폐기물처리업 허가를 받지 아니한 사업자가 제공한 용역의 부가가치세 과세 여부

심사청구를 기각한다.

처분청은 청구인이 ㅇㅇㅇㅇ시 ㅇㅇ건설사업소가 시행하는 불량 노면개량공사를 수주하여 시공하고 공사비 1,527,353,770원을 받은 후 그 중 1,236,439,770원에 대하여는 부가가치세 과세표준을 신고하였으나 나머지 290,914,000원에 대하여는 불량노면개량 공사시 발생된 폐기물처리비로서 부가 가치세법시행규칙 제11조의2 제4호 의 규정에 의한 부가가치세 면제대상이라고 보아 신고에서 제외한 데 대하여 청구인은 일반폐기물의 수집운반 및 처리 등을 하는 허가 받은 사업자가 아니므로 면제대상이 아니라는 이유로 1995. 9. 16. 부가가치세 37,818,820원을 추가 납부하도록 고지하였다.

청구인은 1995. 9. 16. 처분청이 납부고지한 부가가치세 37,818,820원의 부과처분을 취소할 것을 청구한다. 그 이유로서 불량노면개량 공사시 발행되는 폐기물처리를 위한 용역공급에 대하여 ㅇㅇㅇㅇ시 ㅇㅇ건설사업소에서는 부가가치세 면제대상이라고 하였음에도 처분청에서 이를 과세대상으로 보아 부가가치세를 납부하도록 고지한 것은 부당하다고 주장한다.

이 건 심사청구의 다툼은 청구인이 청구 외 ㅇㅇㅇㅇ시 ㅇㅇ건설사업소(경리관 ㅇㅇㅇ)와 ㅇㅇ지구 등 불량노면개량공사 시공계약을 체결하고 동 개량공사 외에 공사에 부수하여 발생된 폐기물처리를 위한 용역을 제공(용역비 수령액 290,914,000원)한 것이 부가가치세 과세대상인지의 여부에 있다. 먼저 청구인이 ㅇㅇ지구 등 불량노면개량 공사시 발생된 폐기물 처리용역을 제공하고 부가가치세 과세표준을 신고한 경위를 보면, 1994. 3. 24. ㅇㅇㅇㅇ시 ㅇㅇ건설사업소(경리관 ㅇㅇㅇ)와 ㅇㅇ지구 등 포장도로 불량노면개량공사 시공계약(연간 단가계약)을 체결하였는바, 동 계약내용에는 포장도로개량용역 이외에 폐아스콘, 토사 등의 폐기물 처리용역(폐아스콘 야간처리 ㎡당 4,295원으로서 부가가치세 해당액 별도 가산)이 포함되어 있으며, 이와 같은 계약내용과 용역제공실적에 따라 청구인은 포장도로개량용역 및 폐아스콘, 토사 등의 폐기물처리용역 댓가로 1,236,439,770원을 받아 부가가치세 과세표준으로 신고하였으며, ㅇㅇㅇㅇ시 ㅇㅇ건설사업소는 위 계약내용 중 폐아스콘, 토사 등의 폐기물처리용역에는 발생된 폐기물을 수집하여 중간집합장소까지 운반하는 것까지만 포함하는 한편 동 폐기물을 중간집합장소에서 종말처리장(ㅇㅇ매립지)까지 운반․처리하는 데 소요되는 비용으로 수집․운반량 ㎡당 10,000원, 처리량 톤 당 8,000원씩 계산하여 1994. 8. 3.부터 같은 해 12. 22.까지 사이에 계 290,914,000원을 별도 지급하였고 청구인은 이를 받아 일반폐기물 처리용역 댓가라고 보아 부가가치세 과세표준신고에서 제외하였음이 관련 공사계약서, 세금계산서, 청구인의 진술 및 처분청의 과세서류 등에 의하여 입증되며, 청구인은 위 폐기물을 중간집합장소에서 종말처리장까지 운반․처리를 직접 수행하지 아니하고 청구 외 (주) ㅇㅇㅇㅇ(대표이사 ㅇㅇㅇ) 및 ㅇㅇㅇㅇ개발(대표 ㅇㅇㅇ)에 하도급하여 수행(당원이 확인한 하도급 지급액 110,985,000원)하였음이 관련 회사의 세금계산서 및 매입매출장에 의하여 입증된다. 살피건대, 부가가치세법시행규칙 제11조의2 에서 “령 제29조 제7호의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 의료보건위생용역은 다음의 용역으로 한다”라고 규정한 다음 제4호에서 “폐기물관리법에 의하여 일반폐기물처리업의 허가를 받은 사업자가 공급하는 일반폐기물처리용역”이라고 규정하고 있으므로 부가 가치세가 면제되는 폐기물처리용역은 폐기물관리법에 의하여 일반폐기물처리업의 허가를 받은 사업자가 공급하는 일반폐기물처리용역에 한한다고 할 것인바, 청구인은 폐기물관리법에 의하여 허가받은 일반폐기물 처리업자가 아니라 도로포장유지보수를 주업으로 하는 건설업자로서 도로개량공사와 폐기물처리 용역을 일괄 수주하여 그 중 자기계산에 의하여 폐기물처리용역 중 일부를 타인에게 하도급하여 시행하였을 뿐이므로 청구인이 제공한 용역은 부가가치세과세대상에 해당하며, 비록 이에 대하여 ㅇㅇㅇㅇ시 ㅇㅇ건설사업소에서 부가가치세 면제대상이라 하였다 하더라도 그것은 권한 없는 자의 의견에 불과한 것으로서 이로 인하여 과세대상이 과세면제대상이 되는 것은 아니라고 하겠다.

그렇다면 청구인이 불량노면개량 및 동 폐기물처리용역을 제공하고 부가가치세 과세표준신고 누락한 290,14,000원에 대하여 처분청에서 부가가치세를 납부하도록 고지한 당초 처분은 정당하고, 이 건 심사청구는 이유 없으므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.