년 제2기분까지의 부가가치세 계 3,565,680원의 부과처분 중 1995년 제2기분 656,150원의 부과처분에 관하여 특수관계법인에 대한 건물 임대면적을 다시 산정하여 그 과세표준과 세액을 경정하여야 한다. 나머지 청구를 기각한다.

처분청은 청구인이 1993년 제1기분부터 1995년 제2기분까지 사이의 6개기분(이하 ‘이 사건 과세기간’이라 한다)에 대한 부가가치세를 각 신고납부하면서 ㅇㅇㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 지상건물(2층 연면적 604.62㎡ 이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)의 임대료 중 청구인과 특수관계있는 자인 (주) ㅇㅇ영화사(이하 ‘위 특수관계법인’이라 한다)에 임대한 30.08평(환산하면 99.43㎡임)에 대한 임대료가 정상적인 거래에서 형성된 시가보다 부당하게 낮은 금액으로 신고되었다 하여 부가가치세법 제13조 제1항 제3호 의 규정에 따라 특수관계없는 자와의 정상적인 거래에서 형성된 가격을 시가로 보고 청구인의 신고액과의 차액에 대하여 1996. 3. 16.자로 별지목록 명세(Ⅰ)과 같이 부가가치세 3,565,680원을 부과고지하는 처분(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다)을 하였다.

청구인은 처분청이 청구인에 대하여 한 이 사건 부과처분에 관하여 특수관계있는 자에 대한 임대면적과 임대료 시가를 다시 계산하여 그 과세표준과 세액을 경정할 것을 청구하면서 그 이유로서 청구인이 위 특수관계법인에 임대한 건물면적은 실지 30.08평이 아니라 그 중 10평 정도는 청구인이 건물관리사무실로 사용하였음에도 30.08평 전부를 임대면적으로 보아 임대료 수입을 계산한 것은 부당하고, 둘째, 청구인은 이 사건 건물에 대한 각 임대료를 결정함에 있어 먼저 전액 납입하는 경우에는 월 임대료를 징수하지 아니하고 그 전세금 부족분에 대하여만 월 2% 상당의 임대료를 별도로 징수하여 왔으므로 위 특수관계법인에 임대한 건물의 임대료 시가를 계산함에 있어서는 특수관계없는 자로부터 받은 전세금에 전세금부족분에 대하여 받은 월 임대료를 전세금으로 환산(월 임대료 / 2%)하여 이를 합산한 금액(전세금 + 전세금환산액)에서 위 특수관계법인의 전세금을 차감한 나머지 금액에 대하여 부가가치세법 제49조의2 제1항 의 규정을 적용하여 계산한 간주임대료를 이 사건 추가 징수할 부가가치세 과세표준으로 삼았어야 함에도 특수관계없는 타인으로부터 받은 전세금에 대한 간주임대료와 전세금 부족분에 대하여 매월 징수한 2%상당의 임대료를 합한 금액을 임대료 시가로 보아서 한 이 사건 부과처분 또한 부당하다고 주장한다.

