양도시 실거래가 적용과 장기보유특별공제의 적용 여부.

처분청은 1994. 12. 18. 청구인에 대하여 한 양도소득세 562,884,110원의 부과처분에 대하여 장기보유특별공제액을 공제하여 그 과세표준과 세액을 경정하여야 한다. 나머지 청구를 기각한다.

처분청은 청구인이 ㅇㅇㅇ도 ㅇㅇ군 ㅇ면 ㅇㅇ리 ○○번지 임야 16,364㎡ (이하 "이 건 임야"라 한다)를 1985. 1. 15. 취득하여 1992. 10. 2. 양도하고 1993. 5. 31. 양도소득과세표준 확정신고 (취득가액 485,100,000원, 양도가액 1,100,000,000원, 자진납부세액 142,897,070원)한 데 대하여 취득가액이 불확실하다는 사유로 신고내용을 부인하고 기준시가를 적용(취득가액 13,388,727원, 양도가액 1,096,388,000원)함과 동시에 이 건 임야가 양도 당시 구 토지초과이득세법상 유휴토지라는 사유로 장기 보유특별공제액을 공제하지 않고 세액을 산출하여 1994. 12. 18. 양도소득세 562,884,110원을 추가로 납부고지 하였다.

청구인은 1994. 12. 18. 처분청이 납부고지한 양도소득세 562,884,110원의 부과처분을 취소할 것을 청구한다. 그 이유로서,

• 가. 이 건 임야의 양도가액 1,100,000,000원과 취득가액 485,100,000원이 각각 매매계약서에 의하여 입증되므로 구 소득세법시행령 제170조 제4항 제3호 의 규정에 따라 동 실지거래가액을 적용하여 양도차익을 계산하여야 하고,
• 나. 이 건 임야를 취득하여 공업단지로 조성하는 데 소요된 비용 235,217,947원을 구 소득세법 제45조 제1항 의 규정에 따라 필요경비로 공제하여야 하며,
• 다. 이 건 임야를 7년 동안 보유하다가 양도하였고 양도 당시 토지초과 이득세법상의 유휴토지가 아니므로 구 소득세법 제23조 제2항 제2호 의 규정에 따라 장기보유특별공제액 39,763,181원을 양도차익에서 공제하여야 하며, 위의 사항을 모두 인정할 경우 추가납부할 세액이 없음에도 처분청에서 청구인에게 양도소득세 562,884,110원을 추가로 납부고지한 것은 부당하다고 주장한다.

