부동산 취득시기 이전에 사용제한된 경우 비사업용 부동산인지 여부

처분청은 1995. 5. 16. 청구인에 대하여 한 법인세(특별부가세) 1,973,965,820원의 부과처분에 관하여 양도토지 중 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 외 4필지의 토지 계 48,833㎡(별첨 "토지명세" 참조)의 양도에 대한 특별부가세를 감면하여 그 과세표준과 세액을 경정하여야 한다. 나머지 심사청구는 기각한다.

처분청은 청구인이 1991사업연도 법인세를 신고하면서 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지전 외 4 필지(별첨 "토지명세" 참조)의 토지 계 48,833㎡(이하 "ㅇㅇ토지"라 한다)를 1989. 5. 23. 취득하여 1991. 8. 23. ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ공사에 ㅇㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 임야 외 5필지(별첨 "토지명세" 참조)의 토지 계 20,847㎡(이하 "ㅇㅇ토지"라 한다)를 1988. 12. 30. 취득하여 1991. 7. 25. ㅇㅇㅇ도 ㅇㅇ교육청에 각각 공공용지로 양도한 후 구 조세감면규제법 제57조 제1항의 규정에 따라 특별부가세를 감면 신청한 데 대하여

• 가. ㅇㅇ토지는 법령상 사용제한일 (1989. 4. 29. 택지개발촉진법 제3조 에 의하여 택지개발지구로 지정고시)이후인 1989. 5. 23. 취득하였으므로 구 조세감면규제법 제66조의 규정에 의하여 특별부가세 감면대상이 아니고,
• 나. ㅇㅇ토지는 1991. 7. 1. 사용제한 (ㅇㅇㅇ도 고시 제234호로 학교시설부지로 지정)된 토지로서 사용제한조치일 현재 업무에 직접 사용하지 아니한 비업무용 부동산이므로 특별부가세 감면대상이 아니라고 보아 청구인의 감면 신청을 받아들이지 아니 하고 1995. 5. 16. 법인세(특별부가세) 1,973,965,820원을 납부하도록 고지하였다.

청구인은 1995. 5. 16. 처분청이 납부고지한 법인세(특별부가세) 1,973,965,820원의 부과처분을 취소할 것을 구한다. 그 이유로서

• 가. ㅇㅇ토지는 주택신축판매업을 영위하는 청구인이 당초 아파트를 신축할 목적으로 택지개발지구로 지정되기 전인 1988. 11. 29.부터 1989. 3. 10.까지 사이에 각각의 토지에 대하여 매매계약을 체결하였으나 자금사정상 중도금과 잔금을 분할 지급하던 중 잔금지급 완료 전인 1989. 4. 29. 택지개발지구로 지정됨으로써 사용제한이 되었는바, 매매계약을 중도에 해약할 수 없어 부득이 잔금을 지급하였고 이어서 공공용지로 수용된 특수한 경우이므로 매매계약일을 사실상의 취득일로 보아야 하고 이러할 경우 취득 후에 법령상 사용제한이 있은 토지의 양도에 해당되어 감면대상이며,
• 나. ㅇㅇ토지는 1988. 12. 30. 취득하고 1991. 7. 1. 학교시설부지로 지정고시되었으나 당시 건설부장관의 1986. 8. 22. 및 같은 해 11. 6.자 지침에 의하면 각 시 ․군 도시계획공람공고시부터 동 도시계획안에 저촉되는 건축허가신청사항에 대하여는 건축법 제44조 및 같은 법 시행령 제96조에 근거하여 허가를 유보 및 제한하도록 시달된바 있으므로 사용제한일을 ㅇㅇ시 도시계획시설결정공람공고일인 1990. 12. 23.로 보아야 하며, 이러할 경우 보유기간은 취득일로부터 동 사용제한일까지 2년 미만으로서 사용제한에 따라 바로 공공용지로 양도하였으므로 감면대상이라고 주장한다.

