비업무용부동산인지 여부의 판단에 따른 차입금 지급이자의 처리

처분청은 1995. 7. 1. 청구인에게 대하여 한 별지목록 법인세 등 336,721,070원의 부과처분 중 1991사업연도부터 1994사업연도까지 사이에 법인의 비업무용 부동산 관련비용으로 손금불산입한 699,064,892원은 이를 손금 산입하여 그 과세표준과 세액을 경정하여야 한다. 나머지 청구를 기각한다.

처분청은 청구인 등 ㅇㅇ ㅇㅇ번지 소재 6개 연탄제조업체와 그들이 설립한 ㅇㅇ․ㅇㅇㅇㅇ공업협동조합(이하 “청구 외 조합”이라 한다)이 ㅇㅇ시 도심지역에 산재된 연탄제조공장 및 저탄장을 시 외곽지역으로 집단 이전하기 위하여 1990. 3. 30.부터 1994. 10. 21.까지 사이에 취득한 ㅇㅇㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 대지 231㎡ 등 95필지 262,513㎡ 중 청구인 소유지분 49,877㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 청구인 소유의 토지로 보고, 이 건 토지는 취득 후 1년 이내에 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니한 비업무용 부동산에 해당된다는 이유로 이에 대한 차입금 지급이자 등을 손금불산입하여 1990사업연도부터 1994사업연도까지 사이의 법인세 330,029,780원, 방위세 6,691,290원, 계 336,721,070원을 1995. 7. 1. 추가 납부고지하였다.

청구인은 1995. 7. 1. 처분청이 추가 납부고지한 법인세 등 336,721,070원의 부과처분에 관하여 별지목록의 비업무용 부동산 관련 비용 768,362,876원을 손금 산입하여 그 과세표준과 세액을 경정할 것을 청구한다. 그 이유로서 청구인은 첫째, ㅇㅇ시장이 이 건 토지를 산업용지 (연료단지)조성예정지역으로 지정하였고, 그 산하에 설치된 ㅇㅇ시 ㅇㅇ위원회(이하 “추진위원회”라 한다)가 산업용지(연료단지)조성사업의 주체로 결정되었으므로, 이 건 토지는 토지의 형질변경 및 건축허가를 받기까지는 ㅇㅇ시장이나 추진위원회가 취득․보유한 것으로 보아야 하고, 둘째 이 건 토지를 청구인이 취득․보유한 것으로 보더라도 이 건 토지는 공익사업용 토지인 동시에 청구인의 목적사업용 토지로서 비업무용 부동산으로 구분하는 전제인 “당해 법인의 업무와 직접 관련이 없거나, 지가상승으로 인한 이익을 취득하기 위하여 보유하는 토지“가 아님이 명백하므로, 비업무용 부동산으로 볼 수 없고 따라서 이와 관련된 차입금 지급이자 등 비업무용 부동산 관련 비용을 손금불산입하여 법인세를 납부고지한 처분청의 처분은 부당하다고 주장한다.

