과세사업으로 전환된 경우 납부할 세액을 초과하는 재고매입세액을 환급하여야 하는지의 여부

심사청구를 기각한다.

처분청들은 청구인들이 영위하는 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ공단의 연금매점사업과 ㅇㅇㅇㅇ조합이 시지역 이상에서 운영하는 소매업(이하 “이 건 사업들”이라 한다)이 1994. 7. 1.부터 면세사업에서 과세사업으로 전환됨에 따라 동 전환일을 기준으로 계산한 재고매입세액 계 1,007,594,626원에 대하여 부가가치세법시행규칙부칙 제6조 제2항의 규정에 의거 6월 간의 거래에 대한 납부할 세액을 한도로 공제하고 동 납부할 세액을 초과하는 재고매입세액 계 728,115,314원은 환급하지 아니하였다.

청구인들은 처분청들이 환급거부한 재고매입세액 계 728,115,314원을 환급하여 줄 것을 청구한다. 그 이유로서 이 건 사업들은 1993. 12. 31. 개정된 부가가치세법령에 의하여 1994. 7. 1.부터 면세사업에서 과세사업으로 전환되었고, 위 개정 부가가치세법 시행규칙 제6조 제2항 에 전환 당시 신고한 재고매입세액은 6월 간의 거래에 대한 납부할 세액에서 공제하도록 규정되어 있는바, 부가가치세법 제17조 제1항 에 부가가치세납부세액은 매출세액에서 매입세액을 공제한 금액으로 하고 동 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급하도록 되어 있으므로 청구인들이 신고한 이 건 재고매입세액 중 납부할 세액을 초과하는 세액은 환급하여야 하고, 또한 1982. 12. 31. 및 1985. 12. 31. 구 부가가치세법시행령 제38조 제6호 및 제12호의 개정(대통령령 제10981호 및 제11815호)으로 ㅇㅇㅇㅇ공사 및 ㅇㅇㅇㅇㅇ조합의 일부사업이 면세사업에서 과세사업으로 전환되었을 당시에도 동 시행령 부칙에 보면 사업자가 신고한 재고매입세액은 동 시행령 시행 후 6월 간의 거래에 대한 납부할 세액에서 공제하도록 규정되어 있었을 뿐 환급한다는 명문규정이 없었으나, 부가가치세법 제17조 제1항 에 의거 환급하여야 한다는 재무부(현, 재정경제원)의 질의․답변(재무부 조법 1265.2 - 1299, 1983. 12. 6.)에 따라 환급한 사실이 있었음에도 동일한 내용의 청구인들에게 6월 간의 거래에 대한 납부할 세액을 한도로 공제만 하고 동 6월간의 거래에 대한 납부한 세액을 초과하는 매입세액을 환급하지 아니한 것은 국세기본법에 정한 신의성실 및 소급과세의 금지원칙에 위배된 부당한 처분이라고 주장한다.