이 건 심사청구의 다툼은 첫째, 청구인이 주장하는 실지 취득가액을 인정할 수 있는지 여부와 둘째, 이 건 임야를 공업단지로 조성하는 데 소요되었다고 하는 235,217,947원을 필요경비로 인정할 수 있는지 여부와 셋째, 이 건 임야를 양도 당시 유휴 토지가 아니라고 보아 장기보유특별공제액을 공제하는 것이 타당한지 여부에 있다. 첫째 다툼에 대하여 살펴본다. 먼저 처분청의 과세 경위를 보면, 청구인은 이 건 임야의 취득가액이 485,100,000원이라고 주장하는 한편 전 소유자인 청구 외 ㅇㅇㅇ는 이와 달리 7,425,000원에 매도하였다고 확인하면서 관계 매매계약서를 제출한 것으로 보아 실지거래가액이 불분명하다고 보고 기준시가를 적용하여 양도차익을 계산하였음이 이 건 과세관계서류에 의하여 입증되고, 청구인은 ㅇㅇㅇ의 확인이 잘못된 것이라고 주장하면서 이 사람의 번복된 확인서와 매매가액이 485,100,000원으로 기재된 다른 매매계약서를 제시하고 있다. 살피건대, 구 소득세법(1993. 12. 31. 법률 제4661호로 개정되기 전) 제23조 제4항 제1호, 같은 법 제45조 제1항 가목 및 같은 법 시행령(1993. 12. 31. 대통령령 제14083호로 개정되기 전) 제170조 제4항 제3호에 부동산의 취득 및 양도가액은 기준시가에 의하되 양도자가 법 제95조 또는 법 제100조의 규정에 의한 신고시 제출한 증빙서류에 의하여 취득 및 양도 당시의 실지거래가액을 확인할 수 있는 경우에는 실지거래가액에 의한다고 규정되어 있는바, 청구인이 진실된 것이라고 제시한 이 건 임야의 매매계약서와 잔금지급영수증을 보면, 청구인이 잔금을 지급하고 받았다는 영수증에는 잔금지급일이 1984. 12. 28.로, 잔금지급액이 39,550,000원으로, 입회인이 ㅇㅇ군 ㅇㅇㅇ읍 ㅇㅇ동○○번지 ○○부동산중개인 ㅇㅇㅇ으로 기재되어 있는 반면 매매계약서에는 잔금 지급일이 1985. 1. 7.로, 잔금으로 지급할 금액이 435,100,000원으로, 중개인이 ㅇㅇ군 ㅇㅇㅇ읍 ㅇ리 ○○번지 ㅇㅇㅇ로 기재되어 있고, 매매계약서의 작성일자가 1994. 12. 21.로 기재되어 있는 것으로 보아 이 건 청구인이 제시하는 매매계약서가 진실한 것이라고 인정하기 어렵고, 전소유자인 청구 외 ㅇㅇㅇ이 처분청에 당초 제시한 매매계약서가 진실한 것이 아니라고 인정할 수도 없다고 하겠다. 둘째 다툼에 대하여 살펴본다. 위에서 살펴본 바와 같이 이 건 임야의 취득가액이 불확실하므로 양도차익 계산에 있어 기준시가 적용대상이라 할것인바, 소득세법시행령 제94조 제5항 에 기준시가에 의하여 양도차익을 계산하는 경우에는 취득 당시의 기준시가 및 취득 당시의 지방세법상의 과세시가표준액의 100분의 7만을 필요경비로 인정하도록 규정되어 있으므로 청구인이 이 건 임야를 공업단지로 조성하는 데 소요되었다고 하는 235,217,947원은 필요경비로 인정할 수 없다고 하겠다. 셋째 다툼에 대하여 살펴본다. 소득세법 제23조 제2항 제2호 가목 및 같은 법 시행령 제46조의3에 나대지로서 양도일 현재 토지초과이득세법 제8조 의 규정에 의한 유휴 토지 등에 해당하지 아니하는 토지를 양도한 경우에는 과세표준계산시 양도차익의 10%를 장기보유 특별공제액으로 공제하도록 규정되어 있고, 구 토지초과이득세법(1994. 12. 22. 법률 제4807호로 개정되기 전) 제8조 제3항 및 같은 법 시행령(1994. 12. 31. 대통령령 제14470호로 개정되기 전) 제23조 제1호, 제4호에 토지의 취득 후 법령에 의하여 사용이 금지되거나 제한된 경우에는 그 사용의 금지 또는 제한된 날로부터 3년 간 토지의 취득 후 도시계획법의 규정에 의한 일단의 공업용지 조성사업지구에 편입된 경우에는 그 사업시행지구로 지정된 날부터 사업이 구획단위로 사실상 완료된 후 1년까지의 기간은 유휴 토지로 보지 아니한다고 규정되어 있는바, 이 건 임야는 청구인이 취득한 후인 1990. 2. 8. 구 공업배치법(1987. 12. 4. 법률 제3982호) 제20조의 규정에 의하여 공업단지예정지로 지정되었고 같은 해 5. 28. 구 도시계획법(1984. 12. 15. 법률 제3755호) 제25조 제1항의 규정에 의하여 일단의 공업용지조성사업 실시계획이 인가된 후 현재까지 조성사업이 진행되고 있는 토지이므로 위 구 토지초과이득세법 및 동 시행령의 관계조문을 그대로 적용한다 하더라도 이 건 임야는 양도 당시 토지 소유자의 사용이 제한된 토지라 할 것이고 유휴 토지로 볼 수 없으며 양도소득세과세표준계산시 장기보유특별공제액 공제대상이라고 하겠다.

그렇다면 청구인이 이 건 임야를 양도한 데 대하여 처분청에서 양도소득세과세표준계산시 그 실지거래가액이 불분명하다고 보아 기준시가를 적용한 것은 잘못이 없다 할것이나 장기보유특별공제액을 공제하지 아니한 것은 잘못이라 할 것이다. 따라서 이 건 심사청구는 일부 이유가 있으므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.