이 건 심사청구의 다툼은 청구인이 ㅇㅇ토지 및 ㅇㅇ토지를 각각 공공사업용으로 양도한 데 대하여 법인의 업무와 직접 관련 없는 부동산의 양도로 보아 구 조세감면규제법 제66조의 규정에 의하여 특별부가세 감면을 배제한 것이 타당한지의 여부에 있다고 하겠다. 먼저 관계 법령의 규정 내용을 보면 구 조세감면규제법(1993. 12. 31. 법률 제4666호로 개정되기 이전의 것) 제66조에서 법인의 업무와 직접 관련이 없는 부동산은 이 법 또는 다른 법률 중 특별부가세의 비과세 및 감면에 관한 규정은 이를 적용하지 아니하도록 규정하고 있고, 같은 법 시행규칙 (1994. 4. 13. 재무부령 제1970호로 개정되기 이전의 것) 제20조의2 제1항에서 양도일까지 1년 이상 계속하여 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니한 것(매매사업용 부동산 포함)과 법인세법시행규칙 제18조 제3항 제2호 내지 제21호에 해당하는 것을 법인의 업무와 관련이 없는 부동산으로 규정하고 있으며, 같은 조 제2항 제4호 및 구 법인세법시행규칙(1994. 3. 12. 재무부령 제1968호로 개정되기 전의 것)제18조 제4항 제1호에서는 당해 부동산의 취득 후 법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 부동산으로서 그 사용이 금지 또는 제한된 날로부터 3년이 경과되지 아니한 것은 법인의 업무와 관련이 없는 부동산에서 제외한다고 규정하고 있고, 구 법인세법시행규칙 제18조 제3항 제12호 본문에 매매용 부동산을 법인의 업무와 관련이 없는 부동산으로 규정한 다음 그 단서에서 부동산 매매업을 주업으로 하거나 주택신축판매업을 하는 법인이 취득한 매매용 부동산으로서 취득 후 2년이 경과되지 아니한 것(주택 등 건물의 신축판매업용 부동산의 경우에는 토지를 취득한 후 2년 이내에 착공한 것으로서 공사 진행 중에 있는 것)은 법인의 업무와 관련이 없는 부동산에서 제외한다고 규정하고 있다.

