법인이 수입금액을 과다신고한 경우 법인세 조사결정시 감액 조정할 수 있는지의 여부

처분청은 1994. 9. 16. 청구인에 대하여 납부고지한 1991사업연도 법인세 440,212,590원 및 1992사업연도 법인세 493,305,050원의 부과처분을 재조사 결정하여야 한다.

처분청은 청구인이 1991 및 1992 사업연도 법인세 과세표준 및 세액신고를 한 데 대하여 1991사업연도의 경우, 지급이자 등 손금 881,335,287원과 수입이자 11,397,300원을 과다 계상하였고, 1992사업연도의 경우 지급 이자 등 손금 1,050,351,908원을 과다계상한 것으로 보아 1994. 9. 16. 1991사업연도 법인세 40,212,590원과 1992사업연도 법인세 493,305,050원을 추가 납부고지하였다.

청구인은 1994. 9. 16. 처분청이 추가 납부고지한 1991사업연도 법인세 440,212,590원 및 1992사업연도 법인세 493,305,050원의 부과처분을 경정할 것을 청구한다. 그 이유로서 청구인은 1991사업연도 법인세 신고시 장기도급공사의 수입금액을 “작업진행율”에 의한 정당계상금액보다 1,963,663,572원을 과다계상하였고, 분양목적으로 건축 중인 건설가계정금액을 공사원가로 처리하는 한편 이에 대한 기성고금액을 산출하여 수입금액으로 계상함으로써 매각 전 미실현수입금액 94,984,942원이 잘못 계상되는 등 계 2,858,648,514원 상당의 수입금액이 과다계상되었고, 1992사업연도 법인세 신고시에도 위와 같은 내용으로 계 4,221,123,990원(도급공사: 3,115,217,896원, 자체공사: 1,105,906,094원) 상당의 수입금액이 과다계상되었음에도, 처분청에서 이 건 법인세 경정시 증액 경정만 하고, 별표 “도급금액에 의한 기성고명세서”와 같이 과다 신고한 수입금액을 감액조정하지 아니한 것은 부당하다고 주장한다.

이 건 심사청구의 다툼은 법인세 조사 결정시 법인이 자진신고한 과다수입금액을 감액 조정할 수 있는지의 여부에 있다. 먼저 청구인의 이 건 법인세 신고내용과 처분청의 법인세 부과 경위를 보면 청구인은 1992. 3. 27. 1991사업연도의 법인세를 신고하면서 “ㅇㅇ동 ○○번지 도로 개설공사”외 38개 장기도급공사 수입금의 액을 작업진행율에 의한 수입금액은 18,393,607,118원 임에도 1,937,609,690원이 과다한 20,331,216,808원으로 신고하였고, 또한 분양목적으로 공사진행 중인 “ㅇㅇ로 0-0 지구 재개발공사”에 대한 공사원가 2,135,139,358원을 비용으로 계상하는 한편 기성고금액 3,031,384,300원을 수입금액에 계상함으로써 미실현수입금액 896,244,942원을 수입금액으로 신고하였고, 1993. 3. 27. 1992사업연도 법인세를 신고하면서도 공사수입금액 계 4,596,571,140원을 과다계상하였다고 주장하는데도 처분청은 청구인에 대한 법인세를 실지조사결정할 때 비업무용 부동산 관련 지급이자 등을 손금부인하는 등으로 법인세 과세표준 및 세액을 증액경정만 하고 공사수입금액에 대하여는 검토 조정하지 아니한 사실 등이 관련자료에 의하여 인정된다. 살피건대, 법인세법 제9조 제1항 및 제32조 제2항 제1호에 보면 내국법인의 각 사업연도 소득은 그 사업연도에 속하거나 속하게될 익금의 총액에서 손금의 총액을 공제한 금액으로 하도록 되어 있고, 정부는 신고한 내용에 오류 또는 탈루가 있는때에는 당해 법인의 과세표준과 세액을 경정하도록 되어 있으므로 과세관청이 납세의무자의 신고 내용에 오류 또는 탈루가 있다고 인정하여 과세표준과 세액을 경정할 때에는 누락된 소득금액을 익금에 산입하거나 비용을 부인하는 등으로 과세표준 및 세액을 증액 경정만 할 것이 아니라 신고한 소득이 당해 연도의 과세소득에 해당하지 아니할 때에는 이를 당연히 과세표준에서 제외하여 세액을 감액 경정하여야 할 것이고, 또한 같은 법 제17조 제3항에 상품, 제품 등이 아닌 자체공사에 의한 건축물 등의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 대금을 청산한 날이 속하는 사업연도의 귀속으로 하며, 같은 법 제17조 제8항 및 같은 법 시행령 제37조 제1항에 장기도급공사의 수입금액은 도급금액에 “작업진행율” 을 곱하여 계산하도록 되어 있으므로(작업진행율이 분명하지 않은 경우에는 도급자가 확인한 기성부분에 따라 손익계산)처분청은 청구인의 비업무용관련지급이자 등을 비용 부인함과 동시 위 관련 규정에 따른 수입금액보다 과다계상된 장기도급공사의 수입금액 및 미실현수입금액계상액도 익금불산입하였어야 했다.

그렇다면 처분청이 청구인의 1991 및 1992사업연도의 법인세 과세표준과 세액을 증액경정하는 데 그치고 과다신고한 수입금액을 감액조정하지 아니한 당초 처분은 잘못이라 하겠고, 따라서 이 건 심사청구는 이유 있으므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.