법인세 조사결정시 직권으로 감액 경정할 수 있는지 여부

처분청은 1996. 1. 16. 청구인에 대하여 한 1993사업연도 법인세 1,139,288,200원 및 1994사업연도 법인세 266,331,140원의 부과처분을 재조사 결정하여야 한다.

처분청은 청구인이 1993사업연도(1993. 1. 1.~1993. 12. 31.)와 1994사업연도에 대한 법인세과세표준 및 세액을 신고하면서 1993사업연도의 경우 수입이자 955,331,436원을 익금에 계상 누락하고 지급이자 등 1,502,463,406원을 손금에 과다 계상하는 등으로 소득금액 합계 2,457,794,842원을 적게 신고하였고 1994사업연도의 경우에도 수입이자 209,045,664원을 계상 누락하고 지급이자 등 476,003,705원을 과다 계상하는 등으로 소득금액 합계 685,049,369원을 적게 신고하였다 하여 위 금액을 각 사업연도 소득금액계산상 익금 산입하거나 손금 불산입하여 결정한 1993사업연도 법인세 1,139,288,200원과 1994사업연도 법인세 266,331,140원을 1996. 1. 16. 추가로 납부고지하였다.

청구인은 1996. 1. 16. 처분청이 추가로 납부고지한 1993사업연도 법인세 1,139,288,200원과 1994사업연도 법인세 266,331,140원의 부과처분을 경정할 것을 청구하면서 그 이유로서 청구인은 위 2개 사업연도에 대한 법인세 과세표준 및 세액신고시 장기도급공사의 수입금액을 작업진행률에 의한 정당계산금액보다 1993사업연도의 경우 5,510,729,052원, 1994사업연도의 경우 1,821,526,790원을 각각 과다 계상하여 신고하였음에도 처분청에서 이 건 법인세 경정시 지급이자 손금 불산입 등으로 증액경정만 하고 과다하게 신고한 수입금액을 감액 경정하지 아니한 것은 부당하다고 주장한다.

이 건 심사청구의 다툼은 법인세 조사결정시 법인이 수입금액을 과다하게 자진 신고한 경우 이를 직권으로 감액 경정할 수 있는지의 여부에 있다. 먼저 청구인의 이 건 법인세 신고내용과 처분청의 법인세 경정 경위를 보면, 청구인은 1994. 3. 27. 1993사업연도의 법인세를 신고하면서 “ㅇㅇㅇ항 안벽축조공사” 외 79개 장기도급공사의 수입금액을 작업진행률에 의하여 계산한 기성고 337,806,652,741원보다 5,510,729,052원이 과다한 343,317,381,793원으로 계상하였고 1995. 3. 27. 1994사업연도의 법인세를 신고하면서도 공사수입금액 계 1,821,526,790원을 과다하게 계상하였다고 주장하는데도 처분청은 청구인에 대한 위 2개 사업연도의 법인세를 실지조사 결정하면서 계상 누락된 수입이자 등을 익금에 산입하고, 비업무용 부동산 관련 지급이자 등을 손금 불산입하는 등으로 법인세과세표준 및 세액을 증액경정만 하고 청구인이 과다 신고하였다는 공사수입금액을 검토조정하지 아니하고 신고내용대로 인정한 사실이 관련 자료에 의하여 인정된다. 살피건대, 법인세법 제9조 제1항 및 같은 법 제32조 제2항 제1호에서 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액에서 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다고 규정하고 있고 정부는 같은 법 제26조의 규정에 의한 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때에는 당해 법인의 법인세과세표준과 세액을 경정하도록 규정하고 있으므로 과세 관청이 납세의무자의 신고내용에 오류 또는 탈루 등이 있다고 인정하여 법인세의 과세표준과 세액을 경정할 때에는 누락된 수입금액을 익금에 산입하거나 과다 계상한 손금을 부인하는 등으로 과세표준 및 세액을 증액경정만 할 것이 아니라 신고한 익금에 당해 사업연도에 속하지 아니하는 것이 있는 때에는 당연히 이 부분도 익금에서 제외하여 과세표준과 세액을 감액 경정하여야 할 것이고 같은 법 제17조 제8항 및 같은 법 시행령 제37조 제1항에 장기도급공사의 수입금액은 도급금액에 “작업진행률”을 곱하여 계산하도록 되어 있으며 (작업진행률이 분명하지 않은 경우에는 도급자가 확인한 기성부분에 따라 손익계산) 청구인은 위 사실 관계에서 본 바와 같이 장기도급공사의 수입금액을 위 “작업진행률”에 의하여 계산한 기성고 수입금액보다 과다하게 계상하여 신고하였다고 주장하므로 처분청이 이 건 과세표준과 세액을 경정 결정할 때에는 누락된 수입이자를 익금에 산입하거나 비업무용부동산 관련지급이자 등을 손금불산입하는데에만 그칠 것이 아니라 신고된 공사수입금액이 작업진행율에 의한 수입금액보다 많이 신고되었는지의 여부도 함께 가려서 익금 불산입하는 등 법인세 과세표준 및 세액을 재조정하였어야 했다.

그렇다면 처분청이 청구인의 1993 및 1994사업연도의 법인세 과세표준과 세액을 증액경정하는 데 그치고 수입금액의 과다 신고여부를 가려 재조정하지 아니한 것은 잘못이라 하겠고, 이 건 심사청구는 이유 있으므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.