이 건 심사청구의 다툼은 청구인들의 재고매입세액 중 6월 간의 거래에 대한 납부할 세액을 초과하는 재고매입세액을 환급하지 아니한 것이 신의 성실 및 소급과세의 금지원칙에 위배된 것인지의 여부에 있다. 먼저 청구인들의 재고매입세액 환급신청 및 처분청들이 환급거부한 경위를 보면, 청구인들은 정부업무대행단체들로서 과세사업 전환일(1994. 7. 1.)현재 취득한 재고품에 대한 재고매입세액 계 1,007,594,626원을 1994. 7. 25.까지 소관 세무서장에게 신고한 후 동 과세사업 전환일로부터 6월 간의 거래에 대한 납부할 세액에서 공제하고, 납부할 세액을 초과하는 재고매입세액 계 728,115,314원은 이를 환급세액으로 신고하였으며, 이에 대하여 처분청들은 1994. 7. 1. 이후 6월 간의 거래에 대한 납부할 세액 범위 내에서 공제하는 것이라는 재정경제원의 유권해석(1995. 2. 7. 소비 46015-35)에 따라 납부할 세액을 초과하는 위 재고매입세액 계 728,115,314원의 환급을 거부하였음이 관련자료에 의하여 인정된다. 살피건대 1993. 12. 31. 개정된 부가가치세법(법률 제4663호로 개정된 것) 제12조 제1항 제17호, 같은 법 시행령(대통령령 제14081호로 개정된 것) 제38조 제2항과 구 같은 법 시행규칙(1994. 12. 31. 총리령 제478호로 개정되기 이전의 것) 제11조의 5의 규정에 따른 별표5 제5호 단서 및 제19호 단서에 의하여 이 건 사업들을 면세사업에서 과세사업으로 전환하면서 위 구 같은 법 시행규칙 부칙 제1조 단서, 제6조 제1항 및 제2항에 과세사업전환일(1994. 7. 1.)현재 재고품에 대한 매입세액을 1994. 7. 25.까지 소관 세무서장에게 신고하면 과세 사업전환일로부터 6월 간의 거래에 대한 납부할 세액에서 신고한 재고매입세액을 공제하도록 규정하였고, 부가가치세법 제17조 제1항 에 사업자가 정부에 납부할 부가가치세액은 매출세액에서 매입세액을 공제한 금액으로 하되 매출세액을 초과하는 매입세액은 이를 환급하도록 되어있으며, 국세기본법 제15조 및 제18조 제3항에 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 하고 세법의 해석 또는 적용에 있어서는 그 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자들에게 받아들여진 후에는 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세하지 아니하도록 되어있다. 청구인들은 위 부가가치세법령의 규정과 위 기존의 유권해석(재무부 조법 1265.2-1299, 1983. 12. 6.)을 근거로 납부할 세액을 초과하는 재고매입세액을 환급하지 아니하는 것은 신의 성실 및 소급과세의 금지원칙에 위배된 것으로 부당하다고 주장하나, 위에서 살펴본 바와 같이 위 부가가치세법 제17조 제1항 은 일반 과세사업자에 대하여 매출세액을 초과하는 매입세액은 그 범위를 한정하지 아니하고 환급하도록 한 것인 반면 이 건 위 부칙규정은 면세사업에서 과세사업으로 전환된 특정사업자에 대하여 전환일(1994. 7. 1.)현재의 재고매입 세액을 “6월 간의 거래에 대한 납부할 세액에서 공제” 하도록 그 공제범위를 한정한 규정이므로 청구인들의 재고매입세액 중 6월 간의 거래에 대한 납부할 세액을 초과한 재고매입세액을 위 부가가치세법 제17조 제1항 의 예에 따라 환급하여야 한다는 주장은 받아들일 수 없고, 또한 위 부가가치세를 면세받는 정부업무대행단체 및 동 단체들이 영위하는 사업 중 면세사업의 범위(종류)를 보면 동일한 단체의 사업이라도 정책결정에 따라 과세사업에서 면세사업으로, 또는 면세사업에서 과세사업으로 수시로 변동되었는 바, 이는 정부업무대행단체의 사업이 그 성질이나 운영주체에 의하여 면세사업 또는 과세사업으로 당연히 결정되는 것이 아니라 법령개정 당시의 정책방향에 따라 결정되는 것임을 알 수 있고, 따라서 특정단체(ㅇㅇㅇㅇ공사)의 특정면세사업이 과세사업으로 전환시 6월 간의 거래에 대한 납부할 세액을 초과하는 재고매입세액을 환급하도록한 사실이 있었다 하더라도 이를 근거로 청구인들을 포함한 다른 정부업무대행단체의 경우에도 그대로 적용될 수는 없다 하겠으며, 또한 위 부가가치세법시행령 및 같은 법 시행규칙이 1993. 12. 31. 개정되었으나 위 같은 법 시행규칙 부칙에 의하여 청구인들의 면세사업이 과세사업으로 전환되는 날을 6월 후인 1994. 7. 1.로 규정하여 전환시기나 전환에 따른 재고매입세액의 공제범위 등을 미리 공지시킨 사실 등에 비추어 청구인들에 대한 위 환급거부가 국세기본법에 정한 신의 성실이나 소급과세의 금지원칙에 위반된 것으로도 볼 수 없다 하겠다.

그렇다면 별지기재목록의 처분청들이 별지기재목록의 청구인들에 대하여 6월 간의 거래에 대한 납부할 세액을 한도로 재고매입세액을 공제한 것은 정당하고, 이 건 심사청구는 이유 없으므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.