8년 이상 자경한 농지로 양도소득세 비과세 및 감면의 종합한도가 얼마인지 여부

처분청은 1995. 8. 16. 청구인에 대하여 한 양도소득세 195,527,100원의 부과처분 중

1. 가산세 부과에 대한 청구 부분은 각하 한다.

2. 나머지 부과처분에 관하여는 양도토지 14,577㎡ 중 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇ동 ㅇㅇ번지 답(畓) 1,534㎡ 및 ㅇㅇ번지 답(畓) 666㎡를 과세대상에서 제외하고 그 과세표준과 세액을 경정하여야 한다.

처분청은 청구인이 1994. 1. 11., 3. 8. 및 11. 9. ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇ동 ㅇㅇ번지 전(田) 1,014㎡ 외 12필지 14,577㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 토지수용법 제2조에 의하여 청구 외 ㅇㅇㅇㅇㅇ공사에 공공사업용 토지로 협의양도하고 1995. 5. 30. 양도소득세가 전액 면제되는 8년 이상 자경한 농지의 양도로 양도소득세과세표준확정신고를 한 데 대하여, 이 건 토지는 양도일 현재 8년 이상 자경한 농지라 하더라도 도시계획법에 의한 주거지역 등에 편입된 날로부터 1년이 지났으므로 양도소득세 면제대상 농지가 아니고 조세감면규제법 제63조 제1항, 제119조 제1항 및 같은 법 부칙(1993. 12. 31. 법률 제4666호) 제16조 제3항의 규정에 의한 토지수용법에 의한 수용으로 양도소득세 감면의 종합한도 적용대상이라고 보아 양도소득세 산출세액 295,527,100원 중 감면의 종합한도액 100,000,000원만을 감면하고 나머지 양도소득세 195,527,100원을 1995. 8. 16. 납부고지하였다.

청구인은 1995. 8. 16. 처분청이 납부고지한 양도소득세 195,527,100원의 부과처분을 취소할 것을 청구한다. 그 이유로서 청구인은 첫째, 이 건 토지가 도시계획법에 의한 “주거지역 등에 편입된 날”은 도시계획지적고시일인 1994. 2. 24.임에도 처분청이 도시계획결정고시일인 1992. 3. 11.로 보아 이날로부터 1년이 지난 후인 1994. 1. 11., 3. 8. 및 11. 9. 양도하였다는 이유로 8년 이상 자경한 농지를 양도소득세 면제대상으로 인정하지 아니한 것은 부당하고, 둘째, 이 건 토지의 양도를 양도소득세 면제대상으로 인정하지 않는다고 하더라도 이 건 토지 중 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇ동 ㅇㅇ번지 전(田) 1,124㎡, ㅇㅇ번지 답(畓) 1,534㎡, ㅇㅇ번지 답(畓) 666㎡ 등 3필지는 1994. 1. 1.현재 15년 이전에 취득한 토지이므로 양도소득세 감면의 종합한도를 300,000,000원으로 적용하여야 하며, 셋째, 이 건 토지를 양도한 후 소정 기한 내에 양도소득세 과세표준확정신고를 하였으므로 신고불성실가산세는 감면세액을 공제한 확정 세액에 대하여만 10%를 부과하여야 함에도 감면세액에 대하여 까지 부과한 것은 부당하다고 주장한다.

