국민주택 건설용지의 양도시 양도소득세 추징의 정당성 여부

처분청은 1994. 1. 16. 청구인에 대하여 한 1990 및 1991사업연도 법인세 156,249,920원 및 2,552,362,660원의 부과처분에 관하여 1990 사업연도 과세표준에서 139,910원 및 1991 사업연도 과세표준에서 159,614,365원을 각각 차감하여 그 과세표준과 세액을 경정하여야 한다. 나머지 청구를 기각한다.

처분청은 청구인이 1990 및 1991사업연도의 법인세 과세표준을 840,422,391원 및 279,015,783원으로 하여 그 세액을 367,408,413원(방위세 57,197,949원 포함) 및 141,839,131원으로 각각 신고한 데 대하여

① 청구인이 신축분양한 ㅇㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇ구 ㅇㅇ동 소재 아파트 ○○번지 세대와 같은 구 ㅇㅇ동 소재 아파트 203세대의 분양수입금액을 ㅇㅇ시가 승인한 가액보다 532,872,080원 (1990: 278,790,900원, 1991: 254,081,180원)을 적게 신고하였으므로 동액 상당의 분양수입금액을 누락한 것으로 보아 각 사업연도의 수입금액에 추가 산입하였고,

② ㅇㅇㅇㅇ시 ㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지(구지번 ㅇㅇ동○○번지, ㅇㅇ동 ○○번지 에서 분할이기) 임야 676㎡ 중 630㎡는 1989년도에 취득하였다가 1991. 9. 30. ㅇㅇㅇㅇ시에 양도하였으므로 1990 및 1991사업연도 중 비업무용 부동산에 해당되어 관련 지급이자 83,174,147원(1990: 44,701,563원, 1991: 38,472,584원)을 손금불산입하였으며 (1990사업연도분은 ㅇㅇ시 ㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 임야 65㎡에 대한 지급이자 부인액 629,725원 포함)

③ ㅇㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ동 ○○번지 외 3필지 도로부지 691㎡는 1991. 12. 31. 현재 등기부상 청구인 소유임에도 청구인 자산에서 누락되었으므로 이를 자산누락으로 보아 동 취득가액 159,492,230원을 익금에 산입하였고,

④ 청구인이 국민주택건설용지로 취득하고 그 양도자들에게 양도소득세를 면제받게 하여준 후 동 용도에 사용하지 아니한 ㅇㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ동 ○○번지 외 4필지 1,487㎡, 같은 동 ○○번지 외 4필지 658㎡ 및 같은 동 ○○번지 외 3필지 691㎡에 대한 양도소득세면제액 계 5,535,938원과 ㅇㅇㅇㅇ시 ㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 임야 54,393㎡에 대한 양도소득세 면제액 2,177,394,125원, 합계 2,182,930,063원을 청구인의 1991사업연도 법인세에 가산하여 징수하는 등 위 ①항 내지 ④항에 따른 1990 및 1991사업연도의 법인세 156,249,920원 (방위세 23,291,458원 포함) 및 2,552,362,660원을1994. 1. 16. 추가 납부고지하였다.