이 건 심사청구의 다툼은 첫째, 이 건 토지를 토지의 형질변경 및 건축허가를 받기 전까지는 청구인이 취득․보유하고 있는 토지로 볼 수 없는지의 여부, 둘째, 이 건 토지를 “당해 법인의 업무와 직접 관련이 없거나 지가상승으로 인한 이익을 취득하기 위하여 보유하는 토지“가 아니라고 보아 비업무용 부동산에서 제외할 수 있는지의 여부에 있다. 먼저 청구인이 이 건 토지를 취득․보유하게 된 경위와 처분청의 과세 경위를 보면, ㅇㅇ시장은 1982. 1월경 ㅇㅇ시 도심에 산재되어 있는 청구인 등 6개 연탄제조업체의 제조공장 및 저탄장을 시외곽지역 으로 집단 이전시키기 위하여 추진하던 같은 시 ㅇ구 ㅇㅇ동 일대의 공유 수면매립지의 연료단지조성계획이 1989. 5월경 지역주민의 집단반대 농성으로 백지화되자, 1990. 3. 10. 같은 시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지에서 ㅇㅇ번지를 잇는 선(線) 하부지역을 ㅇㅇ시 연료단지조성지역으로 지정하고, ㅇㅇ시에 소재한 청구인 등 6개 연탄제조업체가 참여한 청구 외 조합을 사업주체로 한 연료단지조성계획을 수립하였다. 위 계획에 따르면 연료단지조성에 필요한 소요부지 555,341㎡는 청구 외 조합이 매입하기로 하고, ㅇㅇ시장 산하에 지역경제국장을 위원장으로 하는 추진위원회를 구성하여 부지매입지원 및 기반시설조성지원 등을 하고, ㅇㅇ시 실무담당계장으로 실무반을 구성하여 농지전용 허가, 제한정비지역해제 등 관련 규제 해제 및 건축허가를 받아 1992년까지 사업을 완료하기로 되어 있다. ㅇㅇ시장은 위 연료단지조성계획에 따라 1990. 3. 21. 및 5. 16. ㅇㅇ 시 소재 청구인 등 6개 연탄제조업체의 대표이사 등을 추진위원회의 위원으로 위촉하는 한편, 같은 해 4. 20. 위 6인을 사업시행자로 하여 위 지역을 산업용지(연료단지)조성예정지역으로 지정하였다. 한편 청구인 등 6개 연탄제조업체는 1990. 3. 12. 조성될 연료단지의 각각의 소유지분을 정하고, 그 지분에 상응하는 금원은 연료단지조성기금으로 출연하며, 부지의 매입은 추진위원회 위원으로 위촉된 6개 연탄제조업체의 대표이사 등 개인 명의로 구입하기로 ㅇㅇ시 연료단지조성에 관한 협약서를 작성하였으며, 위 협약서의 내용과 같이 1990. 3.30.부터 같은 해 6. 20.까지 사이에 위 연료단지조성예정지역에 편입된 토지 중 일부인 같은 시 같은 구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 등 65필지 213,682㎡를 개인 명의로 취득하였고, 1994. 1. 12.부터 같은 해 10. 21.까지 사이에는 같은 구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 등 30필지 48,831㎡를 청구 외 조합 명의로 취득하는 한편, 같은 해 3. 11.부터 같은 해 3. 21.까지 사이에는 위 개인 명의로 되어 있던 취득 토지를 청구 외 조합 명의로 소유권을 이전하였다. ㅇㅇ시장은 1991. 6. 5. 대통령공약사업(22-06-11)으로 선정된 위 사업의 사업기간을 1994년까지 연장하였고, 1993. 2. 18. 다시 1995년까지로, 1994. 6. 24. 다시 1996년까지로 사업기간을 연장하는 한편, 1991. 6. 8. 구 동력자원부장관에게 연료단지조성에 따른 관련 법규 개정과 그 지원을 요청하여 1992. 9. 26. 공업배치및공장설립에관한법률시행령 제4조 제4호에 이 건 토지의 소재지인 같은 구 ㅇㅇ동(행정동: ㅇㅇ동)을 제한정비지역에서 제외하게 하였고, 1994. 1. 12. ㅇㅇ시 연료단지조성사업에대한 시세과세면제에관한조례(ㅇㅇ시 조례 제3080호)를 제정하여 이 건 토지를 사업시행자인 청구 외 조합이 취득하는 데 대한 취득세, 등록세를 면제하도록 하였으며, 1995. 3. 28. 연료단지 형질변경 및 연탄공장 건축허가신청서를 제출, 같은 해 8. 22. 건설교통부장관으로부터 연료단지조성사업부지에 대한 개발제한구역 내 행위허가를 승인받는 등 연료단지조성 사업을 계속 추진하고 있다. 처분청은 이에 대하여 청구 외 조합 명의로 등기된 토지 262,513㎡ 중 청구인에게 소유권지분(19%)이 있는 49,877㎡를 청구인 소유의 토지로 보고, 이 건 토지는 취득 후 1년이 경과할 때까지 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니한 비업무용 부동산에 해당된다는 이유로 위 토지를 취득․보유한 데 따른 차입금 지급이자 등 비업무용 부동산 관련 비용을 손금불산입하여 별지목록 법인세 등을 1995. 7. 1. 추가 납부고지하였음이 관계 자료에 의하여 인정된다. 첫째다툼에 대하여 살펴본다. 