이 건 심사청구의 다툼은 첫째, 이 건 토지의 양도가 양도소득세 전액 면제대상인지의 여부, 둘째, 양도토지 중 일부에 대하여 감면의 종합한도를 300,000,000원으로 적용하여야 하는지의 여부, 셋째, 양도소득세과세표준확정신고를 한 경우 감면세액에 대하여도 신고불성실가산세를 부과할 수 있는지의 여부에 있다. 먼저 청구인이 이 건 토지를 취득․양도한 경위와 처분청의 양도소득세 부과 경위를 보면, 청구인은 이 건 토지를 1977. 1. 1.(간주취득일)부터 1984. 11. 1.까지 사이에 취득하여 영농하여 오다가 1994. 1. 11., 3. 8. 및 11. 9. ㅇㅇㅇㅇㅇ공사에 양도하고 1995. 5. 30. 양도소득세 과세표준확정 신고를 하면서 양도소득세가 전액 면제되는 8년 이상 자경한 농지의 양도로 신고한 데 대하여, 처분청은 구 조세감면규제법시행령(1994. 12. 31. 대통령령 제14477호로 개정되기 이전의 것) 제54조 제1항에서 도시계획법에 의한 주거지역 등에 편입된 날로부터 1년이 지난 농지를 양도소득세 면제대상에서 제외하도록 규정되어 있고, 여기서 “주거지역 등에 편입된 날”이라 함은 도시계획결정고시일을 말하는 것이며, 이 건 토지는 도시계획결정고시일(1992. 3. 11.)로부터 1년이 지난 후 양도되었으므로 8년 이상 자경한 농지라 하더라도 양도소득세 면제대상에서 제외하여야 하고, 따라서 이 건 토지의 양도는 조세감면규제법 제63조 제1항, 제119조 제1항 및 같은 법 부칙(1993. 12. 31. 법률 제4666호) 제16조 제3항의 규정에 의한 토지수용법에 의한 수용에 해당한다고 보아 양도소득세 산출세액 295,527,100원 중 감면의 종합한도 100,000,000원만을 감면하고 나머지 양도소득세 195,527,100원을 1995. 8. 16. 납부고지하였다가 같은 해 10. 14. 이 건 심사청구가 제기되자 이 건 토지 중 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇ동 ㅇㅇ번지 답(畓) 1,534㎡는 1994. 1. 1. 현재 15년 이전에 취득한 토지로 인정하여 감면의 종합한도를 300,000,000원으로 적용하고, 감면세액에 대하여 부과한 신고불성실가산세는 이를 제외하여 양도소득세 20,642,590원을 직권으로 감액 결정하였음이 관계 자료에 의하여 인정된다. 첫째다툼에 대하여 살펴본다. 조세감면규제법 제55조 제1항에서 농지소재지에 거주하는 거주자 등이 8년 이상 계속하여 직접 경작한 토지로서 농지세의 과세대상이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 면제하도록 규정하면서, 구 같은 법 시행령(1994. 12. 31. 대통령령 제14477호로 개정되기 이전의 것) 제54조에서 양도일 현재 특별시․직할시 또는 시에 있는 농지 중 도시계획법에 의한 주거지역, 상업지역 및 공업지역 안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날로부터 1년이 지난 농지는 양도소득세 면제대상에서 제외하도록 규정하고 있는바, 도시계획결정의 효력은 도시계획법 제12조, 제14조의 규정에 비추어 보아 도시계획결정고시로 인하여 생기는 것이지 같은 법 제13조의 도시계획지적고시로 인하여 생기는 것은 아니라고 할 것이고, 용도지역의 지정을 도시계획으로 결정한 경우(같은 법 제17조 제1항) 용도지역의 지정의 효력 역시 위와 마찬가지로 도시계획결정고시로 인하여 생기는 것이므로 위 규정상 “주거지역 등에 편입된 날”이라 함은 도시계획지적고시일이 아닌 도시계획결정고시일 (용도지역결정고시일)을 말한다 하겠다. 