수용토지의 양도에 대해 조세감면규제법 제88조의 2에 규정된 양도소득세 감면의 종합한도 3억원이 적용되는지 여부

심사청구를 기각 한다.

처분청은 청구인이 1992. 12. 28. ㅇㅇ5지구 택지개발사업용지로 편입된 ㅇㅇㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 외 15필지(지목: 전․임야․대지)17.584㎡ (이하 "이 건 토지"라 한다)를 1993. 12. 30. ㅇㅇㅇㅇ시에 양도하고 양도소득세 1,772,775,826원을 신고납부한 데 대하여, 이건 토지 중 같은 동 ○○번지 전 735㎡의 기준시가가 잘못 산출되었고, 예정신고납부세액공제가 과다계상되었다고 보아 결정세액을 1,786,705,566원으로 경정결의하여 차감세액 13,929,740원을 1995. 6. 1. 추가 납부고지하였다.

청구인은 1995. 6. 1. 처분청이 결정결의한 양도소득세 1,786,705,566원을 취소할 것을 청구한다. 그 이유로서 청구인은 이 건 자산양도차익 예정신고시 이 건 토지가 양도소득세감면의 종합한도 적용대상인 것으로 신고하였으나, 이 건 토지는 450여년 전 선조로부터 상속되어 온 토지로서 1992. 12. 28. ㅇㅇㅇㅇ시에서 시행하는 택지개발사업용지로 편입되어 토지수용법에서 정한 절차에 따라 1993. 12. 30. 수용된 것이므로 조세감면규제법 부칙(1991. 12. 27. 법률 제4451호, 이하 "조세감면규제법 부칙"이라 한다)제19조 제2항의 규정에 의하여 양도소득세 전액을 감면하여야 하는 토지의 양도에 해당함을 인지하고 1994. 5. 31. 양도소득세가 전액 면제되는 것으로 양도소득세 확정신고를 하였음에도, 처분청이 구 조세감면규제법(1993. 12. 31. 법률 제4666호로 개정되기 이전의 것, 이하 "구 조세감면규제법"이라 한다) 제88조의 2에서 규정한 양도소득세 감면의 종합한도(3억 원)가 적용되는 것으로 보아 이건 양도소득세를 결정 결의한 것은 부당하다고 주장한다.

이 건 심사청구의 다툼은 이 건 토지의 양도에 대하여 구 조세감면규제법 제88조의2에 규정한 양도소득세 감면의 종합한도를 적용할 수 있는지의 여부에 있다. 살피건대, 구 조세감면규제법 제57조 제1항에서 토지수용법에 의한 수용으로서 당해 토지 등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일로부터 소급하여 5년 이전에 취득한 토지 등의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 70에 상당하는 세액을 감면하도록 규정하면서, 이에 대한 경과 규정으로 조세감면 규제법 부칙 제19조 제2항에서 1992년12월31일 이전에 사업인정고시된 사업 지역안에 있는 토지 등을 토지수용법 등에 의하여 양도함으로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 면제하도록 규정하고 있고, 구 조세감면규제법 제88조의2에서 양도소득세 감면의 종합한도 적용대상으로 토지수용법 등에 의한 수용으로 인하여 발생하는 양도소득 등을 열거하면서 과세기간별로 3억 원을 초과하는 부분에 상당하는 금액은 감면하지 아니하도록 규정하고 있다. 청구인은 1992. 12. 31. 이전에 토지수용법 등에 의하여 사업인정고시된 사업지역안에 있는 이 건 토지를 양도하고 발생한 양도소득은 조세감면규제법 부칙 제19조 제2항에 의한 전액면제대상이고 이는 구 조세감면규제법 제88조의2에 의한 양도소득세 감면의 종합한도 적용대상이 아님에도 이를 적용함은 부당하다고 주장하나, 위 부칙은 구 조세감면규제법 제57조의 양도소득세 감면규정에 대한 경과규정으로서 단지 그 감면의 비율만을 달리 규정한 것으로, 구 조세감면규제법 제88조의 2에 위 법조에 의한 감면도 양도소득세 감면의 종합한도 적용대상에 포함하고 있으므로 이 건 토지의 양도에 대한 양도소득세도 양도소득세 감면의 종합한도 적용대상에 당연히 포함된다 할 것이고, 따라서 청구인의 주장은 받아들일 수 없다.

그렇다면 처분청이 청구인의 양도소득세 감면신청에 대하여 감면의 일부를 배제하고 양도소득세를 결정 결의한 처분은 정당하고, 이 건 심사청구는 이유 없으므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.