• 가. ㅇㅇ토지의 양도에 대하여 살펴본다. 청구인이 제시한 부동산취득 관련 자료에 의하면 청구인은 ㅇㅇ토지를 취득하기 위하여 1988. 12. 31.부터 1989. 3. 10.까지 사이에 계약금을 지급하였고 1989. 1. 4.부터 같은 해 3. 13.까지 사이에 1차 중도금 내지 3차 중도금을 지급하였으며 ㅇㅇ토지 소재지가 택지개발지구로 지정(지정일: 89. 4. 29.)된 24일 후인 같은 해 5. 23. 잔금을 지급하였음이 입증되는바, 이에 대하여 청구인은 법령상 사용제한 이전에 ㅇㅇ토지를 취득한 것으로 보아야 한다고 주장하고 있고, 처분청은 구 법인세법시행령 제124조의2 제13항 의 규정에 의하여 준용되는 소득세법시행령 제53조 제1항 제1호 의 규정을 근거로 청구인의 ㅇㅇ토지 취득 일은 잔금지급일인 1989. 5. 23.이라고 주장하면서, 청구인이 ㅇㅇ토지를 공공용지로 양도하였다 하더라도 취득 전에 법령상 사용제한이 있었으므로 법인의 업무와 관련 없는 부동산에서 제외되지 아니하여 특별부가세 감면대상이 아니라고 주장한다. 살피건대, 구 법인세법시행규칙 제18조 제4항 제1호 에서 당해 부동산의 취득 후 법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 부동산으로서 그 사용이 금지 또는 제한된 날로부터 3년이 경과되지 아니한 것을 비업무용 부동산으로 보지 아니한다고 규정하고 있으나 그 유예기간 산정의 기준이 되는 부동산의 취득시기에 대하여는 관련 규정인 구 법인세법시행규칙 제18조 에서 따로 정한 바가 없으므로, 설사 법인의 특별부가세에 관한 구 법인세법시행령 제124조의2 제13항 에서 그 대상부동산의 취득시기에 대하여 소득세법시행령 제53조 의 규정을 준용하도록 하고 있다 하더라도, 법인의 비업무용 부동산의 판정과 법인자산의 양도차익에 대한 과세는 그 입법목적과 취지가 다르므로 과세요건에 관한 확장해석이나 유추해석을 허용하지 아니하는 조세법률주의 원칙에 비추어 볼 때 소득세법시행령 제53조 의 규정을 법인의 비업무용 부동산의 판정에 그대로 적용할 수는 없다고 할 것이고, 부동산 취득 후 법령에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 부동산을 일정기간 법인의 비업무용 부동산으로 보지 않도록 규정하고 있는 취지는 부동산 취득 후 정부시책에 의하여 사용 제한될 경우 예측하지 못한 손해를 입게되는 것을 구제하려는 것이라 할 것인바, 청구인이 ㅇㅇ토지에 아파트를 신축할 목적으로 매매계약을 체결하고 계약금 또는 중도금을 순차적으로 지급하다가 잔금을 지급하기 전인 1989. 4. 29. 법령상 사용제한을 받았다면 이 건 ㅇㅇ토지는 취득 후 법령상 사용제한이 있었다고 보아야 할 것이며, 청구인은 ㅇㅇ토지를 법령상 사용제한일로부터 3년이 경과되기 전에 공공용지로 양도하였으므로 이를 특별부가세 감면이 배제되는 법인의 비업무용 부동산의 양도로 볼 수는 없다고 하겠다.
• 나. ㅇㅇ토지의 양도에 대하여 살펴본다. 청구인은 주택신축판매업을 하는 자로서 1988. 12. 30. ㅇㅇ토지를 아파트 신축판매용으로 취득한 후 그대로 보유하고 있던중 1990. 12. 23. ㅇㅇㅇ도 ㅇㅇ시에서 ㅇㅇ토지소재지 지역에 대한 도시계획시설결정공람공고를 거쳐 1991. 7. 6. 도시계획시설결정고시를 하였으며, 동 도시계획시설결정에 따라 청구인은 ㅇㅇ토지를 ㅇㅇ교육청에 학교시설부지로 협의 매각하였음이 청구인이 제시한 증빙 자료에 의하여 입증된다. 이에 대하여 청구인은 1986. 11. 6. 당시 건설부장관의 "도시계획 결정된 건축허가업무 운영개선지시"에 의하면 도시계획공람공고일로부터 도시계획결정고시일까지 도시계획(안)내용에 저촉되는 건축허가를 유보하도록 되어있는 것으로 보아 ㅇㅇ토지는 1990. 12. 23. ㅇㅇㅇ도 ㅇㅇ시에서 도시계획시설결정공람공고를 함으로써 사실상 이때부터 법령상 사용 제한된 부동산에 해당된다고 주장하면서 ㅇㅇ토지를 1988. 12. 30. 취득한 후 사용 제한된 1990. 12. 23.까지의 보유기간이 2년 미만일 뿐 아니라 동 사용 제한일로부터 3년이 경과되기 전인 1991. 7. 25. 양도하였으므로 특별부가세 감면대상이라고 주장한다. 살피건대, 당시 건설부장관의 지시내용은 도시계획공람공고에 따라 건축허가를 유보하는 경우에도 도시계획의 결정전에 건축제한이 특히 필요한 사항(대상 구역, 기간, 제한사항 등)을 당시의 건설부장관에게 공고 요청한 후 시행하도록 되어 있음에도 ㅇㅇ시장은 ㅇㅇ토지와 관련한 공고요청을 한 사실이 없는 것으로 보아 ㅇㅇ토지에 대한 사용 제한일은 도시계획공람공고일이 아니라 도시계획시설결정고시일인 1991. 7. 6. 이라고 할 것이고, 청구인은 ㅇㅇ토지를 1988. 12. 30. 주택신축판매용으로 취득한 후 1991. 7. 6. ㅇㅇ시 도시계획시설결정고시일까지 2년이 넘도록 착공 및 공사진행을 하지 아니한 채 보유하고 있었을 뿐 아니라 취득 후 2년 이내에 착공 및 공사진행을 하지 못한 것이 법령상 사용 제한에 의한 것이 아니므로 ㅇㅇ토지는 구 법인세법시행규칙 제18조 제3항 제12호 의 규정에 의한 법인의 비업무용 부동산에 해당되어 이의 양도에 대하여는 특별부가세의 감면을 배제하는 것이 옳다고 하겠다.

그렇다면 청구인이 공공사업에 필요한 ㅇㅇ토지 및 ㅇㅇ토지를 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ공사 및 ㅇㅇㅇ도 ㅇㅇ교육청에 양도한 것 중 ㅇㅇ토지의 양도에 대하여는 구 조세감면규제법 제57조 제1항의 규정에 의한 특별부가세 감면대상임에도 처분청에서 감면을 배제하고 한 당초의 법인세(특별부가세) 부과처분은 부당하고, 이 건 심사청구는 일부 이유 있으므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.