부가가치세 부과처분 취소 확정판결과 관련된 법인세부과는 제척기간이 경과된 후에도 그 확정판결일로부터 1년 이내에 경정할 수 있는지의 여부

처분청은 1993. 8. 4. 청구인에 대하여 한 법인세 6,207,270원 및 방위세 1,296,800원의 부과처분을 취소하여야 한다.

처분청은 청구인이1985년도 법인세 6,207,270원 및 방위세 1,296,800원 계 7,054,070원(이하 “이 건 법인세 등”이라 한다)을 1986. 3. 17. 자진신고 납부하였으나 세무조사결과 1983년도부터 1985년도까지 3개사업연도 중 1,175,887,238원 상당의 제품매출액 등을 누락한 것으로 보고 같은 해 10. 17. 부가가치세 등 4개세목에 대한 국세 489,399,510원(이하 “부가가치세 등”이라 한다)을 부과함과 동시에 동 매출누락에 따른 매출원가의 손금추인으로 같은 해 10. 30. 이 건 법인세 등을 환급하였는바 청구인이 동 매출누락에 의한 부가가치세 등 부과처분 취소청구소송을 제기하여 1993. 6. 29. 승소판결(대법 91누 13588)을 받게 됨에 따라 같은 해 8. 10. 부가가치세 등을 환급결정함과 아울러 이 건 법인세 등을 다시 징수결정하여 청구인에게 환급할 다른 국세(갑종근로소득세)환급금에 충당하였다.

청구인은 1993. 8. 4. 처분청이 납부고지한 법인세 등의 부과처분을 취소할 것을 청구한다. 그 이유로서 청구인은 커피 및 캔커피의제조판매업체로서 1986. 3. 17. 이 건 법인세 등을 자진신고 납부한 데 대하여 처분청이 제품매출누락 등을 이유로 부가가치세 등을 추가 납부고지한 이 건 법인세 등은 감액결정하여 환급하였으나 청구인이 추징대상인 부가가치세 등에 대하여서만 취소청구소송을 제기하여 취소확정판결을 받았음에도 처분청이 1983. 8. 10. 부가가치세 등을 취소함과 아울러 소송대상이 아닌 이 건 법인세 등을 다시 징수결정하여 납부고지한 후 청구인에게 환급할 국세(갑종근로소득세) 환급금에서 충당한 것은 이 건 법인세 등의 제척기간인 5년이 만료된 후의 처분이므로 위법한 처분이라고 주장한다.

이 건 심사청구의 다툼은 이 건 법인세 등을 다시 징수결정하여 납부고지한 것이 국세부과권의 제척기간이 지난 후에 이루어진 것인지 여부에 있다. 먼저 청구인이 이 건 법인세 등을 자진신고 납부하고 처분청이 이를 환급결정하였다가 위 부가가치세 등 취소확정판결 후 다시 징수결정하여 납부고지한 경위를 보면, 청구인은 1985년도 귀속 이 건 법인세 등을 1986. 3. 17. 자진신고 납부하였으나, 처분청은 청구인이 1983년도부터 1985년도까지 3개 사업연도에 걸쳐 1,175,887,238원 상당의 제품매출 등을 누락한 것으로 조사하여 같은 해 10. 17. 부가가치세 외 3개세목의 국세 계 489,399,510원을 부과하는 한편 위 매출누락금액을 익금산입함에 따른 매출원가의 추인으로 1985년도의 법인소득이 32,420,000원에서 부(負) 4,918,182원으로 감소되어 이 건 법인세 등을 환급하였다. 이에 대하여 청구인은 위 조사 결정결정된 국세 중 추가고지세액이 있는 부가가치세 등에 대하여만 취소청구소송을 제기하여 1993. 6. 29. 취소확정판결을 받았고 이에 따라 처분청은 같은 해 8. 10. 부가가치세 등을 부과취소함과 아울러 청구인에게 환급하였던 이 건 법인세 등을 다시 징수결정하여 납부고지한 후 청구인에게 환급할 국세환급금 중(갑종근로소득세)에서 충당한 사실이 관계자료에 의하여 입증된다. 살피건대, 국세기본법 제26조 의 2 제1항 및 제1호 및 제2항에서 법인세는 이를 부과할 수 있는 날로부터 5년이 경과하면 부과할 수 없으나 행정소송이 제기된 경우에는 그 확정판결일로부터 1년 이내에는 당해 판결에 따라 경정결정 기타 필요한 처분을 할 수 있도록 규정하고 있음에 비추어 이 건 법인세 등은 직접 소송을 제기한 사실이 없으므로 위 판결에 따라 경정결정할 수 있는 경우에 해당되지 아니한다고 보아야 하고 이 건 법인세 등의 제척기간은 같은 법 시행령 제12조의 3의 규정에 의거 1986. 3. 18.부터 1991. 3. 17.로 만료되었다 할 것이다.

그렇다면 처분청이 위 부가가치세 등의 취소확정판결을 이유로 이 건 법인세 등을 결정결정하고 다른 국세환급금에서 충당한 처분은 잘못이라 하겠다. 따라서 이 건 심사청구는 이유있다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.