상가건물의 취득 및 양도가 부동산매매업에 해당하는지와 건물의 부가가치세 상당액은 건물매각수입금액에서 차감하여야 하는지의 여부

처분청은 1993. 11. 16. 청구인에 대하여 한 종합소득세 108,694,750원의 부과처분에 관하여 총 수입금액 487,500,000원을 475,177,357원으로 하고, 자산양도차익예정신고 납부세액공제 5,900,732원을 인정하여 그 과세표준과 세액을 경정하여야 한다. 나머지 청구는 기각한다.

처분청은 청구인이 전 소유자가 목욕탕 및 임대용으로 사용하던 ○○시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 대지 149.2㎡와 상가건물 351.44㎡(이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 1990. 3. 29. 법원으로부터 198,400,000원에 경락받아 1992. 2. 29. 청구 외 (주) 한국ㅇㅇ은행에 487,500,000원에 양도하고 1992. 3. 20. 양도소득세를 예정신고납부한 데 대하여 청구인의 이 건 부동산의 양도는 사업성이 인정된다하여 1993. 10. 16. 건물의 양도를 재화의 공급으로 보아 이에 대한 부가가치세 16,019,430원과 이 건 부도산매매차익에 대한 종합소득세 161,801,340원에서 자납한 양도소득세 53,106,590원을 차감한 108,694,430원을 같은 해 11. 16. 각각 추가 납부고지한 부가가치세 16,019,430원과 종합소득세 108,694,750원을 각각 취소할 것을 청구한다.

그 이유로서 청구인은 이 건 부동산 이외에 상업용 건물을 취득․양도한 사실이 없음에도 부동산매매업자로 보아 이 건 부동산 중 건물의 양도에 대하여 부가가치세를 과세하고 이 건 부동산매매차익을 사업소득으로 보아 종합소득세를 과세한 것은 부당하고 설령, 이 건 부동산의 매매가 사업성이 인정되어 부동산매매차익에 대하여 종합소득세를 과세하는 것이 정당하다고 하더라도 부동산매매대금에 건물분 부가가치세가 포함되어 있으므로 총 수입금액에서 동 부가가치세 상당액은 공제하여야 함에도 이를 공제하지 아니하였고, 부동사매매업자가 토지 등 매매차익예정신고와 함께 자진납부한 때에는 신고납부세액의 100분의 10을 예정신고납부세액공제로 인정하고 있으므로 이 건 종합소득세로 변경과세시에도 위 자산양도차익예정신고 납부공제받은 세액은 당연히 공제되어야 함에 이를 공지인정하지 아니한 것은 부당하다고 주장한다.

