조세감면규제법시행령 부칙(1990. 6. 22. 대통령령 제13027호) 제2조에 규정된 양도일을 계약체결일로 볼 수 있는지의 여부

처분청은 1993. 12. 16. 청구인에 대하여 한 법인세(특별부가세) 2,100,326,970원의 부과처분을 취소하여야 한다.

처분청은 청구인이 1992. 3. 30. 1991(1991. 1. 18.- 12. 31)사업연도 법인세과세표준 및 세액을 신고하면서 ○○시 ㅇ구 ㅇㅇ동 ○가 ○○번지 외 3필지 대지 5,575.9㎡와 그 지상건물 9,466.17㎡(이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 양도(계약일: 1989. 12. 20. 잔금영수일: 1991. 7. 24.)하고, 구 조세감면규제법시행령(1991. 12. 31. 대통령령 제13545호로 개정되기 전의 것) 제55조의11 제4항의 규정에 의하여 이 건 부동산 양도소득에 대한 법인세 특별부가시(이하 “특별부가세”라 한다) 1,680,261,579원을 면제 신청하여 면제받은 데 대하여 이 건 부동산의 양도일(잔금청산일)이 1991. 7. 24.이므로 양도일 현재 시행중인 구 조세감면규제법시행령(이하 “1990. 6. 22. 개정된 구 조감법시행령”이라 한다) 제55조의11 제1항에 따라 이 건 부동산에 대한 양도소득은 특별부가세가 면제되는 경우에 해당되지 아니함으로 이미 면제하였던 특별부가세 2,100,326,970원(가산세 420,065,394원 포함)을 1993. 12. 16. 추가 납부고지하였다.

청구인은 1993. 12. 16. 처분청이 납부고지한 특별부가세 2,100,326,970원의 부과처분을 취소할 것을 청구한다. 그 이유로서 청구인은 1978. 12. 30. 이 건 부동산을 취득하여 업무용으로 직접 사용하다가 다른 고정자산을 대체 취득할 목적으로 1989. 12. 20. 이 건 부동산을 청구 외 ㅇㅇㅇ 등 6인에게 양도 계약을 체결한 것이므로 당시 시행중인 구 법인세법(1989. 12. 30. 법률 제4165호로 개정되기 전의 것). 제59조의3 제2항 제2호의 규정을 적용하여 이 건 부동산 양도소득에 대한 특별부가세가 면제되는 경우에 해당함에도 이 건 부동산의 양도일을 잔금영수일인 1991. 7. 24.로 보고 이 당시 시행중인 1990. 6. 22. 개정된 구 조감법시행령 제55조의11 제1항의 규정을 적용하여 이 건 부동산의 양도소득에 대한 특별부가세가 면제되지 아니하는 것으로 보아 특별부가세를 과세한 것은 소급과세금지원칙에 위배되고, 구 조세감면규제법(1989. 12. 30. 법률 제4165호로 개정된 것, 이하 “구 조감법”이라 한다)부칙 제5조 제1항 및 1990. 6. 22. 개정된 구 조감법시행령부칙 제2조의 “양도”를 소득세법시행령 제53조 의 양도의 시기(잔금청산일)와 같은 것으로 잘못 해석한 것이므로 이는 부당하다고 주장한다.