청구인은 이 건 토지는 ㅇㅇ시장이 주관하여 연료단지조성사업 용도로 취득한 것이므로 ㅇㅇ시장이 이 건 토지를 연료단지로 사용할 수 있도록 토지의 형질변경 또는 건축허가를 하기 전까지는 청구인이 취득․보유한 토지로 볼 수 없다고 주장하나, 이 건 토지의 취득자금을 청구인이 지급하였으며, 청구인에게 이 건 토지의 소유권이 있는 이상 청구인이 취득ㆍ보유한 것으로 보아야 하고 따라서 이 부분 청구 주장은 이유 없다. 둘째 다툼에 대하여 살펴본다. 법인의 비업무용 부동산에 대한 차입금지급이자의 손금불산입 근거조항인 법인세법 제18조의3 의 규정이 1990. 12. 31. 개정되었으므로 이 건 부과처분 중 1990사업연도 법인세 부과처분 부분과 1991사업연도부터 1994사업연도까지 사이의 법인세 부과처분 부분을 분리하여 살펴보기로 한다. 먼저 1990사업연도 법인세 부과처분 부분을 본다. 구 법인세법(1990. 12. 31. 법률 제4282호로 개정되기 이전의 것) 제18조의3 에서 당해 법인의 업무에 직접 관련 없는 부동산을 보유하고 있는 내국 법인이 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 일정 산식에 의하여 계산한 금액은 이를 손금에 산입하지 아니하도록 하면서 “당해 법인의 업무에 직접 관련 없는 부동산”은 대통령령으로 정하도록 규정하고 있고, 구 같은 법 시행령(1990. 12. 31. 대통령령 제13195호로 개정되기 이전의 것) 제43조의2 제5항에서 “당해 법인의 업무에 직접 관련 없는 부동산”을 당해 부동산 취득 후 경과한 기간, 당해 부동산으로부터 발생하는 수입금액 등을 감안하여 재무부령이 정하는 부동산을 말한다고 규정하고 있으며, 이에 따라 구 같은 법 시행규칙(1991. 2. 28. 재무부령 제1844호로 개정되기 이전의 것) 제18조 제3항에서는 위 시행령에서 말하는 비업무용 부동산의 구체적인 태양을 제1호부터 제13호까지 나누어 규정하면서 그 중 제1호에 기타건축물 또는 시설물이 없는 토지를 취득한 후 1년이 경과된 부동산으로서 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산을 규정하고 있는바, 위 법에서 “당해 법인의 업무에 직접 관련 없는 부동산”을 대통령령에 위임하였고, 위 시행령에서 그 구체적인 태양을 다시 위 시행규칙에 위임하였으므로 결국 위 시행규칙에 나누어 규정된 부동산에 해당하면 차입금 지급이자 등을 손금 불산입하는 비업무용부동산에 해당됨을 알 수 있다. 그렇다면 이 건 토지는 취득 후 1년이 경과하도록 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니한 비업무용부동산에 해당한다 할 것이고, 따라서 이 부분 처분청이 차입금 지급이자 등 69,297,984원을 비업무용 부동산 관련 비용으로 보고 손금 불산입하여 법인세 등을 부과한 처분은 부당하다고 볼 수 없다. 다음으로 1991사업연도부터 1994사업연도까지의 법인세 부과처분 부분을 본다. 1990. 12. 31. 개정된 법인세법 제18조의3 에는 당해 법인의 업무와 직접 관련이 없거나, 부동산의 이용실태 등으로 보아 지가상승으로 인한 이익을 취득하기 위하여 보유하는 부동산으로서 대통령령이 정하는 것을 비업무용부동산으로 보도록 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제43조의2에 “대통령이 정하는 것”에 대하여 제1호부터 제5호까지 나누어 규정하고 있어, 당해 법인이 업무와 직접 관련하여 취득․보유하고 있는 것으로 지가상승으로 인한 이익을 취득하기 위하여 보유하는 부동산이 아니라는 것이 명백하다면 같은 법 시행령 제43조의2에 규정된 비업무용 부동산의 적용여지가 없음을 알 수 있다. 그렇다면 이 건 토지는 교통장애 및 공해방지 등을 위하여 ㅇㅇ시 도심지역에 산재된 연탄제조공장 및 저탄장을 시외곽지역으로 이전하기 위한 행정관청의 주관사업인 연료단지조성사업계획의 일환으로 청구인이 취득한 것이 입증되므로 이 건 토지를 청구인의 업무와 직접 관련 없이 취득․보유하였다거나 지가상승으로 인한 이익을 취득하기 위하여 보유하는 것이라고는 보여지지 아니하므로, 위와 같은 사실이 인정될 때 적용하는 법인세법시행령 제43조의2 의 규정은 살펴볼 필요도 없이 비업무용 부동산이 아니라 하겠고, 따라서 이 부분 처분청이 차입금 지급이자 등 699,064,892원을 비업무용 부동산 관련 비용으로 보아 손금불산입한 처분은 잘못이라 하겠다.

그렇다면 처분청이 1990사업연도 법인세를 부과한 처분은 정당하나 1991사업연도부터 1994사업연도까지 사이에 법인세를 부과하면서 이 건 토지를 비업무용 부동산으로 보아 차입금 지급이자 등 비업무용 부동산 관련 비용을 손금불산입한 처분은 잘못이고 따라서 이 건 심사청구는 일부 이유 있으므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.