이 사건 심사청구의 다툼은 첫째, 위 특수관계법인에 임대한 건물면적 99.43㎡ 중 청구인이 직접 사용하였다고 주장하는 10여평(1995년 제2기분 신고시에는 12.77평으로 신고하였는바, 이를 환산하면 42.21㎡임)을 임대면적에서 제외할 수 있는지의 여부와 둘째, 처분청이 이 사건 과세기간에 대한 임대료의 시가를 계산하면서 정상적인 거래에서 형성된 전세금에 대한 간주임대료와 전세금 이외에 추가로 받은 월 임대료의 합계금액을 적정임대료로 본 것이 과연 부당한지의 여부에 있다. 먼저 청구인의 이 사건 건물에 대한 부가가치세 신고 경위와 처분청의 이 사건 부과처분 경위 등 사실 관계를 살펴보면 청구인은 이 사건 과세기간에 대한 부가가치세 중 1993년 제1기분부터 1995년 제1기분까지 5개기분에 대하여는 이 사건 건물의 연면적 182.88평(604.62㎡)을 모두 임대면적으로 신고하였다가 1995년 제2기분 신고시 위 특수관계법인에게 임대한 면적 99.43㎡ 중 42.21㎡를 청구인이 직접 사용하는 것으로 임대면적을 줄여서 신고한 사실과 청구인은 이 사건 건물을 10개의 사무실(1층 7개, 2층 3개)로 구획하여 9개 사무실 505.19㎡은 특수관계있는 자 외의 자에게 일정금액의 전세금 이외에 매 월분 월세 및 관리비를 받는 조건으로 각 임대하고 나머지 1개 사무실 99.43㎡을 위 특수관계법인에게 월세와 관리비 없이 전세금도 다른 사무실에 대하여 현저히 낮은 10,000,000원에 임대한 사실, 이에 대하여 처분청은 청구인의 신고내용 중 임대면적부분에 대하여는 대부분 그대로 인정하고 임대료 수입금액 중 특수관계법인에 대한 임대료가 부가가치세법 제13조 제1항 제3호 의 규정에 의한 부당하게 낮은 대가를 받은 경우에 해당된다고 보아서 위 특수관계법인의 임대부분에 대하여 이 사건 건물의 2층 임차인 2인에 대한 임대료 수입을 임대료 시가로 보아서 별지목록명세(Ⅱ)와 같이 임대료 과소 신고액 32,415,688원을 계산하여 1996. 3. 16.자로 이 사건 부과처분을 한 사실을 일건 기록에 의하여 인정할 수 있다. 다음 관계 법령의 규정을 살펴보면 부가가치세법 제13조 제1항 에 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각 호의 가액의 합계액으로 한다고 규정하면서 제3호에서 부당하게 낮은 대가를 받거나 대가를 받지 아니한 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가로 하도록 규정하고 있는바, 이는 특수관계있는 자와의 거래에서 조세의 부담을 부당하게 감소시키는 유형의 거래에 해당하는 경우에는 이를 부인하고 세법이 정하는 방법에 의하여 수입금액을 계산하도록 하는 제도로서 이는 실질과세원칙을 보충하여 공평과세를 실현하고자 하는 데 그 입법 취지가 있다고 새기는 것이 상당하다 할 것이고 이 사건 부동산의 임대료수입금액 중 위 특수관계법인에 대한 임대료가 위 부가가치세법 제13조 제1항 제3호 에 규정된 부당히 낮은 대가의 임대료에 해당된다는 점에는 상호다툼이 없다. 그러므로 첫째다툼에 대하여 살펴본다. 위의 사실 관계에 의하면 이 사건 건물의 임대면적에 관하여 청구인 스스로 1993년 제1기분부터 1995년 제1기분까지 5개기분에 대하여는 위 특수관계법인에 99.43㎡를 전세금 10,000,000원에 임대한 것을 비롯하여 건물 연면적 604.62㎡ 전부를 임대한 것으로, 1995년 제2기분은 위 특수관계법인에게 임대한 면적 99.43㎡ 중 41.21㎡를 청구인이 이 사건 건물의 관리사무실로 사용하였다 하여 이를 임대면적에서 제외하고 562.41㎡를 임대한 것으로 하여 각 임대료수입금액을 신고한바 있고 처분청도 청구인의 위 임대면적에 대한 신고내용을 1차적으로 인정한바 있음에도, 청구인은 이 사건 심사청구에서 위 특수관계법인에게 임대한 것으로 스스로 신고한 면적 99.43㎡ 중 42.21㎡는 이 사건 과세기간의 처음부터 청구인이 계속하여 직접 사용하여 왔으므로 임대면적에서 제외하여야 한다고 당초 신고․확정된 내용을 번복하는 새로운 주장을 하고 있으나 위 기존의 인정사실을 뒤집을 만한 새로운 증빙을 제시하지 못하고 있으므로 위와 같은 청구인의 주장을 모두 받아들일 수는 없다 할 것이나 특수관계법인에 임대한 면적 99.43㎡ 중 1995년 제2기분부터 청구인이 직접 사용하였다고 신고한 42.21㎡에 대하여 처분청도 그 사실을 1차 인정하고서도 추가 보완조사나 증빙 자료의 보완 없이 이 사건 부과처분시 직전과세기간과 마찬가지로 위 42.21㎡를 위 특수관계법인에 임대한 면적으로 보아 부가가치세를 추징한 것은 일부 잘못이 있다할 것이다. 둘째 다툼에 대하여 살펴본다. 다시 위의 사실 관계에 의하면 청구인은 이 사건 과세기간 중 이 사건 건물 연면적 604.62㎡를 10개의 사무실(1층 7개, 2층 3개)로 구획하여 1995년 제1기분을 기준으로 하여 볼 때 그 중 2층 1개 사무실 99.43㎡를 위 특수관계법인에 월세와 관리비 없이 전세금 10,000,000원에 임대하고 나머지 1층 7개 사무실과 2층 2개 사무실 등 9개 사무실 505.19㎡를 특수관계있는 자 외의 자들에게 1개 사무실 당 전세금 각 5,000,000원 내지 20,000,000원씩 계 128,000,000원을 받은 것 이외에 월세 각 500,000원 내지 1,000,000원씩 계 7,450,000원과 관리비 각 50,000원 내지 100,000원씩 계 500,000원을 매월 징수하여 온 점에 비추어 이 사건 건물의 경우 건물 임대차계약의 기본적인 항목이 전세금, 월세 및 관리비 등으로 구분되어 있고 다만 특수관계법인에 한하여 예외적으로 전세금만 받아 왔음을 알 수 있다. 따라서 이 사건 건물에 대한 각 임대료를 결정하면서 일정액의 전세금을 책정해 놓고 전세금의 부족분에 한하여 월 2% 상당의 임대료를 별도로 징수하였으므로 월 임대료 부분을 다시 전세금으로 환산하여 임대료 시가를 산정하고 부당하게 산정된 임대료를 다시 계산해야 한다는 청구인의 주장은 받아들일 수 없다 할 것이다.

그렇다면 처분청이 청구인의 이 사건 건물의 임대료 수입 중 특수관계법인에 대한 임대료가 부당하게 낮다고 하여 임대료 시가와의 차액을 부가가치세 추징대상으로 보아서 청구인에 대하여 한 이 사건 부과처분은 정당하다 할 것이나 그 중 1995년 제2기분의 경우 특수관계법인에 대한 임대면적을 산정하면서 처분청이 아무런 근거도 없이 청구인의 신고면적보다 42.21㎡가 크다고 본 것은 일부 잘못이 있다 할 것이고 이 사건 심사청구는 일부만 이유 있으므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.