이 건 심사청구의 다툼은 구 조감법부칙 제5조 제1항 및 1990. 6. 22. 개정된 구 조감법시행령부칙 제2조의 “양도”를 양도의 원인 행위인 “계약”으로 보아 계약 시점에 적용되는 구 법인세법을 적용하여 특별부가세를 면제할 것인지 아니면 “양도”를 법인세법시행령 제124조의2 제13항 에 의하여 준용되는 소득세법시행령 제53조 의 양도시기인 잔금청산일로 보아 동 잔금청산일 현재 적용되는 구 조감법시행령을 적용하여 특별부가세를 과세하여야 할 것인지 여부에 있다. 먼저 청구인이 이 건 부동산을 양도한 경위와 처분청의 과세경위를 보면, 청구인은 1978. 12. 30. 이 건 부동산을 취득하여 업무용으로 직접 사용하다가 다른 고정자산을 대체 취득할 목적으로 1989. 12. 20. 청구 외 ㅇㅇㅇ 등 6인에게 양도계약을 체결(계약일: 1989. 12. 20. 중도금 영수일: 1990. 6. 18. 및 같은 해 12. 14. 잔금영수일: 1991. 7. 24.)하고 그 양도소득은 잔금영수일이 속하는 1991사업연도의 법인세를 신고(신고일: 1992. 3. 30.)하면서 이 건 부동산에 대한 특별부가세를 면제신청하여 면제받은 데 대하여 처분청은 청구인이 이 건 부동산에 대한 양도대금의 잔금을 영수한 날이 1991. 7. 24.이므로 이 날 양도한 것으로 보아 동 양도일 현재 적용되는 1990. 6. 22. 개정된 구 조감법시행령 제55조의11 제1항의 특별부가세가 면제되는 토지 등에 해당되지 아니함으로 이미 면제하였던 특별부가세를 과세한 사실이 관계증빙에 의하여 입증된다. 관계법령의 개정내용을 살펴보면, 양도일까지 2년 이상 계속하여 당해 법인의 업무용으로 직접 사용한 토지 등을 다른 고정자산으로 대체 취득할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 특별부가세를 면제한다는 구 법인세법 제59조의3 제2항 제2호 가 1989. 12. 30. 삭제되고, 같은 내용이 구 조감법 제67조의13 제1항으로 신설이관되었으며 구 같은 법 시행령(1990. 6. 22. 대통령령 제13027호로 개정되기 전의 것, 이하 “1990. 6. 22. 개정 전 구 조감법시행령”이라 한다) 제55조의11 제1항에는 법인의 업무용으로 직접 사용한 토지 등을 양도함으로써 발생한 양도소득에 대하여는 특별부가세를 면제하는 것으로 규정하고 있었으나 1990. 6. 22. 위 규정을 개정하면서 동 규정의 특별부가세 면제대상을 법인이 2년 이상 계속하여 가동한 공장에 사용한 토지를 양도한 경우와 사원용 주택을 신축 또는 취득하여 무주택 종업원에게 임대 또는 분양할 목적으로 당해 법인이 2년 이상 계속하여 업무용으로 직접 사용한 토지 등을 양도하는 경우에만 특별부가세를 면제하는 것으로 축소 규정하였고, 그 개정부칙 제1조에 이 영은 공포한 날로부터 시행한다고 규정하고 그 2조에는 이 영 시행 전에 종전의 제55조의11 제1항에 규정된 토지 등을 양도한 경우에는 종전의 규정에 의하여 특별부가세를 면제한다고 규정하고 있다. 이 건 부동산의 경우 1989. 12. 20. 양도계약체결시에는 구 법인세법 제59조의3 제2항 제2호 의 규정에 의하여 동 양도소득에 대한 특별부가세를 면제하여야 하는 경우에 해당하였고, 1990. 6. 18. 1차 중도금 영수 시점에는 구 조감법 제67조의13 제1항 및 제1항 및 1990. 6. 22. 개정된 구 조감법시행령 제55조의11 제1항의 규정에 의하여 특별부가세를 면제하는 경우에 해당하였으나 1990. 12. 14. 2차 중도금 영수시점과 1991. 7. 24. 잔금 영수 시점에는 구 조감법 제67조의13 제1항 및 1990. 6. 22. 개정된 구 조감법시행령 제55조의11 제1항의 규정에 의하여 특별부가세를 과세하여야 하는 경우에 해당한다.

1990. 6. 22. 개정된 구 조감법시행령부칙 제2조에 이 영 시행 전에 종전의 제55조의11 제1항에 규정된 토지 등을 양도한 경우에는 종전의 규정에 의하여 특별부가세를 면제한다고 특별규정을 둔 것은 과세대상이 될 원인 행위(양도계약 체결)를 한 이후에 세법이 납세자에게 불리하게 개정되고 과세대상행위가 완성되는 시점(잔금청산일)이 개정된 세법시행일 이후에 도래하게 된 경우에 개정된 법령의 효력발생 관한 일반적 규정인 공포한 날로부터 시행한다는 규정을 그대로 적용하게 되면 납세의무자의 과세원인 행위(양도계약 체결) 시점에 면제대상소득이라는 신뢰에 반하게 되므로 이러한 납세의무자의 신뢰를 보호하기 위하여 예외를 규정할 필요가 있어 특별히 둔 경과조치 규정이라고 보아야 한다. 이 건의 경우 법 개정 전에 이루어진 부동산 양도 원인행위(양도계약)에 대하여 그 후 불리하게 개정된 세법을 적용하는 것은 소급과세금지원칙에 위배되므로 구 법인세법 제59조의3 제2항 제2호 내지 구 조감법 제67조의13 제1항 및 1990. 6. 22. 개정 전 구 조감법시행령 제55조의11 제1항의 규정에 따라 특별부가세가 면제되는 것으로 봄이 상당하다 할 것이다

그렇다면 처분청이 이 건 부동산의 양도가 그 잔금청산일인 1991. 7. 24.에 이루어진 것으로 보고 1990. 6. 22. 개정된 구 조감법시행령 제55조의11 제1항을 적용하여 특별부가세 면제대상이 아닌 것으로 보아 이 건 부동산 양도소득에 대한 특별부가세를 부과한 처분은 잘못이라 하겠고, 이 건 심사청구는 이유 있으므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 따라 같이 결정한다.