청구인이 이 건 토지의 소재지에 거주하여 8년 이상 계속하여 직접 경작한 사실에 대하여는 처분청도 인정하고 있으므로 이 건 토지가 도시계획법에 의한 주거지역 등에 편입된 날로부터 1년이 지난 후에 양도되었는지의 여부를 보면, 산업입지및개발에관한법률 제21조 의 규정에 의하면 같은 법 제17조의 규정에 의하여 국가공업단지개발 실시계획의 승인을 얻은 경우에는 도시계획법 제12조 에 의한 도시계획결정고시가 있는 것으로 보도록 되어 있는바, 이 건 토지는 산업입지및개발에관한법률 제17조 의 규정에 의하여 1992. 3. 11. 승인・고시된 ㅇㅇ신도시 2단계 건설사업실시계획(건설부 고시 제71조)에 의하여 주거지역 등에 편입된 토지로서 이로부터 1년이 지난 후인 1994. 1. 11., 3. 8., 11. 9. 양도한 것이 관계 자료에 의하여 인정되므로 위 법령에 의한 양도소득세가 면제되는 농지로 볼 수 없다 할 것이다. 다만 이 건 토지 중 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇ동 ㅇㅇ번지 답(畓) 1,534㎡와 ㅇㅇ번지 답(畓) 666㎡는 양도소득세 면제를 배제하는 도시계획법에 의한 주거지역, 상업지역 및 공업지역에 편입된 농지가 아니라 자연녹지지역에 편입된 농지임이 1995. 10. 7. 및 10. 28. ㅇㅇ시장이 발행한 토지이용계획확인서에 의하여 입증되므로 이에 대하여는 양도소득세가 전액 면제되는 8년 이상 자경한 농지로 보아야 하고, 따라서 이 부분 청구 주장 일부 이유 있다. 둘째 다툼에 대하여 살펴본다. ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇ동 ㅇㅇ번지 답(畓) 1,534㎡ 및 ㅇㅇ번지 답(畓) 666㎡는 첫째 다툼에서 양도소득세가 전액 면제되는 8년 이상 자경한 농지로 인정하였으므로 같은 시 ㅇ동 ㅇㅇ번지 전(田) 1,124㎡만을 살펴보기로 한다. 조세감면규제법 제63조 제1항 및 같은 법 부칙(1993. 12. 31. 법률 제4666호) 제16조 제3항에서 1992년 12월 31일 이전에 사업인정 고시된 사업지역 안에 있는 토지 등을 토지수용법 등에 의하여 양도함으로 인하여 발생하는 소득에 대한 양도소득세는 면제하도록 규정하면서 같은 법 제119조에서 그 감면의 종합한도 100,000,000원을 초과하는 부분에 상당하는 금액은 감면하지 아니하도록 규정하고 있으나, 위 부칙 제16조 제8항에서 이 법 시행당시(1994. 1. 1.) 내국인이 15년 이전에 취득한 토지 등을 1995. 12. 31. 이내에 양도하는 경우 감면의 종합한도를 300,000,000원으로 적용하도록 규정하고 있는바, 위 토지는 등기부등본상 1980. 1. 7. 상속을 원인으로 소유권이전등기를 한 것으로 나타나고 있고 청구인은 달리 그 이전에 취득하였음을 입증하지 못하고 있으므로 이 법 시행 당시(1994. 1. 1.) 15년 이전에 취득하였다고 볼 수 없고, 따라서 위 토지에 대하여 감면의 종합한도를 300,000,000원으로 적용하지 아니하고 100,000,000원으로 적용한 처분청의 처분은 정당하다. 셋째다툼에 대하여는 처분청이 1995. 10. 14. 이 건 심사청구가 제기되자 감면세액에 대하여 부과한 신고불성실가산세를 직권으로 감액 결정하여 취소를 구할 심사청구의 이익이 없어졌으므로 살피지 아니한다.

그렇다면 처분청이 납부고지한 양도소득세 295,527,100원 중 20,642,590원의 부과처분 부분은 처분청이 직권으로 감액 결정하여 취소를 구할 이익이 없어져 부적법하고, 이 건 토지 중 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ번지 답(畓) 1,534㎡ 및 ㅇㅇ번지 답(畓) 666㎡를 양도소득세가 전액 면제되는 8년 이상 자경한 농지로 인정하지 아니한 것은 잘못이라 할 것이나 나머지 처분은 정당하다 하겠다. 따라서 이 건 심사청구는 일부 이유 있으므로 감사원법 제46조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.