이 건 심사청구의 다툼은 첫째, 이 건 부동산매매로 산생한 소득이 사업소득인지 아니면 양도소득인지 여부 둘째, 부동산매매업으로 보는 경우 부동산매매총수입액에서 건물에 대한 부가가치세를 공제하여야 할 것인지 여부 셋째, 종합소득세의 산출시에 이미 공제받은 자산양도차의 예정신고 납부세액공제를 인정하여야 할 것인지 여부에 있다. 먼저 청구인이 이 건 부동산을 취득․양도한 경위와 처분청의 부가가치세 및 종합소득세 과세경위를 보면, 청구인은 청구 외 ㅇㅇㅇ과 공동으로 1992. 3. 29. ㅇㅇ지방법원 ㅇㅇ지원으로부터 대지 298.4㎡와 상가건물 792.88㎡를 396,800,000원(청구인 지분 198,400,000원)에 경락받아 1991. 2. 18. 소유권 이전등기한 후 건물 중 지하 및 지상 1층은 이발관, 식당으로 계속 임대하였으나 지상 2-4층의 목욕탕은 영업을 중단한 상태에서 1992. 2. 29. 청구 외 (주) 한국ㅇㅇ은행에 975,000,000원(청구인 지분 487,500,000원)에 양도하고 같은 해 3. 30. 기준시가에 의하여 자산양도차익예정신고 및 양도소득세 53,106,590원을 자진납부하였다. 이에 대하여 처분청은 청구인이 처음부터 목욕탕 및 임대업을 하기 위한 목적으로 취득한 것이 아니고 매매수익을 얻기 위한 목적으로 취득한 것이고, 청구인의 부동산 취득 및 양도의 규모, 회수, 태양 등이 사업활동으로 볼 수 있을 정도로 계속성과 반복성이 있으므로 이 건 부동산 양도도 청구인의 부동산매매업의 일환으로 보아 부가가치세와 종합소득세를 과세한 사실이 관계자료에 의하여 확인된다. 첫째 다툼에 대하여 살펴본다. 부동산의 거래행위가 사업활동의 일환으로 이루어진 것이어서 그에 따른 건물의 양도행위가 부가가치세법상의 과세대상이 되는 재화의 공급에 해당하고, 또 부동산매매로 인한 소득이 사업소득에 속하는 것인지 양도소득에 속하는 것인지의 여부는 그 매매가 수익을 목적으로 하고 있는지와 매매의 규모, 회수, 태양 등에 비추어 사업활동으로 볼 수 있을 정도의 계속성, 반복성이 있는지를 고려하여 사회통념에 따라 판단하여야 할 것인바, 청구인의 1988년부터 1992년까지 사이에 부동산거래상황을 보면, 별지목록기재와 같이 9회에 걸쳐 임야, 답, 주택, 상가건물 등 209,889.12㎡를 경락받거나 신축, 매매 등의 방법으로 취득하여 10회에 걸쳐 182,513.4㎡를 양도한 것으로 보아 부동산의 거래행위가 계속성과 반복성이 있고, 이 건 부동산의 매매도 단기간에 이루어졌으며, 그 매매차익이 취득가액을 초과하는 240,877,357원에 이르는 점 등으로 보아 부동산매매업의 일환으로 이루어진 것이므로 처분청이 이 건 부동산 중 건물의 양도에 대하여는 부가가치세를 과세하고 부동산매매차익에 대하여는 종합소득세를 과세한 당초처분에 아무런 잘못이 없다 하겠다. 두 번째 다툼에 대하여 살펴본다. 처분청이 종합소득세를 과세하면서 이 건 부동산의 총 매매수입을 건물분 부가가치세 12,322,643원이 포함된 487,500,000원으로 하여 과세하였으나 소득세법 제30조 제9항 의 규정에 의하면 부가가치세는 총 수입금액에 산입하지 아니한다고 규정하고 있고, 처분청도 건물분부가가치세를 부동산매매수입에 포함하여 과세한 것은 잘못되었다는 점을 인정하고 있으므로 위 부가가치세를 뺀 475,177,357원을 이 건 부동산의 총 매매수입으로 하여 종합소득세를 과세하여야 한다. 셋째 다툼에 대하여 살펴본다. 소득세법 제131조 제1항 의 규정에 의하면 “정부는 제117조 내지 제120조의 규정에 의하여 당해 연도의 과세표준과 세액을 결정한 경우에 종합소득 총 결정세액, 양도소득 총 결정세액 등의 총 결정세액의 합계액이 중간예납세액 등 기납부세액의 합계액을 초과하는 때에는 그 초과하는 세액을 징수한다”고 규정하고 있고 같은 조 제2항에서는 “제1항 제2호 및 제3호의 금액은 각각 그 납부세액과 제93조․제98조의 공제세액을 합계한 금액으로 한다”고 규정하고 있는 것으로 보아 “자산양도차익예정신고 납부세액공제”를 종합소득 등의 총 결정세액의 합계액에서 공제하여야 한다. 이와 같이 자산양도차익예정신고 자진납부세액을 총 결정세액의 합계액에서 공제하는 것이라고 한다면 위에서 살펴본 소득세법 제131조 제2항 의 규정에 의거 총 결정세액의 합계액에서 자산양도차익예정신고 자진납부세액뿐만 아니라 동 자진납부세액의 100분의 10에 상당하는 공제액도 당연히 공제됨이 마땅하다. 그러므로 처분청이 총 결정세액의 합계액에서 이 건 부동산의 양도와 관련된 자산양도차익예정신고 납부세액공제를 인정하지 아니한 것은 잘못된 처분이라 하겠다.

그렇다면 이 건 부동산양도를 부동산매매업으로 보아 건물매매에 대한 부가가치세와 부동산매매차익에 대한 종합소득세를 과세한 것은 잘못이 없고, 단지 종합소득세를 과세하면서 부동산매매 수입금액에 건물분 부가가치세 12,322,643원을 포함한 것과 양도차익예정신고시 공제한 예정신고납부세액 공제액 5,900,732원을 공제하지 아니한 당초처분은 잘못된 처분이라 하겠다. 따라서 이 건 심사청구는 일부 이유 있으므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.