청구인은 1994. 1. 16. 처분청이 추가 납부고지한 1990 및 1991사업연도 법인세 156,249,920원 및 2,552,362,660원의 부과 처분을 취소할 것을 청구한다. 그 이유로서, 첫째, 1990 및 1991년도에 분양한 위 ㅇㅇ시 ㅇ구 ㅇㅇ동 및 ㅇㅇ동 소재 아파트 450세대는 분양 여건이 좋지 아니하여 ㅇㅇ시의 분양승인가액보다 낮은가액으로 분양 하였음에도 처분청이 분양승인가액과의 차액 278,790,900원 및 254,081,180 원을 분양 수입금액 누락으로 보아 익금산입한 것은 부당하고, 둘째, ㅇㅇㅇㅇ시 ㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 임야 630㎡는 아파트부지로 매입하였으나 1991. 9. 30. ㅇㅇㅇㅇ시에 수용되었는바, 이는 수용시기가 늦어져 부득이 보유하게 된 것이므로 처분청이 비업부용 부동산으로 보아 관련 지급이자 계 83,174,147원을 손금불산입 한 것은 부당하며, 셋째, 위 ㅇㅇ시 ㅇㅇ동 ○○번지 외 3필지 도로 691㎡는 청구인의 장부에 계상되지 아니한 것은 사실이나 1991년도에 분양된 아파트의 진입도로로서 ㅇㅇ시에 기부채납될 자산이고, 동 아파트 분양수입금액에 대응한 1991 사업연도의 분양원가로 계상한 것임에도 동 취득가액 159,492,230원을 아파트공사원가로 인정하지 아니하고 자산누락으로 보아 익금산입한 것은 부당하며, 넷째, 위 ㅇㅇ시 ㅇㅇ동 ○○번지 외 13필지 2,836㎡는 아파트 단지 내의 공용도로 부지임에도 이를 국민주택(85㎡이하) 건설용지로 사용하지 아니한 것으로 보아 위 토지를 청구인에게 양도한 자들에게 면제하여 준 양도소득세 5,535,938원을 청구인의 1991사업연도 법인세에 가산하고, 또한 ㅇㅇㅇㅇ시 ㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 임야 54,393㎡는 국민주택건설용지로 취득하여 ㅇㅇ․ㅇㅇ지역 주택조합외 4개조합과 이 건 토지에 아파트를 신축 분양하여 주기로 주택공급계약을 맺은 후 아파트를 신축하던 중 분양대금을 사전 납부한 조합원들의 채권보전을 위하여 소유권을 주택조합으로 하여야 한다는 관할관청의 종용에 따라 조합원들의 수탁자인 위 5개 주택조합에 형식상 소유권을 이전한 후 이 건 아파트건축사업주체도 청구인 단독에서 청구인과 위 주택조합들 공동으로 변경하였으나 이 건 아파트사업 승인, 분양 및 준공검사 등 아파트 건설과 동 아파트 건설에 따른 수익과 비용도 청구인의 계산하에 이루어진 것이므로 청구인이 이 건 토지를 국민주택(아파트)건설용지로 사용한 것으로 보아야 함에도 이 건 토지를 실지양도한 것으로 보아 기 면제하여 준 양도소득세 2,177,394,125원에 상당하는 금액을 청구인의 1991사업연도 법인세에 가산하여 징수한 것은 부당하다고 주장한다.

