면세사업자용 사업자등록증을 교부한 경우 부가가치세를 납부고지할 수 있는지 여부

심사청구를 기각한다.

처분청은 청구인이 1994. 6. 17. 청구 외 (주) ㅇㅇ기술단(대표이사 ㅇㅇㅇ)에 ㅇㅇ-ㅇㅇ간 고속도로(제17공구)의 교량설계용역을 공급하는 등 1994. 6. 17.부터 1995. 12. 19.까지 사이에 총20건의 토목설계용역을 공급하고 발생한 수입금액 811,810,000원에 대한 부가가치세를 신고납부하지 아니한 데 대하여 청구인은 토목설계용역과 관련하여 법률상 요구되는 자격이나 기능을 갖추지 아니한 채 토목설계용역을 공급하였으므로 부가가치세법 제12조 제1항 제13호 및 같은 법 시행령 제35조 제2호 (다)목에 규정한 독립된 자격으로 설계업을 영위하는 면세사업자가 아니라는 이유로 1996. 4. 16. 별지목록과 같이 위 수입금액에서 부가가치세 상당액을 제외한 738,009,089원을 부가가치세 과세표준으로 보고서 1994년 제1기부터 1995년 제2기까지 사이의 부가가치세 80,595,970원을 부과고지하는 처분(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다)을 하였다.

청구인은 처분청이 한 이 사건 부과처분의 취소를 청구하면서 그 이유로서 청구인은 1989. 12. 13. 위 사업을 신규개업하면서 사업자등록을 신청하였는바, 처분청이 청구인의 설계용역사업을 부가가치세 면세사업에 해당한다고 보아 면세사업자용 사업자등록증을 교부하였으며, 청구인은 이에 따라 부가가치세를 납부할 의무가 없는 면세사업자로 믿고 1996. 3. 14.까지 부가가치세 담세자로부터 부가가치세를 거래 징수함이 없이 순수용역대금만을 받아왔는 데, 처분청은 청구인에 대하여 같은 날 갑자기 부가가치세 과세사업자로 인정하여 일반과세자용 사업자등록증을 직권 재교부한 후 1996. 4. 16. 이 사건 부과처분을 한 것은 과세 관청이 특별한 자격 없이 설계용역을 공급하는 경우에도 부가가치세 면세사업자가 공급하는 용역으로 인정하다가, 관행으로 굳어진 위 용역의 면세적용에 대하여 소급하여 과세사업으로 변경 적용한 것이므로 국세기본법 제15조 등에 규정한 신의성실의 원칙에 위배되는 부당한 처분이라고 주장한다.

이 사건 심사청구의 다툼은 과세관청이 부가가치세 과세사업자에게 면세사업자용 사업자등록증을 교부한 경우, 이를 믿고 따른 납세의무자에게 부가가치세를 납부고지할 수 있는지의 여부에 있다. 먼저 처분청이 이 사건 부과처분을 한 경위 등을 보면, 처분청은 부가가치세법 제12조 제1항 제13호 및 같은 법 시행령 제35조 제2호 (다)목에 규정한 부가가치세 면세조항은 설계용역사업 등에 대하여 법률상 요구되는 자격이나 기능을 적법하게 취득한 자가 그 자격에 기하여 제공할 수 있는 전문적인 분야의 인적용역에 한하는 것으로서, 청구인은 토목설계용역과 관련하여 법률상 요구되는 자격이나 기능을 갖추지 아니한 채 토목설계용역을 공급하여 온 이상 위 설계용역은 부가가치세 면세대상이 되는 인적용역에 해당하는 것으로 볼 수 없다고 인정하여 청구인이 1994. 6. 17.부터 1995. 12. 29.까지 사이에 공급한 토목설계용역의 수입금액 811,810,000원에 대하여 1996. 4. 16. 이 사건 부과처분을 하였는바, 청구인은 무자격 토목설계업자가 공급한 토목설계용역이 부가가치세 면세대상이 아님은 인정하나, 처분청이 1989. 12. 13. 청구인에게 면세사업자용 사업자등록증을 교부한 이상, 처분청이 1996. 3. 14. 부가가치세 과세사업자로 인정하여 일반과세자용 사업자등록증을 재교부하기 까지는 부가가치세를 소급 과세할 수는 없는 것이므로, 이 사건 부과처분은 국세기본법 제15조 등에 규정한 신의성실의 원칙에 위배되는 부당한 처분이라고 주장하고 있음이 관계자료에 의하여 인정된다. 살피건대, 국세기본법 제15조 에서 ‘납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다’고 규정하고 있고 같은 법 제18조 제3항에서는 ‘세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다’고 규정하고 있는바, 일반적으로 조세 법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 위 규정들이 적용되는 요건으로서는 첫째, 과세 관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 둘째, 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 넷째, 과세 관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 할 것이고, 이러한 요건을 모두 충족할 때에 한하여 과세관청의 처분을 신의성실의 원칙에 위반되는 행위로서 위법하다고 볼 수 있다 할 것이다. 청구인은 앞서 본 바와 같이 토목설계용역과 관련하여 법률상 요구되는 자격이나 기능을 갖추지 아니한 채 토목설계용역을 공급하여 온 자로서 청구인이 공급한 토목설계용역은 부가가치세 면세대상이 되는 인적용역에 해당하지 않음에도 불구하고 청구인은 부가가치세 면세사업자용 사업자등록증 교부를 신청하여 처분청으로부터 그 사업자등록증을 교부받았고, 달리 과세관청은 위 토목설계용역이 부가가치세 면세용역이라는 공적인 견해를 표명한바 없으므로, 이와 같이 처분청이 청구인의 신청에 따라 면세사업자용 사업자등록증을 교부한 행위만으로는 과세관청이 부가가치세의 과세에 관하여 어떤 공적인 견해를 표명한 것이라고 할 수 없을 뿐 아니라, 처분청으로부터 부가가치세 면세사업자용 사업자등록증을 교부받은 청구인이 자신이 부가가치세 면세사업자로 신뢰하였다고 하더라도 그와 같이 신뢰한데에 청구인에게 귀책사유가 없었다고도 할 수 없으므로 이 사건 부과처분이 신의성실의 원칙에 반한다고 볼 수 없다 할 것이다.

그렇다면 처분청이 청구인에 대하여 한 이 사건 부과처분은 정당하고, 이 사건 심사청구는 이유 없으므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.