매출세금계산서 발급자가 명의대여자에 불과한 경우 당해 부가가치세 매입세액을 공제할 수 있는지 여부

심사청구를 기각한다.

처분청은 청구인이 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ동 ○○번지 소재 공장용지 17,049.7㎡(구 ㅇㅇㅇㅇ단지 0다 000) 지상에 공장(이하 ‘이 사건 공장’이라 한다)을 신축하면서 청구 외 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ(주)(대표이사 ㅇㅇㅇ, ㅇㅇ, 이하 ‘청구 외 법인’이라 한다)와 1991. 10. 4. 공사도급계약을 체결하고 1992. 4. 6.부터 1993. 1. 11.까지 사이에 7회에 걸쳐 공사비 계 2,090,000,000원을 지급한 것으로 하여 매입세금계산서를 교부받고서 1992년 제1기부터 1993년 제1기까지 사이에 위 공사비의 매입세액 209,000,000원을 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 신고납부한 데 대하여 청구 외 법인은 건설업면허대여자로서 이 사건 공장의 신축공사를 시공하지 아니하였으므로 청구인이 교부받은 세금계산서는 그 내용이 사실과 다른 것이라고 인정하여 구 부가가치세법(1994. 12. 22. 법률 제4808호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 부가가치세법’이라 한다) 제17조 제2항 제1호의 규정에 의하여 매출세액에서 위 공사비의 매입세액을 공제하지 아니하고서 1996. 4. 16.자로 별지목록과 같이 부가가치세 계 239,680,000원(가산세 30,680,000원 포함)을 납부고지하는 처분(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다)을 하였다.

청구인은 처분청이 한 이 사건 부과처분의 취소를 청구하면서 그 이유로서 청구인은 이 사건 공장의 신축공사도급계약을 청구 외 법인의 이사이었던 청구 외 ㅇㅇㅇ(이하 ‘위 ㅇㅇㅇ’라 한다)와 체결하면서 청구 외 법인의 사업자등록증을 확인하고 청구 외 법인 명의로 공사도급계약서를 작성하였으며, 그 후 위 공사의 진행상황협의나 공사대금의 지급도 위 ㅇㅇㅇ에게 하였으므로 청구인은 청구 외 법인이 건설업면허대여자라는 사실을 알 수 없었고, 이 사건 공장의 신축공사를 청구 외 법인이 시공한 것으로 믿고 그 세금계산서를 교부받은 선의의 거래당사자에 해당하는데도, 처분청은 청구 외 법인이 건설업 면허대여자로 확인되고, 결과적으로 청구인이 교부받은 세금계산서의 내용이 사실과 다르다는 이유로 청구인에게 이 사건 부과처분을 한 것은 부당하다고 주장한다.

이 사건 심사청구의 다툼은 청구인이 이 사건 공장의 신축공사를 청구 외 법인이 시공한 것으로 믿고 사실과 다른 세금계산서를 교부 받은 선의의 거래당사자에 해당한다고 인정하여 그 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 있는지의 여부에 있다. 먼저 관계 법령을 보면, 구 부가가치세법 제17조 제2항 에는 교부받은 세금계산서에 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭 등 필요적 기재사항의 내용이 사실과 다른 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하도록 규정되어 있는바, 위 규정은 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 사실과 다른 책임이 공급받는 자에게 있는 경우에 적용하는 것으로, 공급받는 자의 입장에서 세금계산서에 기재된 공급자가 명의위장사업자라는 사실을 몰랐고, 또 그러한데에 과실이 없으며, 실제로 그 재화 또는 용역의 공급이 이루어진 선의의 거래당사자에 해당한다면 그가 교부받은 세금계산서의 매입세액은 공제되어야 함이 선의의 납세자 보호를 위한 당연한 법리라 할 것이나, 이 경우 그 명의위장사실을 몰랐고 그 알지 못한데에 과실이 없었다는 점은 매입세액의 공제를 받고자 하는 자가 입증하여야 할 것이다. 살피건대, 청구인은 이 사건 공장의 신축공사도급계약을 청구 외 법인의 이사이었던 위 ㅇㅇㅇ와 체결하면서 청구 외 법인의 사업자등록증을 확인하고 청구 외 법인의 명의로 공사도급계약서를 작성하였으며, 그 후 위 공사의 진행상황협의나 공사대금의 지급도 위 ㅇㅇㅇ에게 하여 청구 외 법인이 건설업 면허대여자이었음을 알 수 없었던 선의의 거래당사자에 해당한다는 요지의 변명을 하고있으나 첫째, 위 ㅇㅇㅇ는 청구 외 법인의 등기부등본에 이사로 등재된 사실이 없고, 둘째, 청구인은 청구 외 법인과 이 사건 공장의 신축공사도급계약을 체결한 시점인 1991. 10. 4. 청구 외 (주) ㅇㅇ개발(대표이사 ㅇㅇㅇ)과도 같은 계약을 체결하였으며 또한 1993. 4. 28. 이 사건 공장의 사용검사신청서 및 사용검사필증 교부신청시에도 청구 외 법인이 아닌 위 자를 공사시공자로 기재 및 날인하게 하여 제출하였고, 셋째, 청구인의 대표이사인 ㅇㅇㅇ가 이 사건 부과처분과 관련하여 1995. 8. 31. ㅇㅇ지방국세청 간세국 부가가치세과 직원과의 문답서 작성시에 ‘이 사건 공장의 신축공사는 청구 외 법인이 시공한 것이 아니라 청구인의 사용인인 청구 외 ㅇㅇㅇ과 위 ㅇㅇㅇ가 함께 시공하였으며, 물품대금은 재료구입처에 어음 등으로 현장인부의 노임은 현금으로 지급하였고 세금계산서는 위 ㅇㅇㅇ가 가져다 주는 대로 처리하였다’는 요지의 진술을 한 것을 모두어 볼 때 청구인은 이 사건 공장의 신축공사에 대한 청구 외 법인의 명의위장사실을 몰랐고 그 알지 못한 데 대한 과실이 없는 선의의 거래당사자에 해당한다고 인정되지 아니하고, 달리 선의의 거래당사자로 볼 수 있는 입증도 제시하지 못하고 있으므로 청구인의 주장은 받아들일 수 없다.

그렇다면 처분청이 이 사건 공장의 신축공사와 관련한 세금계산서의 매입세액을 매출세액에서 불공제하고서 청구인에 대하여 한 이 사건 부과처분은 정당하다 할 것이고, 이 사건 심사청구는 이유 없으므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.