이 건 심사청구의 다툼은, 첫째, 이 건 아파트의 분양수입신고금액을 정당한 것으로 인정할 수 있는지의 여부 둘째, ㅇㅇㅇㅇ시 ㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 630㎡가 비업무용 토지에 해당하는지 여부 셋째, ㅇㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ동 ○○번지 외 3필지 691㎡의 취득가액을 공사원가로 인정할 것인지의 여부 넷째, 위 ㅇㅇ동 ○○번지외 13필지 2,836㎡가 국민주택(아파트)을 건축하고 남은 잔여토지인지의 여부와 ㅇㅇㅇㅇ시 ㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 임야 54,393㎡를 주택조합에 양도한 것으로 볼 것인지 의 여부에 있다. 첫째 다툼에 대하여 살펴본다. 먼저 청구인의 아파트 분양 수입금액 신고내역과 처분청의 경정 내용을 보면 청구인은 1990 및 1991 사업연도 중 ㅇㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지에 아파트 247세대 및 같은 구 ㅇㅇ동 ○○번지 외 3필지에 아파트 203세대를 신축 분양하고 동 분양수입금액을 9,181,137,100원 및 7,195,946,820원으로 신고하였으나 처분청은 청구인이 ㅇㅇ시의 분양승인가액 9,459,928,000원(상가분양금 75,252,000원 포함)및 7,450,028,000원 보다 낮은가액으로 분양할 사유가 없고 청구인(대표이사 ㅇㅇㅇ)도 분양승인가액과의 차액 278,790,900원 및 254,081,180원을 과소 신고하였다고 시인함에 따라 동 차액을 각사업연도의 수입금액에 산입하였음이 관계서류에 의하여 인정된다. 살피건대, 청구인(대표이사 ㅇㅇㅇ)은 ㅇㅇ시의 분양승인가액대로 분양한 후 위와 같이 과소신고하였음을 인정한 사실이 있고, 또한 수입금액계상 내용을 보면 위 ㅇㅇ동 소재 아파트의 경우 1989. 11. 2. 같은 날 분양한 같은 평형 (93.9㎡)의 분양가액을 32,398,800(○동 ○호) 및 39,788,000원(○동 ○호)으로 계상하였으며, 위 ㅇㅇ동 소재 아파트의 경우에도 1990. 7. 30. 같은 날 분양한 같은 평형(104,4㎡)의 수입금액을 37,592,100원(○동 ○호) 및 41,698,800원(○동 ○호)으로 계상한 사실로 미루어 볼 때 청구인 주장대로 실지분양수입금액을 계상한 것으로 인정하기 어렵고, 따라서 처분청이 위 과소신고액을 익금산입한 것은 정당하다 하겠다. 둘째 다툼에 대하여 살펴본다. 처분청은 청구인이 위 ㅇㅇ동 ○○번지 임야 630㎡를 1989년도에 국민주택(아파트)건설용지로 취득하여 1991. 9. 30. ㅇㅇㅇㅇ시에 양도(수용)한 데 대하여 업무에 직접 사용하지 아니하고 양도하였다는 이유로 이 건 관련지급이자를 손금부인하였음이 관련서류에 의하여 인정된다. 살피건대, 법인세법시행규칙 제18조 제4항 제1호 의 2에 당해 부동산 취득 후 법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 것으로 국가, 지방자치단체가 직접 사용하기로 계획된 것은 비업무용 부동산에서 제외하도록 되어 있고 구 법인세법시행규칙 (1994. 3. 12. 재무부령 제1968호로 개정되기 이전의 것)제18조 제3항 제12호에 주택신축판매업을 하는 법인이 주택신축용으로 취득한 토지로서 취득 후 2년이 경과되지 아니한 것은 비업무용 부동산에서 제외하도록 규정되어 있음에 비추어 위 임야 630㎡는 1991. 9. 30. 양도(수용)하였으므로 2년 전인 1989. 9. 30. 이후에 취득한 2㎡(ㅇㅇ동 ○○번지에서 분할되기 전 전체토지 64,954㎡에 대한 1989. 9. 30. 이후 취득한 205.8㎡의 비율 0.0031에 630㎡를 곱한 면적)상당은 비업무용에 해당되지 아니하므로 나머지 628㎡에 대한 1990 및 1991년도 중 관련지급이자 43,931,928원 및 38,350,449원을 손금 부인하였어야 함에도 630㎡ 전체를 비업무용으로 인정하고 44,071,838원 및 38,472,584원을 손금부인한 결과 139,910원 및 122,135원이 과다 손금부인되었음이 인정된다. 한편 위 임야는 취득 이전에 도로용지로 고시된 것이므로 ㅇㅇㅇㅇ시의 수용시기가 늦어져 장기간 보유하게된 것으로 비업무용 부동산에 해당되지 아니한다는 청구 주장은 받아들일 수 없다. 셋째 다툼에 대하여 살펴본다. 청구인이 이 건 ㅇㅇ시 ㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 외 3필지 691㎡의 취득가액 159,492,230원을 분양한 아파트의 공사원가로 계상한 데 대하여 처분청이 자산누락으로 보아 익금산입한 경위를 보면, 청구인은 1989년도에 위 토지일대를 아파트 (ㅇㅇㅇㅇ 3차 아파트) 부지로 매입하였으며, 아파트사업승인 당시(1989. 8. 17.) 위 4필지 중 3필지(○○번지, ○○번지, 및 ○○번지) 651㎡는 아파트 진입도로로 확보하여 ㅇㅇ시에 기부채납하도록 되어있고, 나머지 같은 동 ○○번지(40㎡)도 지목이 도로일 뿐 아니라 분양된 아파트의 진입도로로 실제 사용되고 있음을 이유로 위 4필지의 취득가액 159,492,230원을 이 건 아파트 공사원가에 산입하고, 법인장부(자산)에서 제외 하였으나 처분청은 위 토지가 1991 사업연도말 현재 등기부상 청구인 소유로 되어 있음을 이유로 분양된 아파트의 공사원가를 부인하고 익금산입하였음이 관련서류에 의하여 인정된다. 살피건대, 법인세법 제9조 제1항 에 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액을 공제한 금액으로 하도록 되어 있음에 비추어 위 도로(토지)의 소유권이 ㅇㅇ시에 이전된것은 아니라 하더라도 아파트 주민들의 진입도로로 사용되고 있어 그 경제적가치를 상실한 것이므로 동 취득가액을 같은 사업연도의 비용으로 계상하여 아파트 공사원가로 계상한 데 잘못이 없다 할 것이므로 처분청이 동 공사원가를 부인하고 자산누락으로 보아 익금산입한 것은 부당하다 하겠다. 넷째 다툼에 대하여 살펴본다. 먼저 위 ㅇㅇ시 ㅇ구 ㅇㅇ동 소재 토지 및 ㅇㅇㅇㅇ시 ㅇ구 ㅇㅇ동 소재 토지에 대한 양도소득세 감면 및 추징 내용을 보면,

① 위 ㅇㅇ시 ㅇ구 ㅇㅇ동 소재 토지(14필지 2836㎡)는 1989년도에 국민주택건설용지로 취득하였다가 동 국민주택(아파트)의 진입도로로 사용하는 데 대하여 기면제한 양도소득세 5,535,938원을 추징하였고,

