도시계획구역 안에서 주택이 있는 농지를 양도하는 경우 장기보유특별공제대상에 해당되는지 여부

심사청구를 기각한다.

처분청은 청구인이 1964. 5. 7. ㅇㅇㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇ동 ○○번지 외 4필지의 전(田) 및 대지(垈地) 계 2,480㎡를 취득한 후 같은 해 7. 2. 위 5필지 중 같은 동 ○○번지 전(田) 1,353㎡(이하 “이 건 토지”라 한다) 및 ○○번지 대지 726㎡ 계 2,079㎡(이하 “위 2필지”라 한다) 지상에 주택(59.83㎡)을 신축한 후 1990. 11. 22. 양도한 데 대하여 1992. 6. 25. 위 주택이 위 ㅇ동 ○○번지 지상에만 위치한 것으로 잘못 알고 이 건 토지 등 4필지의 토지는 10년 이상 장기보유특별 공제대상으로 인정하여 양도소득세 등 226,350,606원을 부과(자진 신고 납부한 양도소득세 등 85,228,560원 제외)하였으나 그 후 위 주택이 위 2필지 상에 있음을 이유로 동 2필지의 면적 2,079㎡ 중 위 주택의 부속기준면적 229.15㎡(59.83㎡×5배)를 제외한 1,779.85㎡는 장기보유특별공제대상에 해당하지 아니하므로 양도소득세 등 93,771,680원(양도소득세 78,064,660원 및 동 방위세 15,707,020원)을 1993. 10. 1. 추가 납부고지하였다.

청구인은 1993. 10. 1. 처분청이 추가 납부고지한 양도소득세 등 93,771,680원의 부과처분을 취소할 것을 청구한다. 그 이유로서 이 건 토지(ㅇ동 ○○번지 전 1,353㎡)는 청구인이 1964. 5. 7. 취득하여 1990. 11. 22. 양도할 때까지 농작물을 경작한 사실상 농지로서 구 소득세법시행령(1990. 12. 31. 대통령령 제13194호로 개정되기 이전의 것) 제46조의3 제2호의 규정에 의한 농경지이므로 장기보유특별공제대상에 해당됨에도 일부 주택이 있다는 이유로 주택의 부속토지로 보아 양도소득세 등을 추가로 납부고지한 것은 부당하다고 주장한다.

이 건 심사청구의 다툼은 이 건 토지가 장기보유특별공제대상에 해당하는지의 여부에 있다. 먼저 청구인이 이 건 토지를 취득하였다가 양도한 경위와 처분청의 양도소득세 등 부과 경위를 보면, 처분청은 청구인이 1964. 5. 7. 이 건 토지를 포함한 5필지의 토지를 취득하고 같은 해 7. 2. 위 2필지에 주택 59.83㎡를 신축 소유하다가 1990. 11. 22. 이 건 토지를 포함한 5필지의 토지 및 주택 모두를 양도한 데 대하여 위 주택이 위 ㅇ동 ○○번지에만 있는 것으로 알고 이 건 토지 등 4필지의 토지는 장기보유특별공제대상으로 인정하여 1992. 6. 25. 양도소득세 등 226,350,606(자진 신고 납부한 양도소득세 등 85,228,560원 제외)원을 부과하였다가 1993. 10. 1. 위 주택이 위 2필지(2,079㎡)위에 있음을 이유로 동 주택부속토지 기준면적 299.15㎡(건축면적 59.83㎡×5)를 초과한 나머지 1,779.85㎡는 장기보유특별공제대상에서 제외하여 1993. 10. 1. 양도소득세 등 93,771,680원을 추가 납부고지한 사실이 관계 자료에 의하여 인정된다. 살피건대, 위 구 소득세법시행령 제46조의3 본문에서 지적법상의 지목이 대지로서 건축물이 없는 토지와 건축물에 부수되는 토지로서 부속토지기준면적을 초과하는 면적은 동 장기보유특별공제대상에서 제외하도록 규정함과 동시 위 같은 조 단서 및 제2호와 토지초과이득세법 제8조 제1항 제5호 나목, 구 같은 법 시행령(1990. 12. 31. 대통령령 제13198호로 개정되기 이전의 것) 제12조 제3항 및 제6항에서 특별시 등 시지역의 도시계획구역 안의 농지는(녹지지역 제외)사실상 경작여부를 불문하고, 도시계획구역에 편입된 날로부터 1년이 지난 때에는 장기보유특별공제대상에서 제외하도록 규정한 것은 토지의 양도차익을 얻을 목적으로 장기간 보유하는 것을 막고 토지의 효율적인 이용을 촉진하기 위한 것이라 할 것인바, 이러한 규정 취지에 비추어 보면, 위 2필지의 토지 2,079㎡ 중 위 주택의 부속토지기준면적 229.15㎡를 초과하는 면적 1,779.85㎡에 대하여 장기보유특별공제를 인정할 수 없을 뿐더러 이 건 토지는 이미 1966. 4. 29.(건설부고시 제237호) 도시계획상 일반주거지역으로 편입되었으므로 실제 경작한 농경지이므로 장기보유특별공제대상토지라는 청구인의 주장은 받아들일 수 없다 하겠다.

그렇다면 처분청이 이 건 토지를 장기보유특별공제대상에서 제외하여 양도소득세 등을 부과한 당초 처분은 정당하고, 이 건 심사청구는 이유 없으므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.