세금계약서 금액이 거래상대방의 결산서상의 공사수입금액과 다른 경우 사실과 다른 세금계산서라 하여 매입세액을 불공제할 수 있는지의 여부

처분청은 1994. 9. 16. 청구인에 대하여 한 부가가치세 176,603,370원의 부과처분을 취소하여야 한다.

처분청은 청구인이 1993. 3. 16. 청구 외 ㅇㅇㅇㅇ(주) (이하 ″청구 외 법인″이라 한다)와 ㅇㅇㅇㅇ시 ㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 지상에 ㅇㅇ빌딩을 신축하기로 공사계약을 체결한 후 1994. 4. 28. 제1차 공사 기성금으로 973,021,356원, 같은 해 6. 13. 제2차 공사기성금으로 632,463,879원, 계 1,605,485,235원을 지급하고 세금계산서를 교부받아 부가가치세 매입세액을 환급받은 데 대하여, 청구인이 이 건 공사계약을 체결하면서 청구 외 법인에게 1993. 10. 31.까지 공사 기성금 40억 원을 지급하기로 약정하였고 세금계산서는 공사 기성금을 지급하기로 약정한 때에 교부하여야 함에도 부가가치세 매입세액을 공제받은 위 세금계산서는 공급시기가 사실과 일치하지 아니하여 부가가치세 매입세액 환급결정을 부인하고 부가가치세 176,603,370원(가산세 16,054,850원 포함)을 1994. 9. 16. 납부고지 하였다.

청구인은 처분청이 납부고지한 부가가치세 176,603,370원(가산세 16,054,850원 포함)을 취소할 것을 청구한다. 그 이유로서 청구인은 청구 외 법인에게 1993. 10. 31.까지 40억 원을 공사 기성금으로 지급하기로 되어있는 ″계약특수조건 (기성조건)″은 청구 외 법인의 사용인이 청구인에게 위와 같이 약정하여줄 것을 제의한 것이나 청구인은 그 제의를 거부하여 효력이 발생되지 아니한 것임에도 처분청이 이를 유효한 계약으로 보고 이 건 세금계산서를 공급시기가 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세를 납부 고지한 처분은 부당하다고 주장한다.

이 건 심사청구의 다툼은 제1,2차 공사 기성금의 지급일에 교부받은 세금계산서를 공급시기가 사실과 다른 세금계산서로 볼 수 있는지의 여부에 있다. 먼저 관계법령을 보면, 부가가치세법 제9조 제2항 및 같은 법 시행령 제22조에서 용역의 공급시기는 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때로 보나 완성도기준지급 또는 중간지급 등 조건부로 용역을 공급하거나, 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때로 보도록 규정하면서 같은 법 제16조 제1항 및 구 부가가치세법(1994. 12. 22. 법률 제4808호로 개정되기 이전의 것) 제17조 제2항 제1호에서 세금계산서에 그 공급가액 및 작성연월일 등 필요적 기재사항을 기재하지 아니하였거나 그 내용이 사실과 다른 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하도록 규정하고 있어, 완성도기준지급 등의 조건부로 용역을 공급할 때에는 그 대가의 각 부분을 받기로 약정한 때에 세금계산서를 교부하여야 하며 약정과 다르게 세금계산서를 교부하면 그 내용이 사실과 다른 세금계산서로 보고 매입세액을 공제하지 아니함을 알 수 있다. 다음으로 처분청의 이 건 부가가치세 부과 경위를 보면, 처분청은 청구인이 청구 외 법인과 1993. 3. 16. 이 건 건물의 건설공사 도급계약을 체결하면서, 1993. 4. 1.부터 1994. 11. 30.까지 사이에 공사를 시공하고, 선금으로 10억 원, 1993. 10. 31.까지 공사 기성금 40억 원을 지급하기로 약정하였으므로 이 건 세금계산서상의 제1,2차 공사 기성금 1,605,485,235원은 공사 기성금 40억 원을 지급하기로 한 1993. 10. 31. 교부하였어야 한다고 보아 이 건 세금계산서를 공급 시기가 사실과 다른 세금계산서로 인정하였음을 알 수 있고, 또한 청구 외 법인이 1993사업연도에 위 공사수입금으로 1,970,193,791원을 계상한 것을 보더라도 이 건 제1,2차 기성부분은 1993. 12. 31. 이전에 시공된 것으로 보아야 한다고 인정하여 1994. 9. 16. 이 건 부가가치세를 납부고지하였음이 관계자료에 의하여 인정된다. 살피건대, 처분청이 첫째 근거로 제시하는 “계약특수조건(기성조건)” 종이 1매에는 “2. ‘93. 10. 31.까지 40억 원을 기성금으로 지급한다.“는 내용이 있으나 아무런 서명날인이 없을 뿐 아니라 그 외형이 컴퓨터프린터에 의해 출력된 16절지 백상지로서 누가 작성한 것인지 조차 알 수 없는 데 반하여 계약자들의 서명 날인이 되어있는 이 건 건설공사도급표준계약서에는 그와 같은 내용이 없고, 청구인 및 청구외법인 등의 진술에 의하면 ″이 건 종이 1매는 청구 외 법인의 사용인인 ㅇㅇㅇ가 공사대금 지급협조를 위해 작성한 것이나 청구인에 의하여 거절당하였다″고 말하고 있어 그 내용은 당초부터 계약의 효력이 발생되지 아니하였던 것임에도 이를 근거로 이 건 부가가치세를 부과처분한 것은 잘못 이라 할 것이고, 둘째 근거로 제시하는 “청구 외 법인이 1993사업연도 결산서에 위 공사수입금으로 1,970,193,791원을 계상”한 것은 청구 외 법인이 1993사업연도 결산을 위하여 1993. 12. 31. 기업회계기준 제67조 제1항 제5호에 의하여 총도급액에 총공사예정비 중 공사비투입액이 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액을 내부적으로 계상한 것일 뿐, 청구인에게 위 금액을 지급 요청하거나 청구인이 지급하기로 확정한 금액이 아님을 알 수 있는바, 위 법령에서 본 바와 같이 세금계산서는 기성부분이 실제로 시공되었는지 여부에 따라 교부하는 것이 아니고 “용역의 공급대가의 각 부분을 받기로 한 때”에 교부하는 것으로, 이 건 건설공사표준도급계약서에 청구인은 청구 외 법인의 요청에 의하여 청구인의 검사를 거쳐 기성부분금을 지급하도록 약정되어 있어, “용역의 공급대가의 각 부분을 받기로 한 때”는 건축주인 청구인이 1994. 4. 28. 및 같은 해 6. 13. 제1,2차 기성금을 지급하기로 인정한 때로 보아야 하고 따라서 이때 교부 받은 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서로 볼 수 없다 할 것이다.

그렇다면 처분청이 이 건 세금계산서를 공급시기가 사실과 다른 세금계산서로 보고 부가가치세 176,603,370원(가산세 16,054,850원 포함)을 납부고지한 처분은 잘못이라 하겠다. 따라서 이 건 심사청구는 이유 있으므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.