② 위 ㅇㅇㅇㅇ시 ㅇ구 ㅇㅇ동 소재 토지 54,393㎡는 청구인이 1989. 4월 부터 같은해 12월까지 사이에 취득하여 1990. 2. 28. ㅇㅇㅇㅇ(주)와 아파트 공사 도급계약을 체결하고, 같은 해 4. 3. 이 건 토지 위에 국민주택규모의 아파트 1,646세대에 대한 사업승인을 받아 아파트를 건축하던 중, ㅇㅇㅇㅇ시에서 이 건 아파트의 건축대지를 조합원들의 소유로 하여야 한다는 권유에 따라 1991. 3. 27. ㅇㅇ, ㅇㅇㅇㅇ주택조합 외 4개 주택조합(조합원들의 수탁자)에 양도하고 1992. 2. 18. 위 아파트의 건축주도 청구인 단독에서 청구인과 위 5개 주택조합 공동으로 변경한 데 대하여 기면제한 양도소득세 2,177,394,125원을 추징하였음이 관련서류에 의하여 인정된다. 살피건대, 구 조세감면규제법(1989. 12. 30. 법률 제4163호로 개정되기 이전의 것)제62조 제1항 단서 및 제2항, 위 구 같은 법 시행령(1989. 12. 30. 대통령령 제1288호로 개정되기 이전의 것) 제50조 제3항 제1호 및 제4항에 내국인이 토지를 주택건설등록업자에게 국민주택건설용지로 양도하고 이를 매입한 주택 건설등록업자가 양도자의 주소지 관할 세무서장에게 양도소득세 면제신청서를 제출하는 경우에는 양도자에 대한 양도소득세를 면제하되 동 주택건설등록업자가 소정기간(아파트의 경우에는 사업계획서상의 준공일까지, 아파트 외의 국민주택일 경우에는 당해 토지매입일로부터 3년) 내에 국민주택을 건설하지 아니하는 때에는 감면한 양도소득세액에 상당하는 금액을 동 주택건설등록업자로 부터 추징하도록 되어 있는바, 이와 같은 규정에 비추어 보면 국민주택 건설용지로 취득 후 아파트의 진입도로 등으로 사용되어 국민주택을 건설할 수 없게 되었거나 당해 토지자체를 양도한 경우에는 면제한 양도소득세액을 추징하여야 한다 하겠다. 위 당원이 인정한 사실내용과 관련 법령을 검토하면, 위 ①항의 토지는 아파트의 진입도로로서 국민주택을 건설할 수 없으므로 기면제한 양도소득세를 추징한 것은 정당하고 위 ②항의 경우 주택조합이 그 구성원의 주택을 건축할 때에는 주택건설촉진법 제44조 제3항 및 같은 법 시행령 제34조의4 제2호에 따라 주택용 대지의 소유권을 확보하여 등록업자(주택건설업자)와 공동으로 사업을 시행하도록 되어 있고, 청구인은 조합주택을 건축하여 주기로 5개 주택조합과 계약을 체결하고, 동 주택조합을 통하여 조합원들로부터 이 건 토지 대금과 건축비 등을 받은 사실을 보면 청구인은 이 건 토지의 소유권을 주택조합에 당연히 이전하였어야 하므로 형식적인 이전으로 볼 수 없으며, 또한 이 건 토지의 소유권이전 후 1992. 2. 18. 사업주체(건축주)를 청구인 단독에서 주택조합들과 청구인 공동으로 변경하였고, 아파트도급공사도 청구인과 5개 주택조합(원)이 ㅇㅇㅇㅇ(주)와 새로이 체결하였으며 청구인은 단지 주택조합(원)이 납부한 건축대금을 위 ㅇㅇ건설(주)에 지급하기로 약정한 사실 등을 보면 청구인이 이 건 아파트를 사업주체로서 신축 분양하였다고도 볼 수 없으므로 처분청이 이 건 토지를 양도한 것으로 보아 기 면제한 양도소득세 2,177,394,125원을 추징한 것은 정당하다 하겠다.

그렇다면 ㅇㅇㅇㅇ시 ㅇ구 ㅇㅇ동 소재 토지 630㎡ 중 2㎡를 비업무용 부동산으로 보아 관련지급이자 262,045원을 손금 부인한 것과 ㅇㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ동 ○○번지 외 3필지 691㎡의 취득원가 159,492,230원을 인정하지 아니한 것은 부당하나, 나머지 처분청의 과세 처분은 정당하고, 따라서 이 건 심사청구는 일부 이유 있으므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.