무허가공장 양도 후 신공장으로 이전시 양도소득세 면제대상에 해당하는지의 여부

심사청구를 기각한다.

처분청은 청구인이 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ 동 ○○번지 소재 대지 734.1㎡와 건물 362.4㎡(이하 “구 공장”이라 한다)를 1992. 6. 12. 양도하고 구 조세감면규제법(1993. 12. 31. 법률 제4666호로 개정되기 이전의 것) 제67조의 12 및 구 같은 법 시행령(1993. 12. 31. 대통령령 제14084호로 개정되기 이전의 것) 제55조의 10 제3항의 규정에 의하여 구 공장양도에 따른 양도소득세를 면제신청한 데 대하여, 청구인이 가동한 공장은 무허가공장으로서 동 공장건물면적은 공장입지기준면적계산시 공장건축물 연면적에 포함되지 않으므로 구 조세감면규제법 제67조의 12의 규정에 의한 양도소득세 면제를 할 수 없는 경우로 보아 양도소득세 177,743,650원을 1993. 12. 16. 납부고지하였다.

청구인은 1993. 12. 16. 처분청이 납부고지한 양도소득세 177,743,650원의 부과처분을 취소할 것을 청구한다. 그 이유로서 청구인은 1981. 6. 13. 및 1985. 8. 18. 건물(무허가)과 대지를 취득하여 1992. 6. 12. 양도시까지 칼라스테인리스를 생산하는 공장으로 가동하였으며, 1990. 8. 1. ㅇㅇ도지사로부터 ㅇㅇ공업단지 입주추천을 받아 1992. 7. 29. 공장을 이전하였음에도 처분청은 구 공장이 무허가공장이라 하여 공장이전에 따른 구 공장의 양도소득세 면제를 배제하여 양도소득세를 징수결정한 것은 국세기본법 제14조 의 실질과세원칙에 위배되는 부당한 처분이라고 주장한다.

이 건 심사청구의 다툼은 5년 이상 계속하여 가동한 무허가공장을 이전한 경우 양도소득세를 면제할 것인지 여부에 있다. 청구인이 구 공장을 취득․양도한 경위와 처분청의 양도소득세 부과경위를 보면, 청구인은 1981. 6. 13. 및 1985. 8. 18. 무허가건물인 구 공장을 취득하여 칼라스테인리스 생산공장으로 가동하다가 1990. 8. 1. ㅇㅇ도지사의 ㅇㅇ공업단지입주추천을 받아 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ동 ㅇㅇ공단 ○바 ○호로 1992. 7. 29. 공장을 이전하면서 같은 해 6. 12. 구 공장을 양도하고 같은 해 8. 31. 양도소득세를 면제신청하였고, 처분청은 이에 대하여 구 공장의 건물이 무허가건물이므로 양도소득세 면제대상이 아닌 것으로 보아 양도소득세를 과세한 사실이 관계자료에 의하여 확인된다. 살피건대, 구 조세감면규제법시행령 제55조의 10 제6항에 구 공장의 대지가 재무부령이 정하는 공장입지기준면적을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 대하여는 양도소득세 면제규정을 적용하지 아니한다고 규정하고 있고 구 조세감면규제법시행규칙(1994. 4. 13. 재무부령 제1970호로 개정되기 이전의 것) 제20조의 8 제4항에 재무부령이 정하는 공장입지기준면적이라 함은 제조업의 경우에는 지방세법시행령 제84조 의 4 제3항 제6호의 공장입지기준면적을 말한다라고 규정하고 있으며, 지방세법시행규칙 제46조 의 5 별표4에 공장입지기준면적의 계산시에는 공장건축물 연면적에 무허가 건축물은 제외하고 있는 것 등을 종합하여 볼 때 무허가건축물인 공장을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 면제를 배재한다는 취지인바, 청구인이 비록 공장을 5년 이상 계속 가동하다가 신 공장으로 이전하였다 하더라도 이는 무허가공장으로서 양도소득세를 면제받을 수 있는 공장에 해당되지 아니하므로 구 공장의 양도에 따른 양도소득세의 면제를 배제한 처분청의 당초처분에 아무런 잘못이 없다 하겠다. 청구인은 무허가공장이라 하더라도 실지로 공장을 5년 이상 가동하였다면 국세기본법 제14조 의 실질과세원칙에 의하여 구 공장양도에 따른 양도소득세를 면제하는 것이 타당하다고 주장하나, 국세기본법 제14조 의 실질과세에 관한 규정은 과세의 대상이 되는 소득․수익․재산․행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하고 소득․수익․재산․행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 실질내용에 따라 과세한다는 규정으로서 이 건 무허가공장 양도에 따른 양도소득세 면제와는 아무런 관련이 없는 규정이므로 청구인의 주장은 받아들일 수 없다.

그렇다면 청구인이 양도한 무허가공장에 대하여 양도소득세면제를 배제하고 양도소득세를 과세한 처분청의 당초처분은 정당하고 이 건 심사청구는 이유 없으므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.